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　　非嫡系軍隊是地方實力派的權力基礎，蔣介石借抗戰之機，將這些地方軍隊大量調往前線並配合種種措施加以限制、削弱。抗戰8年，除「守土抗戰」的晉綏軍和「朝中有人」的桂系軍隊外，其他地方部隊均被分散使用。抗戰開始何應欽即電劉峙：「依最近所定戰鬥序列，舊東北軍系以各軍為單位分散使用。」東北軍在九一八事變時有40萬之眾，西安事變時尚有20餘萬，共7個軍的番號，到抗戰後期的1944年，僅存五十三軍一個軍。
　　國民政府還在糧彈補給上大做文章。蔣介石將外國援助的武器大都裝備嫡系部隊，而對地方部隊作戰所需的基本的武器彈藥都不予供給。最可笑的是，當中央軍撤退時，蔣介石指令孫良誠部留在黃泛區打遊擊，孫良誠向蔣介石請求補充彈藥，蔣介石竟要一粒子彈一角錢，還需現款交易。隨著蔣介石在蓄意削弱非嫡系部隊這一策略上的變本加厲，越來越多地方部隊開始關註如何保存自身實力，實力較強的公開抵制蔣介石；實力較弱的只有通過各種方法自救圖存。更有一批將領迫於蔣介石集團的歧視，紛紛降日叛國，其中西北軍將領達46人，東北軍將領11人。
　　武漢失守以後，蔣介石下令各戰區劃分若幹遊擊區，增設冀察、魯蘇兩遊擊戰區，派遣部隊進入敵後進行遊擊戰爭。「至民國二十八年，軍事委員會核定編成之遊擊隊，超過二十八萬人」。國民政府希望通過遊擊戰，把戰爭引向淪陷區，以減輕正面戰場壓力。但在實際操作過程中，蔣介石仍本著限制非嫡系部隊的初衷，使得冀察、魯蘇兩戰區成瞭盛產投敵將領的重災區。
　　冀察、魯蘇這兩個遊擊戰區的兵力配置，大都是西北軍和東北軍的餘部以及地方上的各類雜色武裝。這些非嫡系部隊深知「中央」是在蓄意犧牲自己，不勝兵危戰兇之感。他們不僅對同一戰區的嫡系部隊深懷敵意，甚至故意把戰火引向並肩作戰的友軍。在派系衝突最為激烈的山東，省政府主席沈鴻烈對遭受日軍掃蕩的余學忠部見死不救，余學忠則利用戰區司令長官的職權多次下令將親沈鴻烈的吳化文新四師和海軍陸戰隊調防到易受日軍進攻的防區。1943年春，吳化文率所部及3名高級將領向日偽投降。於學忠部在日軍和吳化文叛軍的夾擊之下傷亡慘重，蔣介石乘機命其撤出山東，由嫡系李仙洲接防，以達到徹底整跨東北軍的目的。於學忠悲憤交加，不待李仙洲接防就自動放棄山東根據地向皖北轉移，各類地方武裝頓時陷入無依無靠的境地。為求生存，魯北第五區專員張子良、魯東第十四區專員張景月與日軍暗通款曲，山東保安第二師師長張步雲、新編第三十六師師長劉桂堂索性先後率部投敵。
　　太平洋戰爭爆發後，日軍採用的是武力威壓和政治誘降並行的迫降政策，打擊對像主要是分佈在山西、河北、山東、江蘇、浙江的抗日軍隊。這使第二戰區、冀察戰區、魯蘇戰區、第五戰區的國民政府敵後武裝面臨極為嚴峻的考驗。在第二戰區，日軍在佔領中條山遊擊區之後，繼續對閻錫山部施加軍政壓力。晉綏軍遭受瞭極大的損失，騎一軍第一師師長趙瑞、騎一軍第五師師長楊誠相繼投敵。
　　在冀察戰區，日軍以重兵圍攻戰區司令部，迫使副司令長官孫良誠率所部及8名高級將領投敵。此後，日軍又在1943年4月大舉進攻太行山區，新五軍軍長孫殿英、冀察戰區長官龐炳勛率所部及11名高級將領投敵。至此，國民黨軍在河北的最後一塊遊擊根據地喪失。
　　在魯蘇戰區，日軍對魯中、魯南的於學忠部多次進行掃蕩，1943年初，新編第四師師長吳化文投敵。與此同時，日軍在航空兵的配合下對淮安以東地區進行大規模掃蕩，位於該地區的魯蘇戰區總司令部及所屬部隊損失慘重，向西退入安徽。至此魯蘇戰區的蘇北根據地也不復存在瞭。
　　在第五戰區，日軍從1943年2月開始發動「江北戰役」，一二八師首當其衝，由於旅長古鼎新叛變投敵，全師陷入絕境，師長王勁哉被迫率領殘部及8名高級將領投敵。