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　　1917年2月初彼得格勒動盪不安，皇室一家人天南地北，沙皇坐鎮在位於莫吉廖夫的大本營，皇后和孩子們幽居沙皇村。對皇室而言這是個困難時期：孩子們一個個罹患麻疹，高燒不退，病情嚴重。1917年3月8日早晨，卡爾尼洛夫將軍來到亞歷山大皇宮，晉見皇后。卡爾尼洛夫稟報皇后說：「皇后陛下，我身負沉重的使命，向您說明部長會議的決議，從此刻起您已是階下囚。」卡爾尼洛夫同時向皇后介紹新任駐防軍指揮卡比林斯基上校。在遣開上校，與皇后獨處時，卡爾尼洛夫安慰皇后說，皇室中沒有任何人會有生命的威脅。
　　1917年3月8日，前沙皇尼古拉二世在與軍隊告別後，決定離開莫吉廖夫，回到沙皇村。還在啟程離開莫吉廖夫之前，杜馬代表宣佈前沙皇應以囚犯自居。1917年3月9日星期四，《尼古拉二世的日記》寫道：「迅速且順利抵達沙皇村，但是天啊！置身街上或是皇宮又有什麼差別！公園裡有人站崗，樓道中准尉盯哨。來到樓上，見到艾莉克斯(皇后)和親愛的孩子們。艾莉克斯看起來精神飽滿、身體健康，孩子們依舊病厭厭地躺在陰黑的房間裡。除了前不久得麻疹的瑪利亞外，大家都感還好。和竇加如可夫散了一會步，在花園裡做點工作，也就是說再往前走是被禁止的！喝完茶後開始將東西歸位。」
　　在當局的指示之下，對皇室做出如下的限制：一、所有的書信往來必須經過宮廷警衛長的審核檢查。二、除了皇宮外，只能在公園的一些地方走動，為此還特地圍欄設限，而且必須在天黑之前返回皇宮。三、皇宮和公園由軍隊組成的警戒軍封鎖。這些限制目的在中斷皇室與外界的聯繫，並不涉及內部的生活方式，警衛僅在外面站崗，未曾在皇宮滋事。
　　從1917年3月9日到8月14日，尼古拉‧羅曼諾夫及其家人被軟禁在沙皇村的亞歷山大皇宮。當時的政府或許曾經嘗試為皇室建立符合皇家地位的生活環境，然而由於政府缺乏實權，理想無法落實。此時在彼得格勒革命活動如火如荼，臨時議會擔心皇室囚犯的安危，決定將他們遷往俄國內地。經過多時的辯論，確定他們的居住城市是托博爾斯克，羅曼諾夫一家便遷往該地。他們被允許從皇宮帶走必須的傢俱、私人物品，以及自願隨行並伺候他們的侍從。出發前夕，臨時政府總理克倫斯基攜同前沙皇的兄弟米哈伊爾‧亞歷山德拉維奇來訪，兄弟倆最後一次見面、交談，從此以後再也無緣重逢。米哈伊爾‧亞歷山德拉維奇被發送到彼爾姆，1918年6月12~13日夜裡被地方當局殺死。
　　8月14日6點10分由皇室和侍從組成的第一團在「日本紅十字代表團」的旗幟下，從沙皇村出發，第二團由337名士兵和7位軍官組成，隨後啟程。火車以最快的速度飛馳，沿途各站由軍隊封鎖，驅離百姓。8月17日兩團人員抵達秋明，皇室等人乘坐三艘船來到托博爾斯克。8月19日抵達托博爾斯克，由於撥給皇室的房子尚未修葺完備，直到8月26日皇室住在輪船上。
　　囚禁皇室的二層樓房坐落在名為「自由街」的街上，是托博爾斯克市長的舊宅。托博爾斯克生活的前幾個月可謂平靜和諧，沒有任何不愉快的事件，只是寂寞無聊。為了美化孩子們的生活，偶爾用英文和法文編寫劇本，由孩子們參與演出。當地人民對皇室態度友善，在路過皇室住處時，若是看到窗台上有皇家的成員，總是致敬示意，一些人則是畫十字為他們祝福。有人送來捐贈，主要是糧食，當地的修道院也盡其所能，幫助皇室。
