名偵探柯南劇情(上)
工藤新一：一名高中生偵探，憑藉過人的推理能力，幫助警方破獲眾多大案，所以也被稱為日本警察的救世主。
分集劇情：
第1集雲霄飛車殺人事件
酒會現場發生山崎總經理被害事件。解決這個事件的是以福爾摩斯式的推理能力而聲名大噪的高中生偵探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹馬的同班同學毛利蘭相約到遊樂場遊玩時，意外的在雲霄飛車上遇到了殺人事件，在新一的推理下，很快協助警方破了這個案子。不過，這時有兩個黑衣人的身影進入了新一的視線……
第2集董事長千金綁架事件
在現場目擊黑衣男子犯罪的新一遭襲擊昏迷，並被強灌不知名的藥。這是尚未研製成功的神秘毒藥，導致新一身體神奇般的變小了，求助鄰居阿笠博士，阿笠博士又將他委託給了－－擔心新一是否回家而過來詢問的小蘭照顧。也因此，他幫助蘭的父親：毛利小五郎順利的偵破了他半年來的第一件工作——"董事長千金綁架事件"。
第3集偶像密室殺人事件
阿笠博士發明了可以任意變換聲音的蝴蝶領結變聲器交給柯南。小五郎也接到了自己所崇拜的偶像歌星衝野洋子的委託，對近期發生在自己身邊的騷擾事件進行調查。但是，卻意外地發現洋子所住的房間裡躺著一具死屍……
第4集大都會暗號地圖事件
柯南、步美、元太、光彥一行人去參觀東都美術管的世界寶物展。元太在美術館前面，撿到一張畫著暗號的地圖，大家一致認為那是張藏寶圖，經過柯南的推理及一波三折的尋找後，終於找到了金幣的藏匿點。但是，此時意大利的強盜集團也出現了，稱那些金幣屬於他們，柯南他們也因此陷入了危機……
第5集新幹線大爆炸事件
小五郎去京都準備參加朋友的婚禮。在新幹線列車內柯南竊聽了黑衣男子的對話、聽見與他們將放有設定炸彈的箱子交給了與他們交易的人，並將在那個人不知情的情況下會引爆炸！這會是一班駛向地獄的列車嗎？
第6集情人節殺人事件
一年一度的情人節又到了，小蘭接到同學鈴木園子的邀請參加情人節的宴會，沒想到又遇到了殺人事件，在柯南的推理之下，找出了真正的兇手，而小蘭所準備的巧克力並沒有送出去，因為那是為新一所準備的。
第7集每月一件禮物脅迫事件
小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，所以前往毛利偵探事務所求助。在柯南的推理之下，於千鈞一發之際成功解救了小川醫生的孩子。但是，小蘭卻開始懷疑起柯南的真實身份了……
第8集美術館殺人事件
城中美術館冒出中世紀盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣，打算一探究竟，沒想到卻意外地發現美術館在一周後即將關閉，更加意外的是，未來的美術館所有者竟然被殺了，又是一樁撲朔迷離的殺人事件……
第9集天下第一夜祭活動殺人事件
毛利一行人前往埼玉縣觀賞天下第一夜祭活動，突然有一名自稱世井的作家，請小蘭替他拍照，而他正是四十幾分鐘前，一樁槍殺案的嫌疑犯。但是他卻擁有完美的不在場證明的照片，這是怎麼一回事呢？
第10集足球選手恐嚇事件
一天，一個自稱是新一女朋友的女孩量子前往毛利偵探事務所，此舉引起了小蘭極大的反感。其實量子是因為受委託看護的著名足球選手赤木英雄的弟弟：赤木守被綁架，但是又迫於綁匪的壓力，不敢驚動警察，才出此下策的……
第11集鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件
奇妙的委託函送到小五郎處。委託人聲稱為“月影島的麻生圭二”的人物。但是當小五郎等到月影島去查看時，得知麻生圭二其人是已於12年前死去的鋼琴家。他們為了詳細調查當時的關係人到公館裡問話，但那裡卻有數位島上的資產家被殺。而且，還是在麻生圭二至死時所彈的“月光”的音樂聲中……恐怖、悠揚的鋼琴樂聲在月影島上響起，神秘的複仇行動就此展開！
第12集步美綁架事件
柯南和步美他們一起玩捉迷藏的遊戲，步美躲在一輛車的後車廂中，沒想到竟然睡著，元太一直都找不到步美，最後柯南終於用無線電和她聯絡上，但步美卻在車的後備箱中發現了一個人頭，剛好此時有件連續綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個男人，就是那個事件的歹徒……
第13集奇怪的尋親殺人事件
報紙刊出有關十億元的搶劫事件之後不久，毛利偵探事務所來了一位自稱廣田雅美的女學生，請求尋找她的父親廣田健三。當毛利找到這位父親後，隔天卻發現廣田健三死了，這到底是怎麼一回事？與此同時還有另外一位高大男人，也請求另一名戴墨鏡的偵探，尋找廣田健三，但是，他們所說的背景卻都不一樣，兩者之間有什麼聯繫嗎？
第14集迷樣的訊息阻擊事件
柯南和步美他們一起在河邊玩耍，結果目擊到一件狙擊事件：有人用來复槍射擊湖面模型快艇帶動的氣球。當柯南到達對岸廢棄樓房的樓頂時，卻撿到了一個記錄有一連串神秘數字的計算器……
第15集消失的屍體殺人事件
少年偵探團為了要尋找一隻貓，而無意中闖進一幢公館中，結果卻在浴室中發現一具屍體，他們立刻通知警方，可是，警方到達現場後，屍體卻神秘失踪了… …
第16集古董收藏家殺人事件
毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之託，調查他太太丸稻子是否有外遇。結果遇到傳次郎有客人來拜訪，但是，兩三個小時過去了，仍然不見傳次郎的踪影……
第17集百貨公司挾持事件
少年偵探團到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場裡的假面超人簽名，被關在了已經打烊的店裡。誰知人潮已散去，外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛和工作人員，看似單純的強盜事件，幕後竟還有共犯，遇上了強盜集團的少年偵探團正陷入極度的危險之中……
第18集六月新娘殺人事件
柯南和小蘭一起去參加初中老師的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始，老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松元老師有一個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人，最常拿給她喝的飲料。在柯南的推理下，最後終於讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事……
