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　　朝鮮和日本一樣，都是受中國文化影響最深的國家。19世紀末期，日本明治維新，接受西方文化；朝鮮則抱殘守闕，拒與西方接觸。結果日本變法強大，而朝鮮仍故步自封。1864年朝鮮王哲宗去世，死後無子，乃立王族李昰應之子李熙為王。李熙年幼，即位後尊生父昰應為大院君。大院君有雄略，但極守舊，對日本維新極表不滿，見日使穿西服，益覺不倫不類，遂下令斷絕韓日兩國通商，韓人與日人交往者處死。日人以為受辱，遂有“征韓論”。當時日人所顧慮的是朝鮮乃清朝藩屬，所以屢次向清廷探問是否管理朝鮮的內政外交，清廷則表示不過問。日本經過多種方法試探，已摸透了清廷態度，遂積極安排侵韓步驟。
　　
　　大院君以其內侄女閔氏為國王李熙立妃。閔妃通書史，好讀《左氏春秋》，有政治野心，利用太后趙氏不歡喜大院君專擅的心理，慫恿閔奎鎬、趙寧夏等與大院君的長子載冕合謀勸王親政。大院君被迫交出了政權，於是閔妃乘機專政，朝鮮排外政策也為之改變。
　　
　　日本在此以前曾因臺灣人掠殺琉球人向清朝廷文涉，清朝廷答復非常含糊，不僅對臺灣，對朝鮮也是一樣，結果給日本政府一個印象，日本可以向朝鮮下手，乃于光緒元年（1875年，明治8年）以軍艦侵入朝鮮的江華灣。第二年與朝鮮訂立《江華條約》12款，其重要之點是朝鮮為自主之邦，系有與日本平等之主權。
　　
　　閔妃當權後，國政更為腐敗。光緒八年（1882年）六月，朝鮮京城鎮兵5000人，因糧餉久未發給，一再向政府哀求發餉，俱未如願，兵民從而附和，大院君乘機鼓煽，遂發生兵變。七月初，變兵民眾闖入宮中，欲殺閔妃。妃倉皇變服，攜子逃至忠清道族人閔應植家中。變兵民眾轉襲日本公使館，縱火焚燒使館，日公使花房議質率館員突圍走仁川。大院君重掌政權，排斥閔氏。這時韓大臣金允植、魚允中等正在天津，乃求援于直隸總督張樹聲，張乃派慶軍統領吳長慶率海陸軍渡海前往朝鮮平亂。由於這次變亂發生於壬午年，所以朝鮮史上稱之為“壬午事變”。
　　
　　吳長慶率軍進抵韓京南門，分營屯紮，通知大院君來營答拜，由袁世凱暗中佈置，阻止隨大院君之護衛于營外。大院君入營與吳統領筆談，即被清軍捕捉，扶入肩輿，星夜送到馬山浦，登軍艦駛返天津。這時李鴻章已回任北洋大臣，遂命將大院君幽閉保定。
　　
　　吳長慶複命袁世凱率兵入城捕捉東學黨，且直撲東學黨巢穴，剿平亂事，使韓王復位，並與日人和談，訂立《日韓濟物浦條約》，由韓國懲凶、賠款、道歉、日兵保護使館等。韓事平定後，吳長慶以“治軍嚴肅，調度有方，爭先攻剿，尤為奮勇”16字獎語，列袁世凱為首功，咨請李鴻章、張樹聲會奏請獎。九月初一，袁世凱奉旨以同知用，並賜花翎。
　　
　　一個人的成功決非偶然，他必需在某些重要關頭表現出傑出的成就，然後加上機會。
　　
　　就袁世凱來說，朝鮮是他施展身手的好地方，也是他飛黃騰達的起步點。世人以為袁從小站練兵起家，其實如果袁在朝鮮沒有傑出的成就，清朝練新兵的責任就不會交給他，他不在小站練兵，光緒和維新黨也不會選中他勸王，他沒有譚嗣同要他勤王，就無法向榮祿告密而得到慈禧太后的重視，所以朝鮮的成就是袁一生的開始。
　　
　　清軍在朝鮮平亂後，吳長慶即奉命留駐朝鮮，成立駐守朝鮮的清軍司令部。在這個司令部裏，吳長慶是最高統帥。他有文武兩大幕僚，武的就是袁世凱，這時袁的年紀不過24歲，可是吳長慶所有的軍事事務莫不由袁作主，等於是今天的參謀長地位；文的事務則由南通狀元張謇（季直）作主，等於今天的秘書長地位。
