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第1集
　　保生大帝是海峽兩岸民眾共同信奉的醫神，千百年來，這位醫神庇祐著海峽兩岸萬千生靈。熱情、善良的村姑三紅在祭祀保生大帝的儀式中遇到了化身為凡人的保生大帝——吳夲。可是，為當地百姓免費治病贈藥的吳夲卻得罪了本地醫官任二舉，被時為地方醫館的二舉打到府來。正在二人糾結之時，由瘟君派出的黑龍白虎下界作怪，後被吳夲施展法術打傷敗逃。三紅也因此認出了吳夲是保生大帝的神仙身份，執意要嫁他為妻，無奈吳夲並無此意。被打敗的黑龍白虎受了重傷被瘟君趕了出來，吳夲以德報怨收留他們，為其治病，二獸感恩圖報，幻化成人形投靠在吳夲門下。
　　任二舉負傷無人能醫，只得請來吳夲，吳夲要求任二舉傷癒之後不得再做官。任二舉為了可以得到吳夲的治療，騙吳夲可以不做官。三紅帶吳夲回家探望父親，卻發現父親昏倒在地。吳夲再為其父醫治的過程中，中了瘟君的奸計，吳夲為救三紅爹，被此時趕到要帶走吳夲的李天王的寶塔打暈。

第2集
　　吳夲被帶回天庭，由太白金星出面審理瘟君一案。在天庭上經過一番舌戰，但由於太白金星的私心，吳夲反被誣陷，玉帝奪去了吳夲“保生大帝”的封號。黑龍白虎也被李天王捉拿上天。吳夲為救黑龍白虎二獸性命，願犧牲自己下貶凡間，代為贖罪。吳夲被貶為凡人後，金星告知他一個能恢復神籍的方法，那就是要將一個被指定的凡人培養成他那樣的神醫。此人就是任二舉。三紅爹臨終時，把三紅託付給吳夲。三紅卻反倒執意不肯，不甚摔落懸崖，被瘟君救起。原來瘟君前來是意圖與吳夲進行交易。

第3集
　　吳夲被帶去王府給郡主看病，王府認定小姐的病是任二舉造成的，已將他押解在王府。吳夲答應治好郡主的怪病，前提是先放了任二舉。在任二舉陪同下，吳夲給小姐看病。發現了其中蹊蹺，原來小姐假裝昏迷，吳夲趁機提出住在王府為郡主治病。
晚宴上，試菜武士童銘中毒倒下，全場大驚。同時廚師傅天保遭人殺害。郡主服下了任二舉在保生大帝指點下的藥物。第二天，本應痊癒的郡主的病卻讓所有人都大吃一驚。

第4集
　　任二舉看到郡主的陰陽臉依舊沒有改變，原來郡主根本沒有涂上吳夲熬製的藥，為的是能夠逃避進宮為妃。郡主的酸楚令吳夲和任二舉心懷惻隱。
　　三紅河邊洗衣時撈到傅天保屍首，吳夲對他的死因起疑。於是放出風聲傅天保仍然活著，入夜郡主與王爺先後來到慈濟宮一探究竟。為探求真相，吳夲與郡主演了一齣戲，王爺這才將實情和盤托出。原來王爺早就發現郡主對童銘動了情，為了讓郡主順利進宮，王爺起了殺心，而殺害傅天保也是為了滅口。但皇命難為，吳夲和郡主除了選擇治愈的陰陽臉，別無他法。

第5集
　　吳夲到達王府後，協助郡主與童銘兩人遠走高飛。待王爺回來時，發現兩人已經失蹤。吳夲將兩人安置在百草園內。夜晚，全城挂起了平安燈，上面寫著郡主的名字，這是王爺的思女之情，郡主決定回到父親的身邊。郡主回府後，吞下解藥。可是第二天，郡主的臉依然沒有恢復，原來一切又是瘟君的詭計。欽差到來，王爺大驚。王爺只得道出郡主被瘟君所害之事，欽差答應會幫助王爺和郡主。然而當郡主出現時，她的病卻奇跡般的好了，恢復了往日的美貌容顏。