第19集電梯殺人事件
戶屋英子為服裝界的名設計師，但是她所設計的服裝卻搶先被其它的廠商發表上市，明明知道是她的秘書盜取商業機秘圖利轉售，卻又無可奈何……
第20集鬼屋殺人事件
步美某日經過傳說中的鬼屋，而且還看到屋內有鬼火，於是了到鬼屋探險的念頭，便和柯南、光彥還有元太一起出動。這個傳說中的鬼屋，因為屋主被殺後，其它的家人就突然間不知去向，於是許多鬧鬼的傳說就此傳開……
第21集電視劇外景隊殺人事件
毛利小五郎擔任某一偵探連續劇的顧問，由於劇情需要一行人前往米花神社拍外景。可是攝影助手安西卻利用偷拍照片私下對工作人員進行要挾，令大家很反感，可是，深夜他竟然被人殺死在米花神社了。
第22集豪華客輪連續殺人事件（前編）
毛利三人因陰錯陽差搭上了旗本家族包下的豪華客輪離開度假的荒島。船上除了毛利三人外，就是旗本一家人以及一位管家共十人。晚餐時，旗本家的豪藏老爺卻在自己的房間中被人殺害了，大家懷疑是入贅的次孫女婿武因報家仇而殺人，並將其軟禁；接著入贅的長孫婿：龍男也被人殘忍地殺死在船甲板上，而被囚禁的武卻不知所踪……
第23集豪華客輪連續殺人事件（後篇）
然而航行中卻發生了連續殺人案件，兇手就在船上，但是船上的人竟全是同一家族，什麼原因引發殺機，是世代恩仇或是龐大財產的誘惑？旗本一家人開始互相猜忌，攻擊指責家人的種種隱私，但就在這時，長孫一郎也在洗手間內遭到兇手的襲擊，遇刺受傷了……在這艘豪華遊船上，暴露了世代恩怨與龐大家族財產交織出的人性最黑暗的一面！
第24集喪失記憶的美少女事件
小五郎以前逮捕的嫌疑犯從看守所裡逃獄了。犯人會狙殺小五郎嗎？小蘭和柯南為此特意保護小五郎。這時他們遇上了一位失憶的女子。
第25集真假人質綁票案
小蘭的同學被綁架了。犯人要求5億元的贖金，而被綁架的直子的父親卻出不了這麼多錢。這時直子被綁架時所乘的車子被發現沉在了海裡。
第26集愛犬約翰殺人事件
跟新一從小就很熟的狗約翰在主人坂口不在時咬死了人。柯南開始推理約翰為何會咬死人……經過調查……柯南發現這原來是一個利用狗來做殺人工具的陰險殺人事件。
第27集小五郎同學會殺人事件（前篇）
小五郎帶著蘭和柯南去參加大學同學會。他們約好去看煙花大會，在中途回到旅館時，小五郎的同學已經頭部中槍死亡了。死去的是同在旅館參加同學會的由美。
第28集小五郎同學會殺人事件（後編）
乍看之下像是自殺，但小五郎和柯南發現可能是他殺而重新推理。小五郎誓稱要找出兇手！歡樂的聚會中，暗藏殺機，情愛的糾葛造成終生的悔恨……
第29集電腦殺人事件
大木田社長在睡眠之中心髒病發死亡。因為頭一天小五郎送過大木田名片，於是他帶著小蘭、柯南去了大木田家。
第30集不在場證明殺人事件
巽氏律師僱用毛利偵探來調查妻子的外遇，整個事件展開調查時，卻傳來巽氏律師妻子遭人殺害的消息。可疑的巽氏律師有充分不在場證明，整個案件貌似陷入膠著狀態。但是柯南卻發現，這件看似天衣無縫的完美殺人事件中，留下足以致命的破綻－－案件發生時巽氏正和小五郎等人會面，而巽氏妻子外遇的對象卻在那前後到過巽氏家。
第31集電視台殺人事件
毛利小五郎被電視台邀請為嘉賓，參與製作現場直播的偵探節目。當節目播完後，卻發現這家電視台的製作人——諏訪道彥離奇死亡，而嫌疑最大的人就是節目的主播松尾貴史。但是錄製節目的場地在9樓，死亡地點在4樓，松尾貴史在錄製節目期間只離開了4分鐘，他究竟是怎樣做到的呢？柯南開始了他的偵察……
第32集咖啡廳殺人事件
蘭謊稱與新一約會出門去了。柯南為此特意跟踪蘭到了咖啡廳。正當他在猜想和蘭約會的人是誰時，又一個殺人事件發生了……而與柯南“並肩作戰”的竟是蘭的母親——妃英理。
第33集偵探團生還事件
博士送給少年偵探團一張藏寶圖，偵探團開始尋寶。在山中探險時遇到了可疑的2人組。偵探團越過重重阻礙，終於在那2人之前找到了這個神秘的寶藏……
第34集山莊繃帶怪人殺人事件（前篇）
到園子家別墅玩的小蘭和柯南在別墅前見到一個包著繃帶的恐怖人物。在別墅裡聚會的是園子的姐姐綾子大學裡的小組同伴們。
第35集山莊繃帶怪人殺人事件（後編）
此後一連串的殺人事件陸續發生，園子的姐姐綾子大學裡的小組同伴們中的知佳子被殺了，小蘭也遭到了襲擊！所有對外聯絡管道也全遭破壞，柯南一行人如何脫離險境……風光明媚的度假別墅，暗藏危險的複仇計劃！繃帶男子究竟是什麼人？
第36集週一晚七點半殺人事件
步美去牙醫澤木葉子那裡拔牙。晚上七點半時發生了殺人事件。第一發現者是給步美治牙的醫生。雖然調查發現這位牙醫有動機，但步美卻成了她不在場的證明……
第37集仙人掌花殺人事件
有位名叫岡谷紀子的女子來拜訪小五郎的事務所。她委託小五郎尋找她在旅行時遇到的北川先生，並且帶來了畫像。看到畫像的柯南產生了疑問，於是到岡谷家進行調查。
第38集紅鬼村火祭殺人事件
小五郎受託跟踪某個男子。次日從新聞中聽到，所跟踪的男子被火燒死了。調查發現，委託跟踪的人和被害者是相識二十多年的老友，他們之間有一個關於5億元保險金的賭。數十年朋友的情誼，終抵不過巨額金錢的誘惑……
第39集企業家千金殺人事件（前篇）
四井集團會長為獨生女麗花辦生日派對，場地在郊外的豪華別墅，毛利以貴賓身份，帶柯南、小蘭一同出席。小五郎、小蘭和柯南參加完派對要回去時，客人們的幾輛汽車突然爆炸了。因此小五郎等人和會長千金一起留在別墅裡。
第40集企業家千金殺人事件（後編）
此後，麗花不見了，然後又發現了二階堂被溺死的屍體。小五郎和柯南發現了失踪了的麗花的溺死的屍體。這時，小蘭又遭到了襲擊。兇手是誰？究竟是用何種手法連續犯案的？生命轉動輪迴的序曲，善因惡果終將降臨……
第41集優勝錦旗被割事件
小五郎長去的一家飲食店老闆的兒子參加了棒球比賽。小五郎、小蘭、柯南去給他加油。這時，修好學園地區大賽的優勝錦旗不知被什麼人割裂了，校長說要退出比賽，小五郎能否找出犯人？
第42集卡拉OK歌廳殺人事件
園子獲得可以和超人氣組合REX一起唱卡拉OK的機會。小蘭和柯南也受邀一同前去，但卡拉OK唱完後，REX的主唱木村達也卻被毒死了。
第43集江戶川柯南誘拐事件
一位自稱柯南母親的婦人，到偵探事務所要帶柯南迴家，但她不是柯南的媽媽！是帶假面的黑衣男子的同夥嗎？柯南雖然知道是騙局，又礙於毛利和小蘭而不敢揭穿，只好隨著婦人離去。在無意中偷聽到這對神秘男女的不法勾當和手上握有恢復柯南原形的解藥……若隱若現的神秘解藥，柯南展開冒險偵察行動!
