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政府拚有感經濟的同時，也必須注意政府的行政效率是否快速，如發現效率不佳，則應進行組織改造，以發揮政府最大的行政效率。

有鑑於此，衛生署表示，為配合行政院的組織改造，而規劃成立「衛生福利部」，並自98年起召開多次會議討論，將現行衛生署19個內部單位與任務編組、8個所屬機關，以及內政部社會司、兒童局、家防會、國監會等單位，合併為8個業務司（綜合規劃司、社會保險司、社會救助及社工司、保護服務司、護理及健康照護司、醫事司、心理健康司、中醫藥司）。

以及6個輔助處（統計處、資訊處、秘書處、人事處、政風處、會計處），未來將以精實、效能及彈性之衛生醫療與社會福利服務體系，提供以人為中心之全人照護服務。