　　比起沙皇村，托博爾斯克的警衛制度寬鬆許多，較為自由，可以穿過街道和林蔭道，到報喜節教堂作禮拜。在沙皇村被禁止的教堂，在此是皇室精神的慰藉，他們可以上教堂禱告，傾訴心靈的痛苦。然而這樣的生活在托博爾斯克持續不久，只在卡比林斯基上校掌權之時。9月，政府派遣的潘克拉托夫及其助手尼可斯基來到托博爾斯克。兩人都是社會革命黨人，其中潘克拉托夫因政治罪行曾被囚禁在施呂瑟爾堡要塞15年，之後27年被留放到雅庫茨克，尼可斯基也被留放該地。潘克拉托夫心地善良、溫和，沒有對皇室做出任何惡行。尼可斯基為人粗魯、愚蠢，允許自己對皇太子阿列克謝伊無禮喊叫，欺凌侮辱。
　　然而無論潘克拉托夫性格如何，以及他怎樣對待被軟禁的皇室家人，毫無疑問地，從他出現在托博爾斯克那一刻起，皇室的處境開始惡化。潘克拉托夫是典型的社會革命黨人，他那有限的智商看不到黨章以外的世界，在獲得管理士兵的權力之後，他致力教導他們成為忠誠的社會革命黨人。士兵聆聽狂熱黨徒的說教，卻自我詮釋教義，逐漸地成為布爾什維克黨人，道德水準逐漸低落，而卡比林斯基上校對士兵的權力也日益式微。
　　士兵的墮落反映在皇家的生活上。皇室在托博爾斯克生活的前幾個月，日子雖然寂寞枯燥，但是還可以勉強容忍。雖然禁止外出，但是可以上教堂作禮拜，這是與外面世界接觸的唯一方法。對習慣體力勞動的尼古拉和孩子們而言，唯一可以從事體力活動的地方是院子，他們在此劈木柴、盪鞦韆、造冰山。士兵注意到皇家這方面的生活面貌，便刻意從中破壞。得知女大公爵們愛盪鞦韆，士兵在鞦韆板上塗寫髒字穢語。看到沙皇和皇后在冰山上散步，他們便在夜裡將冰山搗毀。
　　此後便每況愈下，皇家形同囚犯，生活有如監牢。造成皇室此一境況的第一原因是，地方政府代表的不當作為。潘克拉托夫腐化士兵，膽小的他反遭士兵欺負，最後與尼可斯基一起被士兵驅逐。士兵做惡多端，無事找碴。終於，士兵剝奪皇室在苦難日子中最珍貴的東西：禁止他們上教堂。卡比林斯基上校長期以來與士兵的胡作非為的搏鬥，最後以士兵闖入皇族的寢室告終。
　　皇室的不幸，臨時政府也難辭其咎，其中克倫斯基更應為此負責。在皇室離開沙皇村之際，克倫斯基曾向士兵承諾各種好處，答應滿足金錢和物資需要，甚至說道：「別忘了，他畢竟曾經是沙皇，他的家人無論在何種情況下都應衣食無憂。」自己的話，克倫斯基卻拋諸腦後，從彼得格勒既未曾給皇室、也沒有給士兵捎來任何金錢補給。皇室的處境落魄難堪，無米可炊，終於淪落到可恥的地步：卡比林斯基上校遍走托博爾斯克市，向市民乞討，來養活沙皇一家人。
　　1918年4月收到第四屆全俄中央執行委員會主席團的決議，將羅曼諾夫家人遷移到莫斯科，接受法院審判。由於阿列克謝伊病重，沙皇夫婦決定攜帶瑪利亞‧尼古拉耶芙娜同行，其他孩子暫時留在托博爾斯克，希望稍後與其會合。1918年4月22日，前沙皇夫婦和瑪利亞由150名攜帶機關鎗者組成的隊伍護送，從托博爾斯克出發，抵達秋明。
　　4月30日火車從秋明來到葉卡捷琳堡，為了安頓羅曼諾夫家人臨時徵收屬於礦業工程師伊帕契也夫的房子。5月3日在托博爾斯克的孩子們得悉此事，無不驚訝詫異。5月23日孩子們來到葉卡捷琳堡，住進沙皇夫婦和瑪利亞‧尼古拉耶芙娜所在的伊帕契也夫的屋裡。在此與羅曼諾夫家人在一起的還有五名侍從：醫生巴特欽、僕人屠魯帕、女僕捷咪豆娃、廚師哈里棟諾夫以及小廚師謝德涅夫。伊帕契也夫的房子像是監獄般地被兩道柵欄團團圍住，看守伊帕契也夫之屋的紅軍由是當地俄國工人所組成的。
