前總統李登輝5月底就國安密帳案應訊時，據指出，特偵組準備的上百個問題，李多以「不記得」、「不知道」、「不清楚」回答，被問到與劉泰英的關係時還說「我跟他不熟！」但檢方仍根據李主政時期，劉泰英屢任要職，認定2人關係極為密切，均為貪污案共犯。

李登輝委任律師顧立雄則澄清說，李、劉是公事上的關係，不是特偵組想像的「密切」關係，特偵組指控無憑無據。

國安密帳案是由特偵組檢察官郭永發、張進豐、林豐文共同偵辦，5月初向李登輝發出傳票，要求他以違反貪汙治罪條例的被告身分到庭，其間因為李登輝就診因素，延至5月31日到庭，李當天在隨扈與律師陪同下接受調查，過程約3個多小時。

辦案人員透露，檢察官準備上百個問題訊問李登輝，但李否認犯罪，回答多半是「不記得」、「不清楚」、「下面的人怎麼弄，我不一定知道」；檢察官提示當年殷宗文上簽國安局結餘款歸墊「奉天專案」簽呈，李表示，「當時我應該知道，但現在不記得。」

檢方提示徐炳強的備忘錄時，裡面還有殷宗文、劉泰英的簽名，李登輝看完後表示「沒這件事，這是偽造文書」，但檢方鑑定認為，筆跡和簽名都是當事人無誤。檢方還認定，李卸任後有元首禮遇條款，台綜院的事是由底下的人處理，不需跟他報告。

檢方追問他與劉泰英關係時，李登輝竟稱「我和他不熟」。檢方則認為，劉泰英長期擔任李的經濟顧問並掌管競選經費，還曾出任黨營事業要職，顯見2人關係非比尋常。