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　　在九州北部出現邪馬台國的時期，本州中部也發生了劇烈的社會變化。公元3世紀末，以大和(今奈良)為中心的畿內地區，興起了一個大國。因位於大和地區，史稱大和國家。大和國於4世紀末至5世紀初基本上統一了日本。  
　　3世紀末，在大和地區出現了高塚式墳墓，這類墳墓叫做古墳。從8世紀末至7世紀建造古墳的時期為古墳時代。這個時代分為前、中、後期，3至4世紀為前期，5世紀為中期，6至7世紀為後期。前期古墳集中在奈良盆地東南的三輪山周圍。這裡有等墓、櫻井茶臼山古墳及被認為是景行陵、崇神陵的古墳。  
　　景行陵長310公尺，崇神陵長240公尺。這些長達200公尺以上的巨大墳墓同彌生時代氏族和部落聯盟首領的墳墓截然不同。這種墳墓只有驅使大量奴隸和平民才能修成。墳墓的規模充分說明，被葬者不是原始公社時期的族長，而是擁有強大權威的國王或大奴隸主貴族。由此可見，以國王為最高統治者的奴隸制國家已在大和地區出現。據日本學者考證，古墳於4世紀傳播到西至日向地區，東至關東地區，5世紀已遍及南至九州南端，北至奧羽陸中的廣大地區。這類墳墓的傳播，大體說明大和勢力的發展狀況。  
　　前期古墳一般是利用俯視平原的天然丘陵營建而成的，墳形以前方後圓墳為主，也有圓墳、方墳、前方後方墳、上圓下方墳、雙方中圓墳、雙圓墳等。前方後圓墳是日本特有的墓式，墓前方部分比後圓部分低而平，死者埋在後圓部分。有的古墳設有放棺的豎穴式石室，有的則在棺榔上面直接封土。棺榔的種類有剖竹形木棺、剖竹形石棺、舟形石棺及粘土榔、小石榔、木炭榔等。隨葬品多為鏡、劍、玉等寶器。古墳前期一般在墳頂上放置用泥土燒製的器具填輪、房屋垣輪，在墳丘的周圍和斜面象柵欄似的樹立著圓筒填輪。堵輪是瞭解當時人們生活的重要遺存。  
　　中期古墳是在平地或台地上壘土築成的。墳形仍以前方後圓墳為主，但也盛行圓墳、方墳等。前方後圓墳的前方部分逐漸發展，其高度與後圓部分相差不多。墓室自5世紀後葉起盛行橫穴式石室。在中期的前葉，使用了長方形石棺。隨葬品主要是馬具、灰陶奴(須惠器)、鐵製武器和農具等。中期古墳的規模巨大，至今座落在場市附近傳系仁鎔天皇陵的前方後圓墳，長480公尺，後圓部直徑245公尺，高35公尺；前方寬達305公尺，高33公尺；周圍有三道壕溝，包括壕溝總面積為464000平方公尺。據推測僅堆積土方，就需要每天役使5000人於一年左右。在墳丘的斜面排列了人物、動物等形象垣輪。日本的植輪置於墳外，中國隨葬的明器和陶俑置於墳內，二者有所不同。  
　　隨著天皇統治的衰落與階級矛盾的激化，後期古墳普遍變小了。前方後圓墳的前方部分相對變大，後圓部分相對變小。方墳發達。墓室以橫穴式石室為普遍。石棺變成房屋形狀。隨葬品多為須惠器、馬具、武器等。  
　　在古墳時代後期，大量出現了群集墳。群集墳是在一定的地區內密集數十或數百座小型古墳的墳墓群，俗稱「千塚」、「百塚」、「塚原」等。岡山縣津山市佐良山在4平方公里的範圍內有172座古墳。群集墳大都是圓墳，一般直徑10至30公尺，墓室以橫穴式石室居多。隨葬品有鐵鐮、鐵斧、鐵簇等。這種墳墓需要十幾個人兩三個月的勞動。從墳墓的規模、結構及葬法來看，被葬者是家長制家庭的家長。  
