或許是受其祖先影響(阿爾薩斯祖先中有牧師、老師和管風琴師),史懷哲極賦有音樂方面的天份。五歲跟外祖父學鋼琴,七歲時便寫了一首讚美詩,並編寫和聲附在合唱曲的旋律中;八歲還踏不到踏板就開始彈奏昆士巴赫(Gunsbach)教會的管風琴。他傳承來自祖父對管風琴的熱情,經常關心各地的管風琴與其製作方法;同時也是一位風琴即興的高手。不論旅行或經過哪一個城鎮,一定會去參觀管風琴,其它的雜事可以棄置不顧,不然的話,他心理會覺得揣揣不安。例如在路茲倫的禮拜堂要安置優秀的管風琴時,史懷哲專程去參觀如何安置;九歲時曾在一次禮拜中代替正式的風琴師演奏,並獨當一面的開始在教堂禮拜中擔任司琴的工作。十五歲拜改革宗聖司提反教堂風琴名師尤金.孟許(Eugen Munch)學管風琴,這是史懷哲生命中第一次與巴赫的邂詬。十六歲准許在禮拜中接替游其納.孟哈的司琴工作,並在聖威廉教堂(St.Wilhelm)擔任巴赫清唱劇與受難劇的管風琴合唱伴奏。年輕的史懷哲也相當喜愛華格納(Richard Wagner,1813-1883)的作品,不管是歌劇「唐懷瑟」(Tannhauser),或是千里迢迢遠赴拜瑞德(Bayreuth)聆賞巨大的連篇樂劇「尼貝龍根的指環」(Der Ring des Niebelungen),甚至後來還發展到與華格納夫婦成為友誼的關係。