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　　根據最新的研究成果，有學者聲稱刺馬一案其實是由政治原因所致，湘軍集團與此關係甚大。持此種觀點者，通過耙梳大量史料，從中摸索到了一些蛛絲馬跡。
　　首先是馬新貽在奉旨接任浙江巡撫時，曾經進京請訓。當馬新貽最後一次覲見完畢，從養心殿出來時，大汗淋漓，驚恐萬狀。據馬新貽的後人講，慈禧太后授他密旨，要他秘密調查禁令陷落後，太平天國國庫的金銀財寶的下落。太平天國曾在天京積聚了不少財寶，在曾國荃攻進天京後，這些財寶曾被湘軍搶劫一空。事後，湘軍中人多有購田置地者。當時朝廷曾讓曾國藩查報太平天國國庫的下落，兩江總督曾國藩卻只對以天王府已被大火焚毀，瓦礫全無。馬新貽接到這樣的密旨，深知事關重大，故而失態。曾國藩久在大江南北治軍，兩江重地到處都是他的人馬。朝廷調曾國藩作直隸總督，恐怕有將其調離老巢，以便監控的考慮。馬新貽雖說文官出身，但做事精明幹練，不屬湘軍集團，授此重任，也是慈禧的高招。按常理馬新貽進京請訓，應該到處拜客，在官場中應酬。可這次，馬新貽卻急匆匆地離開了。
　　其二是馬新貽在去江南的路上，曾經請假回家祭祖。當其啟程時，曾將二位兄長召至身邊，秘密叮囑：“我此去吉凶難料，萬一有不測，千萬不要到京告狀。要忍氣吞聲，方能自保。”馬氏兄弟聽後，驚恐萬狀。
　　其三是審訊過程曲折複雜。馬新貽被刺後，首先由江甯將軍魁玉以及藩司梅啟照等人審訊，幾經周折，所奏不過是案犯“言辭閃爍”，“一味支離”等話。而朝廷則相信幕後定然另有主使，故而加派漕運總督張之萬奔赴江寧審案。張之萬抵達江寧後，刺馬案的審訊工作依然沒有太大的突破，只得出張汶詳曾與海盜勾結，馬新貽在浙力剿海盜故而招怨。這樣的結果使得朝廷動怒，於是再派刑部尚書鄭敦謹飛馳江寧速審，同時敦促曾國藩前往江甯任上主持大局。即便是在號稱鐵面無私的鄭敦謹以及兩江總督曾國藩長達月餘的審訊下，所得結果亦不出前番官員的審訊，只不過量刑更為殘酷，將案犯張汶詳的淩遲處死，另加剖心致祭。自始至終，可以說朝廷一直力主刺馬案另有主使，並且不斷降旨以推動審訊工作，前後輪番參加審訊的官員多達五十餘人。但直到最終，各番官員也沒有審訊出朝廷所謂的幕後主使，朝廷迫不得已接受了審訊結果。
　　其四是曾國藩的就任兩江總督的態度令人難解。兩江總督馬新貽遇刺身亡，朝廷聞訊即刻調派尚在天津處理教案的直隸總督曾國藩回任兩江。當時，曾國藩正因天津教案處於被動不利的局面中，舉國內外紛紛譴責曾國藩的抑民崇洋行為，而列強還嫌他懲處不力。此次朝廷調他回任兩江，把他從尷尬的處境中拉出來，應該說是一件好事。但是，1871年9月2日他上了一道“謝調任江督恩因病請開缺折”，固辭兩江總督。曾國藩戀棧天津，有可能是他覺得天津教案還沒結束就被調離，太不體面了。他說，“調任兩江，疏辭不獲，腆顏赴任，內疚滋甚。”但或許另有隱情。朝廷自然以曾國藩老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置鹹宜等語相勸，同時調遣李鴻章補任直隸總督以安大局。兩江局面混亂，而曾國藩卻遲遲不肯動身前往。曾國藩幾經推託，朝廷幾經敦促。最後，曾國藩才打點好行裝準備動身。啟程前，曾國藩懇請召見，以觀察慈禧太后對江甯時局的看法。實際上，曾國藩一直都在密切關注著江寧的事態發展。刺馬案一出，江甯將軍魁玉，他的門生布政使梅啟照，江蘇候補道孫衣言等就一直給他頻頻來函。