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　　西晉王朝滅亡後，漢族政權退守江東。公元317年，鎮守建康(今江蘇南京)的晉宗室司馬睿在江南重建晉室，史稱東晉。東晉政權維持了長期的偏安統治，到公元420年被劉裕所建立的宋所取代，共享國103年，歷4代11帝。
　　東晉是門閥政治發展的鼎盛時期，皇權衰落。司馬睿稱帝有賴於南方官僚士族的擁戴，東晉政權建立之初，先後平息了王敦和蘇峻之亂，統治趨於穩定。門閥大族王、謝、庾、桓先後支配著王朝政局。
　　南來士族祖逖曾率軍北伐，一度收復黃河流域。在此之後，當權的士族多標榜北伐以增加門戶威望，其中以桓溫的三次北伐最為著名。他曾經收復洛陽，進入關中，進兵河北，但都未能夠鞏固北伐成果。公元386年，前秦南下，東晉面臨空前威脅，在宰相謝安的運籌下，謝石、謝玄率北府兵大敗前秦軍隊，取得了淝水之戰的決定性勝利。此後，南方由於外亂威脅解除而爆發內戰，孫恩、盧循起兵。桓玄在內戰中獲勝，一度篡晉。北府兵將領劉裕起兵鎮壓了農民軍，並通過北伐樹立威望，最終取代東晉。
　　東晉統治者不以恢復中原為意，門閥大族致力於南方的莊園經營。北方大族及大量漢族人口遷徙江南，給南方帶來了先進的生產技術。南下的北方農民和土著農民辛勤勞動，開闢南方廣大的山澤荒野，促進了江南的開發，使中國經濟重心開始由黃河流域向長江流域轉移。與此同時，中國北方陷入分裂混戰，黃河流域成匈奴、羯、鮮卑、氐、羌等「五胡」族軍閥爭殺的戰場，各個「胡」族首領紛紛建立政權，和東晉漢族政權長期對峙，史稱五胡十六國。從公元304年匈奴貴族劉淵建立漢國，316年滅掉西晉，到439年鮮卑拓拔部統一北方，這100多年裡，北方各民族相互爭戰，先後建立了前趙(匈奴)、後趙(羯)、前燕(鮮卑)、前涼(漢)、前秦(氐)、後秦(羌)、後燕(鮮卑)、西秦(鮮卑)、後涼(氐)、南涼(鮮卑)、西涼(漢)、北涼(盧水胡)、南燕(鮮卑)、北燕(漢)、夏(匈奴)等十五個政權，連同西南氐族建立的成漢，總稱十六國。在十六國時期，除十六國之外，還有漢人冉閔建立的魏、丁靈翟氏建立的魏、武都氐帥楊氏建立的仇池國、鮮卑慕容氏建立的西燕、鮮卑拓跋氏建立的代五個政權，總計先後建立了21個政權。上述政權中，後趙、前燕、前秦都曾佔據過北方的大部分疆域，尤其是前秦曾基本上統一了北方，不過時間都很短，在百餘年時間，北方戰亂基本上沒有停息。