第44集崛田三兄弟殺人事件
因為恰好路過的小小五郎幫助了車子壞掉的崛田重工的社長崛田氏，他們被招待去崛田的別墅。然後，去查看突然的爆炸聲的崛田死去了。
第45集敷面膜殺人事件
吃完飯要回家的小五郎因為車子被撞壞了，便打手機給司機泉武雄。沒想到接電話的卻是目暮警部。泉和小小五郎被叫到現場，看到一位已經死去的女性……
第46集雪山山莊殺人事件
小蘭一行人去滑雪。因為他們不小心丟了租的別墅的鑰匙，便到外科教授大山將的別墅借宿。因為在房間看電視的大山教授一直沒有回來，眾人去看時，大山教授已經被殘忍的殺害了……
第47集體育俱樂部殺人事件
柯南等被選中成為運動俱樂部的嘉賓客人。當晚他們接到目暮警部錄在的答錄機裡的電話，因此前往運動俱樂部免費娛樂。其間柯南目睹了西條直也與成瀨、木島以及俱樂部主席佐伯麗子的爭執。當晚，西條就被殺害了，兇手到底是誰？柯南在目擊證人畫下的西條的最後一跳中發現了破綻……
第48集外交官殺人事件（前編）
突然有個叫服部平次的關西人來到小五郎的事務所。這時正好有委託人上門。當大家到達委託人家時，主人達村外交官已經死了。服部平次收集了密室殺人的證據並據此推理。柯南因為重感冒倒下了。
第49集外交官殺人事件（後編）
服部平次用推理逼出兇手。雖然連兇手自己也承認了，但突然有聲音說：“不對，兇手不是他！”——說這話的人竟然是新一！新一指出了服部的推理錯誤，揭示了真正的兇手。可是，在這之後，工藤新一又一次消失了……
第50集圖書館殺人事件
少年偵探團到米花圖書館看書，正好遇到來搜查失踪的館員玉田的目暮警部。在館內沒有搜到玉田，少年偵探團夜裡偷偷潛入尋找玉田，結果卻發現了玉田的屍體。充滿詭譎的圖書館中到底隱藏什麼秘密？正當他們無意中發現圖書館館長的陰謀，準備揭發其罪行時竟遭到追殺……這會是江戶川柯南的最後一個案件嗎？
第51集高爾夫練習場殺人事件
小五郎被沖野洋子推薦參加高爾夫球比賽。為此小五郎特地一大早到高爾夫球場練習。練習中突然有爆炸聲，有一個一直在旁邊練球的公司職員被炸死了。
第52集《霧天狗傳說殺人事件》1小時特別篇
柯南、小蘭與毛利小五郎一起去賞櫻花，卻因故藉宿在一間寺廟裡。寂靜的寺廟中，傳說有妖怪--霧天狗出沒。果然，廟寺的住持，隔天被發現吊死於房中，由於死亡的方式非一般兇手所能做到，更使整個案情陷入迷霧。和尚的死法簡直就像被霧天狗殺死一樣，2年前雖然也發生過同樣的事情，但是警察卻認定為自殺。但是，對自殺的觀點保有懷疑態度的柯南，準備迎接這個天大詭計的挑戰……古老的傳說加上鬼怪懸疑的寺廟，其中到底有何不為人知的秘密……
第53集迷樣的凶器殺人事件
柯南與小蘭、小五郎在悠閒散步時聽到了慘叫聲，趕去聲音傳來的公寓看時，卻發現井本氏已經在陽台上死了……
第54集電玩公司殺人事件
滿天堂公司製作了“毛利小五郎推理之館”的遊戲並由小五郎監製，同時邀請參加在米花飯店召開的新作發表會。熱鬧的會場突然發生爆炸，並且有人當場遇害，柯南親眼目睹爆炸過程，且無意間發現追查已久的黑衣組織成員也涉案其中。滿目瘡痍的會場，煙霧瀰漫，柯南能撥開迷霧查出真相嗎？
第55集列車圈套殺人事件
小五郎等人參加完溫泉旅行乘電車回來時，旁邊坐席上正好是住在同一飯店的醫生團體遊客中的兩人。等待換乘電車的一端時間裡，其他車廂裡有個男人被殺了。
第56集清潔公司殺人事件
清潔公司的董事藤井被殺了。正好在現場附近的柯南等趕去查看。小五郎和目暮警部也一同在調查清潔公司。兇手殺人的手法到底是什麼？
第57集福爾摩斯迷殺人事件（前編）
柯南入選福爾摩斯迷聚會，同小五郎、小蘭一同前去。到了旅館卻發現參加者中還有服部平次。第二天，策劃聚會的金谷連車墜入海中。緊接著參加者大木也被殺害了！
第58集福爾摩斯迷殺人事件（後編）
緊接著參加者大木也被殺害了！旅館又出現了犧牲者！柯南等開始推理。看到正在推理的柯南，平次懷疑他是否真的就是新一。柯南的真實身份是否會穿幫？兇手究竟是誰？
第59集首次跑腿殺人事件
米花町舉行了“首次跑腿”大賽。少年偵探團作為記錄者也參與其中，任務是追隨步美家附近的阿宏。阿宏不知被什麼人狙擊，然後就失踪了。
第60集插畫畫家殺人事件
畫家花岡要出畫集了。因為打算在卷末登載與小五郎的對談，於是請小五郎來到他的設計事務所。花岡終於到來時，對面公寓住的蝶野小姐從公寓樓上墜樓身亡了。
第61集幽靈船殺人事件（前編）
7年前因載運黃金遇暴風雨而沉沒的龍神號出現在了敷島的海面上。小五郎等人因為被邀請演講而到了敷島，並接受村長委託尋找龍神號，卻在演講會場上遭到了狙擊，當晚再次受到狙擊而追擊犯人的小五郎卻被當成了殺死濱田的兇手……
第62集幽靈船殺人事件（後編）
小五郎殺害燈檯職員濱田的嫌疑被柯南洗脫了。柯南到了一個島上的人都不接近的水軍洞窟，跟島上的一個女孩子一同進入時，發現裡面有具男人的屍體！
第63集大怪獸哥美拉殺人事件
少年偵探團跟阿笠博士一起去電影“哥梅拉”的拍攝現場，由博士的朋友帶著參觀。這時，哥梅拉的演員被刀刺傷，電影製作人被哥梅拉殺死，柯南看透了案件的真相……
第64集第三個指紋殺人事件
大叔被叫去前輩寺岡警部家中。他們在庭院中享受燒烤時，寺岡的手機響了，對方聲稱殺了集團的干部。寺岡要勸其自首，小五郎也一同前去。可是當小五郎到達時，卻發現對方已死亡，據寺岡所說那人是死於意外……真的是這樣嗎？這起看似意外的死亡事件，背後實際隱藏著醜陋的內幕！
