衛生署6日公布「台大醫院與成大醫院愛滋器官移植事件報告」完整版，綜合各項事實資料與蒐集分析後，對於造成失誤原因有了詳盡的說明。醫院作業五大疏失方面，直指台大醫院器捐贈小組在執行勸募與移植作業流程規範及執行上有諸多缺失，是導致事件發生的根本原因；各部門彼此間的通報系統缺乏警示機制，是造成異常事件管理上的漏洞。
「台大醫院與成大醫院愛滋器官移植事件報告」中，有關醫院內部作業系統五大疏失方面：
台大醫院器官捐贈小組並未納入該醫院之行政管理體系，容易造成人員管理監督缺失：依據臺北市政府衛生局對於協調師之約談紀錄，發現台大醫院器官捐贈小組當時僅有2位協調師相互支援，（平時有可能2位同時出去，或偶爾會有1位在院外進行協調，1位在院內協助血液檢體送驗，再出發到現場支援），並無其他人員可再於院內協助處理相關事宜。
這次捐贈案例發生的同時，由於台東馬偕醫院亦有捐贈案例，致使2名協調人員均於院外進行捐贈案例處理工作，無人可支援查看檢驗報告；由於台大醫院器官捐贈小組，協調師不隸屬護理部門，無法直接請求護理部門人力支援，是間接導致事件發生的原因之一。
醫院器官勸募與移植作業上，調查報告直指台大在流程規範及執行諸多缺失，是造成事件的主因：
本次事件中，台大醫院無論是檢驗室人員或是協調師，均未將檢查結果告知器官捐贈小組醫師，協調師即逕行聯絡成大醫院協調師與台大醫院的器官移植團隊，準備後續手術，期間未見器官捐贈小組醫師親自參與。
調查報告中直陳台大醫院器官之勸募與移植作業的諸多缺失，包括每位醫療人員的職責、每一階段重要資訊的確認，以及最後器官摘取、移植作業啟動機制等，均未有明確規範，是本次事件的主要根本原因之一。
另一個針對重大檢驗呈現出異常值，台大存在著醫療部門內與部門間，缺乏訊息警示與後續通報機制。
按台北市政府衛生局約談台大醫院副院長之紀錄顯示，依台大醫療作業常規，檢驗結果應以正式報告為確認依據。但實際上，器官移植的檢驗作業卻以電話告知，因此，醫檢師才會以口頭報告結果外，並多次提醒協調師：請上電腦系統看報告。顯示以口頭查詢檢驗報告的確存在抄寫錯誤之人為風險，但台大卻未正視此一風險弱點，增訂其他補強措施
此外，台大醫院第一次HIV篩檢陽性結果，當時至少有二位醫檢師知情，卻未作任何追蹤措施，直到8月26日由協調師提出複檢時才作處理，顯示檢驗部門對於檢驗危急值的管理流程與資訊系統設計上，缺乏相關通報、追蹤機制，極可能因此造成異常事件管理之漏洞。
此外，調查報告認為，台大醫院對於器官摘取、移植手術，術前欠缺再確認及審閱病歷資料機制：
依人體器官移植條例第11條規定，醫師摘取器官施行移植手術，應建立完整醫療紀錄。所謂「完整醫療紀錄」，並非只有捐贈器官同意書及摘取器官證明書，所有與受贈者權益及健康有關的資料都應該予以記錄與保管。
然而依臺北市政府衛生局之約談台大醫院副院長的紀錄，依台大醫院的醫療作業常規，檢驗結果應以該院正式報告為確認依據。另外，台大在器官摘取、移植作業標準程序上，並未規範術前之再確認機制，且移植團隊在術前卻捨棄該院的檢驗資訊系統，僅至登錄中心之登錄系統查看檢驗數值，顯與該院醫療作業常規不符。
器官捐贈醫療團隊協調師之專業訓練未落實：
查「台大醫院OPO白皮書」訂有「學習護照」，指定學習項目，但無明訂專責人員負責訓練工作或檢核成效；另據協調師表示，其初任協調師時，僅由學姐（當時之協調師）帶領實際業務，未依照前開學習項目接受訓練，也無人員檢核學習成效。訓練工作之規定似僅流於書面文字形式。
此外，若以台大醫院協調師之檢驗紀錄手稿觀之，HIV抗體篩檢（EIA）之篩檢值為「56.7」，已與判斷標準值「1」具明顯差異，如果協調師受有完整訓練，明確知悉該檢驗的判斷標準，或可因此避免如本次事件中，發生篩檢值56.7卻仍紀錄為（-）之情形。
