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在國防部長人事底定後，軍方又出現人事大震撼，陸軍司令李翔宙申請退役，還揚言不接受總統府戰略顧問的職務安排，國防部長嚴明雖然慰留，但卻傳出，李翔宙向嚴明請辭時，嚴明立即答應，馬總統出手才慰留，原本是參謀總長熱門人選的李翔宙，卻因為洪仲丘案，由紅翻黑。

洪仲丘枉死軍中，7月18日， 陸軍司令李翔宙出面召開記者會，出面道歉，也說負責到底，但其實前一天，他就向當時的國防部長高華柱請辭被慰留，沒想到8月8日，他又向新任國防部長嚴明，申請退伍，這是第一次有陸軍司令，提前且主動申退國防部特別召開記者會，說明國防部長嚴明慰留李翔宙，但其實2人從洪仲丘案發生後，就傳出刀光劍影過招。

洪案發生初期，高華柱人出國，嚴明當家，國防部不准陸軍再針對案情多說話，接著嚴明又拍板懲處名單，連陸軍司令李翔宙都被記申誡，引起軍中譁然，接著六軍團頒發旌忠狀給洪仲丘挨批，國防部卻主動說明是陸軍的主意。

8月8日李翔宙向嚴明口頭申請提前退伍，傳出嚴明當場就一口答應，李翔宙心冷，立刻送出書面申退，曾經是李翔宙上司的胡鎮埔，為李翔宙抱屈，李翔宙要走人，國防部隨即也發佈陸軍副司令嚴德發接國防副部長，頗有安撫陸軍的意味。

只是從7月29日，高華柱為洪仲丘案負責請辭，府院雖然立即任命文人楊念祖接國防部長，但6天就因為論文抄襲等問題辭職，嚴明高升部長後，又爆出陸軍司令李翔宙不滿要走人，總統週日要出訪，但軍中高層人事接連出狀況，身為三軍統帥的馬總統，也臉上無光。