第65集螃蟹與鯨魚綁架事件
小五郎等人到飯店吃飯。柯南發現一個可疑的男人，那個男人說是兒子被綁架而身懷贖金。柯南等為了探聽詳細的情況尾隨那個男人到了他家，後來又接到了奇怪的暗號……
第66集夜路殺人事件
小五郎等到外面的店吃完飯時，遇到了大學時代的同學。因為有事商量，他們一同到了大村的公寓。在屋裡喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了，樓下的馬路上有個男人倒地身亡。
第67集舞台女演員殺人事件
大叔的師傅突然出現在事務所。有劇團因為被恐嚇而委託小五郎去查看，蘭和柯南也一起去了。舞台表演中，女主角演員大出被殺害了……
第68集暗夜公爵殺人事件（事件編）
小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿，並可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。不知什麼人扮成暗夜公爵把柯南從欄杆上推了下去！
第69集黑夜的怪男爵殺人事件（疑惑篇）
不知什麼人扮成暗夜公爵把柯南從欄杆上推下去！小五郎等人去參加伊豆推理之旅。當晚，帶著假面的江原從飯店樓上墜樓！警察認為是意外死亡。這真的只是意外嗎？而後有個暗夜公爵打扮的人出現在柯南面前。
第70集黑夜的怪男爵殺人事件（解決篇）
警察認為是事故死亡。而後有個暗夜公爵打扮的人出現在柯南面前。然後，蘭懷疑扮成暗夜公爵的人是前田，想起了新一以前說過的話。柯南推理出殺害江原的兇手就在這次參加推理之旅的客人之中！究竟是誰？ ？ ？
第71集米花之狼殺人事件
小五郎在散步的途中，聽到慘叫而趕過去看，一個男人痛苦死亡。後來得知那個男人在糾纏死亡現場附近的一位女子……
第72集三胞胎別墅殺人事件
園子邀柯南與小蘭至家中別墅度假，富澤財閥的別墅也建在旁邊，園子和富澤家的三公子訂有婚約。當晚，發生停電，而向外看時，正好目擊到富澤的父親被殺害的現場，小蘭親眼目睹了兇手的面貌，但嫌犯竟是死者的兒子，且三人長得一模一樣……
第73集少年偵探隊遇難事件
柯南、小蘭與少年偵探團成員一起至海邊遊玩，無意間遇到一對男女朋友，由於其男友的行徑古怪，令人感到懷疑；觀察力敏銳的柯南，看出一起謀殺計劃正悄悄的進行，到底誰是兇手預定殺害的目標，少年偵探團亦被捲入謀殺案中……
第74集死神陣內殺人事件
小五郎一行人去觀看了電影《死神陣內》。出演死神陣內的南條隼人接到了要來取他性命的預告函。小五郎接受其妻委託到事務所保護南條……
第75集金融公司社長殺人事件
小五郎打麻將三缺一，打算叫喜歡麻將的肥田出來。可左等右等肥田都沒出現，因此決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡……
第76集《柯南對怪盜基德》1小時特別篇
鈴木家收到了怪盜基德發出的要來偷取將在米花博物館展出的黑珍珠的預告函，並且還發出時間、地點、通知函，行徑非常囂張。企業集團董事長感到非常慌張而拜託毛利小五郎偵查此案，寶物在警方重重戒備保護之下，怪盜要如何避開警方的封鎖，下手盜取寶物？柯南解讀了預告函向怪盜基德的現身地衝去。其後，基德又發出一封要在遊艇宴會上偷取黑珍珠的預告函……一場名偵探VS怪盜的好戲即將展開……
第77集名門連續慘死事件（前編）
小五郎接受了長門集團會長長門道三尋找初戀情人的委託，來到長門家。正好遇上會長老朋友服部平藏也在那裡。在會長壽辰上，其子秀臣和日向幸訂下婚約。
第78集名門連續慘死事件（後編）
而就在這幸福的時刻，殺人事件發生了。柯南和平次推理起這起由尋找初戀情人開頭的事件。判定犯人的決定性證據是……與過去事件息息相關的真相被揭開……
第79集銀行強盜殺人事件
受小五郎之託，柯南、小蘭和園子來到銀行。搶匪衝進了銀行，並向銀行職員開了槍……
第80集流浪畫家殺人事件
少年偵探團把一名喪失記憶的畫家送進了醫院。其後，少年偵探團在空地上玩耍時卻發現了那名畫家的屍體……
第81集當紅歌星綁架事件（前篇）
高山南和永野椎菜的演唱組合「TWO-MIX」開現場演唱會的那天，在演唱會場的武道館玩的少年偵探團遇到了人氣偶像高山難，那時就在柯南他們的面前，高山南被綁架了……
第82集當紅藝人綁架事件（後編）
柯南假扮步美追踪到了犯人所在的倉庫，發現歹徒所要求交贖的物品中有一張神秘的樂譜，樂譜中的歌詞竟然牽扯到一件殺人滅口的陰謀，而少年偵探團的其他成員卻被另一名犯人抓住，在這危機時刻，犯人掏出了手槍……
第83集綜合醫院殺人事件
因為腳骨折而住進醫院的小五郎夜夜目擊了一個殺人現場。但是因為沒有發生殺人事件，小五郎的目擊被當作幻覺。終於有一個晚上，殺人事件發生了……
第84集滑雪別墅殺人事件（前編）
園子、小蘭和柯南一同上山滑雪度假，恰巧在別墅中遇到以前帝丹小學的班主任老師一起在別墅裡過夜。入夜後的山上風雨交加，交通困難，別墅中園子和老師卻遭到兇手連續的攻擊，而且，在玄關的外面發現了遺體。
第85集滑雪別墅殺人事件（後編）
正當柯南進行調查時，又發生了謀殺案，有下田先生在內的幾個人被殺害了。兇手的殺人計劃似乎繼續進行著，手寫的MI NA KO的字樣，犯人仍然在別墅裡。別墅中所有的人正陷入極端的危險之中，小蘭阻止了犯人……
第86集誘拐現場特定事件
