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古時日本權力曾一度凌駕於天皇之上的中央機構。其最高權力者為征夷大將軍，也稱為幕府將軍。
日本歷史上共經歷了鐮倉幕府、室町幕府、江戶幕府三個幕府歷史時期。

日本古代有著長期軍人干政的歷史，軍事強人以成為征夷大將軍（俗稱幕府將軍，簡稱將軍）為志向，設立幕府，為最高指揮機構。
大部分的幕府將軍，形式上取得天皇授權，實為以軍事統治進行封建統治，凌駕正規的文人中央集權政府機構。
有人認為「鐮倉幕府」和「室町幕府」事實上是當代用詞； 當時人們並沒有把鐮倉和室町稱為「幕府」。

幕府政治:
日本封建武士通過幕府實行的政治統治。
又名武家政治。幕府一詞始自古代漢語，指出征時將軍的府署。在日本，最初指近衛大將住所，轉指武士首領征夷大將軍（簡稱將軍）府邸，後又稱將軍為首的中央政權為幕府。
始於1192年 鐮倉幕府建立，中經室町幕府，至1867年 江戶幕府的德川慶喜還政於天皇，幕府政治結束。 ((有部分時間是1185年~1867年))

鐮倉幕府:

由關東武士首領源賴朝創立，成立時間說法不一，一般認為在1180年源賴朝起兵反對平氏政權至1192年被任命為征夷大將軍這段時間內。源賴朝實行獨裁，其幕府設在鐮倉，有負責幕府領域內行政與財務的政所、統轄與源氏結成主從關係的武士接待所、和審理武士訴訟的審問所。將軍任命武士到全國各地任地方行政單位「國」的防禦和各莊園的領主，掌握地方警察、徵稅和土地管理權。鐮倉幕府是以將軍為首，武士為主的武士政權，與天皇為首的朝廷並存，但握有實權。

1199年源賴朝死後，幕府大權漸由源氏外戚北條氏控制。
1203年北條時政就任政所首長別當，
1213年北條義時兼任政所和侍所兩別當職，總轄幕府，稱執權，幕府遂由將軍獨裁向北條氏執權政治過渡。
1221年（承久三年），不滿幕府存在的後鳥羽上皇發動討幕戰爭（承久之亂），旋被打敗。戰後，幕府流放後鳥羽等3個上皇，廢仲恭天皇，另立後堀河天皇，新設六波羅探題以監視皇室，並沒收參與叛亂的皇族與貴族的莊園。
幕府權力超過朝廷，甚至干預天皇的繼承。北條泰時除設連署，任命北條同族人員擔任外，為緩和武土內部的矛盾，爭取武士的支持，於1225年設置評定眾，由15名有勢力的武士組成，與北條氏共同參與幕政。
1232年公佈第1個武士政權成文法《貞永式目》，共51條，為武家法律之本，並逐漸成為全國性的法律，表現鐮倉幕府的成熟與鞏固。

鐮倉幕府後期，由於農民反抗和武士貧困，社會問題日漸表面化，特別是在1274年和1281年的兩次抗元戰爭之後，較中下階武士因未得賞賜，對幕府日益不滿。北條氏得宗（即嫡系）為鞏固統治，僅任命本家子弟為評定眾與諸侯，獨攬幕府大權。
1324年，後醍醐天皇舉兵倒幕，1333年下野豪族足利尊氏響應，5月上野豪族新田義貞攻入鐮倉，鐮倉幕府滅亡。後醍醐天皇親政，第二年改年號建武，是為建武中興時期。

室町幕府:

足利尊氏不滿後醍醐天皇輕視武士利益的政策，於1335年起兵反叛，1336年攻佔京都，立光明天皇為傀儡。
11月仿鐮倉幕府《貞永式目》制訂《建武式目》，共17條。在京都開設幕府。
12月，後醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自稱正統，形成南北兩個政權的對立。

