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　　11世紀中葉，西藏地區成為元朝的一個行政區域，並在元朝的扶持下，建立了薩迦地方政權。1247年，薩迦派第4代法王薩迦班智達貢噶堅贊應蒙古王子闊端邀請前往涼州(今甘肅武威)，代表西藏各派僧俗勢力與蒙古王室建立了政治上的聯繫，接受了西藏地方歸順蒙古的條件。
　　1260年，元世祖忽必烈封薩迦派第5代法王八思巴為國師。1264年元朝設總制院(後改為宣政院)，八思巴以國師身份領導總制院，負責管轄全國佛教事務和藏區行政事務。次年，八思巴奉忽必烈之命返回西藏，劃衛藏13萬戶，並推薦釋迦桑波擔任西藏地方的首席行政官元朝對西藏的管理：吐蕃(帝師)八思巴會見元朝使者員「本欽」，經忽必烈批准。
　　從此，確立了政教合一的薩迦地方政權在西藏地區的統治。作為中央政府的元朝，對西藏地方進行了全面的施政。元朝除在中央設總制院管轄西藏地方的軍政和宗教事務外，又下設烏斯藏、納裡速、古魯孫等三路宣慰使都元帥府，具體負責處理西藏的衛(前藏)、藏(後藏)、阿里等地的軍政事務；於阿里設元帥二人，管理軍務，當地的古格等地方勢力仍然保留，准其繼續行使對屬民的管轄權；於衛、藏地區設都元帥二人，管理當地蒙古駐軍，又設13個萬戶府，作為地方行政機關，管理民政，有的亦兼管軍務。元朝中央派駐西藏總管一切的宣慰使，有時即由薩迦本欽兼任。
　　元朝規定，從中央的宣政院，到吐蕃各宣慰使司都元帥府，萬戶以上的重要官員，都由宣政院或帝師提名，由皇帝委任。各級官員都是「僧俗並用」、「軍民通攝」，即不但管理軍政，而且同時管理民政。這種僧俗官員並行的制度，以後一直延續下來，成為歷屆西藏地方政權沿用的定制。
　　元朝政府曾多次派遣官員赴西藏地區清查戶口，對衛藏13個萬戶的屬民戶口作了較準確的統計，並按每個萬戶的實有人口，確定了應繳納的貢物品種及數量。
　　元朝政府根據各地人口疏密和物產豐嗇的不同情況，先後在西藏地區設立了15個「甲姆」(驛站)、其中衛(拉薩)地區4個，藏(日喀則)地區7個，阿里地區4個。各甲姆之間又設若干小甲姆。並特設轉運一名，專管驛站交通事宜。規定驛道沿途居民，負責傳送公文，供給馬匹，供應往來官員食宿。西藏地區的烏拉制度，就是由此形成的。為了軍事需要，元朝政府還在西藏各地專門設立了一種「馬甲姆」，即軍站。
　　除以上措施外，元朝的曆法和刑法也推行到西藏地區，薩迦本欽即根據元朝法律重訂了西藏地區的民刑律例。
　　1368年，明朝建立。第二年，明太祖朱元璋即派人赴藏聯絡，對西藏各地僧俗首領加以安撫，承認他們的固有地位，但需要上交元朝封賜的舊印，由明朝重新任命並頒發新。
　　1372年，元朝最後的一位攝帝師(即代理帝師)喃加巴藏卜率先歸順明朝，明朝封他為熾盛佛寶國師，賜玉印一顆。喃加巴藏卜還先後向明朝舉薦了元朝在衛藏地區的舊官員100多名，明朝都分別授給他們各級官職。之後，西藏地區的僧俗地方勢力，紛紛來到明朝首都南京，請求冊封，明朝一律授以新的官職。