根據史書記載，明朝太僕寺卿沈光文西元一六六三年逃入羅漢內門，結茅為僧，奉祀觀音，以漢文教授番黎，他曾在普陀幻住庵詩中自 稱「逃禪漫學誦經文」，內門鄉的觀音信仰可追溯到此。爾後，移民漸眾，祖籍福建省德化縣五穀溪的郭文良，育有六子，根據郭家族譜記載，郭文良死後，其妻朱氏在康熙卅五年(西元一六九六年)與四個兒子，次子元欽、三子元樞、四子元興、五子元章，渡海來台，在現在內門鄉觀亭村番子路落腳。
當時的移民習慣，大都將家中原供奉的神像或香灰，隨同攜帶來台，一方面聊慰鄉思，並克服對渡海路途險惡的心理畏懼，另一方面家鄉神明也成為遊子在海外創業時的精神支柱。
郭家四兄弟渡海移居內門時，從家鄉奉迎三尊觀音菩蕯神像同來，先在當時內門漢人開墾最興盛的中埔番子路一帶落腳，後來逐漸發展而分枝，元欽奉迎大佛祖移居東勢埔，元樞、元章奉迎二佛祖遷往石門坑，四子元興仍留在番子路奉祀三佛祖。
郭元興將觀音佛祖安奉在家中廳堂內，早晚燒香祭拜，雍正十年，某天清晨燒香時，香爐竟然不見了，遍尋不著。幾天後，才在今內門紫竹寺寺址的石榴樹三叉枝上發現，令人詑異的是，爐內依舊香煙裊裊，香火未熄。
經郭元興請回後，香爐再次不翼而飛，又再次在寺址的石榴樹三叉枝上發現，如此一而再，再而三的發生，這個神奇的現象，終於引起庄民注意，大家議論紛紛，最後由當時分駐羅漢內門的台灣縣丞葉文炳提議請示神意：以石榴樹處為香火地，郭氏獻佛，庄民共同建寺。庄民聞悉，熱烈響應，依據台灣縣志記載，殿宇工程在隔年的雍正十一年(西元一七三三年)就完成。
廟宇完成後，信徒公議應將大佛祖、二佛祖迎回同祀，結果在東勢埔的大佛祖請回，但坐鎮石門坑的二佛祖，因當時漢人進入該地開墾，時常與土番發生爭鬥，地方擾嚷不靖，當地民眾不肯讓二佛祖離去而作罷。
觀音佛祖原本只是郭氏家族的保護神，因「飛爐」神蹟顯赫而由庄民共同出資建寺，更因神威遠播，南北信徒慕名前來參拜者日眾，內門紫竹寺已成為全省最具歷史與規模的「觀音媽廟」。
內門紫竹寺建廟至今，經過五次重修，分別在乾隆十七年，嘉慶十九年，光緒九年及民國十七年。直到民國五十七年七月廿三日，信徒代表大會認為香客與日俱增，現在寺宇已太擁擠，而且建築物久經風吹雨蝕日曬，已顯破舊不堪，因此決議重建。公推黃承城先生為重建委員會主任委員，管理人游讚芳先生為副主任委員，負責重建工作。
今日所見巍峨大廟，是民國五十八年七月廿九日(農曆六月十六日)卯時動土興工，群山屏障，頗具靈氣。
建之初，寺內存款僅四十萬元，與龐大的重建費相比，簡直九牛一毛，但重建委員會主任委員黃承城堅持「不主動對外募款」，並未大肆對外募捐，而自開工以來，經費源源不絕，從不短缺。重建工作歷時十二年才完成，包括堂皇的主殿，及牌樓、功德亭、九品蓮花池、十八天王洞，龍樓鳳閣、九龍壁、香客大樓等附屬建築，共耗資三千多萬元。
內門紫竹寺不但是內門鄉的信仰中心， 也是全省觀音信仰的中心寺廟，每年農曆二月十九佛祖誕辰日、六月十九佛祖得道日、九月十九佛祖出家日，來自南北各地的香客，絡繹不絕，尤其以二月十九日佛祖誕辰最為盛大熱鬧，這一段香期人山人海，熱鬧非凡，平時寧靜的內門鄉，這時全鄉幾乎沸騰起來。
尤以民國七十年農曆十二月十四日建醮普渡日、民國七十六年農曆二月十三至十六日「佛祖遶境出巡」，造成空前人潮，鑼鼓聲、鞭炮聲和人群的吵雜聲交織，人神交會，整個山區都為之震動。
內門紫竹寺除了重視慈善事業外，更不斷推動文化教育事業，設立清寒優秀子女獎學金，並接受由台糖旗尾廠退休的鄉紳游信義建議，民國七十五年一月一日在萃文書院設立圖書館，由於館內設備完善，成為鄉內學子一處讀書的好處所，並延聘游信義為圖書館管理員，直到民國七十八年八月一日，鄉公所興建完成現今位在寺方左側的新圖書館，內門紫竹寺將原有圖書全部移交鄉公所接 管，而新圖書館約一百多坪的用地也是由寺方無償捐獻。
移交時館內藏書三千三百多本，目前則擴充至一萬七千多本，是鄉內精神文化食糧的所在，帶動讀書風氣，居功厥偉，而其初基則由內門紫竹寺奠定。
觀音佛祖在民間信仰是救苦救難的化身，內門紫竹寺在歷屆主任委員領導擘畫下，又積極推動地方公益事業，弘揚觀音佛祖「慈悲為本，方便為門」慈悲救難精神，除了過去辦理的貧困救助、清寒獎學金、圖書館、長青俱樂部等之外，擬再設立長青養老院、幼兒院，及開辦醫事學校為遠程目標，期使「老有所終，幼有所長，鰥寡孤獨者皆有所養」，使社會朝向大同理想境界邁進。
1.鎮殿觀音佛祖
2.大佛祖 妙音
3.二佛祖 妙元
4.三佛祖 妙善
5.紫竹寺外貌
