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　　南宋端平元年，山洪暴發。山間一座荒塚被山水沖塌，坦露出一具佩戴著一枚前皇太子玉佩的無名屍骨，案情震動朝野；被百姓稱為“獨臂青天”的湖州知府曹墨，被御史王儒璋以五十萬專銀失踪而問以重罪，而曹墨明知被冤卻不作申辯，貪銀案另有蹊蹺；經宋提刑驗骨推斷，屍骨身份被漸漸引向十八年前死於意外大火的前太子趙泱。而據皇室記載，趙泱當年遇難之後，明明是由宰相石開元親自去湖州驗明正身，並迎回皇陵下葬。為查明真相，宋提刑押上宋氏一家老少的性命，在皇陵動土開棺，果然驗出驚天秘事——濟王墓內的白骨，竟是一具懷胎十月的女屍！
曹墨突然向王儒璋舉報，侵吞五十萬專銀的正是戶部侍郎李佑淳。可就在王御史趕到李府的當天，李佑淳卻已割喉自殺；宋提刑到現場檢驗，確證李佑淳並非自殺，而是死於同僚的謀殺！宋提刑經過慎密的推理，發現了專銀案和屍骨案有著必然的聯繫；
為了尋找線索，英姑請命去湖州造訪曹墨。不料當天湖州又發生一樁謀殺案：被害的雖然是宋嫂的丈夫，但種種跡象表明，兇手真正要殺的是隔壁的中風告老知府姜汝成。英姑順藤摸瓜，揭露出本案真正的幕後指使者。而曹墨道出的一番肺腑之言，卻令英姑震驚不已。
英姑回京後雪藏了湖州命案的證據和已經甦醒的證人姜汝成，想以此讓宋慈知難而退。誰料宋提刑在史官裴時安的幫助下，卻又有了新的發現：收藏在重兵把守的天章閣的先帝遺詔竟然被盜。這一發現使所有的線索都指向一個人——聖上！
根據李佑淳生前留下的線索，王儒璋微服私訪，又得到一條重要線索：戶部尚書伍德正是當年一手策劃矯詔另立的已故宰相石開元之子！而此時，一直藉著中風失語之症而不吐一字的薑汝成，也終於在臨終前向宋提刑道出了當年所謂濟王遇難的真相，至此，整個案情昭然若揭。
可就在全案真相大白的前夕，皇城潮鳴寺又發生一樁更為恐怖的血案：前太子太傅之子闞必昌和來自天台山淨佛寺的昭明大師雙雙被害。而據寺中一空小師傅所言，案發夜，先後有三撥人馬偷來寺中，而這三撥人都具備謀殺的動機和時機。
宋提刑剝繭抽絲，縝密推理，終於以令人瞠目結舌的現場檢驗和無可辯駁的邏輯推理，揭開了全案的真相……
南宋端平元年的一場朝政危機，也隨著案情的真相大白而得以化解！
分集劇情：
第一集
深夜，宋皇闖入宋慈的院內大呼：“宋慈，快來救駕”，隨之一支利箭射進宋皇胸內。一聲驚叫，宋慈從夢中醒來。宋皇下旨召宋慈進京復職。在回京的路上，宋慈智破了一民間命案，而英姑也在破案中“從天而降”。
宋慈剛剛到京，宮中內侍傳旨召宋慈深夜進宮。
第二集
御史王儒璋私訪湖州，發現護洪堤長期失修，汛期險情危危，他決定追查朝廷給湖州的五十萬緡修堤資金，同時，新任湖州知府曹墨也開始追究五十萬緡的下落。
一場洪水沖淹了湖州，洪水中一具屍骨露天現世，知縣姜汝成水舉屍骨上留下的玉佩，狂呼：“難道老天真要亡我大宋嗎”，隨後中風倒地。
第三集
曹墨自擔了五十緡失踪之責，被押解進獄，臨行時，他將玉佩交給妻子玉娘，讓她將其交給宋慈。玉娘夜闖提刑司，將玉佩交給宋慈。於是，一場追查“皇室謎案”開始了序幕。
第四集
宋慈獄中夜訪曹墨，宋慈告知曹墨玉佩為皇室之物，此案要上奏皇上，深查遠究。戶部尚書伍德告訴宋皇：不要因區區五十萬緡鴻毛之案，亂了王朝安危的泰山之重。
王儒璋深夜獄審曹墨，曹墨寧死不吐五十萬緡真情，並要出獄三日，辦完災後之事，而後願受朝廷罪懲。
第五集
