新系統整合測試的經費風險問題
ACS的戰系的電腦、相位陣列雷達等硬體部分的製造，以我國的科技水準而言並非太大的問題，然而要撰寫一套完善的射控軟體將所有的偵測、武器裝備整合在一起並發揮預期的功效，卻是一件相當不容易的大工程。以神盾系統為例，其發展早在1964年便展開歷經十幾年研發與測試之後，第一艘神盾巡洋艦才在1983年服役，其間付出的資金與心力不言可喻；而對我國這種技術、資源與人才遠不及美國雄厚的國家而言，這無論在財力或技術上都構成非常艱鉅的挑戰。
ACS絕不可能一開始就盡善盡美，從廠方測試到移交海軍之後勢必得經過一番辛苦測試改進才能形成戰鬥力，成軍之後也需要一段時間的操作才能徹底除錯，歐美先進國家的海軍都是過來人。而「小神盾」艦的測試與驗證鐵定比我國海軍以往的艦艇更花錢，以我國海軍的預算規模，恐怕會大喊吃不消；一位軍官曾舉例，如果依照ACS的性能宣傳──一次接戰10個目標，對每個目標發射兩枚標準飛彈，一次測試恐怕就會把海軍數年的測試彈打光。
此外，當時ACS案中的主要裝備如戰鬥系統、相陣雷達等都不是已經服役的現貨，生產數量稀少而達不到經濟規模，價格跟著攀升， 且任何後續操作的風險完全由我國海軍獨自承擔（當時還沒料到美國在幾年後會對神盾系統與SPY-1雷達技術採取寬鬆的輸出政策，而出現西班牙與挪威的小神盾） ，這些都是高成本與高風險的同義詞。
計畫的格局太低
ACS案最最根本的技術問題，或許在於整個計畫一開始的格局與眼光就錯了。ACS是個野心勃勃、工程浩大的研發案，但是海軍上級單位竟然還是以光華一號第一批的規格來對待。例如，表面將ACS案分為定義與執行兩階段可以降低風險的考量，但先前光華一號第一批的計畫何嘗不是如此？甚至連定義階段的一年時間都一模一樣，如此就變成很大的落差。光華一號第一批只不過是拿現成的派里級設計外加少量修改，而ACS案無論是艦體、戰系裝備都是全新設計，規格與作戰能力的要求又是當代頂尖水平；當這兩個工作份量天差地別的案子所獲得的時間與資源竟然是不分軒輊的時候，ACS案先天上注定是凶多吉少。
與昔日忠義計畫企圖在2700ton的排水量滿足4000ton艦艇能力如出一轍，田單級則是打算在四、五千噸的艦體上達到六千噸艦艇的能耐，證明海軍在系統整合與規劃的眼光與經驗認知的確有所不足；如果ACS案能繼續執行，欲使其設計與規模合理化，則計畫的修改與演進恐怕是勢在必行。然而，ACS一開始礙手礙腳、短視近利的狹隘計畫架構卻使其根本不可能有太大的發展演進空間。以西班牙F-100為例，1993年正式與德國、荷蘭共組TFC三國飛彈巡防艦聯盟，1995年6月退出轉投神盾懷抱，首艦直到2000年才下水，其間經過漫漫七年，噸位從最初規劃的四千噸級一路放大到六千噸級，核心戰系更是徹底更換；如果F-100也學ACS案只給一年定義階段，若定義不出個所以然就取消，試問有可能搞出任何名堂嗎？
內部因素
ACS從1993年初進入定義階段，年底就爆發了尹清楓命案，讓海軍與武獲單位備受打擊。ACS案牽涉龐大商機，檯面下暗潮洶湧，各方勢力都想搶奪這塊令人垂涎三尺的大餅，甚至有新前承辦ACS的海軍軍官退伍後進入競爭廠商任職；各方內外勢力介入讓海軍承辦單位飽受壓力，深怕再惹出新弊端。 另一種說法則是海軍光華二號計畫由蔚山艦改為昂貴得多的拉法葉，導致支出大增，間接造成ACS遭到犧牲。在種種先天不足、後天失調、海軍膽寒的情況下，ACS案只能「順理成章」地束之高閣成為歷史。
檢討
後人提起先進戰系案，意見多半是對立的兩派：一派為小神盾之死感到扼腕，並抨擊海軍不肯承擔風險與面對挑戰；另一派則「慶幸」當時沒有跳入這個超級大錢坑。在探究ACS案失敗的原因， 更牽扯到「do the thing right」與「do the right thing」這兩個容易混淆的基本問題。
首先，面對中共日漸強大的空中戰力，我國空軍本身的防空任務已經自顧不暇，很難再提供海軍艦艇足夠的空中掩護了；然而，當時海軍陣容中各型主戰艦艇的防空能力都不堪大任，所以先進防空艦艇對台灣而言絕對是個必需品，即便需要付出較為高昂的代價。放眼當時，當時除了一級盟友日本之外，美國尚拒絕輸出完整的神盾艦艇與技術給他國，而國際間亦無其他符合需求的貨色；此外，當年「自主國防」、「國艦國造」也受到政府和輿論的支持。
但是ACS的計畫本身就能看出，我國從政府到國防決策高層，對於這種高門檻研發案所需投注的時間與力量，顯然缺乏應有的覺悟；關於ACS案本身架構的缺陷已經於前文敘述，以當時政府與軍方給ACS的時程與資源，顯然是太低估這個案子了。ACS案若要執行成功，必須將之視為一個獨立的、大規模的、循序漸進的長期研發案，而不能將之視為一個單純的「造艦案」或當成光華一號的延伸。當時海軍內部就有人建議將小神盾研發案與光華一號脫鉤，只是如此一來時程會拖太久而不被接受。總結以上，以當時的環境而言，我國研發小神盾是「Do the right thing」，但是卻「Do the thing wrong」，加上弊案等一連串極端不利的背景因素，當初砸下的心力資源就變成昂貴的學費。
ACS的取消不僅讓我國海軍戰力升級的時程全面延後（尤其是標準SM-2防空飛彈的引進），計畫的所有項目也全面撤銷，不留任何痕跡，海軍先前在此案投注之時間心血付諸東流，沒得著任何好處。國外有許多研發案的主項目雖然取消，但至少還有子項目存活，例如歐洲已經進入服役的NH-90反潛直昇機就是NFR-90巡防艦計畫殘存的遺物。要不是美國在2001年突然宣佈出售紀德級飛彈驅逐艦，我國海軍不知何時才能獲得具備多目標同時接戰能力的標準SM-2防空飛彈？更何況紀德級突然在1998年提前除役，且先向希臘、澳洲推銷未果後才有機會轉賣給我國，在ACS案時哪能預料到如此的事態發展？
