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隋末河南洛陽人，北魏宗室，汝陰靈王拓跋天賜的玄孫、元修義的曾孫，安昌平王元均的孫子，安昌郡公元則之子。個性耿直，明辯有器干。北周時曾為右侍上士。後在隋朝，歷任內史舍人、尚書左丞、太府卿等職，頗有能名，隋煬帝繼位後，拜御史大夫，在當時受到信任。

617年，在隋煬帝出走江都後，與段達、皇甫無逸、韋津等同為東都留守。次年，隋煬帝崩，與達等推越王楊侗為帝。任內史令、開府儀同三司、光祿大夫、左驍衛大將軍、攝右翊衛將軍、魯國公等官職，倍受重用。由於洛陽兵權為王世充把持，又有宇文化及另立秦王楊浩為帝，元文都遂建議楊侗招降當時勢大的李密以跟王世充制衡。

元文都因為此計大大得罪王世充，在楊侗意欲拔擢元文都擔任御史大夫時，王世充大力阻礙，元文都鑑於王世充仗著兵權在手日益跋扈，因此入朝向楊侗進言須殺王世充，並與盧楚等謀趁世充入朝時伏兵殺之。不料事洩，王世充奔往含嘉城，聯合段達發動兵變，殺元文都，諸子亦全數遇害。