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　　捕魚兒海，又稱清水泊，位於明奴兒干都司哈剌孩衛境內，即今貝爾湖。公元1387年9月，遣永昌侯藍玉為大將軍率軍進攻北元。次年四月，兵至慶州(今內蒙古巴林右旗西北)，聞元主脫木思帖木兒在捕魚兒海，遂偃旗息鼓，兼程而進，元軍無所覺察。大軍到後，元太尉蠻子倉促拒戰，被殺。脫木思帖木兒與太子天保奴等數十騎遁去。明軍獲其次子地保奴及故太子必里禿妃並公主等一百二十餘人，官屬三千，軍士七萬，馬牛駝羊十五萬及寶璽、圖書、金銀印等。
　　明朝建立後，雖然元朝失去了對中原的統治，但仍然統治著廣闊的北方草原地區 ，全國許多地區如山西、陝西、四川、雲南、貴州等，仍歸元朝統治，明朝時刻感到重大威脅。洪武四年藍玉從傅友德伐蜀，克綿州。五年從徐達北征，先出雁門，敗元兵於亂山，再敗於土剌河。七年帥兵拔興和，獲其國公帖里密赤等五十九人。十一年同西平侯沐英討西番，擒其酋三副使，斬獲千計。明年，師還，封永昌侯，食祿二千五百石，予世券。
　　沐英修建的昆明忠愛坊洪武十四年秋季，朱元璋命傅友德為征南將軍，藍玉為左副將軍，沐英為右副將軍，率步騎三十萬，往征雲南，諸蠻部一律降服，雲南悉平。沐英偕藍玉與傅友德等會集滇地，聯名報捷，並籌辦善後事宜。明太祖念沐英功，遂命沐氏世守雲南。藍玉也從此受到明太祖賞識。洪武十六年三月甲辰，召征南師還，沐英留鎮雲南。
　　洪武二十年，元太尉納哈出，擁眾金山，屢侵遼東，朱元璋命馮勝為大將軍，傅友德、藍玉為左右副將軍，率師二十萬北征。明軍在「金山之役」中取得了成功，降服了元將納哈出。但是，北元衰微後，原元朝統治區出現了多個區域割據政權，納哈出只是其中的一個。納哈出降明，只能說明朝降服了一支最有實力的蒙古割據政權，解除了其對明朝的威脅，但不代表蒙古諸部都已降明。
　　在此情況下，明太祖委任藍玉為大將，征討下一個主要的目標脫古思帖木爾，他認為「肅清沙漠，在此一舉」，因此要求藍玉勿失時機，必須成功。1388年2月，藍玉率15萬軍隊北攻，自大寧進至慶州。藍玉聽情報說元朝皇帝脫古思帖木兒在捕魚兒海(今蒙古國與俄羅斯交接貝加爾湖)，便抄近路，兼程而進。行至百眼井處，距捕魚兒海還有四十里，仍然沒有發現元軍行跡，藍玉便想引兵退還。部將王弼不同意，說：「我們領兵，深入漠北，未見到敵人就回師，如何向上交待。」藍玉贊成王弼的意見，命諸軍繼續前進，並採用王弼計謀，穴地而炊，這樣敵人便看不見煙火，軍隊能夠不被發現行蹤，秘密前進。後偵知元帝營在捕魚兒海東北八十里處。藍玉命王弼為前鋒，迅速出擊，直奔元朝皇帝所在的大營。
　　而脫古思帖木兒以為明軍與納哈出作戰不久，糧草匱乏，不會深入北方再戰，大意輕敵，沒有作任何迎敵的準備。湊巧的是，明軍前鋒奔襲北元汗帳的大營之時，恰好風沙彌天，幾十步外不見人。明朝兵馬出現在汗帳外時，才為北元軍所驚覺。此時，脫古思帖木兒根本不能作有效的抵抗。北元太尉蠻子倉促上陣，很快戰敗被殺。脫古思帖木兒得以脫身，帶著太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往哈拉和林方向。藍玉率精騎追趕，但沒有趕上。
　　這一次戰役，脫古思帖木兒的次子地保奴、嬪妃、公主一百二十三人、官員三千餘、軍士七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭，以及大量印章、圖書、兵器、車輛，都被明軍俘獲。
　　捕魚兒海之戰，蒙元損失十萬人左右。而明軍的損失卻是微不足道，據說是「不費寸兵，以收其效。」。洪武五年和林之戰中倖存下來的蒙元軍隊，主要有蠻子、哈剌章的軍隊及原屬擴廊貼木兒的軍隊，這些軍隊全部參加了洪武二十一年的捕魚兒海之戰。他們雖然在和林逃脫了滅亡的命運，卻最終在捕魚兒海末能倖免。
　　首先，蒙元小朝廷直屬的蠻子及哈剌章二人的軍隊，他們一直承擔著保衛蒙元小朝廷的任務，《明太祖實錄》詳細地記載了他們在捕魚兒海與蒙元小朝廷一起覆滅的過程。
　　其次，還有擴廊貼木兒的軍隊。擴廊貼木兒在和林之戰之後跟隨著愛猷識理達臘，轉移到了「金山」，自然，擴廊貼木兒的軍隊也應該和愛猷識理達臘的軍隊會師 在一起。《明太祖實錄》記載擴廊貼木兒「卒於哈剌那海之衙庭」，死亡時間是洪武八年八月。其後，明軍在洪武二十一年的捕魚兒海之戰中，俘虜了蒙元「詹事院 同知脫因貼木兒」，脫因貼木兒就是擴廊貼木兒的弟弟，而此戰之後，各種史料再也沒有關於原屬擴廊貼木兒的軍隊的記載，由此可知，包括脫因貼木兒在內的原屬擴廊貼木兒的軍隊，已經在捕魚兒海遭到了明軍毀滅性的打擊。
　　值得一提的是，明軍還在捕魚兒海俘虜了蒙元吳王朵兒只，朵兒只是成吉思汗同母弟哈赤溫的後裔，他在世襲的封地上被俘，意味著成吉思汗親自分封的哈赤溫汗國的結束。元主脫古思貼木兒及其子天保奴在逃亡途中被阿里不哥後裔也速迭兒所殺，與脫古思貼木兒一起逃亡的知院捏怯來、丞相失烈門於當年投降了明朝。自從元順帝於至正二十八年(1368)帶領百官部屬從元大都出逃之後，這個以元帝為首小朝廷經上都、應昌、和林、捕魚兒海等一系統激戰，至此基本上已經瓦解。勝利消息傳到京師，明太祖大悅，遣使勞軍，諭中比藍玉為李靖，晉封藍玉為涼國公。
　　捕魚兒海戰役之後，黃金家族喪失了在蒙古部落中至高無上的地位，大多數蒙古部落不再承認成吉思汗黃金家族-拖雷系元朝在蒙古高原及其以北地區的絕對主權，相繼自立。為了爭奪宗主權，蒙古內部就開始陷入了連綿不斷的內訌之中，其間雖然有過幾次統一，但對明朝始終未能構成傾覆性威脅。