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特偵組根據國家機密保護法追究陳水扁私帶公文的刑責，扁未來在訴訟防禦上，必然搬出總統特權辯白，是否為國家機密，不是隨便說了算，陳水扁陷入國務費案時，即曾以費用支出為絕對機密干擾司法，但被馬總統註銷，讓案情急轉直下。

國家機密保護法指的機密包括「絕對機密」、「極機密」、「機密」三等級，「絕對機密」的核定權是現任總統的專屬權力，「極機密」的核定權屬院長或院長授權之人，「機密」的核定權則在部會首長，有核定權者，即是有權解密者。

國家機密的認定有客觀條件，必須製作公文，機密文件的內容，則必須與國家安全或國家利益有關，該法第32條罰則，「洩漏或交付經依本法核定之國家機密者，處1年以上7年以下有期徒刑」；「因過失犯前項之罪者，處2年以下有期徒刑、拘役或科或併科新台幣20萬元以下罰金」。

依法，如特偵組查出確有國家機密文件在扣案的58箱公文紙箱中出現，無論陳水扁是故意犯或是過失犯，未來可能都要面對刑責。

特偵組97年重啟國務機要費案偵查，陳水扁主張費用支應如「南線專案」等多個機密外交案，是絕對機密，藉以干擾貪汙案的偵查，一度讓特偵組進退維谷，幾經波折，扁所謂的機密外交經馬總統註銷，案情才急轉直下，馬總統解密的法源，也是來自於國家機密保護法的授權。

除了國家機密保護法外，刑法第132條第1項對「公務員洩漏或交付關於中華民國國防以外機密」也有洩密的法律適用，觸法者可處3年以下徒刑，台北市新生高弊案中出現的台北市政府政風處筆錄外洩事件，綠營議員言之鑿鑿指有人洩密，如要科以刑責，還需靠檢察官依個案情形認定。