第6集
　　郡主臉龐恢復了原來的容貌，只得上京。黑龍與白虎氣不過，與瘟君鬥了起來，但終究敵不過瘟君。吳夲心生一計，要黑龍變幻成自己模樣騙住瘟君，自己則與三紅上京解救郡主。王爺去慈濟宮拜謝保生大帝，卻被黑龍白虎戲耍了一番，這正被瘟君看在眼裏。黑龍白虎連哄帶嚇地勸解王爺多行善事。在京城，吳夲等人找到一個太監崔公公為突破口，準備打入皇宮。

第7集
　　吳夲佯裝崔公公重病纏身，必須要針灸數日且不得行動，同時讓三紅穿著崔公公的官服在宮中熟悉環境。太醫院的醫生全部因無法醫治皇后的病而惶惶不可終日，吳夲和二舉一行的到來，讓他們把醫治皇后的重擔托在二舉身上，吳夲在鄭貴妃的幫助下通過了皇后懸線把脈的測試，同時開出藥方讓皇后搬出終日不見陽光的寢宮去鄭貴妃處療養，皇后的病好了一大半，原來鄭貴妃就是當年曾被保生大帝救下的棄嬰，從小在慈濟宮長大，與吳夲情同父女。
　　瘟君與青絲幻化做吳夲和三紅的人形，騙取了黑龍白虎的信任，用計將二人困焚仙爐中，幸好白虎有媽祖的發網在身，成功脫逃後，尾隨瘟君同郡主進宮的隊伍一起趕赴京城。

第8集
　　皇宮內諸位嬪妃驚聞曾與皇帝青梅竹馬的夢蓮即將進宮的消息後，均誠惶誠恐，皇后更是怕從此會失寵，後位不保而大病不起。保生大帝從鄭貴妃的口中了解到皇帝與夢蓮的往事後。深知解皇后的心病，讓三紅唱戲唱出皇后的心聲，皇后心情複雜，在三紅巧妙的開解和吳夲的藥物調理下，皇后的心病醫好了。
　　夢蓮更是在赴京的途中陷入與童銘的感情和父命難為的深深糾葛中，瘟君來到驛站，用法術調換了夢蓮和硃砂的面孔，讓硃砂代替夢蓮入京。童銘卻從假郡主硃砂種種細節中和曾與郡主交流的暗語中發現“硃砂”並非真正的郡主。

第9集
　　吳夲將治好皇后的功勞歸功於二舉，二舉成為新任太醫院院使。童銘沒有跟進進京的大部隊，而是回到了驛站找到了郡主，帶著郡主一起離開去過那自由自在的生活。黑龍和白虎帶著媽祖娘娘的發網降服了瘟君，不料卻在最後關頭，中了瘟君的計謀，被瘟君困于紙扇當中，媽祖的發網也在爭鬥時遺落了。
　　同時，吳夲發現了皇帝的心結始於當初皇帝答應立夢蓮為後，而如今廢了皇后則是不義, 不立夢蓮則是無情, 情義兩難, 皇帝由此失眠，吳夲為皇帝的心病找到了醫治的辦法，孰料代替夢蓮進宮的“硃砂”卻質問吳夲的初衷，讓保生大帝甚感意外。聯想瘟君的所作所為，不禁對假郡主的身份開始懷疑。

第10集
　　三紅無意中拾到的媽祖的發網戴在頭上，吳夲開始擔心幾日未見的黑龍和白虎已經慘遭瘟君的毒手。同時郡主前腳到, 瘟君隨後就來了, 這個郡主突然變了一個人, 這個人偏偏又要嫁給皇上,吳夲料定這裡頭一定大有文章。
　　二舉擔心瘟君加害自己，保生大帝把三紅給他做的腰帶假借法寶借給二舉壯膽。吳夲拿著郡主曾經寫給皇帝的詩歌，試探出郡主並非本人。戴著媽祖發網的三紅在於二舉的嬉鬧之時撿到困住黑龍白虎的紙扇，聽到了紙扇中黑龍白虎的求救聲，二人至此得救。降為凡人的吳夲在媽祖發網的幫助下，看到了假郡主原來是“硃砂”告勸他不要跟著瘟君一起為虎作倀，哪知卻在不防備下慘遭硃砂下的毒。