象朝廷一樣，曾國藩也非常關心那個幕後主使人有沒有審出來。抵達江甯後，曾國藩卻並不著急審案，每日裏不過是聊天接客，翻看《閱微草堂筆記》。在朝廷再次欽派的刑部尚書鄭敦謹抵達江甯前，曾國藩唯一所做的與刺馬案有關的工作，不過是給馬新貽作了一幅挽聯，前往弔唁了一番，僅此而已。而後來在與鄭敦謹共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發問。鄭敦謹進行了將近半個月的審訊後，曾國藩不過是淡淡的提示鄭敦謹，恐怕案子還得象以前那樣奏結。為何曾國藩會遲遲不肯就任江督，而又為何表現出對刺馬案如此這般的消極態度？只怕其中另有隱情。
　　其五是刑部尚書鄭敦謹的復審。鄭敦謹，湖南長沙人。道光進士，歷任廣東、河南、山西、陝西、直隸布政使，山東學政，都察院左都禦史等職。同治六年，作為都察院左都禦史，鄭敦謹親到山西查出山西巡撫趙長齡防剿不力，布政使陳湜貪圖女色，所部軍紀敗壞，以致戰事失利。慈禧太后得報震怒，二人均被革職充軍。鄭敦謹因此有鐵面無私的聲譽，後升任刑部尚書。這次，鄭敦謹得諭後即刻星夜兼程抵達江甯，立意要將這個天下疑案審出個水落石出。故而其抵達江寧後，稍事休息，便開始審案。怎料審案月餘，案情仍與此前無異。最後，在1871年3月19日，鄭敦謹和曾國藩聯名上奏審案結果。奏結雖然更加詳細，行文更加縝密，但基本內容卻仍照原奏擬定。所不同的是，第一，特別強調張汶詳聽授海盜指使並挾私怨行刺，實無另有主使及知情同謀之人。第二，對張汶詳量刑更加殘酷，除了擬以淩遲處死外，又增加了一條摘心致祭。最終，朝廷也不得不接受這一結案。未等聖旨下達，更沒等張汶詳正法，鄭敦謹便匆匆離開了江甯，曾國藩送的盤纏他分毫未受，他的兩個隨行郎中倒是每人收了曾的五百兩銀子。鄭敦謹並未回京交旨，走到清江，他聲稱有病不能回京，只打發兩個郎中代他複旨。按照清制，欽差大臣不回京複旨是要治罪的。朝廷迭下諭旨命其回京。他只以有病為辭，請求開缺，並終生不再為官。鄭敦謹的兩個助手回京後，顏士璋被放到蘭州作替補知府，旋即回籍賦閑；而伊勒通阿，隨後也奉旨回鄉頤養餘年。
　　其六是孫衣言給馬新貽寫的神道碑銘。碑銘稱，“賊悍且狡，非酷刑不能得實。而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚憨為公力爭，亦豈獨為公一人也哉!” 孫衣言乃江蘇候補道，馬新貽的親信，他自始至終參與了刺馬案的審理。此文一出，震驚朝野，輿論大嘩，就連慈禧太后明白其中大有隱情。但是，又奈之若何？前後介入的審訊官員已達五十餘位，審案也已長達八個月之久。斯人已作古，朝廷無非加恩賜恤，以慰忠魂。上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜恤，入祀賢良祠，列國史傳，並賜諡端敏。又令在江寧、荷澤、廬州等地建立專祠，春秋官為之致祭。其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。
　　綜上種種跡象，似乎可以表明，刺馬案實出自湘軍集團謀劃的這一說法更為成立。但湘軍集團究竟是由誰和怎樣謀劃的，尚不清楚。歷史的確切情況還有待於進一步發掘。
　　1871年4月4日，曾國藩奉旨監斬，將張汶詳淩遲處死，並摘心致祭。轟動一時的張汶詳刺馬案，隨著張汶詳的人頭落地，終於拉下了帷幕。但也由此，歷史上關於刺馬案的種種傳說，隨著時間的流逝，不斷的延展開來。