在光彥的竊聽器上聽到了一段聽上去像是綁架事件的對話。於是少年偵探團馬上根據竊聽器開始尋找犯人的所在……
第87集白鶴報恩殺人事件
小五郎他們為了看丹頂鶴去了北海道。在看丹頂鶴認識了町田修造，住到了他家。他的家里人為了遺產分配而爭吵，然後町田被殺害了……
第88集德修拉別墅殺人事件（前編）
柯南與毛利小五郎等人受名小說家虎昌先生委託調查其妻子的外遇事件，小五郎去了被稱為吸血鬼山莊的虎昌家。小五郎在那裡留宿，不料在書房發生了密室殺人事件，虎昌先生突然慘遭殺害。由於兇案現場外積雪已深，卻未留下任何腳印，使得案情疑雲重重。
第89集德修拉別墅殺人事件（後編）
通向書房的走廊是不可能通過的，因為有人走過的話柯南他們一定會知道。而且因為雪已經停了，也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻，一樁多年前的恩怨，埋下了憤恨的殺機……
第90集花香殺人事件
岡野利香的世界藝術大獎的獲獎慶賀Party上小五郎也在被邀請之列。在那幾天前，岡野利香曾收到恐嚇信，結果在那裡發生了殺人事件……
第91集搶匪住院事件
小五郎因為腿骨折住進了醫院。隔壁病床來探望父親的兒子關根行動很可疑。柯南推理出了關根是因為女兒被綁架遭到了脅迫。同房間的另一個人的真實面目又是什麼呢？
第92集恐怖爬山殺人事件（前編）
潮文造僱用職業殺手——銀狐來暗殺自己，以提高知名度，事後卻發現自己已經身患癌症。於是千方百計託人尋找銀狐希望能夠取消暗殺計劃，可是卻一直無法聯絡上銀狐。潮氏委託小五郎保護，並抓到銀狐。然後第二天，柯南他們就陪同潮一起去登山。平井被殺害了。
第93集恐怖爬山殺人事件（後編）
潮氏拜託毛利小五郎出面並設計一次爬山活動，希望能抓到銀狐。毛利一行人於是參加這次恐怖的爬山行動，結果竟然有人慘遭殺害，但死者卻不是潮文造。小五郎也遭到襲擊，三枝也被殺了。背包裡留下了一捆錢！柯南開始推理這個不可思議的時間。銀狐的真面目到底是誰呢……
第94集雪女傳說殺人事件
柯南與毛利偵探一行人至山上滑雪，意外遇上電影女明星明子和洋子，而偕伴同行。途中竟碰上傳說中的雪女，所有的人均驚訝萬分。此時女明星明子竟留下遺書自殺身亡，令人百思不得其解。而整個案子正將以自殺結案時，柯南卻看出破綻，一件故佈疑陣的殺人事件之事實真相緩緩浮現……
第95集小五郎約會殺人事件
小五郎和多年不見的老朋友一起出去喝酒，回家的途中遇上了在事務所樓下咖啡廳見過幾次面的島村佐知子。之後佐知子邀請小五郎一起去兜風。當他們來到佐知子的住所時，卻發現她的室友竹中和美被殺了，佐知子因為和小五郎去兜風所以有了不在場證明……
第96集走投無路的名偵探連續兩大殺人事件
魔術師九十九元康的妻子來到了小五郎的事務所。她覺得1個星期前被認為是自殺的丈夫是不可能自殺的，希望小五郎盡快調查現場……。柯南在那裡看到了有暗號的memo和被牌遮住的電話推理出了真正的犯人。蘭在看到以前的影集時發現柯南和新一小時後一模一樣。相信柯南就是新一所以把柯南帶到了新一家門口！正在這個時候有希子回來了。次日柯南和有希子一起去了有希子的同學藪內家，藪內家正在為了遺產而起紛爭。這次解決案件的卻是……
第97集離別美酒殺人事件
收到市川產業的會長的委託而且參加了在會長家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調查了會長的女兒們。這個時候會長倒下死了……而且是因為一直以來的心髒病突發而死的……真的是這樣嗎？
第98集名陶藝家殺人事件（前編）
小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛門說“到我家來一次”的電話，為了讓小五郎看他的新作“風水丸”，土屋益子（菊右衛門的兒媳）去倉庫拿的時候不小心打破了。第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，大家跑過去的時候發現土屋上吊死了。
第99集名陶藝家殺人事件（後編）
土屋益子雖然被認為是因為打破了“風水丸”而自盡的，柯南在看到現場的血跡時覺得奇怪，於是開始推理出犯人。兇手究竟是用什麼手法殺人的呢？
第100集初戀情人回憶事件（前編）
去新一家大掃除的蘭和園子和柯南。在那裡碰到了來找新一的中學時代的學姐內田麻美。因為召開推理研究會，所以連小五郎都被邀請了。那天晚上別墅發生火災，而別墅中只留下了麻美學姐一個人。
第101集初戀情人回憶事件（後篇）
那天晚上別墅發生火災，而別墅中只留下了麻美學姐一個人。小蘭把麻美學姐從火災的別墅裡救了出來，這是自殺嗎？柯南在火場中發現可疑的證據，推敲這應該是一件蓄意縱火案。隨後麻美從醫院裡消失了，麻美學姐是新一的初戀嗎？園子和小蘭開始介意了……
第102集古裝演員殺人事件（前篇）
古裝片的演員土方邀請小五郎他們到自己的家中，想請教做偵探的心得。不料就在他們走到陽台上時土方的妻子從沖田的房間裡倒地死亡了。
第103集古裝演員殺人事件（後篇）
在走到陽台上的時候隔壁的沖田的房間裡電話響了，然後一個人從沖田的房間裡倒了出來。竟然是土方的妻子！已經被勒死了。由於土方的妻子被發現是在沖田的房間裡被勒死，遂認為是沖田殺害的，但柯南察覺到土方在電梯中的奇怪行為，於是向樓上走去，竟然發現了跟土方的房間一模一樣的房間……
