初期城市的發展很艱難,由於西班牙國王腓力二世(King Felipe II)以及他的代表——天主教貴族們和商業者的衝突,一場宗教改革開始醞釀。新興資本孕育出了的一大批新教徒,再加上加爾文教徒們開始反抗,80年戰爭爆發了。新教徒們最終於1578年趕走了飛利浦二世。不久,「值得讚美的奧蘭治拿騷的威廉」(the celebrated William of Orange-Nassau)宣佈荷蘭北方8個省(包括阿姆斯特丹)獨立為荷蘭共和國,他也成為了第一位荷蘭皇室成員。由於從小受到路德教和新教的熏陶,這位「祖國之父」(Vader des vaderlands)一向以寬容大度而著稱。
17世紀,著名的荷蘭東印度公司(Dutch East India Company (VOC))的香料航線使阿姆斯特丹成為了當時最富有最具影響力的城市之一,同時也帶來了很多新的商業機會。1687年,阿姆斯特丹的威瑟爾銀行(Wisselbank)成了當時最大的商業銀行之一,它的期票無論在哪裡都能得到很好的承認。也正是在這個時期,城市的運河系統開始成形,直到今天發展為連接90座島嶼的100公里長的運河網和400多座石橋。1806年,阿姆斯特丹成為了荷蘭的首都。
工業革命
由於與法國和大不列顛的戰爭,城市的繁榮受到了影響。1815年,荷蘭王國建立。阿姆斯特丹開始見證城市建築、基礎設施和工業的迅猛發展。荷蘭的復興風格體現在哥德式,文藝復興式和巴洛克式的建築上,如中央車站、市P. J. H. Cuypers博物館(Rijksmuseum of P. J. H. Cuypers)、A.L. van Gendt音樂廳(Concertgebouw of A.L. van Gend)。同時精明的阿姆斯特丹人還通過開鑿北海運河和阿姆斯特丹——萊茵運河來發展交通和貿易。