維基解密持續連環爆，不僅爆出總統馬英久不喜歡黨內大老們，其實大老對馬英九的態度也很冷淡。連戰選前與美國在台協會台北辦事處處長楊甦棣講到總統參選人馬英九時，連戰說：「我們沒有別的選擇，就是這個人，就是他出場。」
連戰在2007年7月24日對楊甦棣講到統參選人馬英九時，連戰說：「我們沒有別的選擇，就是這個人，就是他出場。」
AIT還在報告中加入，連戰態度冷淡(lukewarm)，不是很支持馬英九，電文也指出，連戰並無說明他推動國共兩黨協議的具體計畫，加上他與馬英九關係不佳，連戰並非馬英九兩岸政策的主要平台。
同年8月3日，國民黨大陸事務部主任張榮恭向AIT表示，連戰不喜歡馬英九，因為連戰覺得，馬英九把個人政治利益放在國民黨利益之前，包括2004年三一九槍擊案發生後，馬英九私下要求連戰停止所有競選活動，隔天還要連戰承認敗選，不要挑戰選舉結果。
2007年電文寫到，連戰說，暫時還不想替馬英九站台輔選，楊甦棣還註明，連明顯表示對馬的不屑態度
2009年兩篇電文提到，楊甦棣詢問連戰，馬英九特赦前總統陳水扁的可能性，楊甦棣用「你不喜歡的那個人」形容扁，連戰卻回：「你是指馬英九嗎？」
不只連戰對馬英九不滿，2007年5月台中市長胡志強與楊甦棣討論台灣政局發展，胡志強批評，馬英九接受親民黨的勒索，讓出立委提名席次，「失去展現勇氣(guts)的機會。」
2009年11月，擔任國安會秘書長的蘇起向AIT主席薄瑞光批評立法院長王金平，「為了個人政治理由呼應民進黨的觀點」，讓美牛議題在立法院無法闖關成功。蘇起質疑台北市長郝龍斌出身新黨，「其實都不願意幫馬總統忙。」