第104集竊盜集團別墅事件（前篇）
小五郎收到了一封由【中村操】寄來的信，說是作為遺產得到的房子裡發生了奇怪的事情。例如一起在同一時刻11點鳴叫的電子鐘、還有固定在桌子上的鏡子等等。還有那個有斑鳩跳出來的鐘是不祥之物嗎？那個斑鳩鐘裡出來了三個小鬼。
第105集盜賊集團別墅事件（後編）
1點10分，斑鳩鐘裡出來了三個小魔鬼雕像。柯南在這個房子找到了更多各種各樣的隱藏著謎團的裝飾。到了上午11點時，這個別墅裡所有的時鐘同時一起響起，出現了一連串不尋常的現象，而且在房頂的里面的房間裡發現一個“生物”……而柯南發現紋時郎先生就是當年竊盜集團的老大……
第106集新聞照片殺人事件
小五郎他們被邀請參加頒獎儀式。認識了攝像師柳瀨和記者中井。那天晚上接到了中井的電話，說到有人要殺他的時候電話突然斷了。柯南他們趕過去的時候發現中井的家發生了火災，而且中井從窗戶裡掉了出來！
第107集鼴鼠星人之謎事件（前編）
柯南和元太一行四人因為到建築工地裡打棒球意外的認識了情緒陰晴不定的綿貫先生，而他牽扯到一樁殺人埋屍案。死者的哥哥幸田先生為了找到妹妹的屍體無所不用其極。幸田來到了小五郎的事務所請求調查妹妹的失踪。他妹妹自從晚上去了棉貫家就再也沒回來。小五郎認為由於毫無證據在法律上很難成立。
第108集鼴鼠星人之謎事件（後編）
原來幸田把從寶石店裡偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子裡。所以謊稱妹妹的屍體埋在那裡，讓警察挖掘院子找出寶石。但警察挖掘後並沒有發現屍體。於是偵探團開始了重新調查。幸田的計劃能成功嗎？柯南能適時揭發殺人埋屍案的真相，並找出屍體的下落嗎？
第109集偵探團大追踪事件
步美被車撞了後那輛車逃跑了，柯南們在追踪那輛車的時候感覺那輛車的樣子很可疑。之後犯人去自首了，但是在附近發生了殺人事件。據警方調查，那輛車的司機是被害者的公司的以前的職員……
第110集烹飪教室殺人事件（前篇）
園子因有事無法去上法國料理課，於是拜託蘭去學習。同时把小五郎和柯南也带去了。不料在學習料理時突然停電了。就在再度打開電源時卻發現料理的老師背後被像針一樣的東西刺了一下，發了心髒病，倒地不支……
第111集烹飪教室殺人事件（後篇）
料理老師被送到醫院後不治死亡了，因成了殺人案件於是報了警。經調查，發現凶器是直徑1毫米以下的細針，刺進被害人背部，穿過肺部，導致其呼吸困難而死亡。柯南最終了解了犯人在黑暗中如何能刺進被害人的背後，且凶器又藏在哪裡的作案手法。
第112集帝丹小學七大離奇事件
柯南上學的小學裡有人體模特兒在跑步等等的恐怖的留言。步美也看到了奇怪的人影。少年偵探團在夜裡潛入了學校了，查清了奇怪的人影的真實身份……
第113集白色海灘殺人事件
因小五郎迷路，柯南和蘭在有白色海灘的鎮上過夜，沒想到在海裡發現了淹死了的女性屍體。小五郎覺得驗屍的醫生很可疑，但醫生當時正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明。
第114集有氧潛水殺人事件（前編）
蘭突然撮合父母去伊豆遊玩，但是樣子很奇怪。原來是安排了英理和小五郎的見面。一行人在當地認識了一群來潛水的大學生，其中一人在海裡溺水了，而一起去營救那人的小蘭在溺水的地方發現了海蛇。
第115集有氧潛水殺人事件（後篇）
被海蛇咬到的貴和子傷勢很嚴重被送到了醫院。看上去像是不小心被海蛇咬到導致溺水的意外事故，但是柯南推理這是一起故意殺人事件。另一方面，小五郎非常認真地和英理說“等一下我有話和你說”。
第116集推理小說家失踪事件（前篇）
名推理小說家的女兒委託毛利小五郎幫忙她尋找自己以失踪了2個月的父母親，由於突然失去音訊，也未接獲任何勒索電話，更奇怪的是柯南他們在出版社里卻看到連載中的小說的原稿依然能按時地傳真過來，使得案件更加撲朔離奇。
第117集推理小說家失踪事件（後編）
原來原稿裡藏著暗號，在柯南和服部平次對小說內容的暗號仔細推敲之後，竟發現作者在文字之中透露出自己被監禁的地點。柯南解開了謎團後又把麻醉針射向了小五郎……
第118集《浪花連續殺人事件》1小時特別篇
服部平次邀請柯南與毛利和小蘭至大阪參觀，一行人在旅行途中遇上一件離奇墜樓死亡事件。在柯南與平次對案情細心的推敲下，竟發現此案與另外兩件殺人案件有密切關連。在整個案情指向一位女關係人時，她卻慘遭滅口，案情越趨險惡、複雜……
第119集假面超人殺人事件
小五郎、蘭和少年偵探團參加了一群熱愛假面超人的大學生們舉辦的化妝聚會。在聚會的地方小五郎他們的面前，突然出現了一個男子開了槍，隨後那個男子也舉槍自盡了……
第120集蜜蜂雞尾酒殺人事件
小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯喝酒的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發現社長從窗戶裡掉出來摔到懸崖下死了，房間竟然是密室狀態！死因真的是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷的嗎？
第121集浴室密室事件（前編）
柯南他們去看衝野洋子的現場演唱會的時候小五郎把票子弄丟了。在飯店裡認識的女子說願意出讓多餘的票子，但是想藉用毛利的車去接妹妹。回到家裡的時候妹妹在密封的浴室裡自殺了……
