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財政部臺北國稅局表示，綜合所得稅納稅義務人於辦理結算申報時，若因夫妻已分居而無法合併申報綜合所得稅，可據實於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，以免稽徵機關按夫妻分開申報之漏稅案件補稅處罰。

該局說明，依所得稅法第15條規定，納稅義務人之配偶有所得者，應由納稅義務人合併報繳。夫妻若各自分開單獨申報，而未於申報書註明配偶姓名及身分證統一編號，以緻稽徵機關無法合併歸戶，查獲後均將依所得稅法第110條第1項規定，除了通知補稅以外，還要處以所漏稅額1倍的罰鍰。

該局指出，夫妻分居，應於綜合所得稅結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，如經申請分別開單者，準依夫妻各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。

該局呼籲，納稅義務人向稽徵機關辦理綜合所得稅結算申報時，自應依法誠實申報，如申報當時，有「分居」特殊緣故，而無法正常取得配偶所得資料合併申報，應據實於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及已「分居」，交由稽徵機關合併歸戶，才能避免受罰。