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　不畏懼教會「開除教籍」的處置，馬丁路德發表「告日耳曼民族顯貴書」，提出俗人與教士沒有分別的主張，並鼓勵貴族沒收教會財產，解除外國教會對日耳曼人的剝削。又發表「論教會的巴比倫俘虜」，認為一千多年的基督教因教皇制度的建立而腐化，婚禮不該列入聖禮，不圓滿的夫妻其有離婚的權力等理論。最後發表「論基督教徒的自由」，他認為一位基督徒必須對耶穌有深厚的信心，以信心與上帝合一，而不是教皇所領導的教會僅注重外在的「善功」。這些理論成為日後路德教派的基本論點。  


　　西元十五世紀，瑞士脫離神聖羅馬帝國，成為真正獨立的聯邦國家，並於西元十六世紀開始反對外族教皇的統治，也開啟了宗教改革運動，發難者為茲文利。他認為基督教應恢復早期簡單的組織與禮拜儀式，主張一切依照《聖經》。然而瑞士卻因宗教歧異引發內戰，茲文利死於戰爭之中。加爾文繼續其宗教改革工作，於西元1536年撰寫《基督教原理》一書，替新教奠定理論基礎，宗教改革重心移往日內瓦。  


　　英國國王亨利八世曾反對馬丁路德和新教，後為要與王后凱撒林離婚，受拒於羅馬教皇，因此西元1534年與新教合作，並共同通過「最高治權法案」，宣佈創立英國國教會，又稱為聖公會。英國國教與羅馬舊教的教義和儀式並無二致，只是英格蘭國王代替羅馬教宗成為教會的領袖。直到其子愛德華六世上任後，在薩默塞特公爵愛德華西摩的攝政下，聖公會正式改革教義與禮儀，包括頒行《四十二條信經》和《愛德華六世公禱書》。