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　　「全學聯」分裂後，這時日本學生運動開始了第二次高潮，即所謂「大學鬥爭」。一開始是一直與學生運動無緣的慶應義塾大學在1965年1月反對大學學費上漲開始的，一直發展到了全校罷課。這次慶應的運動和以往零散的學生運動不同，從一開始就很有組織性。運動只持續了兩個星期，結果是以塾長(校長)高村象平辭職，取消強迫購買校債的做法，比較和平地得到了解決。
　　但是和平的學生運動好像到此為止了。過了整整一年，1966年1月，這次是和慶應大學截然不同，戰前開始就是學生運動中心的早稻田大學學生因為學費上漲和學生會館的管理權問題與校方發生對立。這次風潮一直到6月份才結束，被稱為「150天鬥爭」。
　　1965年12月20日校方決定上漲學費以後，1月份反對運動就已經發展到了全校罷課。學生在校園內築起路障街壘，阻止入學考試的進行。校方在2月23日招來警察機動隊強行驅散學生，並逮捕了203名學生，總算保證了入學考試的進行。但是警察一撤出學校，學生們又聚攏了起來重新抗議，結果是總長(校長)大濱信泉辭職，學校撤回上漲學費的決定並且同意由教職員和學生聯合管理學生會館。
　　到現在為止的「大學鬥爭」基本上都是私立大學反對學費上漲的鬥爭，沒有多少政治上的含義。隨著經濟的發展，大學的規模在不斷擴大，添置新校舍，新設備的財源不足，學校因此向學生轉嫁包袱。這幾場鬥爭學生勝利的一個很大原因是教職員同情學生。作為學費上漲收益方的教職員的觀點是政府應該加強對私立學校的基本建設資金補助，而不應該聽任學校向學生轉嫁經費負擔。
　　但是到了1968年，這次日本大學的情況就不一樣了。4月1日的新生入學典禮剛過，第二天國稅廳的調查就發現日本大學有20多億日元的去向不明。日本大學也是沒有過學生運動的學校，但是和慶應大學不同，慶應大學學生是對政治不感興趣，而日本大學則是由獨裁管理排除學生運動。學生們淤積下來的對校方的不滿正好乘這個機會一氣噴發了出來。
　　這次的日本大學問題其實成了一個大學本身的存在方式問題，已經超越了學校經費管理的範疇。受中國文化大革命理論的影響，日本學生們提出來了「教育為誰服務」的問題。教育是為人民服務，還是為資本家提供勞動力這個問題。
　　日本大學的學生運動，從一開始就是流血抗爭。日大有體育的傳統，學生中所謂「體育系學生」，也就是拿體育獎學金的學生較多，而這些學生的利益是和校方一致的，所以「體育系」和「全共鬥」不斷發生流血衝突。但是雖然有校方的支持，「體育系」學生卻佔不了上風，這是因為時代不同了，日本已經進入了全面學生運動的時代。
　　幾乎與日本大學同時，東京大學也鬧起了學潮。其實東京大學的學潮是在1967年開始的，但一開始僅僅是限於醫學部的反對研修醫制度的鬥爭，並沒有引起人們的注意。當年麥克阿瑟給日本醫學界帶來了一個「研修醫」的制度，醫學院學生畢業後必須經過一段時間研修以後才能正式從業。但是在實際上這個制度成了醫院和開業醫師使用低價勞動力的手段，一直受到醫學院學生和年輕醫師的反對。
這次東大醫學部學生舉行無限期罷課，醫學部也毫不示弱，一下子對17名為首學生的處分，包括開除4名，東京大學從來沒有過的處分行動。但是受到處分的學生中，有一名當時人在九州，不在學校，並且就住在醫學部部長豐川行平的外甥家。但醫學部對這種明顯的冤案視若無睹，堅持處分。醫學部學生在1968年6月15日佔據了東大的象徵--安田講堂。