一個皇室貴冑的遺體埋在荒山野外，在史冊上應有記載，宋慈來到史館查尋記載，讓宋慈驚訝地是史冊上的皇子皇孫生時卒年的史冊卻被人撤去了幾頁，還導致一位史官喪命。宋慈推斷：這是一場蓄意謀殺。
第六集
宋皇決定讓曹墨帶罪去完成湖州災後之事，曹墨皇街上跪謝聖恩。戶部侍郎李佑淳告知伍德聖上放了曹墨，並不意味五十萬緡專銀案結案了。而是有著更大的案底會揭出。讓伍德“小心”。
宋慈來到天目山尋訪當年的太子太傅闞愚直，宋慈將玉佩展示在闞老先生面前時，二十年沒有言語的老先生喚出了一聲：“起風了”。
第七集
英姑告訴宋慈這玉佩之案很可能是皇室相殘之案，請他不要過深追查，而宋慈卻堅定地說：此案是關大宋安危，不揭開這個謎底，消除王朝的隱患，宋某於心何安哪。
宋慈來到中風的薑汝成家，下藥留錢給薑治病，他要讓姜汝成醒來，揭開這皇室謎案。為了阻止宋慈不陷入皇室謎案中，玉貞搬來了婆母，可婆母卻支持宋慈深查此案。
宋慈在史官裴時安家看到了當年裴老史官抄下的皇子皇孫生卒時表，揭開了現今皇上不是先皇親生之子的秘密。
第八集
宋皇認出那塊玉佩是當年太子隨身之物，並告訴宋慈當年太子已死於一場火災中，可這塊玉佩又怎麼出現在一個荒山野外的屍骨上呢？那現在皇陵中的太子又是何人呢？
宋皇深夜私進提刑司辨認太子屍骨，為了證實哪具是當年的太子屍骨，宋慈跪求開皇陵驗屍。
第九集
根據大宋法律，驚動皇陵誅滅九族。宋母帶全家數口受縛在皇陵外的刑台上，等待著宋慈開棺結果。
宋慈手捧屍骨告訴宋皇陵內不是濟王屍骨而是一具懷胎十月的女屍，宋皇及眾人驚呆了。宋家數口躲過了這場滅族之災。
第十集
　　皇陵驗屍使太子謎案大白天下。史官裴時安告宋慈此案可以終結了，可宋慈卻從丟失的史冊上血手印發現了新的線索和疑點，他認為太子失踪與史料被竊有著相密之聯。於是，宋慈再進宮奏見聖上。
第十一集
宋慈奏請聖上屍骨不能入殮下葬，濟王如何致死，又怎麼會埋在荒山野外，仍是未解之謎。宋皇告訴宋慈他已下旨為濟王舉行四十九天的皇家祭禮，他命宋慈在四十九天內查清濟王死因，不然後果自負。
第十二集
　　曹墨回到湖州辦理災後事宜。王儒璋私訪湖州看到百姓贊敬曹墨之功德，他深感曹墨這樣一位清官不可能貪吞專銀，他決定去面見曹墨再查真由。
王儒璋的門生鄒少卿夜潛曹墨府，告知曹墨御史大人在湖州查專銀案，請他小心行事。王儒璋晨訪曹府，可曹墨卻昨夜飛馬進京了。
第十三集
曹墨欲見聖上，卻被御林軍推出宮去。他來到提刑司面見宋慈，向宋慈講述了：要想真正揭開濟王生死之謎，只有讓姜汝成開口說話。
英姑將屍骨頭顱偷出提刑司，請摸古先生鑑摸其骨，推測人像，結果使她心驚魂呆。此時，宋慈也用屍體的腳骨塑出一個與濟王朝靴無法相配的“人腳”。
第十四集
宋慈奏報聖上：屍骨不是濟王，而是一位船夫，使宋皇大怒。他命宋慈在中秋月圓之日查清濟王生死真相。
濟王生死之謎震驚了朝廷上下，就在此時，三朝老臣杜汝圭向刑部尚書講出了當年奸臣廢太子立現今聖上為帝的真情。
第十五集
宋慈奏請聖上：三天內下旨於他去查濟王生死案，可三天已快期近，聖上仍未下旨，宋慈焦急不安。英姑勸宋慈不要再查了，免得再引九族之禍。宋慈也準備三天期到沒有聖旨，就辭職歸故。
伍德勸宋皇盡快下旨讓宋慈查濟王案，以便安穩眾臣之心，並告聖上，宋慈有天大本事也無從查明真相，因為知情人已如同死人，這個人就是姜汝成。
第十六集
宋皇下旨讓宋慈在一個半月內查清濟王生死案，如不能按期破案，將重罪懲辦宋慈。王儒璋向聖上舉薦曹墨為百姓楷模，重用其人。宋皇決定暗訪湖州。
第十七集