　　
　　朝鮮壬午之亂後，朝鮮王李熙懲前毖後，立意維新。這時朝鮮的一切，全隸屬於清朝北洋大臣，李熙獲得北洋大臣李鴻章的同意，聘請德人穆麟德為總稅務司，聘請清朝的中書馬建常為外交顧問，同時擬請袁世凱為軍事顧問，負責整軍練兵。這時清軍在韓並不駐紮在京城，而是紮營下都監，李熙乃親自到清營拜訪吳長慶，求偕袁世凱。吳不答應，韓王再三懇求，最後吳長慶只答應袁替朝鮮兼練新軍。自此袁世凱不僅是駐韓清軍的參謀長，同時還負責朝鮮新軍的編練工作。
　　
　　袁接受了朝鮮國王李熙的要求後，於是按照清軍的規格草訂制度，編選壯丁，又鑒於王室地位的孱弱，所以先建立國王的親衛軍，其次則組織鎮撫軍，以加強政府的地位。李熙對於袁世凱的一切施為極感滿意，他敦請袁移居朝鮮的三軍府居住，以便就近指揮和督練韓軍。
　　
　　壬午之亂，李熙的寵妃閔氏逃匿族人閔應植家，當時大家都以為閔妃已死，宮內並為閔妃發喪，後來亂平後閔妃才出來，韓王親往迎迓，並宣告全國廢除以前的喪告。閔妃是個險鷙弄權的女人，她美貌多才，李熙很怕她，也信任她。為了閔妃，李熙甘願和自己的親生父親反目，也正因此才鬧出壬午事變的大亂子，李熙父親大院君被清軍送至保定拘禁，可是李熙依然把一切大權都交付給閔妃，於是閔妃再度專政。
　　
　　閔妃專政後，她的哥哥閔詠駿便擔任首相，一切大權都落在閔妃兄弟手中。
　　
　　清朝被迫在朝鮮抵抗日本的壓迫時，同時也在越南抵抗法國人的進攻。朝鮮和越南都是中國的藩屬，可是大清帝國逐漸無力維護它的宗主權了，越南的中法軍隊已兵戎相見了兩三年。因此，當光緒十年（1884年），中國和法國在越南爭鬥已達巔峰時，清朝不得不作緊急的應變準備，集中能夠作戰的軍隊以及能夠作戰的老將，於是駐韓軍統帥吳長慶便由朝鮮召回，用以擔任防守遼東的重任，朝鮮的軍務分別交給三個將領負責，由袁世凱接統“慶字營”，其餘二將是提督吳兆有和總兵張光前。
　　
　　在這期間，日本在朝鮮得寸進尺，拼命培植親日武裝力量，替朝鮮訓練一部分新軍，於是朝鮮便分為兩大力量：一部分是原來親日的閔妃和她家族，這時卻和袁世凱極接近，變成了朝鮮內部的親清派；一部分是“開化党”，以洪英植，樸泳孝等為首的親日派；還有一小部分親俄，以韓圭稷、李祖淵、趙定熙為首。
　　
　　光緒十年（1884年）十月十五日洪英植、樸泳孝等發動政變，擬先將清軍高級將領一網打盡，借朝鮮郵政總局落成典禮，假郵政局設筵宴請袁吳張三將，打算即席撲殺。吳張洞悉其情不欲前往，袁則裹甲懷械先一小時赴席。稍進酒饌即告辭，牽樸泳孝手至門前，從容返營，使這一個暗殺行動胎死腹中；十七日洪、樸等又設筵邀閔妃侄閔詠翊，英美德日各國公使及中國商務委員道員陳樹棠、稅司穆麟德晚宴，日使不赴席，留日學生縱火並刀擊閔詠翊，賓主嘩散。閔詠翊避至穆麟德家中，袁世凱率兵二百前往彈壓。到穆麟德門前，見到一個中國青年持槍守門，意氣凜然，袁勒兵後退，兩人互道姓名，才知這位青年是唐紹儀。唐字少川，廣東中山縣人，美國耶魯大學畢業，由清廷派為稅務幫辦，這是袁唐訂交之始，兩人都惺惺相惜。袁入，見閔詠翊受傷頗重，具言是親日的開化黨所為，請袁速往救國王。
　　
