「旗艦」是美國海軍艦隊指揮中樞，旗艦（指揮艦）有兩種設置方法：一種是常年固定一艘艦艇為旗艦。如美國海軍幾個艦隊的旗艦基本上是固定的。平時接受和傳達上級指揮訓練指示，統一組織實施艦隊大規模海上訓練和演習；戰時主要用於遠程大規模作戰指揮以及在封鎖作戰、登陸作戰中對登陸編隊實施統一指揮，組織協調海軍艦炮和近程空中火力支援及海上編隊的行動，指揮登陸部隊上陸及協調登陸場戰區電子戰的實施。
美軍第2艦隊「旗艦」「惠特尼山」號LCC20 Mount Whitney
「惠特尼山」號在1971進入現役，自1981年以來一直是大西洋艦隊的旗艦，它的基本任務是協調艦隊部署，作為兩棲指揮艦，「惠特尼山」號的最大賣點是它提供的通訊能力，它可以為艦上各個司令部提供與世界任何地方美軍部隊的加密通訊，同時可以收發海量的通訊數據。
美軍第3艦隊是「科羅納多」號AGF11 Coronado
Coronado主要部署於東太平洋，「科羅納多」號是世界上最先進的指揮艦之一，號稱美國海軍「海上戰爭試驗室」，並成為駐紮在美國夏威夷的美國第三艦隊的旗艦。該艦於2004年3月份抵達日本接替兩棲指揮艦「藍嶺」號擔當第7艦隊的旗艦，這艘16910噸的新式戰艦在一定意義上代表了美國海上綜合作戰指揮能力的最高水平。「科羅納多」號雜務指揮艦是由1艘「奧斯汀」級兩棲船塢運輸艦「科羅納多」號（LPD11）改裝而成，該級的其它11艘艦目前仍在服役。1980年，「科羅納多」號改裝成旗艦，隨後換防了在1981年至1982年進行大修的「拉薩爾」號，並臨時作為第6艦隊旗艦服役3年。1985年擔任第3艦隊旗艦，母港設在本土聖地牙哥。
「科羅納多」號於1995年底開始改進，1997年完成了18個月的全面改裝，包括一個由3層甲板臨時暫代的井形甲板，3.5萬平方英呎的新的指揮、控制、通信空間及220人住艙的指揮機構。經過改進後的「科羅納多」號，可以在未來戰時和危機衝突中作為1艘聯合部隊指揮艦使用。該艦外形酷似兩棲船塢登陸艦，但在該艦後部不設有艦尾艙門。艦頂部有一龐大的白色半球體，這是目前世界上功能最強大的通信系統之一，名為「挑戰雅典娜」。除了可提供電子郵件、公開或加密的網路通信聯絡及電話通信服務外，該通信系統還能提供數位圖像傳輸及其它大容量、超大容量的通信服務。
該艦主要利用衛星與各艦艇、作戰飛機及海軍陸戰隊進行電腦聯網。實現指揮、控制的高度自動化艦上裝備有先進的「聯合海軍指揮信息系統」，多台超級電腦、數百台終端與衛星、導航、預警、通訊及全球定位系統相連，構成複雜完善的電子信息分析、處理系統，可同時對來自地面、海上、空中、水下的多類電子情報進行實時綜合處理，是名副其實的戰時海上指揮中心。由於該艦在艦隊中的特殊地位，為確保安全，在執行任務時通常由多條戰艦隨航護衛，並選擇遠離戰區的後置配備。
「科羅納多」號艦體內部建有各類艙室、辦公室、會議廳和指揮中心、電視機（包括大屏幕電視）、電腦、電話、傳真機等現代通信設施一應俱全。該艦作為美海軍聯合特混部隊指揮控制艦，主要設有如下各類功能中心：
A：聯合空軍作戰中心。面積1100平方英呎，具備指揮一場戰區一級戰役能力。
B：作戰室。面積3500平方英呎，配備有大屏幕電視；可同時供幾十名指揮官召開各類作戰會議。
C：聯合作戰指揮中心。面積625平方英呎，擁有最先進的通信設備和情報接收、處理及傳送設備。
D：軍民兩用作戰中心。該中心更多的是在非戰時使用，如為執行人道主義的紅十會官員提供辦公場所，或在組織非戰鬥人員撤運時用作政府官員的指揮所。