第122集浴室密室事件（後篇）
警察認為這是密室自殺。另一方面柯南確信兇手就是姐姐。總覺得有什麼不對的柯南，在看到門上的血跡以後找到了姐姐就是兇手的證據……
第123集天氣預報小姐誘拐事件
少年偵探團聽了毛利偵探事務所的電話留言後，因為小五郎不在，所以他們自己去了日売電視台的天氣預報小姐那裡。發現那位天氣預報小姐被綁架了，柯南從尋呼機上的信息找到了線索，於是開始著手調查。
第124集神秘阻擊者殺人事件（前編）
受邀請到岩之風房間參加優勝慶祝會的小五郎他們，受石本的委託調查恐嚇信的事情。當眾議院的高田站到聚光燈下時，子彈擦過了石本射中了高田。
第125集神秘的狙擊者殺人事件（後篇）
保護石本的小五郎接到報告說發現了可疑男子的屍體。小五郎和目暮警官去詢問石本。柯南也為了發現真正的兇手溜進了石本的公司。
第126集旅行劇團殺人事件（前編）
小蘭的班級轉來了伊東玉之助。小蘭、園子和少年偵探團去參觀後台的時候卻在排練的時候發生了殺人事件。
第127集旅行戲團殺人事件（後篇）
柯南和小惠晚上追踪離開旅館的玉之助，進入劇場一看玉之助倒在那裡，荻原卻因為高處墜落摔死了。
第128集黑暗組織10億搶劫事件
小五郎他們去銀行，柯南看到了搶劫運鈔車的強盜，強盜逃走了。然後，在河邊發現了逃走的車子。有疑問的柯南去了銀行職員廣田雅美的家。
第129集《來自黑暗組織的女子大學教授殺人事件》2小時特別篇
柯南的班級轉來了灰原哀。隔壁班級的一個男孩因為哥哥下落不明而來委託少年偵探團。尋找的時候發現了一個黑衣女子的身影……。那個組織的真面目到底是？然後，博士和會員和柯南去廣田教授家拿軟盤，可是……
第130集競技場無差別脅迫事件（前篇）
少年偵探團們去國立體育場看足球比賽。轉播足球賽的日賣電視台受到了不知道是什麼人打來的恐嚇電話，勒索錢財。體育場的所有觀眾都被當成了人質。
第131集競技場無差別脅迫事件（後篇）
警察們拼命的想早一刻找到犯人，但是沒有發現。少年偵探團也參加了調查可疑人物。柯南在看直播的錄像時覺得有什麼不對的地方，找到了犯人所在的地方。
第132集魔術愛好者殺人事件（事件篇）
園子為了和網上認識的魔術愛好者聯盟的人見面，和小蘭一起出去了。小五郎和柯南送走了小蘭，但是在車上的收音機裡聽到魔術愛好者聯盟的頭領被殺害的新聞，柯南迴到了小蘭的身邊。
第133集魔術愛好者殺人事件（疑惑篇）
旅館裡被殺害的浜野的屍體旁邊沒有足跡。然後在和一個叫影法師的人聊天時，他卻說“那個魔術師的死都是因為你們”……
第134集魔術愛好者殺人事件（解決篇）
浜野的屍體邊上沒有留下足跡，但是柯南發現了紅酒的塞子後識破了兇手的詭計。然後正當要揭穿另一個人的真面目的時候……
第135集消失的凶器搜索事件
步美在經過媽媽常去的綠美容院門口時，綠和美香正在爭吵。美香邀請步美他們到自己的家來說可以幫他們理髮。第二天到了美香的公寓的時候……
第136集青色古堡搜索事件（前篇）
博士和少年偵探團去露營的時候看到了一座城堡，被招待入內。這座城堡據說是老主人留下的，有很多謎。柯南對於房間的隔斷發生了懷疑，消失在牆壁中間……
第137集青色古堡搜索事件（後篇）
繼柯南失踪後，博士和元太先後也被人暗算，此時光彥似乎發現了什麼……灰原和步美在調查時被兇手抓到，這時兇手舉起了手中的鐵棍……
第138集最終播映殺人事件（前篇）
少年偵探團去看大怪獸歌美拉的電影。因為那個電影院已經決定關閉了，所以沒什麼客人。看電影的時候發現畫面上有影子，回頭看的時候有個男子上吊死了，而屍體在搖晃。
第139集最終播映殺人事件（後篇）
因為看電影的人很少，所以沒有可疑人物。上吊的張田被認為是自殺。但是柯南試用某個東西和博士一起說明了殺人的手法。
第140集SOS！步美傳達的訊息
因為感冒一個人留在家裡的步美家來了強盜。因為感冒無法出聲的步美連電話也不能打，想用偵探徽章告訴柯南他們但是沒有成功，被強盜發現了。
第141集結婚前夕密室事件（前篇）
平次的媽媽的同學，森園家的兒子的結婚儀式上，平次和和葉出席。到了東京後碰到了柯南他們，偶然遇到的森園家的管家也邀請了柯南他們。
第142集結婚前夕密室事件（後篇）
然後發生了殺人事件。森園家的管家被殺害了。是密室殺人。柯南和平次認為來尋找殺人凶器的人就是兇手。那天晚上，住在森園家的柯南和平次採取了某個行動。
第143集疑惑的天體觀測
柯南、小蘭和園子去長野觀測天象。碰到了東都大學的研究生。半夜在觀測天象的時候，有一個研究生從觀測地點摔了下來……
第144集上野出發的北斗星3號（前篇）
小五郎收到了以前認識的旗本夏江寄來的北斗星號的票子和信，邀請他們去北海道。在北斗星號的列車上發生了殺人事件，柯南總覺得在哪裡看到過。
第145集上野出發的北斗星3號（後篇）
乘客中的叫明智文代的女乘客的真實面目是？柯南揭開了列車作案的手法。那麼，某個人阻止了犯人的魔手，這倆上野出發的北斗星3號的結局究竟如何？
第146集本廳刑事的戀愛物語（前篇）
作為青色古堡的探險事件的參考人，博士和少年偵探團被叫到了警視廳。隨後2億元搶劫事件的受害人東都銀行的增尾行長也來了。增尾給在家的妻子打電話時，電話的那頭傳來了慘叫聲。
第147集本廳刑事的戀愛物語（後篇）
