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衛生署推動從事美容醫學的院所，自願申請認證，並對參加認證的醫師，規範美容醫學的執業範圍，醫療改革基金會認為雖是踏出管理的第一步，但認證不具強制性，因此未認證的院所不須退場，還是可以繼續做醫美，恐無助於改善目前的醫美亂象。

國內從事美容醫學的院所粗估超過1千家，醫改會組長朱顯光表示，衛生署鼓勵醫美院所申請認證，是採取正向推薦，而不是做為從事美容醫學的必要條件，那麼院所即使不參加認證，依然可以繼續存在，會讓院所缺乏申請的動機；此外，他認為既然衛生署認為符合認證才安全，應該將相關基準做為設置標準，確保民眾去的院所均符合規範。

此外，這項認證每次有效期限是2年，朱顯光呼籲，為了杜絕跟醫院評鑑一樣，被詬病只有評鑑時才合格，衛生署有責對於通過認證的院所，在效期內不定期訪查，並對違規者訂出取消認證的退場機制，以防認證成為形式化。

呂旭彥：把劣幣變成良幣

除了業界未必相挺認證制度，也有醫師對於認證的內容大表不滿。曾任美容外科醫學會理事長的整形外科醫師呂旭彥表示，他個人會去申請這項認證，但對於認證能否改善目前的醫美亂象，他悲觀認為：「無助於改變！」

呂旭彥醫師表示，成為整形外科專科醫師需要6年訓練，再進一步成為美容外科專科還要3年，但衛生署推出的認證，卻把可做美容手術的醫師資格大幅放寬，即使排除了內科系，但是非整外的泛外科系醫師，經過100小時的訓練也可做眼部、鼻部、小量抽脂等美容手術，未來要做美容手術的醫師，直接走這樣的巧門、不須走完整的整外訓練，還可成為「認證」的醫師，他痛批：「這是把劣幣都變成良幣！」