第11集
　　吳夲中了硃砂下的落雁砂的毒，全身癱瘓。二舉為了給師傅治病去宮裏偷人參，珍珠等物，同時準備了馬車為了保護師傅欲帶吳夲離開宮中。吳夲擔心瘟君利用硃砂作孽，在沒有搞清楚瘟君的目的之前拒絕離開皇宮。
　　瘟君設計，硃砂突然在大殿昏迷，皇帝急召二舉進殿，在龍兄虎妹的幫助下，發現了瘟君蠱惑硃砂用的小銅人，不料大家都中了瘟君的奸計，瘟君把刻有硃砂生辰八字的針刺小銅人嫁禍給皇后，皇帝一氣之下廢除了皇后，皇后蒙受不白之冤，打入了冷宮。

第12集
　　硃砂在瘟君的指點下，從眾多爭寵的妃子中脫穎而出。厭倦爭鬥的鄭貴妃此時尋找到保生大帝，提出想要子嗣的心願，吳夲答應了卻鄭貴妃的心願。吳夲派黑龍白虎去媽祖娘娘那裏尋藥，黑龍白虎以為是醫治師傅的藥，在歷經艱險擺脫瘟君的追擊後拿到藥，卻是吳夲捨己救人為鄭貴妃準備的醫治不孕的藥物，吳夲在此時此刻仍然是為他人著想。三紅依然不離不棄的照顧著吳夲。瘟君設計陷害二舉貪污行賄，不料被保生大帝識破，再次救二舉免於為難，瘟君和硃砂的計劃再次被破壞了。

第13集
　　二舉在吳夲的指點下，對皇帝獻策“凡是送禮收買御醫的妃子都不在皇后的候選人之列”，皇帝聽了二舉的建議大加讚賞。二舉憑著對皇后的各種標準出發推選出余貴妃為皇后，豈料瘟君陷害余貴妃的父親，誣陷貴妃偷玉璽給余父，栽贓其為反賊，余家滿門抄斬。二舉應皇上的要求，在鄭貴妃和硃砂中選出一人為後，二舉建議遵循祖制: 諸妃之中, 生子為後! 口諭傳出之時，鄭貴妃突然暈倒了……

　　第14集
　　原來是鄭貴妃懷孕，從而在立皇后的鬥爭中暫時領先，而瘟君未料到這個突發事件，硃砂和瘟君在這一輪的爭鬥中暫時落後。瘟君威脅要讓鄭貴妃流產，吳夲和瘟君二人在棋盤中鬥智鬥勇，保生大帝命令黑龍白虎暫時停止對硃砂的恐嚇，全力以赴保護鄭貴妃，不料卻中了瘟君的空城計，他私下在保胎藥裏動了手腳，鄭貴妃再次流產，二舉蒙受不白之冤被打入天牢。黑龍白虎也中了瘟君的圈套被瘟君用法術困在杯子裏，吳夲身邊只剩下了三紅，吳夲再次陷入空前的危機裏。

　　第15集
　　皇上再次寵幸硃砂，吳夲讓三紅給身在天牢的二舉捎去口信，讓他堅持住，與此同時，瘟君也用高官厚祿等優厚的條件來收買二舉，同時和硃砂聯手設計解救二舉，二舉妥協，同意拜瘟君為師。
　　硃砂在瘟君的幫助下成功懷孕，立為新皇后。三紅假扮宮女潛入宮中想救出被困在杯子中的黑龍和白虎未果。瘟君設計讓皇上了的魔咒，實則為了自己練騰蛇危宿大法，他需要五百今年都要八歲，必須同年同月同日同時出生童男童女來破除魔法,救皇上、求子心切的硃砂同意了瘟君的請求。全城陷入小孩被抓的恐慌中。

第16集
　　同時，準備祭祀的祭壇也在緊鑼密鼓的建設之中，黑龍白虎被埋在正在建設的祭壇旁，眼看著魔壇建成，卻無能為力。吳夲指點三紅髮現硃砂的弟弟也在這500童男童女之列，現在被抓到天牢裏，遂讓三紅帶信給硃砂，冒名頂替郡主的硃砂震驚之時，方才悔悟自己還有個親弟弟，然而救了弟弟她的身份就會暴露，不救又是自己的胞弟於心何忍，硃砂陷入煎熬中。
　　原來二舉並沒有背叛師門而是上演了一場“無間道”，救出了困在杯子裏的黑龍和白虎，危機關頭，黑龍白虎和三紅聯手解救了即將送入祭壇的500個孩子，在保生大帝的計謀下成功逃脫，瘟君練魔功的計劃落空了，在這一輪的鬥法中，瘟君失敗了。

