第26集
中宗回到宮廷，突然暈倒，一時之間宮中大亂。在御醫查不出正確原因之下，把所有責任歸咎在膳食出了問題，首先查到皇上在溫泉地所吃的鴨子，竟然喝硫磺水，因此，吳兼護立即派人逮捕韓尚宮，吳兼護也與崔判述等人結合，打算斬草除根連長今一併逮捕入獄。閔政浩得知此事，到當地深入追踪詳察，得知其它人吃下喝過硫磺的鴨子，也都平安無事，便由內禁衛將出面阻擋吳兼護，此時吳兼護內心盤算趁此機會，也要除掉異己趙光祖，當然不肯善罷甘休，一連串的陰謀由此展開……
第27集
吳兼護命令長今和韓尚宮在御膳廚房再煮一鍋全鴨湯，命阿紅試，以證明全鴨湯是否有問題。未料崔尚宮等人早已事先讓阿紅吃下，含有發燒藥材的點心，阿紅吃過全鴨湯之後，全身發燒終至昏倒。吳兼護宣稱韓尚宮和長今罪證確鑿，並且上疏中宗處以斬首極刑，幸好閔政浩握有吳兼護與崔判述勾結不法的證據，讓韓尚宮與長今免除一死；最後定罪驅逐到濟州島去做官婢。不過韓尚宮在牢中受到不少災難，身心俱疲，在去濟州島的路上，長今強忍悲傷，背著韓尚宮，希望韓尚宮打起精神，但是韓尚宮氣力已盡，終於嚥下最後一口氣……死在長今的背上……
第28集
韓尚宮在流配濟州島途中過世，長今傷心欲絕，長今到了濟州之後，三番兩次逃跑，想要回到京城…無奈每次被官兵捉到，再度被關回去。閔政浩不顧一切丟下京城的官職，到濟州來希望協助長今。崔尚宮終於如願以償，當上御膳廚房最高尚宮。除了得意洋洋，也決心恢復御膳廚房舊有的惡習。閔政浩得知長今一心要回到京城，因此暗地買通船家希望送長今離開濟州，但是在見到長今之後，告知長今如果現在逃跑，就是死路一條。希望長今給他一次機會，他一定會將事情調查水落石出，還長今清白，長今思考良久…決心先跟閔政浩回到濟州官衙不再逃跑……
第29集
濟州牧使接到京城教旨，原來閔政浩就是新任的濟州萬戶大人，除了給予相當的禮遇之外，也特別恩准長今跟隨張德到官衙的藥房去做官婢，張德雖然醫術高明，但是行事作風怪異，長今屢次與張德當面起爭執。張德雖然表情冷酷，內心對病患存有關懷；張德雖然見錢眼開，但是卻慷慨解囊，為了濟州百姓開鑿池塘希望濟州人有清水可以喝。但是張德也不顧一切，違反官衙規定進入流配罪犯的處所去幫罪犯看病，種種行為長今雖然不是很了解，但是對於張德卻漸漸佩服，也對張德的醫術感嘆。後來，長今得知張德行事或是行醫自有其一番道理……
第30集
長今正式拜張德為老師，學習醫術，希望醫術學成之後可以有機會重回宮廷。張德要求嚴格，長今不分晝夜苦讀，張德對於長今的進步頗為滿意。連生在宮中終日悶悶不樂，一日不慎在殿閣下遇到了中宗，中宗對連生心生憐愛，寵幸連生，連生一躍而升為特別尚宮。長今在濟州巧遇多栽軒的鄭主簿，鄭主簿得知張德心懷仇恨替人治病，頗為氣憤，不希望長今跟著張德學習醫術。長今終於得知張德為何平日冷酷無情，原來張德過去有著一段不為人知的苦痛怨恨……
第31集
時間過了兩年，德久準備行李，到濟州去看長今。長今專研醫術已經稍有成就，隨時可以獨自幫病患把脈開立藥方，但是因為曾經幫張德施針出過很大的差錯，因此對於施針遲遲不敢再度嘗試。德久因為暈船嚴重，被人背到官衙藥局，長今以熏療法治療德久，德久終於漸漸甦醒，德久與長今兩人久別重逢，感慨萬千……當閔政浩與張德離開濟州到牛島去的時候，倭寇突襲濟州。倭寇主將生病急需大夫診療，長今被逼上陣施針，終於成功治愈倭將並且協助閔政浩擊退倭。
第32集
