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　　東林黨爭是指明末東林黨與閹黨以及其他派別之間的爭鬥，「言事者益裁量執政，執政日與枝柱，水火薄射，訖於明亡。」東林黨是明末以江南士人為主的政治集團。在東林黨之外，還有浙黨、齊黨、楚黨、昆黨、宣黨等，東林黨爭幾乎是東林黨與全國朋黨集團之爭。
　　從萬曆時代的國本之爭、明末三案、京察之爭，就有東林黨爭的影子。萬曆三十二年(1604)，吏部郎中顧憲成因為得罪了皇帝而被革職，他與高攀龍、錢一本等在家鄉無錫東林書院講課，「講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物」，常常和東林書院中人談論朝政得失，他們漸漸形成了一個在野集團，被稱為「東林黨」，《明史·孫丕揚傳》說：「南北言官群擊李三才、王元翰，連及里居顧憲成，謂之『東林黨』。」；他們主張開放言路、實行改良時政等意見，得到廣泛支持，同時遭到朝臣、宦官的激烈反對。同時期的浙江寧波人沈一貫糾集在京的浙江籍官僚，結成東林黨的反對派，被稱作「浙黨」，以官應震、吳亮嗣為主的楚黨，和山東的齊黨皆依附於浙黨，合稱「齊楚浙黨」，其它以地緣關係結成的黨派還有宣黨和昆黨。宣黨、昆黨、楚黨、齊黨、浙黨與東林黨人相互攻擊，「東林黨爭」綿延數十年，幾無寧日。《王學質疑》提要說：「夫明之亡，亡於門戶；門戶始於朋黨；朋黨始於講學。」夏允彝《倖存錄》在「門戶大略」說：「自萬曆以前，未有黨名，及四明(沈一貫)為相，以才自許，不為人下，而一時賢者如顧憲成、孫丕揚、鄒元標、趙南星之流，蹇諤自負，每相持。附四明者，言路亦有人。而憲成講學於東林，名流鹹樂於趨之，此東林、浙黨所白始也。」《弘光朝偽東宮偽後及黨禍紀略》亦載：「黨禍始於萬曆間，浙人沈一貫為相，擅權自恣，多置私人於要路；而一時賢者如顧憲成、高攀龍、孫丕揚、鄒元標、趙南星之屬，氣節自許，每與政府相持。而高、顧講學於東林，名流鹹樂附之，此東林黨禍所自始也。」
　　萬曆二十一年三月(1593.4)由吏部尚書孫鑨、左都御史李世達和考功司郎中趙南星主持的癸巳京察，臣僚乘機徇私毀譽，結援同黨，有大批的大臣被罷免，吏部文選郎呂胤昌、給事中王三餘，均被斥黜，引起軒然大波。事後言官又劾論吏部稽勛司員外郎虞淳熙、兵部職方郎中楊於庭、主事袁黃。
　　萬曆三十三年(1605)東林黨人楊時喬與左都御史溫純主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期間爆發了「偽楚王案」，形成沈一貫與沈鯉兩大集團的鬥爭，沈鯉藉機貶謫浙黨官員給事中錢夢皋、鍾兆斗及御史張似渠、於永清，沈一貫則稱病閉門家居，最後內閣只剩朱賡一人，葉向高曾說「廊廟空虛一也；上下否隔二也；士大夫好勝喜爭，三也；多藏厚積必有悖出之釁四也；鳳聲氣習日趨日下莫可挽回，五也」。
　　萬曆三十九年(1611)辛亥京察，由年屆八十的吏部尚書孫丕揚主持，徐紹吉、周永春等策劃傾覆東林，被吏部右御郎王圖制止。這時期朝廷的黨爭形成南黨和北黨之爭，互相攻擊，京畿道御史徐兆魁說：「東林所至，傾動一時，能使南北交攻，角勝黨附」。日後閣部大臣，長久缺員，萬曆帝亦置之不理，《資治通鑒三編髮明》說：「楚宗事至是幾十年矣，而廷臣猶以世卿右王之故，相繼論劾，借端攻擊，報復相尋，朝事已不可問」。葉向高先後上疏百餘次，力陳：「今自閣臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二」，「陛下萬事不理，以為天下長如此，臣恐禍端一發不可收也」。吏部尚書孫丕揚曾推薦沈鯉、郭正域、顧憲成、趙南星、高攀龍等，神宗一概不理。
　　萬曆四十五年(1617)浙黨吏部尚書鄭繼之主持丁巳京察，是神宗朝最後一次京察，齊(亓詩教、周永春)、楚(官應震、吳亮嗣)、浙(姚允文、劉廷元)三黨大肆斥逐東林黨人。至此朋黨之爭，愈演愈烈。
