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　　朱元璋很早就注意到佔領區內的政權建設。至正十五年(1355)六月，他率軍攻下太平後，即改太平路為太平府，設置了太平興國翼元帥府，自領元帥事，召陶安參幕府事，李習為知府。翌年三月攻佔集慶，他又改集慶路為應天府，稱吳國公，置江南行中書省，自總省事，置僚佐，並在轄區內設置府、州、縣官，在江南建立了他領導下的政權系統。其後，經八年征戰，轄區進一步擴大，湖廣行省、江西行省納入版圖。因而朱元璋又於至正二十四年春正月，改稱吳王，建立中書省，設置左右丞相管理行政，左右都督執掌軍政，御史大夫執掌監察。並於地方建置行中書省、府、州、縣等地方行政機構和主管地方軍事的行都督府，基本上確立了後來的明朝政權的組織規模。之後，隨著軍事征伐的不斷勝利，朱元璋便積極致力於統一的封建專制政權的創建。1368年正月朱元璋在南京即皇帝位，正式建立了明朝，年號“洪武”。
　　明朝的政治制度，仍沿元朝舊制。中央設中書省，置左右丞相；中書省下設六部，各部設尚書、侍郎。地方設行中書省、置平章政事和左右丞。中書省是百司綱領，總率郡屬。凡事必先關白丞相，然後奏聞皇帝。行中書省總管一省民政、軍政和司法。很快，朱元璋即發現丞相和行中書省的權力過大，決心加以改革。洪武九年(1376)，他廢行中書省，在全國陸續設置了13個承宣佈政使司，同時又設提刑按察使司、都指揮使司分管一省民政、司法和軍隊。布政司設左右布政使各一人，從二品；左右參政，從三品；左右參議，從四品，均無定員。其所屬機構經歷司收發文移，照磨所磨勘卷宗，還有理問所、司獄司、倉庫使、雜造局、寶泉局、織染局、軍器局等部門。布政使掌一省之政，主要責任為傳佈朝廷政令、考核屬下官員和徵收賦役。參政、參議分守各道，掌管糧儲、屯田、清軍驛傳、水利、撫民諸事。布政司下又設府(直隸州)、縣(州)二級地方政權，長官稱知府(知州)、知縣(知州)。
　　都指揮使司，管轄本省衛所，負責軍務，設都指揮使一人，正二品，是省最高軍事長官。提刑按使司設按察使一人，正三品；副使，正四品；僉事，正五品，均無定員。所屬機構有經歷司、照磨所、司獄司。按察使負責本省刑獄與監察，糾官邪、戢奸暴，平獄訟，雪冤抑，以振揚風紀，而澄清其吏治。都、布、按並稱三司。三司的設立，一方面使地方機構職權趨向專一化，從而加強了辦事效能；另一方面，由於三司地位平等，雖共掌一省政務，但互不統屬，分歸中央有關部門管轄，從而有效地達到了權力制衡，加強了中央集權。
　　洪武十年(1377)，朱元璋設通政使司，長官稱通政使，主管章奏出納和封駁，稍奪中書省的關白之權。第二年，又下令凡奏事不得先關白中書省。洪武十三年，朱元璋以謀不軌罪名殺左丞相胡惟庸，罷中書省，析中書省之政歸六部，以尚書任天下事。１六部尚書執行皇帝命令，直接對皇帝負責。六部即吏、戶、禮、兵、刑、工。六部各設尚書一人，正二品；左右侍郎各一人，正三品。下置各司設郎中一人，正五品，員外郎一吏部下轄文選、驗封、稽勳、考功四清吏司。尚書掌天下官吏選授、封勳、考課之政令，以甄別人才，贊天子治。文選司掌官吏班秩遷升、改調之事；驗封司掌封爵、襲陽、褒贈、吏算之事；稽勳司掌勳級、名籍、喪養之事；考功司掌官吏考課、黜陟之事。
　　戶部下轄浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司。戶部尚書掌全國戶口、田賦之政令。十三司各掌其分省之事，兼領所分兩京、直隸貢賦，及諸司、衛所俸祿，邊鎮糧餉，並各倉場鹽課、鈔關。每司分為四科：(1)民科，掌管所屬省府、州、縣地理、人物、圖志、古今沿革、山川險易、土地肥脊、寬狹、戶口、物產多寡登耗之數。(2)度支科，掌管會計夏稅、秋糧、存留、起運及賞賚、祿秩之經費。(3)金科，掌管市舶、魚鹽、茶鈔銳課及髒罰之收析。(4)倉科，掌管漕運、軍儲出納料糧。
　　禮部下轄儀制、祠祭、主客、精膳四清吏司。尚書掌天下禮儀、祭祀、宴饗、貢舉之政令。議制司掌諸禮文、宗封、貢舉、學校之事；祠祭司掌諸祀典及天文、國恤、廟諱之事；主客司掌諸蕃朝貢接待給賜之事；精膳司掌宴饗、牲豆、酒膳之事。
　　兵部下轄武選、職方、車駕、武庫四清吏司。尚書掌全國武衛官軍選授、簡練之政令；武選司掌衛所士官選授、升調、襲替、功賞之事；職方司掌輿圖、軍制、城隍、鎮戍、簡練、征討之事；車駕司掌鹵簿、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧之事。武庫司掌戎器、符勘、尺籍、武學薪隸之事。
　　刑部下轄浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司。尚書掌天下刑名及徒隸、勾復、關禁之政令。十三司各掌其分省及兼領所分京府、直隸之刑名。
　　工部下轄營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司。尚書掌天下百官、山澤之政令。營繕司掌經營興作之事；虞衡司掌山澤采捕、陶冶之事；都水司掌川澤、波池、橋道、舟車、織造、券契、量衡之事；屯田司掌屯種、抽分、薪炭、伕役、墳墓之事。
　　明以前歷代中央輔政體制是丞相制。其基本的權力由兩部分構成，一是決策權，一是行政執行權。丞相既掌承天子，直接握有一定的決策權，又輔助萬機，作為百司首腦，主持對決策的實施。朱元璋的廢相，對此結構作了一大變更，行政執行權歸屬六部，決策權則全部收歸皇帝手中。因而，皇帝的權力大大加強。
　　政治上集權的同時，朱元璋在軍事上也實行分權制衡。明初基本的軍事力量是衛所軍。明以武功定天下，革元舊制，自京師達於郡縣，皆立衛所。１大抵5600人為一衛，1120人為一千戶所，112人為一百戶所，衛所設有衛指揮、千戶、百戶等官。洪武初年，由大都督府的大都督節制中外諸軍。洪武十三年，改大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府，分領在京衛所和在外都司。都督府所管僅是兵籍和軍政，不能直接統率軍隊。軍官的選授權在兵部，而軍隊的調遣和最高指揮權則在皇帝。打仗時，兵部奉旨調兵、任命總兵，發給印信。戰後，總兵官交還印信，士兵回歸原來衛所。這樣，兵部、都督府、總兵官都不能獨專軍權。