長今被義禁府的官員押送到京城，濟州牧使呈給皇上的奏摺內容謊稱長今內通倭寇。因此，長今受到義禁府官員拷問，幸好閔政浩挺身而出說出真相，長今才得以脫離險境。當長今知道閔政浩不願意留在京城，想要再度回到濟州去，長今勸閔政浩要留在宮內擔任京官職務為國效力，長今在回濟州的途中，到埋葬韓尚宮娘娘的地方拜別韓尚宮。因緣際會遇到一戶官宦子弟，並且替他根治久年不癒的陳疾得知宮廷即將舉行醫女選拔，立刻趕回宮去參加選拔，鄭雲白為當時主考官之一，希望長今捨棄仇恨之心，以仁心仁術行醫。德久在得知長今高中金榜，欣喜若狂，長今也正式入宮接受醫女訓練……
第33集
長今正式開始接受醫女教育訓練，遇到一位嚴厲的醫學教授。對於長今在途中幫一位戶判大人的公子治病事情相當不滿，因此還沒開始正式上課，就被教授視為眼中釘，此後教授更是處處難為長今，雖然長今表現優異，不過申教授對於長今始終不假辭色，申教授的考試等級分為五等，如果得到三個不通就會被淘汰，長今已經被申教授記了兩個不通，萬一這次的考試再不通過就必須要被淘汰……
第34集
長今與信非相互激勵，努力學習，成為醫女訓練班的最優秀學生。張德遠從濟州來看長今，長今喜出望外，同時鄭雲白也帶來一個壞消息：告知長今已經得到三個不通，顯然不能留在宮廷做醫女。原來是李教授公報私仇，故意刁難長今和信非。申教授雖然據理力爭，卻被李教授威脅，萬不得已申教授決定讓所有的醫女訓練生，不通過這次的考驗，惹惱了督提調，督提調決定親自來檢定這批醫女，意外發現長今等人非常傑出，長今終於如願以償進入內醫院做醫女，開始嶄新的生活……
第35集
皇后娘娘突然有流產跡象，內醫院召集所有相關人員開緊急會議，此時御膳廚房最高尚宮也進入內醫院開會，長今和今英終於相遇。多年不見，竟然在這樣的場合，並且各以不同的身分相見，兩人難免震驚。當崔尚宮見到長今回到宮廷來，也忍不住驚訝與憤怒。內醫正鄭允壽居心不良請崔尚宮放心，並且答應崔尚宮盡快想辦法將長今逐出宮廷。皇后娘娘身體一直沒有好轉，長今雖然對於內醫院第一醫女阿烈的診脈持有不同的意見，但是只能在心中存疑不敢明說……
第36集
皇后娘娘自從小產之後，身體一直無法恢復健康。內醫院諸位醫官以及醫女甚為憂心，卻又苦無其它辦法。此時，信非將長今與阿烈的診脈結果並不相同的事實告知申主簿，申主簿大為驚訝，認為此事非同小可，內醫院緊急開會並且決定由長今和阿烈重新再來診斷一次，阿烈認為皇后娘娘的脈像是牢脈，而長今則是把出散脈，散脈意謂皇后娘娘的腹中還有死胎，但是大家分明親眼見到皇后娘娘已經產出死胎，萬一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘懷的是雙胞胎，但是皇室內從未有過雙胞胎前例，但是鄭雲白相信長今為皇后所把的脈，並且決定使用佛手散芎歸湯，皇后娘娘終於產出另一個死胎恢復健康，眾人對長今的把脈正確而另眼相看……
第37集
太后娘娘陳年老疾日益嚴重，此時又聽信崔尚宮的讒言，不願意接受申主簿的治療，並且不假辭色斥責中宗退出太后殿。中宗與皇后為此煩憂不已……並且決定先罷除申主簿醫官之職，以求太后息怒。如果太后還是不肯接受治療，中宗甚至準備再設昭格署恢復功臣田，只求太后娘娘接受治療。長今眼看申主簿即將被撤銷官職，不顧性命危險，希望與太后娘娘對弈，以自己的性命作為賭注。太后對於長今的膽識與急智甚為懾服，決定給長今一次機會，但是當太后決定接受治療時，卻已錯過最佳治療時機，深受病痛之苦，連湯藥都無法喝下，不但驚動宮廷，甚至中宗也聞風趕到太后殿……
第38集
