這次大腸桿菌疫潮源頭指向有機豆芽，再令人關注有機耕種和有機食物的安全問題，儘管有些有機食物組織堅稱，從長遠來看，該事件不會打擊人們對有機食物業的支持，因為大公眾在比較之下，更擔心傳統農業大量使用化肥農藥所造成的危害。
有機食物強調不採用化肥。有學者質疑，有機農場使用動物糞便作肥料，可能會把動物腸道內的大腸桿菌帶入泥土， 亦有可能污染灌溉用水，讓農作物受污染。1996年美國即發生過一宗大型大腸桿菌爆發，多人吃了受污染菠菜後感染，而源頭是一家加州小型有機農場。該農場強調不用化肥，但處理菠菜地點附近有牛隻，讓菠菜受糞便污染。美國藥管局（FDA）此後便加強對有機食物的監管。
堆肥未完全熟成 易受病原污染
浸會大學「香港有機資源中心」主任黃煥忠指出，有機種植的堆肥會以動物糞便、腐爛果水等堆成，若堆肥未完全熟成，有可能受病原體如糞生大腸桿菌的污染。雖然豆芽毋須用堆肥泥種植，但以相關的培養液發芽時，這些芽菜便有機會受大腸桿菌污染。他續稱，有機水耕更容易受大腸桿菌污染的原因是：相關蔬菜主要是以豆子發芽 ，5至7日便有收成，大腸桿菌亦可在水中滋長，反之，若以堆肥泥作種植，在1至2個月內，泥土會經過陽光照射殺菌。
但美國明尼蘇達大學一項調查亦指出，有機食物發現大腸桿菌比例，並不比非有機食物多，但指出無牌照（uncertified）有機食物發現大腸桿菌的比例較大。事實上，美國過往很多食物污染事故，都跟有機耕種無關，處理食物程序是否安全衛生才是關鍵。此外，有機耕種亦不一定使用糞肥，香港大部分有機農場即使用花生碎粉及動物骨粉等做肥料。
黃煥忠說，獲「香港有機資源中心」認證的有機農場，所用堆肥質量內含的糞生大腸桿菌，必須達到每克少於1000mpn的指標。但他提醒市民，若自行在後院用廚餘堆肥未熟成，以相關培養液種植有機沙拉菜自家食用，同樣有大腸桿菌污染的風險。研究亦顯示，以腐爛果加水作堆肥材料，若處理不妥，其大腸桿菌含量可超標近200倍。
