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自稱美食偵探的謎樣男子高野聖也在2006年解決了很多疑案後神秘地消失了，他花了半年的時間周遊世界品嚐美食兼帶破案。某日在意大利接到了兩個小孩轉交的一封裝有折扣券的信封後回到日本橫濱。重回福爾摩斯偵探所的高野聖也發現已經人去屋空。紅月拉麵店的店長被人殺害，警方懷疑是紅月的競爭對手為了偷取湯頭的秘方才痛下殺手。高野聖陸續找到金田一、野田涼介和出水京子，不料大家都因為高野聖也不辭而別非常生氣，大家都已經開始了各自的生活。就在聖也弄明白了紅月的秘方後卻被人劫持，原來紅月的老闆是被批發過期豬骨的不法商犯殺害的，最終在金田一緒方桃等人的幫助下高野聖也和涼介死裡逃生，橫濱福爾摩斯偵探所重新結集……

分集劇情：
位於橫濱倉庫街的福爾摩斯偵探事務所，面臨著倒閉的危機。現在只剩下見習偵探野田涼介和他的助手出水京子了。此時老闆請來了著名的美食偵探高野聖也，一心振興福爾摩斯事務所的涼介，則被老闆下令成為聖也的助手，但聖也是個令人難以置信的大胃王，且太過神秘讓涼介和京子都對他充滿了不信任感。
最終經過一系列的合作，聖也帶著涼介破獲了不少奇案。之後打扮酷似動畫裡名偵探江戶川柯南的男孩金田一，也加入到他們的行列，於是美食偵探率領“福爾摩斯偵探事務所”的“偵探”們，再一次為幫警方分憂解難破解各種案件。

第一集去吃秘製拉麵！

正在為了吃遍天下環遊世界的美食偵探高野聖也，因接到一封書信而返回日本。原來信封裡裝的是連聖也都讚不絕口的橫濱一家拉麵店“赤月”的半價優惠券。

抵達橫濱之後聖也的半價優惠券卻已不翼而飛，突然懷念起福爾摩斯偵探事務所的他，於是決定前去探望一下老朋友們。卻看到事務所大門緊閉，從窗戶看進去也發現完全沒有人影。

於是聖也只好又改變主意來到赤月，卻發現這裡發生了兇殺案。現場的小桃和五十嵐等人告訴聖也，死者就是這裡的老闆。而店裡的鎮店之寶秘製拉麵的容器不見了，因此懷疑凶手是跟這家店有關的人。

此時聖也得知福爾摩斯竟然已經關門大吉了，並聽說了少年金田一的事情，當初跟聖也相處過一段時間的金田一，本來已經慢慢露出了笑容，但因為初中考試的事情，又逐漸變得冷淡了起來。緊接著聖也見到了身穿西裝四處推銷健康飲料的涼介，他把福爾摩斯關門的原因告訴了聖也。原來福爾摩斯是因為涼介和京子的爭吵散掉的。儘管已經不做偵探了，但涼介對此次赤月的案件還是非常關心。

福爾摩斯的老闆找到了聖也，並請求他幫助重建福爾摩斯，另一方面，警察廳的山內署長也拜託聖也幫忙追查這次的兇殺案。而聖也在意的則是死者寫下的10家拉麵店的名字。

為了讓涼介和京子和好，聖也決定找他們倆幫忙去各大拉麵店，但涼結和京子如今都開始了各自的新生活，拒絕了聖也的邀請。

第二集人質還敢吃超級通心粉！

大白天的竟然有個提著染血菜刀的男人，闖進了福爾摩斯會偵探事務所，並把菜刀架在了京子的脖子上。同時也在事務所裡的聖也和涼介在大門口看到了小桃和五十嵐，他們表示正在追緝殺人嫌疑犯。小桃等人很快離開了，但那個拿著菜刀的男人卻還在事務所裡。敏銳的聖也發現男子的胸口處殘留著食物的污漬，判斷他是剛吃完意大利菜。

另一方面，回到警署的小桃確認出劫持了事務所的男子就是他們在追捕的嫌犯，於是出動警隊把整個事務所偷偷包圍了起來，更決定一旦事態有變，立刻下令特殊部隊強行突破衝進去救人。