　　開化黨既發動政變，洪英植等入宮脅王移居別宮，並請日兵入宮護衛。國王、閔妃等被禁閉于景祜宮，老臣閔台鎬、趙寧夏、閔詠穆等悉遭殺害，親日派大權在握。這時袁世凱主張勒兵勤王，吳兆有主張先請示北洋大臣，袁認為緩不濟急，乃分兵進援。袁為中路，吳張分左右翼，從王宮敦化門入，日兵曾據王宮狙擊，終被袁兵攻入。這時洪、朴等劫韓王逃北門關帝廟，袁遣茅延年迎王入清營。洪英植等再三阻止，吳張二將亦趕至，韓王遂被清軍迎入下都監清國兵營。袁往謁，王泣訴洪、樸等逼其更衣赴日本，恰遇清軍攻入王宮始獲免，但仍為洪、樸等劫掠，若非清兵來救，真不知下落何方。一邊說一邊流淚，情辭哀切。日使知事已敗露，乃自殺焚於使館，率兵出小西門前往仁川。親日派斷發變服，逃往日本。
　　
　　由於韓王在清營中，袁世凱遂代主持內政、外交、軍事，後來韓王回宮，亦邀請袁入宮護衛，居住偏殿，和國王僅隔一牆，朝夕晤對。這時袁只是一個26歲的青年。韓大臣每日必會袁議事，聽其指揮。不久傳說日軍大集仁川，袁乃和吳兆有、張光前商議，分兵扼守漢江和護衛王宮。
　　
　　在這個回合中，清朝和日本在朝鮮的競爭，由於袁世凱的果決，而占了上風。
　　
　　日本對朝鮮是處心積慮已久，而清朝對朝鮮的政策則是搖擺不定，所以袁世凱雖在甲申事變中占了上風，但並不能徹底解決問題。國際問題要講力量，當日本在朝鮮屈居下風以後，它便積極佈置，陸續增兵，同時向清朝政府提出抗議，指責袁世凱妄啟釁端，應負甲申事件的責任。在這時候，清廷因中法爭端尚未解決，不擬和日本再生麻煩，且以袁世凱官卑職小，此次在朝鮮鬧出的事情，事先並未稟報朝廷，所以對袁並不太諒解，日本政府向清廷提出抗議後，清廷乃派吳大澂、續昌為特使到朝鮮來調查。吳大澂認為袁輕啟釁端，所以還沒有啟程就打算把責任完全諉諸袁世凱，並向日本謝罪。
　　
　　光緒十年（1884年）十一月三日吳、續兩大臣抵朝鮮。十七日晉謁朝鮮王，轉達清廷意旨，由於中法失和，清廷不擬和日本緊張，所以勸朝鮮忍耐。同時吳、續兩大臣並命令袁世凱把駐守王宮的軍隊悉數調回本營。日本見清廷軟化，態度更趨強硬，得寸進尺。日本公使井上馨率日兵千餘進駐西門外京畿道，另帶衛隊200人入宮，日韓洽商議和，日方提出五條苛刻條件，但朝鮮對外事務屬於清朝政府，所以日韓的談判轉變成中日談判，談判地點亦轉至中國天津。
　　
　　中日談判朝鮮事件於光緒十一年（1885年）正月十八日舉行，清朝首席代表是李鴻章，代表是吳大澂和續昌，日本全權代表是宮內大臣伊藤博文、農商大臣西禦從道。談判從二月十七日開始，至三月四日結束，議定條款三項：（一）四個月內中日盡撤駐韓軍隊；（二）中日兩國均無庸派員教練韓兵；（三）遇有重大事件，中日兩國派兵赴韓，應先互相照會。
　　
　　從這次條約中可以看出日本已取得和清朝在朝鮮的同等地位。
　　
　　《江華條約》使朝鮮自認非中國屬國；《天津條約》則使清廷自認朝鮮不是中國的屬國，同時日本因此取得和中國同等地位，當時官吏的愚蠢，真是痛心之至。
　　
　　袁世凱變成了這次事件的罪魁，大家都把責任推到他的身上，他看到朝鮮局勢的任人宰割，非常痛心。原來他在朝鮮期間，曾多次上書給北洋大臣（朝鮮事務屬清北洋大臣管轄），他認為朝鮮終必有大亂，韓王庸懦無能，所以建議朝廷選派一個監國代朝鮮王執掌政柄。這時的北洋大臣是李鴻章，他雖然同意袁的意見，可是他正苦惱於中法和議未定，怕在朝鮮出亂子，所以把袁的建議擱置。袁世凱繼續上書痛切陳言，但仍未見採納。
　　