第17集
　　氣急敗壞的瘟君欲殺吳夲以獲得吳夲的心來練魔功。危機之時黑龍白虎用鎖仙索困住瘟君，吳夲困住瘟君，瘟君才驚覺吳夲原來早已破除了落雁砂的毒性，被困的瘟君失去法術，硃砂也露出了真面目，皇帝才驚覺喬裝的硃砂並非他的夢蓮。幡然醒悟卻為時已晚，真正的郡主早已尋找到了自己的幸福。
　　瘟君被囚禁在冰山之中，由黑龍看守，瘟君以二舉和虎妹在一起親密的幻影激怒黑龍的妒心。黑龍中計，離開了看守崗位，瘟君趁此機會順利脫逃成功。
　　天庭鋻於二舉在與瘟君的鬥爭中的出色表現，決定為他舉辦一場特殊的在虛擬空間的考試，包括戰場的醫治，危機情況的處理。二舉在不知情的情況下，憑著自己的善心與積累應對著考試。

第18集
　　黑龍找到白虎，與白虎和解，二人趕至冰山卻發現瘟君早已不知去向。天兵天將前來抓捕黑龍，黑龍為了獨自承擔責任，抗旨不尊，來到了瘟君的老巢尋個究竟。降魔老祖卻趕來抓捕，白虎為了救黑龍，被老祖抓到，黑龍心急如焚，這時，瘟君出現在黑龍面前，提出一個條件，假如黑龍吃下他的可以控制心智的藥丸，他就救白虎出來，黑龍明知有詐但為了白虎卻吞進了藥丸。同時，二舉的考試進入第二關“情關”，二舉回到了虛幻的家中，在家中講述他遇到保生大帝和慈濟懸壺濟世的趣事，家裏人都認為他中了邪，要二舉舉行婚禮來衝邪，萬般無奈的二舉，只得求助三紅來幫忙。

第19集
　　由於黑龍和白虎的失職，天庭中的反對派借此加害保生大帝，玉帝一怒之下將吳夲隔在虛空中，不得與凡人接觸，同時對黑龍白虎發佈通緝令。
　　黑龍被瘟君迷了心智，時而認保生大帝為師，時而認瘟君為師，毒性操控著黑龍的妒心，讓黑龍時好時壞，一會對二舉如平日一樣，一會又對二舉做出很多過激舉動，虎妹為此對黑龍產生深深的誤解。
　　瘟疫再次來襲，人間備受煎熬，被困在虛空界的吳夲心急如焚卻無能為力。原來這場瘟疫是李天王設的計，名為對二舉的第二關考試，實則意在對付保生大帝。
　　三紅髮現百草園用於施捨的草藥被人無故破壞，同時發生了很多無法解釋的事情，瘟疫來襲，棺材鋪生意冷淡，在二舉家裏看見的大夫裴中天和任火旺卻對二人的相識矢口否認。三紅感到其中必有玄機。

第20集
　　城裏的藥鋪被關閉了多半，只有二舉家的藥鋪生意興隆，同樣的藥方凡是裴中天開的方子的人全部痊癒而其他大夫的方子卻沒有用，二舉、黑龍和白虎發現了玄機，原來一切瘟疫的根源都是源自裴中天，正是他給全城的井水下了毒。而解藥就在裴中天給病人喝的水裏，這就是為什麼別的大夫和別家的藥都沒有效果的原因。黑龍白虎得到解藥，灑滿全城的水源，瘟疫解除了。瘟疫的原因查清了，但是李天王說，考試才剛剛開始……三紅在二舉家的藥鋪發現了二舉爹和裴中天和瘟疫之間有牽連，二舉不相信。二人鬧翻。

