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由於國內健康食品市場景氣良好，再加上高齡化社會的到來和自我保健的意識高漲，有些不肖商人趁機吹噓其神奇療效，以求擴大生存空間，如此不但失去追求健康的意義，更嚴重地誤導人們對健康食品真正含義的認識，影響健康食品應有的存在價值。當然最重要的是消費者在選擇適合的健康食品時，應有適當的判斷力，除此之外，選擇具有研發能力而且正派經營的公司所研製的產品也比較有保障。

以下簡單提供選擇健康食品的注意事項：
1、 詢問專業人員：健康食品的生理調節功效，必須用於適當的對象，才能達到預防或改善疾病的效果，因此在食用健康食品之前，最好先請教專業醫療人員，如醫師或營養師，並依照個人體質來選擇適合的產品。
2、 明確的產品標示：消費者在選購此類產品時，應注意產品的標示及其組成成份，如：營養素含量、食用量、產品功效及建議使用對象等。具有研發能力而且正派經營的公司所研製的產品，會在包裝上註明詳細品名、內容物、成份表、製造日期、保存期限及公司聯絡電話等資料。
3、衛生署審核認證字號：健康食品的安全性與有效性也是選購這類健康食品的重要考量，而原料與製程是決定產品品質最關鍵的因素。經由國家認證的健康食品，衛生署會核予健康食品字號。