此時在福爾摩斯偵探事務所裡，聖也等人在看電視新聞，正在報導該名男子殺害了橫濱市內一家名叫“Boy's”的意大利餐廳老闆的消息，也看到電視的男子否認了自己的罪行，並開始講述案發經過。

根據該名男子的說辭，當時他一如既往地前往Boy's去吃飯，並點了一分超辣通心粉。吃完了他發現今天味道變得不太辣的通心粉，來到廚房想問個究竟，卻看到本岡被人刺了一刀倒在地上，下意識的就拔出了菜刀的男子，就這麼被其他人看到當成了殺人犯，因此逃了出來。

經常去Boy's的涼介表示那家店的東西平時味道不會有什麼變化，聖也判斷案發當時通心粉的味道會變，一定是隱藏了什麼秘密。

於是聖也等人為了確認事實，決定再點一份Boy's的通心粉，可惜卻遭到了小桃等警察的阻止，這樣就沒辦法證實男子話的真假，此時涼介卻想出了一個異想天開的大膽計劃。

第三集自備筷的秘密……吃出母親的味道！ ！

聖也帶著在小餐館認識的外國年輕人Ciketer到偵探事務所來，Ciketer正在尋找“有點硬”的日本料理，通過網絡進行調查的涼介和京子，於是認為他要尋找的就是豬肉角煮。結果Ciketer就開始品嚐各種各樣的角煮，最終確定是那種會讓牙齒感受到不可思議味道的純日式豬肉角煮。

此時山內署長迎來了一位尊貴的客人，他是某石油出產國的領事雷蒙特，他正在焦急地尋找該國私自來到日本橫濱的王子，無計可施之下只好找山內署長幫忙。據悉由於王子是王位繼承人，所以很可能遭受到生命危險。於是山內署長把王子的照片發給了小桃和五十嵐，開始秘密尋找王子。

接到小桃電話的福爾摩斯偵探事務所一幫人，判斷出Ciketer就是他們要尋找的王子，聖也和涼介陪同Ciketer去某家料理店的時候，遭到了狙擊，慌忙躲避的幾個人卻發現失去了Ciketer的踪影。隨後小桃等人也趕來了，聖也則毫無困難地在另一家料理店，找到了完全不知道自身危險的Ciketer，他告訴聖也，自己五歲的時候曾經吃過一種神秘的豬肉角煮，並因此得到了重要的東西。

聖也、涼介和小桃嚴密注意著周圍有沒有狙擊手，而Ciketer則面對著料理安心地取出刻有家族花紋的碗筷，他告訴聖也等人，這是分別的時候母親給自己的，聖也於是留意到這上面有其母親手做的豬肉角煮的味道，此時Ciketer卻又再一次失踪了。

第四集吃下融入了愛情的便當！

到了每個月和愛女小黎見面的日子，卻發生了讓五十嵐傷心的事情，因為Sarah金的社長被殺了，他不得不去進行調查而不能去見寶貝女兒。

案發現場就在橫濱室內位於某混合出租大樓的Sarah金事務所內，兇手留下了一盒外賣的便當，以及放進了一張有著三個小男孩合照的皮包。和五十嵐一起到現場進行調查的小桃，認為凶案是逼迫社長還錢的人所為。

而也跑來勘查現場的聖也，竟然把作為證物的便當吃掉了，發現這件事的小桃大為震怒，但聖也卻從現場逃跑掉，不久開始根據便當盒尋找賣便當的店家。

另一方面的五十嵐則拿著那張照片四處詢問，最終鎖定了嫌疑人辻谷，並一路追趕這名男子到了天橋上，為了阻止對方繼續逃跑，五十嵐掏出了自己的配槍，此時小桃出現並大叫“五十嵐，開槍！”。但五十嵐看到該名男子轉過身來露出的悲傷表情，竟然舉著手槍忘記了開槍。男子趁他發呆的時間逃下天橋飛奔遠去。

由於沒有聽從小桃的命令，五十嵐被勒令即時停止一切調查，但他始終回想起辻谷那憂傷的表情，於是在向山內署長報告並得到允許之後，開始單獨進行調查，隨後涼介也跑來協助五十嵐。