　　葉卡捷琳堡的監禁時期，對皇家而言可謂是人間煉獄，無盡苦難。1918年7月初烏拉爾軍事委員加洛謝欽(飛利浦)動身前往莫斯科，以決定皇室今後的命運。槍決皇室全家之議得到人民委員會和全俄中央執行委員會的批准，為配合此一決定，7月12日烏拉爾委員會在自己的會議上通過關於槍決的決議，以及銷毀屍體的方法，並在7月16日經過直通電報線將此訊息傳達給在彼得格勒的金納維也夫。在結束與葉卡捷琳堡的談話之後，金納維也夫發送電報到莫斯科：「莫斯科，克里姆林宮，斯維爾德洛夫。
　　從葉卡捷琳堡通過直通電報線傳來以下的訊息：請轉達莫斯科說，與飛利浦約定的法庭審判一事，因軍事情勢無法繼續等待。您若反對，請立即告知葉卡捷琳堡。金納維也夫。」電報在7月16日21時22分傳到莫斯科，其中「與飛利浦約定的法庭審判」一詞，是加洛謝欽抵達首都時設定的密碼，解碼後意為關於槍決羅曼諾夫的決議。
　　然而烏拉爾委員會藉口捷克斯洛伐克軍團和西伯利亞白軍即將攻陷葉卡捷琳堡，要求再次以書面確認早先通過的決議。來自莫斯科人民委員會和全俄中央執行委員會，也就是來自列寧和斯維爾德洛夫的電報回函，確定此一決議，毫不遲緩地發送到葉卡捷琳堡。在那兵荒馬亂的時代，是否能在白軍攻城之前，將羅曼諾夫全家及時撤出葉卡捷琳堡，並依照原先公佈的，交給公開法庭審判？答案顯然地是可以的，城市在羅曼諾夫全家遭槍決之後八天才淪陷，想要撤離，時間綽綽有餘。畢竟烏拉爾委員會主席團成員，和執行此一恐怖行動的劊子手都順利自該城逃脫，抵達紅軍的所在地。白軍陰謀解救皇室的說法，只是布爾什維克黨人剷除心頭大患，消滅沙皇全家的藉口。
　　總而言之，1918年7月16~17日，在這毀滅的一天，羅曼諾夫全家和奴僕和往常一樣，在22點30分臥床就寢。23點30分屋裡出現兩個烏拉爾委員會的特派員，將執委會的決議交付給警衛隊指揮葉爾馬科夫及住宅指揮尤洛夫斯基，並要求立刻執行。被喚醒的皇室家人和奴僕被告知說，由於白軍的入侵，住宅可能會遭到射擊，因此為了安全起見，必須搬到地下室避難。七位皇家成員有尼古拉‧亞歷山德拉維奇、亞歷山德拉‧菲德羅夫娜、女兒歐麗佳、塔吉安娜、瑪利亞、安娜斯塔西雅、兒子阿列克謝伊，以及醫生和三位自願留下來的僕人等11人從二樓下到拐角的半地下室房間。
　　當全部人等走進房裡，關上門後，尤洛夫斯基將囚犯排成兩排，第一排--沙皇全家，第二排--僕人。皇后和皇太子坐在椅子上，右邊站著沙皇。與沙皇面對面站著尤洛夫斯基，右手放在褲袋裡，左手拿著一張小紙條。尤洛夫斯基向前走上幾步，拿起紙條說：「注意！在此宣讀烏拉爾委員會的決議... ...。」還來不及讀完最後一句話，沙皇大聲反覆地問：「什麼，我不明白？」尤洛夫斯基重複讀了一次，在讀到最後一個字的瞬間，從褲袋裡拿出左輪手槍，向沙皇開槍射擊，沙皇臉朝天倒下。在尤洛夫斯基開槍之際，其他人也槍彈齊發，其餘十人應聲倒地，然後又對躺在地上的人開了幾槍。