　　這時剛巧遇到袁的嗣母牛氏生病，袁乃要求請假回籍，所以他便和來韓查案的吳、續兩大臣一同返國。這是光緒十年（1884年）十二月的事。他在天津謁見李鴻章，再把他的建議上達，李仍不接受，他只好要求請假兩個月，返回陳州府了。
　　
　　清廷既然把自己對朝鮮的宗主國地位分了一半給日本，這與袁世凱企圖更深一步控制朝鮮的計畫完全背道而馳，其實朝鮮仍然把中國當作宗主國。當時朝鮮想增兵三營，要求北洋大臣仍派袁世凱前往練兵，可是清廷既已與日本簽了條約，所以自然不會同意，而袁世凱這時則已回家鄉休假了。
　　
　　最可笑的，是清廷對朝鮮的統馭既沒有原則，又沒有目標。舉例來說，在朝鮮壬午年以前，親華派是大院君李昰應，而親日派是閔妃和她的家族，可是吳長慶率兵到朝鮮來時，竟助閔妃平亂，誘縛大院君至保定拘押。甲申年中日在朝鮮互爭雄長，這時閔氏一家都是親華派了，照理清廷就該全力支持閔氏，可是清廷的軍機大臣和總理各國事務衙門卻又主張釋放大院君回韓。大院君被清廷押禁了許多年，內心當然仇恨清室，閔妃和大院君是仇人，這時見清廷又要送大院君回韓，自然也對清廷失望。
　　
　　光緒十一年（1885年）夏天，清軍由朝鮮撤退回國後駐戍旅順，這時北洋大臣正計畫護送大院君回韓的方法，因怕閔妃一系的韓人抗拒，當時定計遣水軍提督丁汝昌和總兵黃金志、王永勝、張紹華、黃建筦等率領水陸兩軍押送。但是外間流言甚多，認為清軍變相返韓，日本也以此質詢清廷。李鴻章深感焦灼，乃決心召袁世凱至津，準備令袁負責押送。袁至天津，李鴻章口授方略，指派為護送專使。八月十二日清政府正式宣佈釋放大院君李昰應，並遣送回國。十九日袁世凱和大院君由大沽上船，分乘兵船兩艘，鼓輪東駛，過煙臺、旅順，廿五日抵達朝鮮的仁川。
　　
　　在朝鮮方面，閔妃這一派對於清廷送大院君返韓一事極為不滿，閔妃竟逼使韓王拒派官吏前往迎接。袁世凱上岸後下榻中國行館，同時分別照會各國兵船和領事，往復酬應，一面指責朝鮮政府無禮，竟不前來歡迎。第二天，朝鮮才派官吏和內侍來侍候。廿七日，袁世凱和大院君抵達韓京，韓王設幕南門，親自迎接，於是大院君回韓的任務袁世凱總算完成了。
　　
　　這時，在朝鮮又有新的醞釀，那不是日本而是俄國。俄駐韓公使威巴在袁世凱抵韓的先一日前往韓京，商談條約要求陸路通商，同時以俄人來訓練韓兵，保護韓國。替俄韓牽線的是總稅務司穆麟德。穆麟德是德國人，但系清朝北洋大臣派遣來韓的，因其善弄權術，所以李鴻章撤去其職務，改以美國人墨賢理繼任。穆挾恨投效閔妃，自稱有拒大院君之策，並拉攏帝俄介入韓事。閔妃派穆在典圜局工作，月薪300元，可以自由出入宮廷。袁抵韓後洞悉其情，立即壓迫韓王遣走穆麟德，俄韓的勾結遂告中斷。袁世凱後來回天津複命時，李鴻章對於袁的應變之才大為賞識，袁之獲李特別提拔，便是由此開始的。袁無形中也變成李對朝鮮問題的王牌了。這時北洋大臣奉到上諭：“慶軍駐韓四載，前年亂黨滋事，鎮撫一切，因應機宜，尚稱妥善，著擇優保獎”。恰清廷駐韓商務委員陳樹棠，稱病請假，李鴻章乃奏請袁世凱以道員升用，賞加三品銜，由總理各國事務衙門加委袁世凱為駐朝鮮交涉通商事宜。袁奉委後，乃於光緒十一年（1885年）十月
　　
　　初七啟程再度赴韓就任新職。
　　
　　袁世凱這次來韓，是第三次，又是這一年中的第二次，可是他這次所扮演的角色卻是與以前相反，他前兩次都是一手拿著劍，一手拿著強權，現在則是純粹外交人員，雖然也需用武力作後盾，但是主要是杯俎折沖。
　　