到了第3代將軍足利義滿時，幕府達到全盛時期，1378年在京都室叮建成幕府新址，1392年合併南北朝，實現全和的統治，朝廷名存實亡。幕府機構進一步完善：將軍下設管領，總轄幕政，輔佐將軍，由足利民同族的諸侯斯波、細川、畠山3家輪流擔任，稱「三管領」。其下設待所司警衛、政所司財政、向注司文書、評定眾和引付方司訴訟。其中最重要的詩所首長稱所司，由山名、一色、赤松、京極四家輪流擔任，稱「四稱」，可見室町幕府實際是以將軍為中心的強大諸侯的聯合政權。將軍直轄領地狹小，直屬軍事力量少，權力不如鐮倉幕府初期的將軍。

統治各「國」的諸侯，擁有領地、武士和家臣團，具有強烈的地方割據性質，自足利義滿時起，諸侯的叛亂事件時有發生。由於幕府和諸侯加緊剝削，各地不斷發生稱作「士一揆」的地侍、農民聯合起義，也動搖了幕府統治。第8代將軍足利義政時，爆發統治階級的大規模內亂應仁、文明之亂（應仁之亂），從此進入室町幕府後期((戰國時代))。此後幕府與諸侯勢力均一蹶不振，地方領主與武士則趁機發展勢力，彼此混戰。農民的反抗也更加激烈，著名的有山城農民起義（1485～1493）和一向宗暴動等。至16世紀中葉，一些地方領主與武士已經發展成為控制一方的戰國諸侯，著名的有甲斐的武田信玄、三河的德川家康、尾張的織田信長、及毛利元就等。他們在領國內把地方領主組織為自己的家臣團，積極發展工商業和經濟，頒布法令，直接統治農民，形成割據勢力，而幕府的控制範圍僅限於近畿一帶。在角逐中，織田信長的力量逐漸超過其他戰國諸侯，1568年進入京都，1573年滅亡室町幕府，日本走上統一的道路。
織田信長死後，部將豐臣秀吉繼承其事業，在1590年完成統一日本大業。但豐臣秀吉並未開設幕府，1585年被天皇任命為關白，次年兼任太政大臣，利用朝廷權威鞏固自己的權利。1598年豐臣秀吉病死，德川家康推翻豐臣政權，重開幕府政治。


江戶幕府(德川幕府)

1603年，德川家康被任命為征夷大將軍，在江戶設幕府，至第3代將軍德川家光時，幕府機構大體完備。幕府領地約佔全國土地四分之一，其餘由諸侯擁有，稱藩國。
將軍是全國最高統治者，下設老中，決定政策，統轄政務，負責控制朝廷、諸侯與外交；另設若年寄，負責掌握幕府領地與直屬家臣，還設寺社、江戶町、勘定三奉行，分掌寺社、財政與江戶市政、幕府直轄領地內的訴訟。
幕府在直轄領地設郡代或代官，通過測地、村年貢承包制、五人組制等，直接控制農民。德川將軍權力較鐮倉、室町時代強大。

諸侯是各藩國的統治者，下設家老、年寄等，直接統治人民，擁有領地的行政、司法和年貢徵收權等。幕府設巡見使及被稱為目付的監察官監督各藩國，並採取諸侯參觀交代和諸侯改易等辦法控制諸侯，但各藩國仍具有相對獨立性。因此形成在德川將軍控制下的各藩國分割統治的政治體制。
17世紀末，由於經濟發展，幕藩體制出現危機，表現為幕藩財政困難，農民起義頻繁。為應付危機，幕府在18世紀中葉至19世紀40年代先後實行改革，但均未奏效。

1854年日本開國後，民族危機又加劇了封建制危機。薩摩、長州等西南強藩，在改革派下級武士推動下，逐漸採取與幕府不同的政策，殖民興業，抵抗外敵。在幕末農民起義和薩長等西南強藩為中心的倒幕運動壓力下，第15代將軍德川慶喜於1867年末被迫宣佈「奉還大政」。
1867年12月9日倒幕派發動「王政復古」政變，宣佈廢除幕府制度。新成立的明治天皇政府經1868～1869年的戊辰戰爭，徹底打倒幕府勢力。至此，日本的封建幕府政治結束。