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　　清國抗法名將劉永福在台北失陷時人在台南負責軍政要務，不因總統唐景崧及副總統丘逢甲的潛逃而逃亡，又向各知事(縣長)要求留下抗日，其中在台東的胡傳知事，即胡鐵花乃胡適之父，也同一般唐山人一樣拒絕抗日而在八月十五日離台。日本南侵軍佔領彰化後，認為再往南下更為艱辛。又從本國加派兵力並加任台灣副總督之職由陸軍中將高島柄之助擔任，並為攻佔台南的總司令以分擔樺山總督之責，繼以四支兵力為數九萬名士兵進攻部隊，三面侵入台南：
　　一、北白川宮率領的近衛師團由陸地繼續南進，指向台南。
　　二、乃木希典陸軍中將(後任第三任台灣總督)率領第二師團乘軍艦，從南部枋寮登陸，由南向北夾擊台南。
　　三、陸軍中將．伏見宮貞愛親王率領混成第四旅團一萬五千餘人經海軍少將東鄉平八郎以浪速、吉野、海門等三艦砲轟並從布袋嘴(今布袋)登陸，由側面進攻台南。
　　四、海軍中將．有地品之允率領日本海軍常備艦隊，吉野、秋津、比叡、八重山、濟遠等日艦從海上掩護而砲擊海岸各地砲台。
　　尚有半壁江山又擁有軍力的劉永福在台南聞彰化失陷，知日軍必然南下侵入自己的地盤，所以命令黑旗軍鎮守嘉義。日軍乘勢而長驅進佔大莆林、他裡霧(今斗南)，義民軍主動協助黑旗軍攻擊大莆林，日軍敗退於北斗溪。然而日軍自大莆林敗戰後，速退至彰化重整陣容。日軍停止進攻約一個月至十月初旬，日軍獲得增援後再開始南侵，十月五日，日軍經北斗，猛攻西螺，遇到廖三聘所率的義民軍堅強抵抗，在他裡霧(霧峰)日軍與黃阿丑所率三百名義民軍大戰，在土庫有吳玉山的反擊。黑旗軍統領蕭三發、王得標潰散於台南，鐵國山的簡義與徐驤(參閱p11)義民軍防守斗六街此時徐驤所部僅存二十餘人，又在當地募得三百人。日軍來攻，這位頭份的徐驤在抗日戰爭中好衝鋒，歷經新竹、彰化、八卦山無戰不與，驍勇善戰，每戰當先的台灣民族英雄率先士卒不幸中砲彈戰死於此。簡義的義民軍敗退，日軍終於佔領斗六。
　　在後壁站、雙溪、菜圓、內林、頂林頭、鹽水港、急水溪畔、曾文溪河畔等地台灣義民軍不論男女老少皆提起簡單的、原始的武器向日軍抗戰。十月九日嘉義失陷，日軍混成第四旅團亦從布袋嘴登陸，第二師團第三旅團也從枋寮相繼登陸，於是日軍再從南北並進，台南遂告急。劉永福見日軍來攻，無心守台，乃暗通款日軍。先在十月八日透過台南英國領事歐思納致函樺山總督，提出議和兩條件。樺山將信交與高島南進軍司令官處理。高島司令官回信給劉永福表示「汝若發自內心悔悟，有誠意投降，必須赴軍門哀求，否則日後再送來這種書信，本司令官絕不接閱」，加以拒絕。 。劉永福又在十二日透過住在台南的一名英國人致函近衛師團司令北白川宮云：「欲想抗戰唯有台灣人耳」，他表示要投降並率領殘部退回中國。但日軍司令官北白川宮也是不答應，於是他竟然決定將多年生死與共的袍澤弟兄拋棄，獨自潛逃，此時更不要說肩負著芸芸眾生的生命財產安全，在十月十九日黑夜，脫了官服換上民裝，至安平港搭乘英輪Thales號，乘著夜晚逃離台灣。劉永福潛逃時亦與其子負責打狗炮台的劉成良、部下陳樹南、柯王貴等人一起，途中海上遇日艦「八重號」上船臨檢Thales號，為英船長干涉故逃亡成功。
　　原本不知為誰而戰，不知為何而戰，不知不覺中也失去了為自己而戰基本意識的黑旗軍，在主帥不顧袍澤棄軍獨自而逃亡後，為數八千餘人武器配備齊全，二十二日群集海邊劉永福所部的黑旗軍，惶惶然苦思不得其解，為何主帥如此無情無義棄軍而去。故主動向日本海軍陸戰隊投降，將自己的生命交由日人任意割宰。日人記錄黑旗軍因拒交財物、武器，被日軍屠殺一千餘人，飢餓病死一百十六人，十月二十三日，日軍將生還的俘虜計五千一百人在飽受虐待下遣送往福建金門的船隻。
　　二十二日至二十三日僅一天就會飢餓死亡達一百十六人，其意不僅是無食物供給，水的供給也被懷疑遭受日人斷水處置，一天之內以拒交財物武器為由又被格殺業已投降的黑旗軍一千餘人，這句話的意思是以拒交財物又被砍殺一千多人，這又是証明日人殘暴。離開台灣時尚有黑旗軍五千一百餘人生存，當時已全身被奪一空，數年在台所積聚錢財全數被日軍搜括一空，身無分文。又日人如何將五千人送走亦十分可疑，如船隻大小、飲水供應都有問題下，在海上航行數日，尚有幾人安全抵達金門，實在令人心憂。這就是不知為自己而戰的下場，同時讓一世英名的劉永福增加一項指控。
　　又在一八九五年六月八日英國倫敦畫報(Illustrated London News)上登出一幅「黑旗軍構築竹橋圖」，上面記述：「為了防止日軍攻打堡壘時，無退路，黑旗軍以竹竿搭製簡易竹橋跨接本島及Saracen』s Head 上之堡壘。」 這也是說明英國記者在日軍侵台之初，業已看清黑旗軍，先築退路的失敗現象。日軍遂於十月二十二日輕快地佔領台南。日軍的侵台，至此告一段落。總計由五月二十九日在台北縣澳底登陸以來至此共五個月，一百四十七天才佔到台南，在外表稱台灣佔領完成。