皇后懷念過去長今所做蕎麥年糕的美味…請長今再度展現手藝，長今滿懷興奮誠心準備。皇后娘娘吃到美味的蕎麥年糕，心滿意足稱讚有加，今英看在眼裡懷恨在心，因此吩咐阿烈必須要想法子將長今趕出宮外。此時，傳來京城附近爆發疫病，中宗甚為震驚，派監賑禦使以及醫官和醫女等人到疫區為百姓治病，長今被阿烈陷害被派至疫區，當疫區病情無法控制京城下令要封鎖整個村子，阿烈又故意不告知長今，將長今與疫區村民一起封鎖在村子裡面，無法離開，長今萬念俱灰……未料閔政浩發現長今沒有及時到達集合地點，回到村子來找長今……
第39集（電視劇情大全
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長今一個人被留在封鎖的村莊里面。而當長今知道自己是被刻意遺棄在疫區，長今失望傷心，難掩悲痛。閔政浩除了安慰長今，同時打算帶長今離開疫區，不過村內的百姓有些人病痛；還有些人是照顧病患的一般村民，長今又怎麼忍心丟棄這些人獨自離開？因此決心留在疫區照顧村民。閔政浩也快馬加鞭到各處去找尋藥材，甚至將張德帶回疫區一起照顧疫區病患。長今發現菜園裡面的蔬菜都腐爛，而且擴及各地，與張德討論過後得到結論，百姓們並不是得了傳染疫病，而是因為吃下病變的蔬菜引發的食物中毒，立即回宮禀報這件事實，崔尚宮卻認為這只是長今與閔政浩搪塞延遲回宮的理由，並且決定親自嘗試食用腐爛的蔬菜，確認長今所言是否屬實……
第40集
閔政浩與長今因為沒有在規定時間內到達集合地點受到處分，閔政浩被罷除官職，幸由一位隱居草野的官員詳細寫了一封文情並茂的上疏給中宗，中宗得知其中原委，立即召回閔政浩並且予以升遷，而長今也因閔政浩力保得以繼續留在內醫院。連生懷孕的消息傳開，並被冊封牒紙為從四品淑媛娘娘，而內醫院指定由阿烈負責照顧連生，阿烈明知連生身體狀況不適，有風熱症狀，卻告知連生只是孕婦血虛症狀，讓連生吃下不該吃的食物，目的只是希望造成連生小產，幸好長今聽連生訴說自己的病狀時，再度替連生診脈，查出原因告知申主簿，希望可以挽回連生肚子裡的小孩……
第41集
長今識破阿烈的詭計，立即上報申主簿，申主簿等人經過再度診脈得知連生並不是血虛引起暈眩頭痛等症狀；而是因為風熱所引起，阿烈的行為雖然引起申主簿強烈的質疑，不過阿烈堅持否認事先知道連生的狀況，因此也只能讓阿烈自我反省，今英知道自己無法挽回閔政浩的心意，決定與閔政浩情斷義？但是難掩心中失落與傷痛……長今為了替韓尚宮洗卻污名怨恨，決定去偷內書庫的皇上病簿日誌手抄，希望日後好好研究，未料卻被內侍府的內侍盤查，長今情況危急，幸有張尚膳出面保住長今……
第42集
崔尚宮對於張尚膳保住長今非常氣憤不滿，因此透過崔判述找到內需司的內侍不法情事加以威脅，逼內侍說出長今違反宮廷法道的事實。內醫正等人對於皇上的病情遲遲無法找出正確的原因，崔尚宮和今英為了討好皇后娘娘，特地獻上遠從大明國帶來的稀世補品猴頭菇熬湯獻給中宗，未料中宗食用之後，當夜再次昏倒。內醫正順水推舟將中宗昏倒的原因歸咎到御膳廚房，今英立刻被軟禁在內需司，而崔尚宮則是氣急敗壞的找崔判述幫忙，認為這是內醫正的誤診，才會導致中宗昏厥，不過這次的事情與上次中宗昏倒的事情環環相扣，崔尚宮等人也不敢太張揚，長今被內需司的人捆綁帶離出宮，性命危在旦夕……
第43集
長今因皇后娘娘的密令得以延續性命，不過必須要找出中宗的病因，在這之前要先到多栽軒隱居研究中宗病情。能夠讓長今在瞬間轉危為安是因為閔政浩在緊急時分想出來的好法子，閔政浩又請來張德陪同長今一起治療傷寒病患，也希望長今從治療這些病患當中，得到一些可以治療中宗的啟示。中宗再次昏倒，鄭允壽用過去同樣的方法，陷害是膳食方面出了問題，這次輪到今英和崔尚宮等人被關進義禁府，長今終於研究出可以治療疑似傷寒病症的妙方，如果將這妙方公諸出來，就可以讓崔尚宮和今英脫離險境，此時，長今心中猶豫，不知道該如何下定決心……
