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台中市、高雄市一直主張市合一，但交通部毛治國明確表示「不可能」，未來要以「公司」形式運作。台中市長胡志強表示，如果不能與台中港「港市合一」，也希望達到「港市合作」的目標；高雄市則由都發局規畫具體合作方向。

台中縣市即將合併升格為直轄市，台中市長胡志強希望能與台中港「港市合一」，即使短時間無法達到，至少也要「港市合作」，促進地方經濟繁榮。

台中港務局表示，台中港去年超過基隆港，躍升為國內第二大國際商港，最近吞吐量又突破億萬噸成為「億噸大港」，交通部長毛治國等人還親自主持慶祝典禮，未來遠景很樂觀，無論觀光旅遊、運輸等，「港市合作」都能達到相乘加分的效果。

該局表示，「港市合作」目標有多項，包括每年不斷增加的郵輪遊客，如果與大台中市景點或商圈結合，就能直接帶動商業經濟繁榮，還有捷運可延伸到台中港，交通方便，自然會帶來繁榮。

港務局也說，大台中市內有許多工業區，包括中科、台中港工業區等，產品輸出或原物料輸入，如果港市合作也能加速通關時效；出口方面，東勢的甜柿、梨子等農產品，也可以從台中港運往大陸銷售，達到早上採甜柿，隔天就可在廈門上市的目地，「中進中出」不是夢想。

即將接任高雄市縣合併後的都市發展局局長盧維屏說，市政府會與高雄港務局共同合作，開發南星成為自由貿易港區，結合高雄港務局完成的第6貨櫃中心運輸效能，如此才能吸引台商回流以及外資進駐。

盧維屏說，大高雄海空雙港擁有東亞區域經濟的絕佳優勢，目前高雄市政府已完成港區聯外交通動脈市港大道，並且爭取行政院核定國道7號，這2項交通工程，促成南星計畫220 公頃土地成為具有國際競爭力的產業腹地。

高雄港務局開發的第六貨櫃中心深水碼頭進度順利，已開始營運，市政府如能再釋出南星計畫區土地作為自由貿易港區，確實讓高雄港務營運增加競爭力。高雄市政府表示，這項計畫已經加速，會報交通部核定。

盧維屏說，此外，舊港區1-22號碼頭世貿中心、國際旅運大樓、海洋文化及流行音樂中心都位在港邊用地，未來可結合會展及水岸觀光業文創產業，讓這些以在地魅力特色產業，成為高雄經濟發展基礎。