　　7月17日凌晨一點結束射殺。屍首橫七豎八，臉孔血肉糢糊，地板因流血而噁臭滑膩。只有尤洛夫斯基一人鎮定自如，他冷漠地查看屍體，從死屍身上卸下貴重物品。確定全部死亡後，開始清理打掃，當務之急是消除斑斑血跡，迅速將屠殺的場面整理乾淨，到了清晨三點一切井然就緒。接著拿來擔架，開始將屍體抬到停在院子裡的卡車上，當將沙皇一女兒被搬上擔架時，她突然喊叫起來，用手遮住臉龐，依舊活著的還有其他人。此時開槍為時已晚，在大門敞開的情況下，槍聲將傳到街上，葉爾馬科夫於是拿起帶有刺刀的步槍刺死還活著的人。在將死者搬到車上之後，凌晨四點左右卡車開動，前往上伊謝季工廠之外，葉爾馬科夫預先準備妥當的地點。
　　由於卡車無法再往前開行，於是在此將屍體改用四輪馬車運載，繼續前行。然而在半道上才明白，沒有人知道礦坑的位置，此時天色漸亮，往前再走了一會，在距離卡普洽卡村1.5俄里處停下來，在樹林裡找到積水的小礦坑。尤洛夫斯基命令解下屍體的衣物，所有的珍貴物品被搜括一空，衣服放火焚燒，屍體被丟進礦坑，並向礦坑投擲手榴彈。當完成任務後，尤洛夫斯基動身前往烏拉爾執委會，報告工作情況。7月18日葉爾馬科夫一行人再度來到犯罪現場，同夥用繩索將葉爾馬科夫放進礦坑，以便將每一屍首單獨綑綁，拖出礦坑。然後在所有的屍體上面灑上硫酸，澆上煤油，燃燒木柴，一把火燒光。
　　八天之後，在白軍的猛攻之下，葉卡捷琳堡淪陷，一群軍官衝進伊帕契也夫的房裡，在院子裡他們發現皇太子的西班牙狗，飢渴交加、留連不去地尋找自己的主人。房子裡外一片空蕩，但是景象十分陰森恐怖。1918年7月17日，在槍決的當天，烏拉爾委員會發出電報給莫斯科的斯維爾德洛夫說：「血腥暴力、殘害無數百姓的前沙皇尼古拉‧羅曼諾夫已遭槍決，而其家人則撤離到安全的地方。」7月21日烏拉爾委員會通知葉卡捷琳堡此一訊息。然而在7月17日21點15分，莫斯科收到從葉卡捷琳堡發出的密碼電報：「密件，人民委員會，葛爾布諾夫。請轉達斯維爾德洛夫：皇室的所有成員遭到和他的首腦一樣的命運，官方的說法則是皇室在疏散時遇難死亡。別洛巴拉多夫，烏拉爾委員會主席。」
　　7月17日，即槍決沙皇的當天，在阿拉帕耶夫斯克羅曼諾夫家族其他成員也慘遭殺害：女大公爵伊麗莎白(亞歷山德拉‧菲德羅夫娜之姊妹)、大公爵謝爾蓋伊‧米哈洛維奇、大公爵康斯坦丁的三個兒子、大公爵保羅之子。1919年1月四位大公爵，包括保羅和尼古拉‧米海洛維奇，在彼得堡羅要塞遭到殺害。如此一來，列寧以無比殘忍的手段迫害受愛國情操激勵而留在俄國的羅曼諾夫王朝的成員。
　　1979年在斯維爾德洛夫州找到了羅曼諾夫家族的遺骸，然而當局的命令，將遺骸掩埋起來。1990年9月20日，葉卡捷琳堡市蘇維埃決議在被拆除的伊帕契也夫屋宅的舊址上撥出地段，興建教堂，紀念無辜的受難者。1991年從重新展開挖掘工作，許多專家確定1979年找到的屍骨極可能是皇室的遺骸。皇太子阿列克謝伊和女大公爵瑪利亞的遺骸不在此內。
　　2007年6月，意識到羅曼諾夫家族遭槍決在世界歷史上的重要意義，決定在老卡普洽卡道路進行新的勘查工作。2007年7月烏拉爾考古學家在葉卡捷琳堡附近，距離末代沙皇全家被掩埋的地點不遠處，找到10~13歲小男孩和18~23歲女孩的遺骸。據學者的考據，遺骸屬於皇太子阿列克謝伊和女大公爵瑪利亞。
　　1998年7月17日皇族蒙難80週年紀念日，將「神聖的皇族受難者」安葬在聖彼得堡羅曼諾夫王朝陵墓所在地的彼得堡羅教堂。