第44集
鄭允壽翻遍醫書找尋中宗的病因，申主簿與鄭主簿也認真查詢中宗病因，當內醫院得知長今回到宮廷來，莫不驚訝！尤其當長今說出中宗的病狀，卻不知病名為何，鄭允壽斷定這就是西漢張仲景金匱要略書中所提及的狐惑病，並且說出處方，卻與長今的處方大相徑庭，皇后正在猶豫不決之時，吳兼護等人力挺鄭允壽，因此決定用鄭允壽的處方治療中宗，未料中宗腹痛難耐長今所預言的病症一一出現，因此皇后決定信任長今，讓長今放手一博治療中宗，但是中宗又出現了失明的症狀，皇后又急又氣下令將長今與閔政浩抓起來予以嚴厲懲處……
第45集
長今治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外，中宗對長今也是另眼相看，從此皇后對於長今更是信任依賴，而內醫正內心愧疚，難以平復終至自盡崔尚宮等人因內醫正自盡，認為事情總算告一段落，未料長今告知手中握有內醫正死前寫給長今的遺書，希望崔尚宮等人自己說出真相，誠心向韓尚宮和母親請求原諒，不過崔尚宮等人對於長今握有內醫正遺書半信半疑，並且積極安排令路離開宮廷，以絕後患，吳兼護終於查出崔尚宮家族和長今之間長久以來的恩怨是非，不願意牽涉其中，準備勸說令路到義禁府將事實真相揭曉，以定崔尚宮等人罪行……
第46集
尹尚宮帶著崔尚宮給她的銀票和吳兼護右相給她的銀票去找長今，希望藉由協助長今定崔尚宮等人的罪行而保障自己未來可以登上提調尚宮的位置，長今明確告知，她不接受任何不正當的交易，當尹尚宮決定到司憲府告發崔尚宮等人的罪狀途中卻被崔判述手下擄走，崔尚宮使出反*讓尹尚宮和阿烈等人將所有的罪行導向吳兼護所為，並且殺死尹尚宮企圖脫罪，甚至先到太后娘娘處告狀要將吳兼護等人連根拔除，而當太后得知長今手中握有內醫正的遺書要求長今交出來，長今只好承認自己並沒有內醫正遺書，此時，崔尚宮更是志得意滿，認為自己已經勝券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鴨子事件，在大司憲的主導下，所有關聯硫磺鴨子事件的人必須到場說明當時情況，會議途中，赫然見到死去的內醫正出現，引起眾人詫異……
第47集
內醫正出現之後，硫磺鴨子事件總算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宮還是不肯接受事實，做最後的掙扎，使盡方法希望見到太后娘娘和中宗，卻不得其門而入，一個人獨自到明伊的墳前將自己多年來埋藏心底的話訴說給明伊，除了希望得到明伊的諒解，但是也表示會繼續這場戰爭，當崔尚宮準備到義禁府替今英脫罪時，不慎摔落山谷，終於身亡...而吳兼護、樸副兼崔判述和今英以及內醫正和阿烈等人都被判刑或流配或罷職……中宗大喜，除了獎賞長今之外也答應長今恢復韓尚宮以及長今母親的身分，並且讓長今了卻多年來的心願，暫時代理御膳廚房的最高尚宮職位……
第48集
中宗問及長今是不是多年前送酒的小朋友，長今稱是，中宗大喜認為這真是奇妙的因緣...並且答應長今的要求到活人署去工作。最近以來閔政浩對長今甚是冷漠，長今百思不得其解終於忍不住向閔政浩傾訴思念之情，原來閔政浩只是希望長今也要嚐嚐甚麼是思念之苦，兩人相對開懷大笑感覺彼此的心意。閔尚宮經過御膳競賽，贏得御膳廚房最高尚宮的職位，戰戰兢兢準備皇上膳食未料卻得到中宗的讚賞，喜出望外……皇后命長今回宮，希望長今照顧世子病情，經過至密尚宮的解釋，長今得知皇后的另一層意思，長今陷入痛苦，最後選擇逃離此地，要求閔政浩帶她一起離開這是非之地……
