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扁案又有新發展，根據調查局追查，97年10月間，前國安會秘書長邱義仁住處所查獲的10餘件國防、外交機密文件，前國防部長蔡明憲有協助收集之嫌，因此依妨害國交罪、國家機密保護法，將蔡明憲由證人轉列為被告，函送特偵組偵辦。

蔡明憲對此回應，當時奉行政院長張俊雄對指示，配合針對「鐽震案」送交調查報告。他強調是依照長官命令交辦，「此事跟我無關。」

為追查「安亞專案」公款遭侵吞弊情，特偵組於97年10月底指揮調查局台北市調查處搜索邱義仁住處，查獲10餘件國防、外交機密文件，邱義仁因此遭聲押；調查局進而發現，其中數件機密文件是邱在同年5月間捲入「巴紐案」卸任公職後才取得，疑有共犯協助。

由於有部分文件是在蔡明憲擔任國防部長期間處理過，檢調曾以證人身分傳喚蔡明憲說明，但蔡否認不法。調查局認為，邱義仁所收集的機密外交資料，一旦曝光將會侵害台灣國際利益，危及國際外交，已構成刑法妨害國交罪，至於蔡明憲則列為共犯，一併交特偵組偵辦；不過，特偵組目前仍不願證實。

由於刑法妨害國交罪的第一審管轄權屬於高院，特偵組如果認定邱、蔡兩人構成犯罪，將直接向台灣高等法院起訴。這將是特偵組成立迄今，首次偵辦高院管轄案件。