宋皇湖州密見曹墨，曹墨向聖上講出了五十萬緡專銀被貪真情，為了朝廷之安他願自己承擔其罪，曹墨的忠臣之舉深感宋皇，宋皇向曹墨點示了戶部侍郎李佑淳被人參奏私心之重，並囑咐專銀之事，曹墨心領聖意，拜謝聖上走進御史府。
第十八集
曹墨向王儒璋揭發了李佑淳吞貪五十萬緡專銀之事，王儒璋下令抓捕李佑淳，當官兵推開李府大門時，李佑淳已躺在血泊之中。
王儒璋請宋慈現場驗查李佑淳死因，宋慈卻給一個不明不白的查驗結果，使王儒璋大生疑惑。
第十九集
吏、戶、刑三部尚書都來到了李佑淳案發現場，並聲稱李是自殺，並將李佑淳行禮於他們的行為講給了御史王儒璋。王儒璋在李府書房發現了用血寫的“奏”字，他來到提刑司怒訓宋慈為何不給李佑淳的死因下準確結論，並將血“奏”字交給宋慈。
第二十集
王儒璋夜查李府案發現場，突然見李佑淳又轉活“人間”，使他魂飛天外，原來這個“活李佑淳”是宋慈所扮。
宋慈為王儒璋現場演示了李佑淳的案發經過，結論是他殺李佑淳，而現場是經過慎密的“設置”。
第二十一集
宋皇在宮中宴請王儒璋、杜汝圭、呂盟臣、宋慈、酒席間宋皇假稱多酒醉了，回了后宮。幾位大臣開始了追查謀殺李佑淳的兇手之論。
王儒璋推理是曹墨殺了李佑淳，眾臣大驚失色，而宋慈告知眾人：經現場查驗殺人者是右手握刀，而曹墨卻是個斷了右臂的殘人。
第二十二集
王儒璋來到提刑司責備宋慈在驗屍報告上寫得是懸息而亡，怎麼又出來個右手持刀殺人之由，宋慈告王儒璋是下官善意的謊言，以免王大人步入歧途。因為謀殺李佑春的兇手與十年前謀殺史官的兇手是同出一人。
第二十三集
英姑在暗訪中得知了李佑淳妻兒下落，同時，李佑淳妻兒突然闖進御史府，向王儒璋呈上了一份秘密。
宋慈斷定闞氏父子與現存太子黨人密切聯絡，於是派張堂監視天目山的一切活動。
第二十四集
杜汝圭和呂蒙臣在密巷裡談論著如何躲開李佑淳之案，突然王儒璋出現在他們面前，告知他們李佑淳是畏罪自殺，並準告假休息。
宋慈與英姑正準備化妝去婺州暗訪，御史府差人送來王儒璋丁優之信，英姑要去找王儒璋責他是個怕事小人，可宋慈卻自信地告訴英姑：我們可以不去婺州了。
第二十五集
張堂在天目山截獲了信鴿傳給闞氏父子的信件，當宋慈打開信件卻是一張白紙。
宋府有人敲門，宋慈開門見來人卻是姜汝成，姜汝成告訴宋慈他是“裝病”，宋慈大驚，原來這是一場夢。伍德獲悉李佑淳定為畏罪自殺，笑得眉目飛天，他自述了謀殺李佑淳的真實過程。
第二十六集
侍奉姜汝成的宋嫂在給姜餵藥時，一隻無力的手拉了她一下，原來姜汝成醒了。她興奮地報告了曹墨，曹墨來到姜家，可姜汝成與過去一樣：仍是“死人”。
曹墨走了，姜汝成又醒了，他示意宋嫂不要把他醒來之事告訴任何人。
第二十七集
曹墨再次來到姜家看姜汝成是否醒來了，宋嫂支吾著回應曹墨，曹墨似乎感悟到了什麼。
英姑也來到姜家，可姜汝成卻不在床上，屋內亂成一片，英姑拉響了叫宋嫂的鈴鐺，與此同時，宋家響起奇怪的聲音，英姑飛奔宋家。
英姑奔進宋家，室內也是一片紛亂，宋嫂的丈夫死在床上，與此同時，姜家傳來人聲，英姑在床下發現了已醒來的薑汝成。
第二十八集
英姑在姜家和宋家現場演示了兇手殺人經過，告訴曹墨兇手的目的是殺姜汝成，可卻錯殺了多年病床不起的宋嫂丈夫。而這個兇手不是別人，正是你曹墨。
曹墨承認是他讓鄒少卿殺人，但他的目的是為了大宋江山、為了聖上，更是為了宋慈，英姑對曹墨講的現實無語可對。
第二十九集
英姑回到提刑司向宋慈講了不要為此案過於鋌而走險，宋慈感到英姑情緒怪異。同時，張堂又截獲了天目山信鴿的書信：“臣磕首泣呼，聖上萬莫錯過天賜良機”。宋慈見後即要闖宮面聖。英姑阻攔宋慈進宮，告誡他：這是一場皇權之爭，您還能查下去嗎？宋慈毅然地說，國無二主，大宋王朝要亂哪。說完急闖宮門面聖。
