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學校教師是新型流感防治不可或缺之一環，為預防學校班級停課期間，導師及科任教師仍遊走各班，造成防疫漏洞，依據H1N1新型流感中央流行疫情指揮中心98年9月4日第24次會議決議，教育部據以公布「因應新型流感『325』停課公立高級中等以下學校、幼稚園教職員出勤注意事項」，相關規定如下：
壹、 班級停課期間
一、 幼稚園教師及國民小學導師：因應班級停課，配合以停課登記，除在家自我健康管理外，並應聯繫該班學生，進行居家學習指導，協助學校傳達必要之防疫或復課訊息。
二、 國民小學科任教師、國民中學及高中職導師與科任教師：依教育部公布之教師自主健康管理監測表（如附件）進行自我檢測，並依監測結果立即就醫或維持正常教學並自主健康管理。
三、 補課：停課班級課務利用課餘時間、例假日及寒暑假補課。
貳、 教師確定感染新型流感
教師應即請病假，且不列入年度病假日數及成績考核之計算。
參、 鐘點費
教師補課之鐘點費及教師感染新型流感病假期間之代課鐘點費，應由學校支應，不足部分先由各直轄市、縣（市）政府相關經費項下核予補助，倘仍有不足部分，再專案報教育部補助。
肆、 教師如出現類A型流感症狀無法到校上課，應以病假登記，不列入成績考核計算；惟如經證實確認未感染新型流感，則應返校授課，若持續請假，則依病假處理，並列入成績考核之計算。
伍、 學校校長、行政人員（含兼行政職務教師）及工友（含技工及駕駛）於班級停課期間，應照常上班，至班級補課期間上述人員是否上班，由各直轄市、縣（市）政府決定，如補課期間應上班者，應核予補休或加班費。
陸、 私立高級中等以下學校教師之停（補）課及行政人員出勤，比照本注意事項規定辦理。
柒、 本注意事項得視疫情隨時調整修正。

教育部表示，一旦學校發生班級停課時，學校教師及行政人員應確實依注意事項規定辦理，另建議該停課班級的科任教師除填寫自主健康管理監測表外，如尚無發生類流感症狀維持正常教學時，仍應做好自主健康管理（連續7天量測體溫、觀察是否有症狀：發燒＞38℃、咳嗽、喉嚨痛…等、必要時戴口罩及保持良好衛生習慣），並避免長時間、近距離與學生接觸，以防止疫情持續擴大。