　　泰昌元年(1620)的移宮案中，楊漣、左光斗等東林黨人擁立太子朱由校繼位有功，趙南星、高攀龍、顧大章、夏嘉遇、周宗建等重新啟用。天啟三年(1623)東林黨人主京察，又逐齊楚浙黨，明末考核京官的制度成為黨爭的工具。明末國子祭酒倪元璐說：「其始天子靜攝，聽臣工群類之自戰而不為之理，所謂鼠斗穴中，將勇者勝耳。故其時其血玄黃，時勝時敗」。
　　天啟三年京察，趙南星掌吏部，力斥浙黨、齊黨、宣黨等三黨官員亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣等「先朝結黨亂政」，議當罷黜。
　　明熹宗時，政治極度腐敗，太監魏忠賢獨攬大權，自稱「九千九百歲」；實行血腥鎮壓，他控制衛廠特務機構，爪牙遍及各地，隨意殺人，施行刑罰。他又拆毀全國書院，許多東林人物被迫害致死，朝野忠良盡去，還殃及邊防將帥，如熊廷弼、袁崇煥等。明思宗繼位後，對東林黨的迫害才告停止，東林黨在崇禎初年暫時抬頭，但明思宗又說：「朕御極之初，撤還內鎮，舉天下大事悉以委大小臣工，比者多營私圖，罔恤民艱，廉謹者又迂疏無通。」在處斬袁崇煥後，東林黨的聲勢又告衰落，皇帝最後只能信任宦官，閹黨勢力復起。
　　東林諸人，多數是知直不知曲的君子，對個人聲名之看重甚於國家利益，爭意氣而不爭是非，君臣之間尤喜意氣用事，明萬曆朱翊鈞則因為立儲一事與大臣反覆較量，最終雖屈服於眾意，竟置江山社稷於不顧，深居後宮不問國事達三十年之久。黃宗羲《明儒學案》說：「天下君子以清議歸於東林，廟堂亦有畏忌。」「東林中亦多敗類，及攻東林者，亦間有清操之人。」「方東林勢盛，羅天下清流，士有落然自異者，詬誶隨之矣。」凡不合東林人士法眼者，就被視為小人，齊楚浙黨不一定服氣魏黨，但一時走投無路，大多投靠魏忠賢門下。魏忠賢的助手魏廣微之父魏允貞生前和趙南星、顧憲成是好友。魏廣微當了大學士後，以子侄輩的禮數三次登門拜訪，趙南星硬是閉門不納，逢人便說「見泉無子」，魏廣微深恨不已，慫恿魏忠賢殘酷鎮壓東林黨人。高陽批評趙南星「正氣可敬，卻微嫌剛愎，行事直道而行，不說後果，因而把一些游離分子都逼到閹黨那面」。美國學者賀凱(Charles O.Hucker)在《明末的東林運動》一文說：「明末東林運動的失敗，代表傳統儒家價值觀念與現實惡劣政治勢力鬥爭的一個典型，他們是一支重整道德的十字軍，但不是一個改革政治的士大夫團體。」
　　東林黨與閹黨之爭，一直延續到南明時期；阮大鋮打擊東林黨人向來不遺餘力，本來阮大鋮和東林諸君子關係不錯，但受到趙南星的打壓，最後乾脆倒向閹黨。當時史可法與東林黨人力主擁立潞王，史可法寫信給馬士英說明福王“七不可立”，馬士英卻搶先擁立福王。史可法在東林黨與閹黨之間兩難。《桃花扇》記載阮大鋮刻意逢迎復社的吳應箕、沈昆銅、沈眉生等人，結果反被責打一頓，後來阮成為南明重臣，立刻展開報復行動。
　　永曆朝又有所謂吳楚黨爭，是瞿式耜與廣東軍閥李成棟、廣西軍閥慶國公陳邦博之間的鬥爭，楚黨的幕後人物為瞿式耜和李元胤、袁彭年、丁時魁、蒙正發。吳黨有堵胤錫、陳邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤錫等人主張聯合原大順軍和大西軍。何騰蛟、瞿式耜則排斥農民軍。吳、楚黨爭使得南明與大順軍、大西軍的戰力始終無法整合，最後亡於清軍之手。
　　到了清初都還有明末黨爭的陰影，如順治時期馮詮與陳名夏的北黨與南黨之爭，馮詮原是依附魏忠賢的閹黨，而陳名夏是東林黨之後。清初大量引用明朝舊宦，明末黨爭的弊端在清初政局立即反映，順治二年(1645)七月，浙江御史吳達上疏彈劾閹黨餘孽馮銓及其黨羽孫之獬等，給事中許作梅、莊憲祖等紛紛上疏支持吳達。多爾袞最初未表態，終於決定支持馮銓一派，公開申斥龔鼎孳，並將李森先革職。孫之獬也被革職，永不敘用。
　　康熙時，黨爭與滿族權貴內部矛盾糾纏在一起，康熙時期的朋黨主要有鼇拜黨、明珠黨、索額圖黨、皇子黨等。康熙帝深知黨爭之害，但鑑於滿漢之間的矛盾，卻也不加以整頓，他與滿人貴族談話總稱漢人官員為「蠻子」，甚至罵道：「蠻子那有一個好人！」。