外交部16日晚間表示，正在瑞士日內瓦出席第64屆世界衛生大會（WHA）的行政院衛生署長邱文達已於大會開議當天（5月16日）上午11時30分，在大會議場大樓內約定的會議場所，當面向WHO幹事長陳馮富珍指派代表、該組織法律顧問Gian Luca Burci，表達我對WHO內部規範與我互動文件貶抑我國格的強烈不滿，並向WHO提交我方正式書面抗議。
外交部說，甘比亞衛生部長、諾魯衛生部長、尼加拉瓜駐日內瓦聯合國大使及史瓦濟蘭出席WHA代表團團長等友邦代表都在現場陪同邱文達遞交抗議函，帛琉衛生部長及巴拿馬駐日內瓦聯合國大使亦隨後到場表達對我國的支持。
外交部指出，邱文達於會晤Gian Luca Burci法律顧問時，口頭表達我方嚴正立場：一、我政府對WHO該內部文件表示強烈抗議。
二、我方對於該內部文件之內容完全無法接受。
三、我與WHO 2009年針對IHR執行的換函，效力應超越WHO該份內部文件。
四、WHO對我之稱呼應符合WHA的實踐。
邱文達於致陳馮富珍的抗議函中則表示，衛生署是保障及提升台灣2300萬人民健康權利的最高衛生當局，也是在台灣及其鄰近島嶼與水域有效執行IHR的唯一機構。正因如此，2009年元月WHO來函將我國納入IHR的運作網絡，並要求我方指定「台北聯繫窗口」(Point of Contact in Taipei)，與WHO聯繫窗口進行直接通聯。然而，WHO卻在2010年9月規範在IHR架構下與我互動的內部文件中，陳述不當的執行程序及對我的謬誤稱謂，呈現偏頗的政治意涵，不僅全然與事實不符，而且阻礙IHR的實施，我向WHO表達絕無法接受且嚴正抗議的立場。
該抗議函中並提到，我已連續三年獲邀出席WHO的最高權力機構世界衛生大會，所有大會官方文件都以「中華台北」（Chinese Taipei）稱我。WHO有關IHR的內部文件稱呼我名稱悖離WHA實踐，我對此深感遺憾，誠盼WHO基於一致性及透明化的原則，立即處理此錯誤並予改正。
外交部說，我友邦與會代表都對此事表達關切之意，認為WHO對我的稱謂不符合事實，且未予我國適當尊重，呼籲WHO妥慎處理。Gian Luca Burci法律顧問代表陳馮富珍收下邱文達署長抗議函，表示立即轉致，大會後將就我方抗議內容進行研究，並與我保持後續聯繫。Gian Luca Burci法律顧問並稱，過去兩年中華台北在大會中的表現令人印象深刻，希望我們繼續參與，在WHA中有更突出之表現。