E：作戰中心。面積6000平方英呎，可供216人同時工作。
F：危機反應中心。這是一個供12人工作的工作站。使用該工作站的好處在於當指揮官處於異地時仍可參與計劃的制定，從而大大縮短了計劃制定所需的時間。計劃制定過程中，指揮官還可隨時與上級指揮部門進行聯絡，如與美海軍太平洋艦隊進行聯絡協商等。
G：聯合後勤、醫療中心及聯合圖像情報處理中心。這兩個中心分別位於艦體左右兩舷的夾層艙室中。其中，聯合圖像情報處理中心的建立使美軍首次實現了艦船對間諜衛星傳送信號的直接接收與利用。此外，艦上還設有一個海上新聞中心，一個數字照相實驗室和一個印刷工作室。
H：備用住宿艙。除艦上編制人員的住宿艙室外，艦上還備有規格不等的住宿艙若干，為6名將官、22名高級軍官、130名初級軍官提供住宿。同時，該艦還計劃增加30個辦公室和50個水兵住艙。
美軍第5和第6艦隊「旗艦」是「拉薩爾」號AGF-3 USS LASALLE
「拉薩爾」號指揮艦，是美海軍第6艦隊的一種雜務型指揮艦，由兩棲運輸艦改裝而成。該艦標準排水量9670噸，滿載排水量14650噸；艦長158。4米，艦寬25。6米，吃水6。4米；主動力裝置2台功率24000馬力發動機，最大航速20節，續航力9600海里/16節。該艦編制440人，指揮人員59人。主要武器裝備系統有：2套火神/方陣近程防空武器系統、4座SRBOC箔條/紅外干擾彈發射裝置、綜合電子戰系統；2座雙管76毫米炮，可對中程低空飛機和小型水面艦艇實施攻擊。海灣戰爭中，「拉薩爾」指揮中東特混艦隊，對伊拉克實施了飛彈攻擊和小規模海上作戰。科索沃戰爭中，以美海軍第6艦隊為主組成的北約海軍海上聯合部隊，由「拉薩爾」號旗艦指揮，從海上對南聯盟實施打擊。
美軍第7艦隊的旗艦為「藍嶺」號LCC19BlueRidgeclassv
「藍嶺」號1970年下水，於1979年10月接任第7艦隊旗艦，駐日本橫須賀，參加過1991年波灣戰爭。這艘艦舷編號為LCC－19的大型艦隊指揮艦長194米、寬32米，吃水9米，滿載排水量為18400噸，航速為23節，續航力13000海里/16節，續航時間800小時，自給力29天。全艦共有250名軍官、1200名士兵，其中有100名女兵。可裝載700名武裝人員，3艘人員登陸艇，2艘車輛人員登陸艇，1架UH-2「海妖」式多用途直升機，2座MK25八聯裝艦空飛彈發射架，4門MK33雙管76毫米火炮，2門MK15六管20毫米「火神」方陣防空火炮，艦空飛彈16枚，2部MK115飛彈發射控制系統，8部雷達，70部發信機，100多部接收機和各種終端設備，4具MK36六管干擾火箭發射器，以及SLQ—25魚雷誘餌，SLQ32(V)3電子戰系統，海軍戰術數據系統，兩棲指揮信息系統，海軍情報處理系統，多種衛星通信設備。艦上設有兩棲編隊指揮室、登陸部隊指揮室、火力支援直轄市中心、戰術飛機管制中心、戰鬥情報中心、水面戰和反潛戰協調中心、登陸作戰室及聯合通信中心。1971年至1979年，「藍嶺」號以聖地牙哥為常駐基地，在此期間曾駛西太平洋執行任務。1975年曾參加了南越西貢美軍撤離活動。1979年以來，該艦一直作為第七艦隊的前沿部署旗艦，當第7艦隊整個力量投入作戰的時候，它是兩棲登陸部隊和登陸部隊的總指揮，也是聯合特遣隊的最高指揮首腦！其裝備的指揮與控制系統十分先進，可以接收全世界美軍發來的情報和數據，然後讓艦隊司令對空中、水面和水下作戰形勢有完全明了的概念，迅速作出反應，也使得該艦具備全球指揮與控制能力。
