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故事是這樣開始的，邪惡女神伊莉絲在眾神中是不被歡迎的。某國王皮里亞斯與女神西蒂斯的婚禮上因為沒有邀請的伊莉絲，而使伊莉絲生氣，想了一個計謀要破壞婚禮，於是她丟了一顆金蘋果在會場上，上面刻著「獻給最美麗的女人」，結果所有的女神都想得到它，而亂成一團。
最後這顆蘋果落在三位女神的女手，分別為希勒、維納斯、雅典娜。她們要求宙斯做個裁決，但宙斯拒絕。於是宙斯告訴他們前往特洛伊城的愛達山，找個叫巴利斯的王子，他是選美的極佳裁判。結果三位女神分別給與伊利斯王子不同的賄賂，希勒將讓他成為毆羅巴及亞細亞兩大洲的主宰。雅典娜將讓他領導特洛伊人打倒希臘人。而維納斯將給與他世界上最美麗的女人。於是，巴利斯王子將金蘋果給了維納斯。從此之後，維納斯就成了神界中最美麗的女人。
世界上最美麗的女人為海倫，世界上每個國家的王子皆想娶她為妻。由於求婚的王子過多，於是國王就要所有的求婚者發誓，不管誰娶了海倫，將來海倫的婚姻若發生了問題，大家都要幫助海倫的丈夫。最後海倫嫁給了斯巴達國王曼尼勞斯。不久後，維納斯帶著巴利斯王子來到了斯巴達王國。當曼尼勞斯前往克里特島去辦事時，巴利斯王子就趁機引誘了海倫。

當曼尼勞斯回來後，發現海倫不見了，於是要求所有的希臘人幫助他。因為希臘人的首領們有義務效勞。隊伍中有兩個赫赫有名的人，即是伊色克島國王奧狄色斯及皮里亞斯和海蒂絲的兒子─阿里奇斯。智者─奧狄色斯原本裝傻，不想參加戰爭，但被識破，不得已參加了，而阿里奇斯注定會死在此戰爭中，所以母親海蒂斯將他藏起，裝成女人，可是還是被捉住，參加了戰爭。

一路上，前往特洛伊城的路程，並不順利，因為北風正日復一日地吹著。而先知者更是宣稱，雅特密絲女神生氣了，因為希臘人誤殺了她的兔子和幼子。必須要有皇家少女獻祭。於是總司令─ 亞基米倫痛苦的將幼女騙來軍中，當成禮物獻給了雅特密絲女神。最後，希臘軍隊才順利抵達特洛伊城河口。特洛伊城也早有準備，命令一位偉大的戰士─海陀克為主將。他是唯一可以和阿里奇斯篦美的人物。
戰爭持續了九年，勝利飄搖不定，有一段時間是特洛伊城獲勝。因為希臘人搶走了特洛伊城中阿波羅祭師的女兒，於是祭師請阿波羅幫忙，射出火箭除去希臘人。最後，阿里奇斯召開一次會議，要希臘人─亞基米倫釋放祭師的女兒。但是亞基米倫不肯，於是告訴阿里奇斯說，我的勝利品失去了，我將以你的勝利品取代。由此看來，希臘人內部也出現了分裂。

在當天晚上，阿里奇斯的母親出現，很生氣的表示要幫助特洛伊城獲勝，因為希臘人困住了她兒子九年了。海神海蒂絲登上了天上，要求宙斯幫助特洛伊城戰勝。宙斯感到為難，因為眾神中也分為兩派，一派支持希臘人的，包括他的妻子希勒及雅典娜，另一派支持特洛伊城的包括維納斯及海蒂絲女神等。
雖然宙斯偏袒特洛伊人，但他也不想得罪他的妻子希勒等。於是宙斯想了一個計謀，要阿里奇斯離開，因為希臘人沒有了阿里奇斯，自然就會戰敗。
當阿里奇斯離開後，雙方決定讓兩位當事人自己解決，最後，曼尼勞斯獲勝，巴利斯王子逃跑。雖然希臘人贏了，可是眾神中，希勒並不滿這樣的結局，她一定要特洛伊城徹底的毀滅。

希勒命令戰神雅典娜下凡，再度挑撥引起戰爭，於是兩方人馬再度撕殺戰場。特洛伊城由海陀克繼續領導。希臘則由亞基米倫領導，結果特洛伊城頻頻獲勝。於是希臘人要求亞基米倫去把阿里奇斯找回。當阿里奇斯被智者─奧狄色斯找回後，希臘人才有獲勝的機會。兩方的人馬不相上下，最後面臨兩方主將決一戰場的局面。海陀克英勇的戰死戰場，這中間，不外乎雅典娜從中幫助了阿里奇斯。阿里奇斯被戰爭泯滅了人性，將海陀克的屍首，殘酷的烤打，最後連宙斯都看不過去了，派愛麗絲女神去找老特洛伊王。告訴他，用金銀厚禮去找阿里奇斯，找回他的憐憫之心。
於是，老特洛伊王以衷憐的口語告訴阿里奇斯：「你的父親，同我一般年紀，也和我一樣是個不幸的人，只因為失去了一個兒子，而過去我不曾如此勇敢過，向兒子的兇手伸手，這種悲哀是值得同情的。」
阿里奇斯動容了，他放了海陀克的屍首回去，特洛伊城人為海陀克舉行九天的葬禮。當海陀克死後，阿里奇斯明白他的死期也將到。黎明之神及阿波羅都來幫特洛伊人，結果由阿波羅引導，巴利斯用箭射中阿里奇斯的腳踝，那是他唯一的致命傷所在。不久之後，阿里奇斯也死了。

於是，智者奧狄色斯及另一主將阿吉克斯為了爭奪阿里奇斯留下的神奇盔甲，而促使阿吉克斯的死亡。因為盔甲最後判給了奧狄色斯，而引起阿吉克斯的不滿，他發瘋似的要殺奧狄色斯，當他恢復理智時，因感到羞愧而自殺身亡。
希臘人一連失去了兩位主將，而意志消沈。要攻下特洛伊城是遙遙無期。於是奧狄色斯想到了木馬戰略。他命人造了一座空心的木馬，一邊建造一方面放出風聲說，他們失去了兩位主將，已經無心作戰，且打了十九年的戰爭，大家都想家了。在近期內即將徹離。

不久後，特洛伊人信以為真，還派探子去查探，結果發現，原本希臘人駐守的地方只剩下木馬外，尚有一名被遺棄的希臘人，於是希臘人告訴特洛伊人說，木馬原本是要供俸給雅典娜的，建得如上龐大，是怕特洛伊人把它搶走，如果被搶了，供俸在城裏，雅典娜一定會偏袒特洛伊人。如果在戰爭時，特洛伊人把它給毀了，必能引起雅典娜的不好，進而幫忙攻打特洛伊人。於是，特洛伊人信以為真把木馬當成勝利品帶回城內。

到了午夜十分，希臘人從木馬的肚子中出來，殺盡所有的特洛伊人。於是，海倫重回了曼尼勞斯的身邊。而特洛伊城則徹底的消失了。

歷時十九年的戰爭，只為了爭奪一位女子，多少家庭因而破滅、親人因此分離。特洛伊人啊！希臘人民啊！在人神共處的年代，付出的代價是非凡的。