　　在這時候，清朝在朝鮮遭遇到的對手，不只是日本，還有俄國，而美國、英國、法國、德國也想插手，因此袁世凱便展開一幕激烈的外交鬥爭。朝鮮內部的親俄派以金嘉鎮、鄭秦夏為主，韓王也被說動。金、鄭等私通俄國，願受俄國保護，願簽約使俄國在朝鮮和中國地位一樣。清廷獲悉，令北洋大臣飭袁調查。袁已知韓國有秘密檔送至俄國，求俄保護，乃召韓國諸大臣至袁辦公處詢問。韓臣馳告韓王及王妃，王及王妃甚恐懼，乃派議政大臣沈舜澤、金宏集等先後詣袁謝罪，解釋投俄事王廷俱不知，乃小人偽造，於是捕金嘉鎮、趙存鬥、金鶴羽等治罪，而俄國公使亦不承認有密約事。
　　
　　光緒十三年（1887年）四月，美國人福久和韓臣洪英植、金玉均、金良默、鄭秉夏等勾結，醞釀使朝鮮自主。袁世凱獲悉，乃託病赴仁川，表示沈默抗議。韓王對袁的抗議深感不安，派近臣馳往慰問，並由朝鮮外務部照會美國公使，飭福久回美。這時福久和美籍總稅務司墨賢理共商促使朝鮮借款開礦，而閔妃族兄閔詠翊，則向韓王建議認為中國最怕歐西各國，倘朝鮮能直接與歐西各國通往來，則中國必不敢強迫朝鮮。於是決定派朴定陽為赴美全權大使，派趙廷熙為赴英德俄意法各國特使。袁世凱獲知閔詠翊的陰謀，即擬拘捕押赴天津，同時以朝鮮外交無自主權，不應直接派使出國事詰責朝鮮，朝鮮則以“使者已啟程”來應付。袁這時乃要求朝鮮盡速召回特使，並派大員至中國謝罪，朝鮮政府公然不理。清廷退而求其次，要求朝鮮的特使到達出使國時，先赴中國公使館報到，由中國公使絜同訪謁，朝鮮方面依然置之不理，而對袁世凱則虛與委蛇。
　　
　　這段期間可說是袁世凱辦理對韓外交最艱苦的一個時期。朝鮮受中國文化薰陶最久。舉例來說，清王朝統治中國二百多年，在中國全部採用清曆，但在朝鮮，除了官書用清曆外，普遍的民間記載卻以崇禎甲申後第若干年為紀，由此可見中國文化對朝鮮的影響。不幸的是，清朝政府飽受列強的欺侮，已是焦頭爛額，所以在對朝鮮問題的處理上，舉棋不定，因此朝鮮內部便產生了很多主張脫離清朝自尋出路的主張。在這期間列強也在朝鮮勾心鬥角，袁世凱擔任對朝鮮外交和商務的重責，實在是很艱苦的。
　　
　　這時他再度上書給北洋大臣李鴻章，獻議對朝鮮問題處理的策略，上策是：“乘朝鮮內敝，而日本尚不敢鯨吞朝鮮，列強亦尚未深入，我政府應立即徹底收拾朝鮮，建為一個行省。”下策是：“門戶開放，免得與日本或帝俄正面衝突，索性約同英美德法俄日意各國，共同保護朝鮮。”他的建議應該說是針對朝鮮的困難所作的良策，可惜那時清朝政府除了李鴻章外，大都是庸懦愚昧，對於他的建議便擱置不問。
　　
　　從光緒十四年（1888年）起，朝鮮便開始蛻變，除了前述的派遣全權大使赴美國和歐洲外，還準備以關稅作押向列強借款，朝鮮的外交和關稅原來歸中國管理，因此朝鮮這樣作法，等於是對中國宗主權挑戰。當時天主教勢力深入朝鮮，守舊派對天主教反對得很曆害，煽動人民說天主教徒烹食小兒，由此遂激起民變，攻擊教堂，毆殺教徒。俄法美日各國均調兵自衛，袁世凱亦調水師入京城。韓王忽然宣佈邀請俄法美日四國的軍隊入宮保護，這一舉措簡直是給清朝政府嚴重的打擊。袁世凱一方面請北洋大臣鄭重詰責韓王，一方面促請韓王左右的親華派勸阻韓王，這時美俄兩國駐韓公使都把袁世凱看作是一個嚴重的阻礙。第二年朝鮮派赴美國的全權大使朴定陽返韓，韓王擬派朴定陽外務大臣，這等於宣佈外交的親美路線，袁世凱傾全力反對，可是閔妃則一心一意要實現朴任外相的計畫。袁世凱曾請韓臣鄭秉夏去報告韓王說：朴定陽是清廷所絕不同意和容忍他出任外務大臣的，請韓王懸崖勒馬，不可聽小人之言，影響大局。袁知道閔妃在這件事情上最堅持，他無法勸她，乃找到一位閔妃的救命恩人洪在義，請洪去勸阻閔妃，總算達到了目的。至於朝鮮政府企圖收回關稅的打算，是受到列強的鼓勵，以為可以用關稅作抵去借外債，因此自行撤換總稅務司。這種種跡象顯示朝鮮在蛻變，而列強則利用這些情勢得寸進尺。