另一方面的聖也，則買來了大量的便當，並判斷出現場留下的便當是羊栖菜味道的，儘管如此，卻似乎有什麼奇怪的味道參雜在內，於是聖也讓京子買來大量羊栖菜，開始著手做料理。

第五集隔壁的晚餐！ ！吃咖哩飯！ ？

這天山內署長到訪福爾摩斯偵探事務所，把疲勞過度的小桃交給了聖也照顧。有趣的是，聖也和涼介原本指望小桃能代替正在出差的京子，為他們做出可口的料理，但小桃卻滿腦子現在正在調查的案件。

此次的案件是連續放火案，於是聖也陪同無視山內下令要她休息的小桃，一起去現場進行調查，當聖也發現廚房裡有一大鍋燒焦的咖哩時，不由得悲從中來，當他們來到另一個個案發現場時，聖也又發現這一家這天也準備吃咖哩飯。

之後聖也和金田一少年一起，見到了金田一的同學遠藤紗彌，住在案發現場附近的紗彌，父親去外地單身赴任，現在和母親兩人住在一起。但母親本身工作也很忙，所以小紗彌經常獨自在家。小桃和聖也以及金田一一起去找紗彌問案，可小桃的話語之間卻有不少令人不舒服的挑釁言辭，沒辦法只好打電話命令五十嵐來調查，但五十嵐知道小桃目前正在放假，拒絕協助她進行搜查。

另一方面，聖也看了金田一自己繪製的校區內咖哩地圖之後，發現這竟然和縱火案的案發現場息息相關，但令聖也在意的是，也有當時家裡沒有在做咖哩的人家遭到了毒手，對這起案件越發產生了興趣，開始單獨進行調查。另一邊的小桃，則認定紗彌是這次案件的關鍵人物，對她進行徹底跟踪調查。

第六集來到大阪！ ！就要吃章魚小丸子！ ？

住在大阪的中年女人園田造訪了福爾摩斯，她委託的工作是調查一個名叫龜山良彥的男人的言行，根據她提供的資料，良彥是一家電器修理行的修理工。接受任務展開調查的涼介，卻在走出事務所沒多久帶回了一個人，她就是園田的女兒愛佳。

實際上良彥就是愛佳考慮結婚的親密男友，但園田僅僅因為對方是關東人不肯答應小情侶的婚事，於是想找偵探對他的品行進行調查。原來園田的丈夫就是典型的關東人，儘管夫妻倆很恩愛但無論是性格還是對食物的要求等各方面都迥然不同，經常為此發生衝突。丈夫死後園田辛苦地獨自養育女兒，回想起自己過去的艱辛，所以她堅決不同意女兒在走上自己的老路。

第二天，聖也為了消除園田對關東人的偏見，帶她一起到橫濱街頭散步。為了讓園田接受女兒愛佳和良彥的關係，一路上聖也充當著完美的導遊，帶著園田一邊吃一邊遊覽，還詳細解說關東關西的區別以及交流。正當兩人到甜品店吃東西時，電視裡卻播出一則殺人案，良彥竟然被當作殺害所在公司老闆的兇手遭到了逮捕。

驚慌的涼介等人和聖也一起去找警方，從小桃跟五十嵐那裡聽說了案件的梗概。案發前良彥和老闆由於立場對立發生了很激烈的爭吵，儘管良彥本人提出事發當時正在大阪出差，但卻拿不出證據來，因為大阪分公司方面指出良彥並沒有到那邊去。而第一個發現死者的證人從死者那裡得到了“龜山”這樣的訊息。

聖也尋求山內的許可之後去見良彥，從他嘴裡聽到說從大阪通天閣看得到的一家店，有很令人懷念的正宗章魚小丸子，靈機一動的聖也立刻趕赴大阪進行調查。

第七集美食偵探喪失自信！ ？第一次犯的錯是火鍋

後天就是少年金田一學校的運動會，這個月為金田一制定的目標就是50米短跑的成績有所上升，但一向討厭運動的他對此興趣缺缺。另一方面，非常關心金田一的同班同學上原進，他的父親計程車司機上原弘樹，最近被捲入了一起案件中。

這天弘樹正在工作的時候發生了珠寶搶劫案，結果被搶劫犯綁架了一整天才得到釋放。之後在醫院的小進和弘樹遇到了來探望的聖也，聽說弘樹被監禁的時候，搶劫犯還好心地給他吃東西，聖也對此充滿了興趣。而接受了五十嵐的委託協助查案的聖也，對弘樹的遭遇詢問得非常詳細。