第三十集
英姑將薑汝成藏在城外民居，姜汝成向英姑講述了當年火燒太子府的真情，並請求見宋慈。
在刑部杜汝圭向呂蒙臣和宋慈講了當年宰相石開元廢太子、立現今趙閎為帝的經過，但如何篡改的遺詔卻不知詳情。
王儒璋假丁優真暗訪，他找到了當年侍奉濟王的女子妙姑，獲得了當年宰相為何廢除太子的原由。
第三十一集
妙姑向王儒璋講了當年她與濟王生一個女兒，名叫桑月，十八歲選進宮中，現在不知下落。王儒璋來到提刑司告知宋慈：伍德原名叫石天來，是宰相石開元的侄子，也是後來妙姑的丈夫。
宋慈來到姜汝成的藏身之處，姜汝成向宋慈講出了石開元廢太子，篡改遺詔和太子仍活在世的真情。
第三十二集
宋皇得知伍德是石開元家侄，當其面告知從今以後不要再以篡位之事要挾朕，並讓寵嬪桑月講述了當年伍德拋棄他們母女的罪惡之為。
宋慈為徹底揭開太子失踪之謎，隻身闖伍德府“打草驚蛇”。
第三十三集
宋慈在伍府徹底揭開了伍德陰謀殺害史官裴世濟，貪專銀殺害李佑淳，用篡改的遺詔要挾聖上的罪惡，使伍德心驚魂破。姜儒成斷氣前告訴宋慈濟王在天台山，於是，宋慈開始了天台山尋濟王。
第三十四集
當年太子太傅突然明白太子傳來的信為何是白紙，闞老先生大呼：太子變心了，這十八年的等待如東去流水，此時，宋慈突然來訪，向闞氏父子揭出了伍德身世，並勸其下山迎回濟王，為了大宋安危，讓濟王與聖上暢述兄弟之情。
第三十五集
闞氏父子去迎濟王返京，而濟王卻無心返朝，闞愚直恢心之下服毒自盡。
闞必昌為報父仇持刀欲殺濟王，濟王突然轉意願隨必昌下山進京。宋慈淚別老母，上天台山求見濟王，不想，濟王卻早步下山進京，宋慈深感不妙，急奔返京救濟王。
第三十六集
濟王與闞必昌下山秘密住在城南潮明寺客棧，由此，客棧來了許多“不速之客”。
　　濟王進宮面聖，卻被攔在宮外。濟王只好回客棧侯召，與此同時，一場陰謀也隨之而來。
第三十七集
濟王和闞必昌同時死在了客棧，必昌被殺墜落樓下，濟王中毒死房內。
客棧的“不速之客”們被宋慈封在了棧內，這其中也有雙手沾滿鮮血的妙姑也在其中，他在現場見到了前夫伍德。
第三十八集
棧內的妙姑雙手沾滿了鮮血；杜汝圭、呂蒙臣夜訪濟王與其爭吵瘋狂；曹墨、鄒少卿夜闖濟王住房；宋皇貼身太監何昚衣襟破損留下證據；伍德出現在濟王被殺房內；誰是兇手？
一場斷案推理在小小客棧開始了。此時，唐知縣急城內文房四寶店店主被殺，英姑急奔現場。
第三十九集
斷案現場妙姑驚呼：你們都是兇手；杜、呂兩人是為濟王要以大宋安穩為重，勸說濟王不要爭搶聖座；曹墨、鄒少卿是來謀殺濟王，可沒能得手，濟王先死於他們下手之前；何昚衣襟破損證據留在遠離濟王住房的柴屋內；伍德是在濟王中毒後才衝進房中，兇手究竟是誰？這時，英姑由文房四寶店查案歸來，她向宋慈展示了現場發現的假遺詔檄文底印。
第四十集
宋慈對現場查驗斷出濟王是自毒死亡，而闞必昌卻死於濟王刀下。宋慈哭悼濟王，並闖宮錘響了四十二年沒人敢敲的登聞鼓，擊鼓驚朝。
第四十一集
宋慈闖驚駕，懇請聖上將太子謎案公示眾臣，宋皇賜宋慈御酒一杯，並告宋慈四十二年前一臣擊鼓驚朝，先帝賜了他一杯賜酒而死，你今天也同是如此。
宋慈接過酒杯一飲而盡，酒後善言訓斥聖上不該阻止濟王進宮，失去他們兄弟解難之機。言後御酒仍未毒性發作，這時宋慈才發現御酒是用可試毒的銀杯所裝，宋皇感慨地說：不想失去一位忠誠的提刑官。也就在同時，宋母因未見兒子宋慈，出宮急氣而死。
宋慈披孝上朝，將二十年的“皇宮奇案”公示天下。