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監察院調查教育部五年五百億元計畫，發現台大等校在三年半內，光碳粉墨水匣就花了一億一千餘萬元，教育部未清楚釐訂該計畫的目的，審議過程也未盡周延，昨提案糾正教育部。

台大花一億買碳粉匣惹議
監委葛永光、馬秀如、馬以工調查九十四年到九十九年的第一期五年五百億元計畫，專案調查報告已於三月初提出，發現台大等校在三年半內，就花了一億一千七百萬元購買碳粉匣和墨水匣，引發爭議。

頂尖大學計畫定義不明確
糾正案文指出，「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」之目標定義也有欠明確。以擠進全世界大學排名前百大來說，不同的排名評比皆有其著重之部分，教育部以此做為一流大學的定義，有欠明確。
監委認為，教育部執行本計畫，造成大學Ｍ型化趨勢，也出現重研究不重教學、服務之現象，已影響大學整體的發展。
至於各校利用該計畫，大量購買碳粉墨水匣逾億元之現象，在監察院進行調查，要求提供支出數據後，獲補助學校之該項購置已大幅減少。

教部：第二期照計畫推動
對於監察院糾正教育部第一期五年五百億頂尖大學計畫，教育部高教司長何卓飛表示，尊重監察院的調查結果，不過第二期五年五百億會照計畫推動，大方向不會變。
何卓飛強調，除了十年一千億的頂尖大學計畫外，對其他大學，教育部有教學卓越計畫、產學合作計畫，只是考慮日韓蘇英法澳等國家，都投注大筆經費發展高等教育，台灣高等教育有必要以專案性特別預算，發展頂尖大學。