　　裝飾古墳集中在九州地區，但近年來在關東地區和東北地區南部海岸也有發現。所謂裝飾古墳，是在墓室的石壁和石棺上繪有形面和施有雕刻的古墳。福岡縣鞍手郡若宮町竹原古墳的橫穴式石室內部用赤色和黑色繪有人物、動物等壁畫。這種裝飾古墳反映了大陸文化的影響。  
　　日本史籍《古事記》和《日本書紀》關於日本國土統一的記載，均屬傳說性質，並非歷史事實。神武天皇東征的故事是後世皇室方面編造出來的傳說。崇神天皇將大彥命、武淳川別、吉備津彥、丹波道主命分別派往北陸、東海、西道、丹波的所謂派遣四道將軍平定全國的故事和日本武尊(倭建命)西征九州的熊襲，東討關東蝦夷的故事，也都是經過文飾沒有科學根據的傳說。但這些傳說多少反映了大和政權統一列島的側面情況。  
　　自《晉書》記載泰始初年(265)倭國遣使入貢以後的約一個半世紀內，中國史書沒有記錄有關日本的事情。5世紀以後倭國才又出現在中國史書上，但不見日本國土統一的記載。唯一可供推測曾進行過統一戰爭的資料，是478年(劉宋升明2年)倭王武致宋順帝的表文。文中寫道：「自昔祖標，躬攝甲育，跋涉山川，不逞寧處，東征毛人五十五國，西服眾夷六十六國，渡乎海北九十五國。」這段史料說明，倭王武的祖先進行了統一國家的大規模征伐戰爭。  
　　4世紀中葉，大和國向朝鮮南部伸展其勢力。當時朝鮮半島由高句麗、百濟、新羅三國形成鼎立的局面。百濟因受強大的北部高句麗和東部新羅的威脅，想借日本的勢力對抗兩國。日本則企圖利用這種形勢，在朝鮮建立自己的統治勢力。兩國的這種想法終於導致日本的侵略行動。4世紀的年代大和朝廷出兵朝鮮，侵攻新羅，征服弁韓之地(慶尚南道)，建立任那地方，設「日本府」統治之。百濟由此成了日本的朝貢國。  
　　4世紀末，隨著國土的統一和國勢的強大，大和朝廷加強對朝鮮的侵略。據高句麗好太王碑記載，倭(指大和國)於391年渡海破百濟、新羅，迫使其國人為臣民。396年，好太王親自率領軍隊征伐百濟，攻陷諸城。百濟王被困逼，獻出男女奴隸1000人，細布千匹，並發誓永為高句麗的奴客。399年，百濟違誓，與倭勾結，進攻新羅。倭軍遍佈新羅國境。高句麗於400年派步騎5萬，支援新羅，將倭軍迫至任那、加羅。404年，倭軍侵入帶方界，又被高句麗打敗。
　　公元413年，即大和國在朝鮮戰敗後的第六年主動和中國建交，一直到公元502年，曾先後13次向東晉、宋、梁各朝遣使朝貢，請求冊封。自泰始2年(266年)至東晉義熙9年(413年)中國史書上中斷近150年的日本朝貢記載重新開始，出現了中國史書上所謂的「五倭王時代」。這五個倭王即第一代贊、第二代珍(贊之弟)、第三代濟、第四代興、第五代武(興之弟)。據日本學者考證為：贊即仁德天皇，珍即反正天皇，濟即允恭天皇，興即安康天皇，武即雄略天皇。  
　　倭五王時代，大和國勢力強盛，經濟發展，對中國各種物品的需求日益增加，想通過朝貢來滿足需要。而當時朝貢是獲得中國物品的一個重要途徑，所以儘管中國政權更迭頻繁，但只要有可能就力圖保持這種朝貢關係。實際上，這不僅是進行貿易的一種方式，而且由於侵略朝鮮道到失敗，日本想借中國的權威加強在朝鮮半島的勢力。這一點在第五、第十一次朝貢中尤其明顯。
　　中日通好後，中國文化不斷地流入日本，為後來飛鳥文化的形成帶來很大影響。