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根據經建會今天向立法院提供的資料，扁政府時代國發基金投資宇昌生技的過程，出現數個「關鍵的一天」。除了96年2月15日，經建會主委何美玥跳過正常程序，以「極機密」文件簽奉閣揆蘇貞昌、副閣揆蔡英文，核准國發基金2千萬美元投資案外，6個月後蔡英文出任台懋董事長時，更在8月31 日一天內，兩度發函催促國發基金撥款，何美玥也在同一天火速核可撥款，當時宇昌生技公司甚至還未正式成立。
經建會主委劉憶如今天赴立法院報告國發基金投資宇昌生技與台懋生技創投公司案，根據經建會整理的時間表，投資過程若干時間點特別引發疑問。
在96年2月15日，蔡英文仍擔任行政院副院長時，何美玥即以極機密文件，簽奉蘇貞昌及蔡英文，在某些前提下國發基金投資2千萬美元與美國Genentech合作的新公司。4月17日，國發基金管理委員就以臨時動議方式，同意投資。
同年5月，蘇貞昌請辭閣揆，蔡英文一併辭職，卸任後轉任家族投資企業台懋公司董事長；同年6月，立法院通過生技新藥發展條例；8月31日一天內，蔡英文先發函國發基金，要求於9月3日撥款4千萬至「台懋蛋白科技股份有限公司籌備處」戶頭；隨後第二度去函，表示公司已更名「宇昌生技股份有限公司」，並要求撥款至宇昌籌備處戶頭。也在同一天，何美玥立即核可撥款4千萬元。4天後即9月3日，國發基金就把4千萬撥到宇昌戶頭。
但2天後即9月5日，宇昌公司才正式登記設立，由蔡英文擔任董事長，國發基金佔7席董事中的3席。
但在國發基金資金入帳後兩個禮拜後，即9月14日，我國代表翁啟惠與Genentech公司洽談後，卻認為生物製劑TMB-35 不適合在台灣生產。同一天，何美玥再度火速簽奉當時的行政院長張俊雄，核定宇昌不在台灣生產。
不過5天後即9月19日，蔡英文以宇昌公司董事長名義再發函，要求國發基金兩天內、即9月21日以前再撥款8千萬；國發基金果然於9月21日參與宇昌公司增資8千萬元，增資金額是以每股10元增資2億元，國發基金佔原始出資比例40%計算。
近3個月後，即96年12月11日，宇昌再以每股10元辦理增資3.6 億元，國發基金再次參與增資1.44億元。
蔡英文參與宇昌案，陸續引發社會質疑，隔年即97年5月21 日，蔡英文接任民進黨主席時，宣布辭去宇昌生技董事長；根據民進黨說法，由於要配合公司內部籌資，相關手續因此後續處理中，至同年9月，才完成公司變更登記。