據弘樹所說，被監禁的時候所吃的飯菜，是用菜刀扁出來的沙丁魚魚餅，還配有海帶。弘樹更指出了距離自己被監禁的地方的車程，於是聖也順路尋找，發現總共有20家店有沙丁魚火鍋。

目前金田一很鬱悶，他喜歡的小黎最近跟一個很受歡迎的足球少年很要好，涼介於是鼓勵金田一在運動會上跑贏足球少年，可惜對速度完全沒辦法的金田一卻感到非常洩氣。

最終在運動會上，金田一僅以一步之差輸給了班上跑得最慢的小進，聖也殘酷地指出這是由於他還不夠努力。

不久聖也找到了自己要尋找的沙丁魚火鍋，並自信十足地拿給弘樹品嚐，弘樹卻指出不對。結果“美食偵探竟然會搞錯！”這個消息在警署內部引起了巨大的騷動。

喪失自信的聖也返回福爾摩斯事務所，甚至一向旺盛的食慾這下也沒有了。

第八集戀愛的味道！ ？吃光女子大午餐！ ！

京子畢業的女子大學的學生們，最近遇到了連續被潑醬油的事件。從涼介那裡得知此事的聖也感到非常憤怒，竟然有人利用重要的調味料犯罪！於是展開調查。

多虧了京子聖也順利造訪了女子大學，並在食堂裡找到了受害者木村和美，除了和美之外還有三個人也遇害了，她們都是星期一晚上被人潑醬油的。

空著肚子的聖也打開學校食堂的菜單，發現所有的食物都標著卡路里，每個星期一更有專門完全零卡路里的“裡午餐”。這些熱量甚至把調味料的卡路里都計算在內，負責此事的就是和美就讀的料理學院的研究生湯淺隆司。隆司把連續五個星期的“裡午餐”的菜單給了聖也，當天回到事務所他就讓和美做了一份。

此時一個會讓所有男人都目不轉睛的大美女出現在事務所，她就是和美的好朋友園田奈緒子，但和美卻發現涼介根本沒有把美女放在眼裡，於是做完料理後，跟大家談起奈緒子如何受歡迎的話題。敏銳的聖也卻從這番話里察覺到和美對隆司很有好感。

經過一番調查，聖也認為犯人是大學的有關人士。但犯人為什麼一定要選在星期一晚上下手呢？這個問題讓聖也百思不得其解。

不久潑醬油事件又發生了，這次發生在大樓的入口處，小桃和五十嵐親眼看到了整個過程，並找到了遺失在現場的一支圓珠筆，而這支筆的主人正是隆司。

第九集特別篇！ ！為什麼要在江戶時代吃

金田一看到同學被欺負卻沒有出手幫忙，小黎對此感到很生氣讓金田一大為震驚。得知此事的聖也認為金田一有必要培養救人於難的勇氣，涼介還送給他護身符。但金田一卻接受訓練失敗，還一時意氣把涼介給的護身符扔掉了，隨後衝出了福爾摩斯事務所，此時卻突然被一團白光包圍。

清醒過來的金田一發現自己在一個不可思議的地方，周圍的街道也好路上的行人也好，都是只有在古裝劇裡面才能看到的風景。路邊牆上的瓦板貼著江洋大盜鼠小僧的通緝畫像，有許多人都圍在那裡觀看。鼠小僧其實是個劫富濟貧的綠林大盜，他總是從有錢人的倉庫裡偷米來接濟窮人。金田一於是終於發現自己穿越到了江戶時代。

金田一百無聊賴地走在大街上，卻遭到了跟五十嵐長得一模一樣的五十進等人的追趕，此時遇上了和聖也長得別無二致的次郎吉，他拉著金田一躲了起來，隨後更帶著他一起來到街道外的農舍，這裡有和涼介跟京子長得一樣的涼之介以及京兩夫婦。

第二天米倉的米又一次被盜，更有守倉庫的士兵被殺，跟小桃長得一樣的桃太郎，和五十進一起去現場勘查的結果，認定犯人就是鼠小僧。桃太郎等人憤怒於鼠小僧如此滅絕人性，下定決心一定要把他繩之於法。