　　
　　光緒十六年（1890年）朝鮮的趙太妃去世。趙太妃是前王昭宗的皇妃，死時已80歲，她經歷了朝鮮四個朝代，代表朝鮮的舊傳統，傾心歸向中國，很得韓人的愛戴。閔妃雖擅權，但礙於老太妃，還不敢放肆，趙太妃一死，閔妃遂更為倡狂了。她感到自己的丈夫沒有定見，時常在和大臣討論國事時，聽從大臣的意見而和她的決定相違背。因此她認為最好能使國王不聽政，由她一人擅權，才可為所欲為，因為她最怕的是國王和他父親大院君重新合作，她知道自己的丈夫和誰接近就聽誰的話，所以她盡一切努力阻止大院君父子接近。她對國王說：“趙太妃等於是你的母親，你應該守孝，不宜親政，也不必接近大臣。”國王是怎麼說怎麼好。便乖乖地接受閔妃意見，真的足不出戶在宮中守孝。自此朝鮮國事，無論大小全由閔妃作主。閔妃一方面主持政務，一方面把重要的職務完全交給親信的人接任，倚賴親信閔周鎬，起用已罷黜的朴定陽。原來朴定陽，是袁世凱最堅持要罷黜他的，袁的本意不足罷黜他，還要求朝鮮當局重懲他，由於閔妃維護，乃以永不委任朴定陽擔任外交職務為折衷條件。這一宣佈才幾個月，閔妃又起用樸擔任政務。國王也許是在深宮悶得大慌，因此大病一場，閔妃並不為自己丈夫生病而憂愁，反而感到自己可以獨斷獨行而高興。
　　
　　清廷接受了袁世凱的要求，對於趙太妃的喪事，給以隆重的祭奠，派遣特使前往唁問，袁世凱抓住了這個機會要求韓王一定要親自郊迎，以消除外邊的謠言。袁這一舉措的目的是在重振中國的宗主地位，這時美、俄、日等國公使透過韓臣勸國王只應在宮內接見清使，國王這次倒是有了主見，親自前往郊迎，禮儀非常隆備，使列強各國為之側目。
　　
　　光緒十七年（1891年）袁世凱的嗣母牛氏病危，袁得急電乃請假回籍，李鴻章命袁舉薦代理人，袁推薦唐紹儀。唐這時擔任龍山理事官，袁給李鴻章的電報說：唐紹儀忠直明敏，膽識兼優，通曉韓情，可當大任。李鴻章批准了袁的要求，於是袁世凱乃兼程返裏。他回到鄉間不久，牛氏逝世，乃請假100天在原籍服喪。
　　
　　袁世凱銷假赴韓已是光緒十八年（1892年）四月，這時俄人計畫從俄境符拉迪沃斯托克鋪設鐵道到韓境元山，日人擬包辦由釜山至京城的電線，並建議中國主辦義州至京城的電線。唐紹儀反對得很激烈，袁世凱返韓後也完全支持唐的主張，堅持朝鮮的電政是中國主權，不允分割，終使俄、日打算落空。這時朝鮮國庫空虛亟需貸款，袁乃命旅韓的粵商同泰順承辦借款20余萬給朝鮮，由朝鮮關稅中分年償還本利，禁止朝鮮再以關稅去抵押其他債款。
　　
　　這一時期的朝鮮，國王昏聵，閔妃弄權，官吏貪污，盜匪猖獗，民窮財盡，路無行人，滅亡的命運已至不可避免的境地。在這種情形下，朝鮮又出了東學黨起義。
　　
　　東學黨起義給日本造成一個奪取朝鮮的機會，也促成中日的甲午戰爭，對於東方近代史，是很重要的。
　　
