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17世紀初，荷蘭東印度公司于臺灣的經濟活動原先只僅止於澎湖，但當時中國明朝政府認為澎湖為其領土，使得荷蘭人於1624年轉而到當時未有實質政府統治的福爾摩沙（今臺灣）大員（今台南市）設立據點，佔領臺灣的期間由1624年至1662年。
荷蘭佔領臺灣的目的是為對中國大陸、日本、韓國與東南亞據點的樞鈕，並壟斷馬尼拉（西班牙殖民地）與中國大陸間的貿易。主要的輸出貿易內容包括砂糖、鹿皮、鹿肉、鹿角、藤、米，轉運貿易內容包括荷蘭的金屬、藥材，巴達維亞的香料、胡椒、琥珀、麻布、棉花、鴉片、錫、鉛，中國的絲織品、陶器、黃金。

以鹿皮為例，在1634年到1638年短短四年之間，由臺灣輸出到日本的張數由十一萬張成長到十五萬張。到了1658年，臺灣砂糖的輸出量已經足夠供應日本與波斯的需要，並增加巴達維亞為輸出物件。荷蘭東印度公司亞洲約有35個據點，日本據點的獲利為38.8%排名第一，第二名即是獲利25.6%的臺灣，但荷蘭東印度公司在這些地方的獲利主要是配送給荷蘭的股東，而非用回饋當地人或用於當地的建設。
當時在臺灣經營貿易的國家除了荷蘭，尚有日本人，鑒於日本人的經濟競爭，荷蘭遂對日本商人課征10%的稅，引起雙方不滿，甚至發生濱田彌兵衛事件，1628年兩方終止貿易，1632年才又恢復，但日本在不久之後進入鎖國時代。除此之外，因為荷日兩方政府對於其所有領地都有司法權執行的權力，為此兩方也發生過衝突。