背景
16世紀中葉以後，馬丁·路德在德意志境內推行新教宗教改革，而新教的加爾文教派也逐漸在法國境內活躍。他們的出現，令原本的天主教徒感到受威脅，但新教教徒的影響力日益增力，雙方發生衝突。
1559年，法國國內的新教教徒組成了胡格諾集團，對抗捍衛天主教的統治階層吉斯家族。1562年，雙方爆發武裝衝突，史稱「法國宗教戰爭」（Guerres de religion）。戰後，吉斯家族的亨利一世·德·洛林、瓦盧瓦的亨利三世及納瓦拉的亨利開始展開爭奪法國王位，稱為「三亨利之戰」。可是，亨利一世·德·洛林及亨利三世先後遭到刺殺，而王位繼承權就落在納瓦拉的亨利身上。因此，他加冕為法國國王，為亨利四世，開創了法國的波旁王朝。
文件簽署
當亨利四世登基後，便致力於修復國內的分岐，以避免再次引起戰火。因此，他在1598年4月13日到達布列塔尼的南特城簽署了這條敕令。這條敕令列明國內的胡格諾教徒能夠享有自己的信仰自由，不受國家干擾，亦有權建造教堂及參與宗教事務。此外，他們也享有和其他公民一樣的權利，亦可以和天主教徒一樣分享同等的政治權利，可以擔任各種官職，亦允許讓這些教徒保有城堡及軍隊，以保衛自己。然而，為了安撫天主教徒，亨利四世在簽署這條敕令後，更宣布天主教為國教。
南特敕令簽訂的地點－南特大教堂
評價及影響
亨利四世簽署了這條敕令後，立刻遭到了天主教徒的強烈反對，儘管他宣佈定天主教為國教。此外，教宗克萊孟八世對此敕令的評價十分負面，稱之為「這是對我有害的東西」（"This crucifies me."）。然而，這卻是世界近代史上第一份宗教寬容的敕令，亦是自羅馬帝國後，歐洲史上第一次的宗教並存。
不過，亨利四世之孫路易十四卻在1685年頒布《楓丹白露敕令》（dit de Fontainebleau），宣佈基督新教為非法，南特敕令亦因此而被廢除。