　　東學黨是一種半宗教性的會黨組織。什麼叫做東學黨呢？它是合儒釋道為一體的東西，它是朝鮮保守舊勢力對抗西方勢力的一種民間組織。它的立意既然是對抗西教，所以自號東學。它的醞釀經過了若干年，其情形極似後來在中國發生的義和團。開始並不叫做東學黨，直到一個崔時亨的人出來替天行道，東學黨才盛行朝鮮。崔時亨是朝鮮全羅道東阜系人，自號“緯大夫”，摘選佛老斷章片句，自成一家，輾轉傳授，信徒日多，饑民揭竿相從，公然要攻城掠地。朝鮮政治腐亂，財政困難，軍隊糧餉不發，當然無心替王室作戰，崔時亨率領東學黨乘機起義，佔領了全羅道，轉攻忠清道，所向無敵，氣勢很盛，在全羅道有兵團千餘名悉數被殲，韓廷派遣洪啟薰率兵進討，兵將都不用命，韓廷中有大半數主張請袁世凱代為征討。袁認為必須依條約邀日本共同出兵，所以一面電北洋大臣陳述意見，一面為韓廷劃策，建議用兵方略。怎知這時朝鮮民心士氣都已失盡，兵不聽命，將皆喪膽。北洋方面獲知朝鮮東學黨起義，乃派兵船一隻，載精兵二三百人登陸仁川，另派提督葉志超率一千多人為後援，可是日本兵艦已載日兵七千余分向仁川、釜山登陸，在所有戰略要地佈防。東學黨見中日均有大軍到臨，遂紛紛作鳥獸散，中日遠征軍均未發一槍一彈而東學黨即已潰散。亂平後日軍仍駐紮各重要地帶，袁世凱看出日本別有用心，因此親往訪晤日本公使大鳥，對大鳥說：貴國大兵已至，中國先頭部隊雖少，繼續還有大軍增援，現在亂黨已平定，中日兩軍如留駐朝鮮，可能因細故而生隙嫌。萬一發生事端，必導引歐美各國派兵來韓，這樣一來不止是朝鮮的災難，亦對中日兩國均不利，為今之計不如貴我兩國同時撤兵。大鳥則對袁答復說要把袁的這番話報告日本政府，其實這不過是拖延策略。
　　
　　清廷運兵至朝鮮的軍艦名濟遠艦，管帶（即艦長）方伯謙率艦泊仁川港口，見日本軍駐仁川的一天比一天多，深恐萬一發生糾紛眾寡不敵，為日軍所乘，因此通知袁世凱後徑行移船先去。清軍一退，朝鮮京城和仁川到處都是日兵，中國旅韓商民紛紛遷避。日軍咄咄迫人，袁世凱坐困朝鮮。他奉李鴻章的命令是繼續敦促日方撤兵，可是在那種情形下，日兵如何會撤呢？袁因此密電北洋，請急調南北洋水師來援，同時集中陸軍駐防東北，以應緩急。並且請歐美駐華使節出面調解，可是一切都太遲了，日本抓住了這個機會，決心吞吃朝鮮，即使與清朝一戰也在所不惜。
　　
　　日本在朝鮮既不理會清廷要求同時撤軍，相反的還陸續增兵挑釁，而在國際上則由外相陸奧重光提出一個中日兩國共同改革朝鮮內政的建議。日本這個企圖是看准了中方不會接受日本在朝鮮和中方站在同等地位共管朝鮮，只要中方不接受日本提議，日本便找到了翻臉的機會，借此獨斷獨行。
　　
　　果然，清廷的答復依然還是要日軍先撤出朝鮮才有談商的餘地，而日本則厚著臉皮，橫蠻地堅持先要討論改革朝鮮內政問題，待這個問題有了具體結果，才能撤兵。
　　
　　清政府中有頭腦應付中日問題的，只有李鴻章一人，李鴻章當時應付國際局勢的策略是“以夷制夷”。這個策略不一定是最好的策略，但在當時的情勢，也只有這一著棋。所以日本在朝鮮問題上向清廷攤牌，李鴻章知道無法與日本訴諸戰爭，乃轉而希望用俄國對付日本。因為俄國對朝鮮也有興趣，也已插手，自然不願見日本佔有特殊利益，因此李鴻章便透過俄國駐華公使喀西尼，希望帝俄出面干涉，或由帝俄聯合英美法意各國，制止日本的野心。可是這時日本也向帝俄及歐美各國積極活動，解釋日本的目的是在改變朝鮮的現狀，清除朝鮮的反動勢力。各國鑒於朝鮮排外分子的過分頑固，對於日本的話也能接受，同時日本並向帝俄保證它對朝鮮沒有領土野心，決不侵佔朝鮮領土。這樣一來，李鴻章所憑藉的一張王牌便打不出來了。當中日面臨決裂，李鴻章一再催促帝俄出面干涉時，帝俄的回答是：“俄國只能以友誼勸日本撤兵，不能相強”。於是李鴻章想透過國際干涉以阻止日本在朝鮮的野心這一計畫便落空了。
