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水族箱的過濾系統很多 , 在此並不一一說明 , 就介紹幾種基本又普遍的吧 !
1. 底砂過濾 :
        你所看到水族箱底部的那些「小石頭」就是啦 ! 它是一種名為「麥飯石」的珊瑚礁碎屑 ,可別小看它了, 除了物理性的過濾之外 , 更重要的是它生物過濾的功能。有時會看到某些水族箱完全沒有底砂 , 卻還是運作得很好 , 因此對於「底砂是不是必要」有兩種不同的看法。但我個人是認為 : 因為在底砂的深處是處於缺氧狀態的 , 如此才能給一些厭氧性的細菌生存空間 , 牠們能把硝化菌產生出來的 NO3- 經由脫氮作用還原為氮氣 , 如此才能完成生物循環中的氮循環。所以 , 如果你的水族箱原本就有或是預備要放置底砂 . 別看它長了藻髒髒的就擅自更換或清洗! 可以利用一個馬達將水吸入底部 , 再使水進入一個「正式過濾」或「預過濾」的系統。
2. 表面過濾器 :
        它其實就是一般裝過濾綿的過濾箱 , 過濾綿的種類相當多 , 你可以把買來的過濾綿切薄 , 放個三五層 , 細菌可立即在合成組織 (海綿或紡織物) 上堆積 , 然後進行氧化已沉殿的懸浮物體 , 而沉殿物則會被留在濾材的組織中。 另外 , 表面過濾器會消耗掉大部份溶於水中的氧氣 ,  這點和以下的滴流式過濾器剛好相反。
3. 滴流式過濾器 :
        目前的滴流式過濾器大部分都是裝生物過濾球 , 而它也能連接「活性碳過濾」。滴流式過濾器的運轉需要依靠相當多的水 , 也就是說 , 循環的水量至少必須是水族箱的2到3倍。它的原理也是生物過濾 , 不過必須注意 , 如果動力被切斷 (大部分是停電吧) , 滴流式過濾器的水槽必須可以容納水族箱排水管內的總水量。

生物過濾球
4. 蛋白質分離器 :
        目前有兩種重要的作用型式 , 其中之一是「逆流式」, 另一個則是「壓力式」。 只要適當的裝置 , 無論那一種型式都能發揮良好的作用。而 且它們都可以配合臭氧作用來使用 , 更能大大增進它們的效果。蛋白質分離器最多也只能清除水循環中80%的「有機新陳代謝產物」..... 所以最好能配合臭氧機使用。
5. 藻類過濾 :
        聽名字就知道是用「藻類」來過濾 ..... 但如果說只要 讓一大群海藻在水族箱內繁殖就行 , 就把事情看得太簡單了! 許多藻類不只是有「裝飾點綴」水族箱的作用 , 它們也是十分有效的過濾器喔 ! 我們可以將藻類放在一個小型的附屬水族箱裡 ,它的容量至少要是水族箱的10%到20% , 甚至可以和水族箱一樣大。因為藻類過濾器並不能清除水中的「微細物質」 , 只能進行一些生物性的分解工作 , 例如參與氮化合物、碳酸鹽和硝酸鹽等的分解過程。不過藻類過濾器必須接受強光照射 , 而且所需的照明強度與一般水族箱不同 , 每天至少要光照14到16小時。至於照明可以選擇水銀燈或金屬鹵素燈 , 還可以用鈉燈 , 它可以和金屬鹵素燈共用產生極佳的光線。在某些情況下 , 也可以使用螢光燈管 , 但必須是能促進海藻生長的燈管 , 例如 Silvania 的 Grolux 燈管和 Osram 的Fluora燈管。而在維護藻類過濾器時 , 必須特別注意別讓牠們繁殖過盛 , 因為那會導致「過度膨脹」的生長密度.......而使所有藻類突然死亡!! 因此最好定期修剪過度繁殖的藻類。