第21集
　　三紅髮現了二舉爹和裴中天的來往，認為其中蹊蹺，二舉不以為然。三紅要找證據給二舉看，知道消息的二舉爹火旺找來家丁王旗，頂了破壞百草園的罪，這消除了二舉的疑慮，火旺乘機想挑撥二舉對三紅的不滿，說她和黑龍眉來眼去，二舉只好交待了自己和三紅是假訂婚。
　　黑龍被瘟君帶走了，虎妹追上，龍哥卻已經喪失心智，不願意跟虎妹回去。
　　瘟疫被消滅了，裴中天卻成了功臣，但是三紅還是懷疑，她機智的查到了火旺賬本的秘密。三紅拿著這本賬本去公堂告狀，沒想到火旺卻主動來到公堂，說此事不光是自己一人所為，還有很多大人牽扯在內，此舉讓章大人、魏潛等人害怕起來。
　　告狀的三紅反被抓了要充軍，幸得白虎相救。
　　被瘟君的藥丸迷倒的黑龍跟著瘟君去了台灣，瘟君要訓練他，成為保生大帝的剋星。
　　這一系列的事讓二舉開始反思，他要在沒有師傅的情況下，查清真相。

第22集
　　三紅被虎妹救走了，官府找到二舉，要利用二舉引出三紅。虎妹冒充三紅換回了被官府抓去示眾的二舉。
　　跟著瘟君去了台灣的黑龍在瘟君的指導下開始修煉，已經完全喪失了心智，把瘟君認著師傅。但是在和玉帝派來的五極戰神交手時，還是被毀滅了，被打成了碎片……
　　變成三紅的白虎在公堂上戲耍了章余等人後跑掉了，二舉知道官府一定不會放過三紅，於是帶著三紅出城，卻為時已晚。二舉乾脆帶三紅藏到了自己家裏……
　　在二舉家，三紅晚上帶二舉在房頂，看到了火旺和裴中天的密談，二舉終於相信了三紅的話，意識到這件事跟自己爹干系重大。
　　被毀滅的黑龍其實只是個假像，瘟君是想借此讓玉帝和保生大帝都以為黑龍死了，但他的目的是要重新塑造一個黑龍，但在他將黑龍的碎片重新拼合的時候，卻發現最重要的心臟位置，少了一片……二舉卻在慈濟宮的師傅塑像手裏發現一件東西，白虎說，那就是龍哥的鱗甲，是心臟位置的鱗甲，虎妹傷心欲絕，以為龍兄毀滅了。
　　三紅還是被官府找到抓走了，知道真相的二舉又當如何選擇。

第23集
　　官府要將三紅立即處死，二舉想到白虎去求救，卻遍尋不得，白虎正在到處尋找著黑龍。眼看著官府的絞刑架已經搭起來，被火旺困在家裏的二舉卻一籌莫展，這時有家丁報，宮裏的太監來了。來者正是太監江平，他是受皇上委託來看二舉的，還帶來一件寶貝給二舉，那是一把尚方寶劍。
　　官府要處死三紅，卻吊也不行，砍也不得，正在這時，二舉帶著尚方寶劍來了。他要重新審理此案。
　　公堂之上，火旺拒不招供。三紅問二舉，是不是真的想查出真相，如果這樣，火旺就會是死罪，二舉心意已決，他們設計利用三紅模倣不同人聲音，讓裴中天招供了。隨後其他幾人也都招供了……知道了真相的二舉陷入了矛盾之中，一邊是親情，一邊是法理，他將如何選擇。

第24集
　　二舉大義滅親的出色表現不但官銜升至巡按，並且還通過了太白金星、托塔李天王和保生大帝的考驗，天庭也破格讓他當了一名藥神，在與虎妹、三紅和師傅依依惜別後二舉就走馬上任去了。
　　台灣承天府，賣藝的四進救下了被惡霸逼親的一秀，惡霸雇傭了殺手“斷魂刀”尋仇，正當四進命懸一線的時候，三紅從天而降解了四進的圍，但一秀卻驚嚇的昏迷不醒；此時，天庭也是一片狼藉，原來五極戰神和瘟君廝殺時頭被砍下，沒了頭就在天庭裏橫衝直撞，保生大帝就地取材把天宮裏祭祀用的豬頭給五極戰神安上；為了救一秀，四進甘願變成廢人，如此義無反顧的犧牲精神，成功的通過了保生大帝的考驗，四進拜保生大帝為師傅，廣施仁心治病救人。
　　被瘟君換成鐵石心腸的黑龍連虎妹也不認，魔性大發，一陣廝殺到保安宮，保生大帝略施小計生擒了黑龍。