　　
　　對於在朝鮮所發生的中日糾紛，清廷上下都很激動，愚昧的清廷朝野面對日本明治維新以來的進步竟是茫無所知。大家覺得若干年來受夠了英法等國的欺淩，一股怨氣無處發洩，如今還要受東洋小鬼的氣，實在是“是可忍，孰不可忍？”因此當時主張對日強硬，對日宣戰的呼聲高達沸點了。
　　
　　瞭解當時清軍無法和日軍一戰的，只有李鴻章。李鴻章自同治十三年（1874年）日本侵襲臺灣起，就主張以日本為假想敵擴充海軍。光緒十四年（1888年）開始，海軍經費就被挪用來修建頤和園，以作西太后晚年休憩遊樂之地，海軍從此即未添置新艦。中日甲午之戰爆發前六個月（1894年2月），北洋海軍提督丁汝昌請求改裝鐵甲船鎮遠與定遠上的大炮，需銀61．3萬兩，可是海軍衙門一文不名。這年四月李鴻章主持海軍大校閱，發現中國的海軍全無新艦，既無法和英美法俄的海軍比，也無法和蕞爾小邦的日本比。對日作戰需要海軍，海軍既然如此，怎能宣戰呢？
　　
　　當清廷對日本和戰的爭論還未一致，日軍已大舉進駐朝鮮了，袁世凱一再向李鴻章請示方策，李鴻章所能指示的也只是命袁謹守崗位，引據條約促日本撤兵。除了這樣指示而外，毫無實際支援。可是彌漫整個中國的，是一片戰爭的呼聲，因此袁世凱致電北洋大臣，他坦直地說：“倘若朝廷決定對日作戰，則請先撤回在韓的使署人員，世凱以一身報國，無所恇畏，但恐有辱使命，有損國威。”
　　
　　袁世凱這時的處境的確很艱難，因為東學党人對袁不好，認為袁幫助韓政府對東學党強施壓力，主張用兵，所以在東學黨高漲的時候，一部分黨人竟想暗殺袁世凱，使得袁在這一期間不敢出使館大門一步，使館等於被禁困，柴米油鹽都很缺乏，許多職員看見情勢不佳，都托故潛遁。等到日兵大舉入韓，東學黨雖已斂跡，可是朝鮮的親日派擁大院君出場，朝鮮的親日派當然是反袁的。大院君不忘舊仇——當年壬午之亂，袁助吳長慶捕捉大院君送至保定一段住事，因之恨袁入骨。而日本巴不得利用朝鮮人把袁除掉。迨日兵進佔朝鮮京城後，遂公然派兵架大炮于袁世凱的使署前，炮口指著使署，於是朝鮮京城內外謠言紛起，人心惶惶。
　　
　　袁被困在朝鮮使署，幸得他在朝鮮所娶的第三姨太閔氏力予照應。袁在家鄉已娶元配于氏，其後又在陳州討過一位二姨太，在朝鮮時期，由唐紹儀的介紹，娶了這位朝鮮佳麗閔氏。這位閔氏夫人得侍清朝的欽差大臣，自也滿心樂意。當東學党起義，袁處境危難，心情也十分惡劣；由於袁少年得志，在朝鮮一帆風順，一旦遇到逆境，實在很煩惱。閔氏夫人侍袁體貼照料，尤其因她是朝鮮女子，出入使署不受人注意，所以袁對外的連絡便多借助這位如夫人了。
　　
　　袁的處境不知是李鴻章不知道，抑或李鴻章不關心，當中日兩國已面臨最嚴重的關頭，加上朝鮮親日派和大院君宣稱要砍袁的腦袋的時候，李鴻章仍舊對袁的進退不作決定，袁雖多次電請北洋指示進退，亦沒有結果。這時袁乃求助於張佩綸，張正在天津，乃把袁的處境詳詳細細地報告李鴻章，李這才決定電告總理各國事務衙門，要召袁世凱下旗歸國。
　　
　　清廷根據一項事實召袁返國——那是由於日軍進佔朝鮮京城後，親日派在日軍支持下進據王宮，脅迫朝鮮國王發表一項聲明：不承認朝鮮是大清的屬國，宣佈朝鮮已獨立自主，廢除中朝之間的一切條約。
　　
　　袁世凱在光緒廿年（1894年）六月十五日下旗歸國，離開曾得意了12年的朝鮮。他的職務由唐紹儀代理。