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清朝是中國歷史上最後一個封建王朝，集各種權力於一身的皇帝，總結歷史上各朝代的經驗，為加強中央集權，削弱、分化大臣權利，以防權臣篡位，建立了一套有別於以前各朝的官制。

內閣：
明朝時為了進一步集權而不設宰相、中書省等機構，宰相的權利轉移到內閣，由內閣來處理國家政務。清朝繼承了這一做法，內閣的首輔大學士以及協辦大學士都被稱為中堂，即宰相的別稱，但實權則由軍機處掌握，在軍機處任職的官員稱為軍機大臣，統稱大軍機，軍機大臣的僚屬稱為軍機章京，又稱小軍機。

中央行政機構：
清朝沿襲明朝傳統，設六部（吏、戶、禮、兵、刑、工），各部長官（管部的大學士及尚書、侍郎等）稱堂官，部下屬各司的郎中、員外郎、主事以及主事一下的七品小京官稱為司官。
在六部之外和六部並立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府。

軍事系統：
清朝軍隊主要分八旗和綠營兩個系統。
八旗又分京營和駐防兩部分，京營中侍衛皇帝的稱為親軍，由侍衛處（領侍衛府）領侍衛內大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清門侍衛和皇帝出行隨扈，權位尤重。其他守衛京師的有驍騎營、前鋒營、護軍營、步兵營、健銳營、火器營、神機營、虎槍營、善撲營等。驍騎營由八旗都統直轄；前鋒營、護軍營、步兵營各設統領管轄；健銳營、火器營、神機營由於都是特種兵，設掌印總統大臣或管理大臣管轄；虎槍營專任扈從、圍獵等，設總統管轄；善扑營則專門練習摔角。
駐防八旗駐扎於全國各重要之地，視情況不同設將軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等官。內地將軍等只管軍事，而駐扎邊疆的將軍等要兼管民政。清朝的將軍是滿官的稱號，戰時則任命親王為大將軍。
綠營即漢兵，駐扎京師的稱巡捕營，歸步軍統領管轄。綠營的建制分標、協、營、汛幾級，標又分為督標、撫標、提標、鎮標、軍標、河標、漕標等，分別由總督、巡撫、提督、總兵、八旗駐防將軍、河道總督、漕運總督統率。督標、撫標、軍標、河標、漕標都是兼轄，實際各省綠營獨立組織為提標、鎮標，提督實為一省的最高武官，總兵略低於提督。總兵以下，副將所屬為協，參將、游擊、都司、守備所屬為營，千總、把總、外委所屬為汛。

行憲機構：
清朝沿襲明代設監察院，左都御史、左副都御史為監察院長官，右都御史、右副都御史則為總督、巡撫的加銜。

地方行政：
清沿襲明制，大致分省、府、縣三級，總督、巡撫為掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員，布政、按察兩使為督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防將軍和提督學政，不過駐防將軍只管八旗駐軍；提督學政只管學校與科舉考試，其權力不能與督、撫相比的。省以下有道的設置，道為監察區性質，不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種，兼兵備銜，另有一些不屬布政、按察二司的道，如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下為府，設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下為縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的為散廳，設置同直隸廳。在少數民族地區則設專門機構管理，即土司，一般分為兩種：一種由軍事部門管轄，如宣慰司、宣撫司、安撫司、招討司、長官司等，長官為宣慰使、宣撫使、安撫使等；另一種是由行政部門管轄，也設府、縣等，官員稱土知府、土知縣，通常由少數民族頭人擔任。