第25集
　　保生大帝計鎖黑龍後，又與媽祖娘娘合演了一齣雙簧戲，冒充黑龍為瘟君設下了一個圈套，將瘟君一舉抓獲送往天庭，南天門外，五極戰神向保生大帝央求冒領抓獲瘟君的戰功，保生大帝被糾纏無奈只好應允，不明真相的玉帝果然龍顏大悅赫免了五極戰神大鬧天宮時毀壞器具的賠償款；
　　曾經強搶一秀的惡霸患病四處醫治無效只好到保安宮找保生大帝，剛好撞到了一秀和四進的手裏，仇人相見分外眼紅，四進一心要為一秀出口惡氣，保生大帝教育四進醫者要有仁心，不但治好了惡霸的病，還治好了他的惡習從此洗心革面重新做人。
　　保生大帝把黑龍留在保安宮，為他安上了胸口那塊虎妹珍藏已久的龍鱗片，但要等那片鱗甲徹底融化之後，黑龍才能恢復神智，這時，奉旨深夜前來的太白金星給保生大帝又帶來了一個新徒弟——瘟君。

第26集
　　給人間遺禍千年的瘟君好不容易被保生大帝生擒，保生大帝本寄望于天庭能將瘟君就地正法以弘揚正氣，豈不知天庭已非聖潔之地，原來瘟君早已賄賂了托塔李天王向玉帝求了情，所以才被貶為人間做了保生大帝的徒弟，保安宮裏瘟君一改往日魔頭的形象，表面虔誠、勤奮積極做事，騙取三紅、四進和虎妹等人的信任，暗地裏卻伺機施詭。他給了虎妹一件神秘怪異的鑰匙，虎妹不得其解又小心提防著瘟君，時刻保護還處於昏迷之中的黑龍。
　　王爺鄭經患了一種怪病，四進扮作師傅，保生大帝扮作徒弟進了王府，為王爺醫病，四進打了包票說能治好否則殺頭，但出來後保生大帝告訴四進他自己也沒辦法，四進嚇得想一跑了之，但最終意識到為醫者要竭盡全力不能投機，保生大帝看到四進慢慢長進心中喜悅。

第27集
　　為了保護黑龍，虎妹設置了一個防護罩，好奇的一秀覺得好玩兒，讓虎妹教她怎麼改變暗語，正當一秀和四進玩的高興時，沒想到中了瘟君的計。瘟君利用鏡子的反光，點燃了黑龍胸口還沒有完全融化進心臟的鱗片，黑龍成了一個徹底失去神智的魔獸，他誰都不認識了。闖了禍的四進和一秀卻百口莫辯。
　　瘟君的陰謀在一步步的進展中，瘟君用一把形狀怪異的鑰匙把好奇的四進和白虎引到了一個石洞中，沒想到洞裏不僅藏滿了失傳的醫書，居然還有黑龍留給四進和白虎的禮物，給四進的禮物是一件背心。兩人開心的收下了禮物。
　　興高采烈的回去告訴師傅發現的石洞。來到石洞的保生大帝也為這裡豐富的藏書驚喜不已，流連忘返……
　　暗處，瘟君得意的笑了，似乎一起都在按他的計劃進行。

第28集
　　瘟君請四進一秀吃飯，借講古說出了失傳的醫書的妙用，原來古書不是一本書，是一件天蠶背心，四進暗暗高興，這不就是自己這件背心嗎？
　　四進利用背心，治好了鄭王爺的怪病，一時間被傳為“神醫”，達官貴人也紛紛到府，有要減肥的，有要整容的，保安宮門庭若市，卻冷落了到府求醫的窮人。單純的四進和一秀整天忙的不亦樂乎。
　　虎妹為了救出被困在石洞中的師傅，對瘟君水刑火刑都用遍了，都沒有逼他說出打開石洞的咒語。其實成為凡人的瘟君此時也沒有辦法，這一切，都是他在魔的時候設下的計。
　　保生大帝利用被困在洞中的機會，重新理清了思路，他意識到瘟君的目的是要重返魔界，但他要阻止瘟君必須先從石洞中出去，他能出來嗎？

