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國軍愛國者飛彈送往美國性能提升為愛國者飛彈三型，已祕密運返台灣，第一批部署台北市南港執行防空戰備任務，希望未來能順利陸續完成六套新購愛國者三型飛彈，加上三套現有裝備性能提至愛國者三型飛彈的換裝任務。根據軍方規畫，愛國者三型飛彈將部署在台北、台中、台南、高雄與屏東地區，執行反飛彈、反戰機的防空任務。
國軍提升現有愛國者飛彈性能為愛國者三型，同時新購愛國者三型飛彈的疾鋒案，總預算高達1791億元，因為預算取得困難，成軍時程延後，從民國96年至110年間，先完成四套新購加三套性能提升案。另外短缺兩套愛國者三型採購預算，軍方希望與中東某國共同分攤研發生產經費，降低我方的預算需求，但是目前尚未編列。

目前第一套將國軍愛國者二型飛彈提升為三型的系統，已部署台北市南港，因應北韓試射導彈，將投入戰備任務。據指出，由於愛國者飛彈系統區分彈體與軟體，外界傳美方尚未將愛國者三型飛彈彈體運抵台灣，但性能提升後的飛彈系統軟體，我方已經可以運用。但是，國防部軍事發言人羅紹和並未說明飛彈彈體是否已運交國軍。

軍方表示，國軍愛國者飛彈性提提升為愛國者三型後，射控系統、通訊與彈體都升級。每套愛三執行獨立防護指管中心、機場、 雷達站等要地任務，愛三彈體可不靠雷達照明自行接戰目標，因體積小，每個發射架可儲存16枚，發射架與雷達距離可達30公里，野戰部署較有彈性，目前新北市萬里營區的愛國者二型已送至美國原廠進行性能提升。

軍方指出，由愛國者二型性能提升的愛國者三型飛彈，部署南港、新店與萬里，新購愛國者三型飛彈，部署中部、南部，包括台中清泉崗空軍基地，高雄仁武區與屏東市的屏東基地，台南市的台南空軍基地，另外還包括嘉義水上基地。國防部對此事不評述。