第49集
中宗得知皇后下令要求長今做長今寧死也不願意做的事情，便下令任命長今為中宗的主治醫官，引起宮廷軒然大波。閔政浩與長今準備搭船離開時，副官和右議政快馬加鞭趕來，阻止閔政浩去路，右議政對閔政浩曉以大義，希望閔政浩和長今都回到宮廷，而且要求長今拒絕皇上的任命，閔政浩卻堅持希望長今接受中宗旨意，唯有這樣長今才是做原來的自己，當長今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混亂，眾多儒生群起反抗，中宗卻堅持己見，不願意改變心意，連生被太后和皇后叫到中宮殿，太后厲聲責問連生為甚麼安排中宗與長今單獨對談之事，連生一時心急緊張不安，引起早產，幸好長今細心照料連生度過生死難關順利產下小公主，宮中洋溢一片喜悅……
第50集
慶源大君突然生病，高燒不退，引起內醫院一陣驚慌，而長今堅持婉拒擔任中宗的主治醫官，閔政浩對長今如此輕易放棄感到遺憾，此時京城已經開始傳出痘瘡病症，長今深入乞丐的住處，願意一個人和患有痘瘡的小朋友被隔離在茅屋，專心替孩童治病，內醫院禀報中宗和皇后，慶源大君的症狀正是痘瘡，皇后痛哭流涕，親自出宮找尋長今，此時雖然長今已經治好痘瘡的孩童，但是並不知道確切的病因，奉皇后之命回宮之後，與所有內醫院醫官和醫女一心一意同心協力，治療慶源大君，慶源大君終於康復，完成困難的使命，皇后對長今另眼相看，對過去自己所犯下的錯誤請求原諒，而中宗也不顧朝廷眾臣反彈，執意要任命長今為從六品主簿……
第51集
中宗執意命長今為主治醫官，引起宮內不小波動，不只朝廷眾臣議論紛紛，太后娘娘甚至在大殿門口跪席待罪，中宗無法承受不孝的罪名，答應太后收回任長今為主治醫官的成命，但是對於自己的懦弱和無能甚為感嘆無奈，由於中宗心事繁重憂心忡忡，因此長今時常勸中宗要如何打開心門，將自己內心的苦悶向最信任的人傾訴，中宗和長今接觸頻繁，太后認為既然中宗喜愛長今，就應該立即封長今后宮牒紙才是，消息傳出，長今再次陷入無盡的痛苦深淵，立即求見皇后娘娘，希望皇后娘娘了解自己的心意不要下賜后宮牒紙……
第52集
中宗逼問長今是不是愛慕閔政浩.長今坦承相告，心中卻暗地擔心會不會連累閔政浩……第二天中宗約閔政浩比賽射箭，一時難忍心中的憤恨，想要一箭射死閔政，但是終於忍住……中宗猶豫到底要不要封長今為后宮，此時閔政浩求見，告知中宗他曾經打算和長今一起逃離宮廷，但是又回到宮廷來，那是因為長今必須要發揮她的所長，繼續行醫，這是他愛慕長今的方式，也懇求中宗愛惜長今的才華，不要封長今為后宮，但是要命長今做中宗的主治醫官，中宗終於下定決心，不畏一切艱難，命長今為正三品堂上官，下賜大長今的稱號，閔政浩則被流配到異鄉……
第53集
長今將自己所研究學習的成果告知申益必和鄭雲白，希望得到支持可以幫中宗施行手術，但是所有的人並不支持長今的做法，長今苦無他法，眼見中宗病情每況愈下……中宗隱密下令.讓內侍府的人將長今送到閔政浩被流配的地方，希望兩人遠走他鄉，避免被朝廷官員追殺，但是長今堅持不願離去，此時傳來中宗駕崩的消息，各地已經張貼逮捕長今的佈告...多年後長今和閔政浩結為連理，生下一女，但是還是過著顛沛流離的逃亡生活。連生向皇后禀報得知長今的消息.皇后立即恢復兩人身分，請兩人回到宮廷，長今與多年不見的友人相見，喜極流淚……