另一方面，金田一開始了新奇的江戶時代體驗，在田裡拔草的他肚子餓了，京和次郎吉會把用白米做成的飯糰遞給他。白米在這裡是非常珍貴的食物，大家卻毫不吝嗇地給自己吃，這讓金田一感動得流下了眼淚。

當天晚上，五十進等人帶著通緝畫像來到涼之介家，詢問大家有沒有見過鼠小僧。金田一注意到畫像中的人和次郎吉一模一樣，於是到趁夜去街上找他。

第十集千鈞一發！ ！最後的SHAKiiiN·前篇

福爾摩斯的老闆委託聖也等人幫忙偷一件東西，那就是黑社會玉田組組長玉田一郎家，據說是達·芬奇製作的戒指。為了踩點聖也化裝成電器修理工去到玉田家，卻對那裡正在召開的派對產生了濃厚的興趣。

這個派對是一郎的兒子阿功和川口組組長女兒的婚宴，會場正中間擺放著酒和內裡放著戒指的玻璃戒盒。雖然一郎的父親也就是繁雄反對這樁婚禮，但他還是來參加了，婚禮也得以順利繼續進行。而此時的涼介則發現玉田家宅內有紅外線感應器。

返回事務所的聖也和涼介開始根據蒐集的情報進行練習，由於這次的工作只是負責偷盜，所以他們決定只讓聖也、涼介和京子參與，把到事務所來玩的金田一排除在外，雖然金田一為此感到憤怒，卻也無可奈何。

是夜，聖也等人戴上紅外線夜視鏡，開始探索玉田家，他們利用鋼索從空中把聖也吊過去拿戒指，但此時從廚房到傳來了什麼動靜，緊接著警報驚天動地地響了起來，三人慌忙取出戒指飛逃而去。

返回事務所的聖也等人，卻被老闆告知偷來的戒指只是贗品，希望他們能找到真正的那枚戒指。涼介表示已經不想再乾，但好勝的聖也和京子卻大叫一定要偷到那枚戒指。

有趣的是，此時五十嵐來找聖也協助，因為有人昨晚潛入了玉田家。但令人意外的是，玉田組會長繁雄被殺死在廚房。小桃推測出死者是在當晚吃派對的東西途中遭到殺害的，不僅如此，死者被殺害的同時大廳的戒指被盜，所以很可能是搶劫殺人案。

涼介為自己很可能被懷疑是殺人犯而恐懼，聖也則指出一定要在被懷疑錢找出真兇。

【大結局】千鈞一發！ ！最後的SHAKiiiN·後篇

得知聖也遭到警方逮捕的涼介和京子，把拉爾和凱利留在事務所慌忙趕往警察局，小桃和五十嵐把逮捕聖也的原因告訴了兩人，聖也已經承認潛入玉田家偷戒指的就是自己。小桃更指出有聖也殺害繁雄的證據。殺人現場和戒指是在同一個場所，更是在同一時刻發生，除此以外，兇手的黑色運動衫背後可以看到“I- TAN”字樣，凶器是一個陶罐，上面有聖也的指紋，更有人目擊兇手翻牆逃走，因此警方已經認定聖也就是殺害繁雄的兇手了。

聖也把一切都獨自扛了下來，沒有說出當天晚上還有人跟他一起去的，於是涼介和京子返回事務所，向拉爾和老闆報告了此事。

老闆立刻動身決定去找哥哥山內署長，向他解釋清楚事情的經過。涼介則疑惑於怎麼會有人在深夜看到黑色運動服背後的文字。

聖也得知聲稱看到運動服背後文字的人是玉田家的佣人，更得知他當天曾為繁雄做飯，於是拜託小桃給自己嚐嚐味道。

山內署長把乃弟那番話告訴了小桃，小桃接受了聖也的申請，准許他去玉田家。

聖也帶上小型話筒來到玉田家，找到了為繁雄做飯的佣人，要求他為自己做頓飯。沒想到那名傭人的廚藝及其精湛，讓聖也吃得停不了口。

但繁雄本人是有高血壓的，這些飯菜中放入了大量會讓他動脈硬化的調味料，可口的飯菜因此變成了殺人的毒藥。