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「萬宜」颱風16日上午從日本愛知縣登陸，一路往北穿過關東甲信地區，下午由東北三陸海岸出海，造成日本東岸共3人死亡、6人失蹤，另有上百人受傷，地面及空中交通大亂。強風夾帶豪雨造成河川氾濫及土石流，京都知名旅遊景點嵐山渡月橋，差點被暴漲河水淹沒。福島核一廠也緊急排放部分低輻污的積水進入海洋，避免大雨造成儲水槽區防水堤積水滿溢。
由於颱風登陸前將大量南方濕暖空氣帶到本州，造成以近畿為中心的大範圍地區連日來普降大雨，日本氣象廳更在16日清晨罕見地向福井、京都及滋賀三府縣首度發佈「50年一遇」的大雨特別警報，三府縣的多處觀測地點24小時或48小時累積雨量爆表。近畿地區的三重縣大台町及奈良縣上北山村，從14日起48小時累積雨量均破500毫米。

京都桂川因大雨暴漲氾濫，市方16日上午向伏見區、右京區等地約26萬人發出疏散指示。著名景點嵐山渡月橋的橋面幾乎與桂川水面平行，濁流越過東岸河堤，造成周圍30多家旅館、商店等淹水，遊客們在不安中目擊颱風肆虐的景象。
除京都外，大阪、滋賀、兵庫等地也發出疏散指示，對象超過40萬人。此外，還有多地相繼發出大範圍疏散建議。關東埼玉、群馬及東北宮城等縣，強風將房屋屋頂吹走。滋賀縣及福井縣各傳出兩戶民宅遭土石流掩埋，造成2人喪生，岩手縣一名男子則因關閉溫室天窗時不慎從梯子跌落喪生。
東電︰只排低輻射污水
福島核一廠方面，廠方為避免儲水槽四周的防水堤積水滿溢，打開7處排水閥將積水排入大海。東電表示，這波排放的積水中鍶90等釋放β射線的輻射劑量均在法定標準以下，每公升最高24貝克，這些積水將經由排水溝等直接流入核電廠港灣外的海洋，排放總量尚不清楚。至於日前檢測出17萬貝克、位於H4儲水槽區的高輻射濃度積水，已另拉管線將水抽送到別的儲存槽存放。