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　　土耳其奪取埃及之後，派遣總督(帕夏)和佔領軍，而政務和稅收依然由馬木留克人辦理，向土耳其納年貢。此時馬木留克奴隸戰士主要來自高加索。這時依舊是埃及民不聊生的時代。1619年的一次鼠疫中，據說死亡三十三萬多人；記載開羅商店大半關門，只有賣屍布的商店，白天黑夜都開門營業。  
　　1769年，土耳其素丹對俄羅斯作戰，命令阿里貝在埃及集結軍隊。阿里貝逐土耳其帕夏，宣佈獨立。其婿艾卜勒·宰海卜於1770年7月佔領麥加，1771年率三萬多人進攻敘利亞，佔領大馬士革等城市，然後同土耳其政府秘密談判，轉而平定埃及。1773年阿里貝死。艾卜勒·宰海卜成為埃及地方首長兼帕夏。  
　　此後若干馬木留克相爭，1798年7月，法國拿破侖以此來伐，實則謀印度。法軍迅速佔領埃及全境。1799年，進軍敘利亞，占加沙。3月4日，陷雅法，俘土耳其軍4000人，以糧食不足，四日後盡屠之。1801年，法軍被英國、土耳其和俄羅斯軍隊逐出。  
　　1805年，土耳其素丹以出身於馬其頓的軍官穆罕默德·阿里為帕夏，阿里王朝建立(1805-1952)。阿里實行新政，土地和主要農產品的經營收歸國有，開鑿河渠，獎勵科學農業，引入棉花，獎勵學術，創立教育部和教育委員會，創辦工科學校和醫科學校。聘外國專家，派遣留學生，改組軍隊，創建海軍。1811年，乘歡送出兵阿拉伯半島之際，邀請四百七十馬木留克人，除數人而外，全部殲滅。遂肅清馬木留克人，沒收其財產。六百年的馬木留克問題遂告解決。1818年戰勝阿拉伯半島的瓦哈比派。1820年，征服南方鄰國蘇丹。1827年10月20日，土耳其~埃及聯合艦隊鎮壓希臘起義，在納瓦裡諾島被英、法、俄聯合艦隊所摧毀。先是，土耳其素丹以敘利亞許埃及以求其出兵，土耳其毀約，阿里發動第一次土埃戰爭，於1831年征服敘利亞，土耳其投降。然戰爭亦使埃及國庫空虛，賦稅沉重，人民不斷反抗。英國挑動土耳其發第二次土埃戰爭，1840年英國、奧地利聯軍攻入黎巴嫩和敘利亞，擊敗埃及軍隊。1841年英國海軍在亞歷山大港大舉登陸。1841年1月底簽訂和約，阿里只保留埃及和蘇丹的總督世襲權，土耳其為名義上的宗主國。埃及廢海軍，裁陸軍至十分之一。1849年8月，阿里去世。  
　阿巴斯一世(1849~1854)、賽義德(1854~1863)相繼上台後，英國在埃及取得了修築鐵路、架設電報線、建立商船隊自由通航的特權。1856年法國同埃及簽訂條約，開鑿蘇伊士運河，工程十年，1869年竣工。埃及損失12萬人生命，費用1600萬鎊；歐洲國家費用400萬英鎊。埃及債台高築，逐漸受制於英法。1879年，英法共管埃及，此後發生艾哈邁德·阿拉比領導的起義，1882被英軍鎮壓。英國人由此佔領埃及，埃及素丹為傀儡，土耳其仍有名義上的宗主國地位。