第29集
　　保安宮變成了一個生意場，變成了有錢人的保健房，賺了很多的錢，偏偏要看病的窮人被冷落在一邊，連三紅都熱衷於各種美容，瘟君更是殷勤的跑前跑後。
　　虎妹回來看到這些非常生氣，這完全違背了師傅的教導，違背了保安宮的宗旨，她帶著四進一秀去看那些看不起病的窮人，四進一秀似乎被觸動了，意識到自己做錯了。
　　保生大帝想出了脫困的辦法，他設計讓黑龍以為魔洞中是搶走了自己心愛虎妹的二舉，去偷了雷公電母的天鑽，打開了魔洞。
　　四進向神奇背心討教救師傅的辦法，背心告訴他，要有一個男人穿上背心讓雷電劈死，才可救出師傅。就在他穿上背心走到院子裏時，有人攔住他，搶下了背心，這人正是瘟君。一道閃電，瘟君粉身碎骨……然而，瘟君卻沒有死，他又重新為魔了，而且有了更大的野心。
　　四進視為寶貝的背心原來不過是瘟君為魔時修煉的一件神器，是他佈下的一著棋。四進悔恨不已。
　　衝出洞窟的保生大帝在雷公電母和五級戰神的協助下降住了黑龍，但要黑龍恢復正常，必須為他換心，可是天庭那麼多神仙，誰的心可以換呢？

第30集
　　保生大帝說服玉帝赦免了黑龍，為黑龍換上一顆星星作為心臟，黑龍重新回到了師傅身邊。
　　瘟君佔據保安宮是要重新修煉危蛇星宿大法，他要借助保安宮的法力，來練成無人能當的邪惡大法，一旦瘟君練成，仙界魔界就沒有人再是他的對手，保生大帝必須在瘟君練成此大法之前阻止他。
　　為了避免四進和一秀捲入神魔大決鬥中，保生大帝讓他們倆去人間醫治病人並尋找制服瘟君所需要三件神器中的其中一件——捆妖鎖。
　　保生大帝用了一個小妙計，告訴瘟君他喝下去的潛虛茶會令他走火入魔。
　　四進與一秀也找到了第一個病人，失去記憶的天香小姐。
　　保生大帝同時也在尋找三寶中的頭一寶——一位練過危蛇星宿大法的魔頭。

第31集
　　四進、一秀住進了馬府醫治天香小姐。
　　二舉變成了蝴蝶，使出一計與黑龍白虎共同捉弄瘟君，讓瘟君更加確信喝下的潛虛茶會讓自己走火入魔。
　　保生大帝帶著三紅找到了千年魔頭——唐頌，想從他那知道危蛇星宿大法其中的要害之處，但是唐頌拒絕了。唐頌雖成凡人，但是當初的餘毒還殘留體中，每每發作之時有如萬箭穿心，保生大帝在他痛苦難耐時幫他扎針止痛並保證三天之內打通他的三焦經。
　　天香小姐原來不是吳員外的親生女兒，她為了找到親生父親才假裝失憶，留給四進十萬元銀票後然後逃了出去，這個消息令四進、一秀感到要找到那件神器希望渺茫。

第32集
　　瘟君抓住了二舉，威脅虎妹說出了保生大帝的行蹤。
　　由於天香小姐失蹤，馬員外將四進、一秀抓了起來，又用金錢、強盜等考驗四進，原來馬員外一家都是神仙，由於四進不貪美色、錢財，不懼怕死亡，就這樣得到了捆妖鎖。
　　保生大帝打通了唐頌的經脈，由於解不了唐頌的毒，只有把毒轉移到自己身上，讓唐頌很感動，告知了破解危蛇星宿大法的方法。瘟君卻又將破解之法銷毀了，沒料到卻已中了唐頌的咒語之毒。瘟君被徹底毀滅了。他最終毀在自己的野心和貪心上……
　　人間仙界少了一害，但保生大帝仍將保祐眾生，黑龍白虎隨著已是藥神的二舉繼續去剷除妖魔，四進一秀則要走遍寶島，行醫救人……