馬上趕到增尾家時發現增尾的妻子已經被殺害了。是被什麼人從背後刺中而死亡的增尾的妻子。柯南卻從中發現了疑點。然後分析出了殺害的方法。另一方面喜歡佐藤警官的高木警官卻想到了其他的事情。
第148集地上電車緊急煞車事件
少年偵探團在星期天的早晨，去米花樂園的時候坐了陸上電車。過了一會兒，電車急剎車，乘客的一個人因為急停的關係死亡了。
第149集遊樂園高空彈跳事件
小五郎帶著蘭和柯南去日賣樂園。蘭對小五郎說只要小五郎蹦極就可以去賭賽艇。但是那個蹦極出事了。
第150集汽車爆炸事件的真相（前篇）
小五郎去以前做過家庭教師的學生的家裡。小蘭和柯南也一起去。在到了他家附近的時候，學生的妹妹開的車爆炸了，當場死亡。柯南和小五郎開始推力這個突發事件。
第151集汽車爆炸事件的真相（後篇）
惠清楚地記得一個可疑男子的容貌。了解了那個男子和惠的丈夫的關係後，其實死亡的本該是惠。然後明白了事情的真相。
第152集神秘老人失踪事件
小蘭和園子在坐公共汽車的時候，小蘭的旁邊坐著一個謎一樣的老人。醒過來的小蘭在確定了和老人碰見的事情不是夢以後，帶著柯南一起開始尋找老人的去向。
第153集園子的夏日海灘冒險故事（前篇）
柯南、小蘭和園子去伊豆遊玩，但當地卻傳出有變態男子連續殺害褐色頭髮女生的事件。就在夜裡，園子突然遭到不明男子的襲擊，隨後在車子裡睡著的園子也差點掉到了懸崖下。
第154集園子的夏日海灘冒險故事（後篇）
一直出現在現場的是一個奇怪的青年男子和長頭髮的男子。然後犯人用刀指著園子。
第155集水中的鑰匙密室事件
小五郎他們被叫到當初小五郎住過的公寓的房東家裡。房東說想讓小五郎和他的孫子談談。去他孫子的房間時敲門沒有回答。用備用鑰匙打開門後發現孫子已經在密室中死了。
第156集本廳刑事的戀愛物語2（前篇）
佐藤警官和高木警官在押送嫌疑人的時候被犯人逃走了。好容易追上犯人的時候佐藤警官銬錯了手銬，被留在了美術館的廁所裡。高木警官和少年偵探團為了找出真的犯人開始了秘密調查。
第157集本廳刑事的戀愛物語2（後篇）
就在高木警官和偵探團在搜查犯人的時候，佐藤警官和嫌疑犯所在的美術館竟要用博士發明的炸藥爆破拆除掉，此時距離爆破的時間不到幾分鐘了……
第158集沉默的環狀線
星期天小五郎他們坐環狀線時，遇到了休息天上班的廣告公司的職員們。隨後發現廣告公司裡一名早走的職員死在了車廂內……
第159集詭異的五重塔傳說（前篇）
小蘭在抽獎時抽中了伊豆的旅行。和柯南及小五郎一起去了伊豆。去參觀五重塔的時候聽到了恐怖的傳說。第二天，前一天晚上一起吃晚飯的小田在五重塔上被殺害了。
第160集詭異的五重塔傳說（後篇）
ODA旅行社的社長小田被殺害了。他殺不太可能，但是自殺也有很多的疑點。柯南確信是他殺，最終他從犯人說錯的一句話中找出了罪犯。
第161集流水亭之流水的殺意
小五郎他們去一個用船來上菜的餐廳吃飯。隔壁的房間是大學的教授，比較吵。過了一會兒服務員發現房間裡的一個大學教授已經被刀刺死了。兇手是在不引起他人注意的情況下犯了案，最終柯南解開了真相……
第162集《飛機空中密室！工藤新一首次的辦案》1小時特別篇
阿笠博士抽獎抽中了旅行券，於是小五郎、小蘭和偵探團去了沖繩，在飛機上小蘭夢見了以前和新一一起去洛杉磯時在飛機上發生的殺人事件。那麼這就是新一最初的一頁……
第163集月亮、星星與太陽的秘密（前篇）
博士為了讓偵探團去尋寶，帶大家去了年輕的時候死去的伯父的別墅。為了找到博士藏起來的寶貝，少年偵探團們依靠房間裡隱藏的暗號逐漸解開了謎題。
第164集月亮、星星與太陽的秘密（後篇）
博士準備的玩具被某個人破壞了。柯南開始解開別墅中另外隱藏著的暗號。然後找到了意見隱藏的房間，進去看時……
第165集少年偵探團失踪事件
柯南為了在同學會上表演木偶劇，去霧之丘的旅館排練。在那裡孩子們一個一個消失了。步美和元太也消失了，終於柯南也消失了，只剩下光彥一個人。
第166集鳥取縣蜘蛛公館的怪事（事件篇）
平次和和葉在去鳥取縣的武田家的途中迷路了。在那裡遇到了一樣是去武田家的外國人羅伯特。小五郎也因為偶然接到了委託坐車去的時候正好碰到了他們，大家於是一起去了武田家。
第167集鳥取縣蜘蛛公館的怪事（疑惑篇）
到了武田家的時候，一個叫根岸的男子已經死亡，希望他們能找到兇手，當天晚上委託人武田信一也被吊死了。聽到了關於蜘蛛神的傳說後，小五郎和平次去勘查現場。另一方面找東西的和葉和小蘭在去倉庫的途中，小蘭回房間的時候，和葉被氣槍襲擊，在倉庫的房間裡被繩子吊了起來。
第168集鳥取縣蜘蛛公館的怪事（解決篇）
柯南和平次看穿了利用傳說中的蜘蛛神的說法犯罪的手法。然後，三年前自殺的美沙的真正的理由是……
第169集維納斯之吻
小五郎從米花水族館的林先生那裡得到贈券，去看在水中和魚一起表演的演出。在女主角大澤出場的時候，已經淹死的她出現在了水槽裡。
第170集黑暗中的死角（前篇）
小五郎被邀請和家人一起到醫生的家裡吃晚飯。柯南和小蘭也去了。當天晚上醫生洗澡的時候突然停電了。在推上閥門去浴室看的時候，醫生已經死了。
第171集黑暗中的死角（後篇）
柯南注意到了在停電的時候小蘭抓住了醫生的兒子新出智明的手，而且表情很不自然。柯南了解了事情的真相後和大家說“等到小五郎從浴室出來的時候就開始推理秀”。
第172集復活的死亡訊息（前篇）
柯南和小蘭和園子在溜冰場認識了飛碟射擊愛好者們。在等待晚上的焰火的時候，園子等在清掃中的廁所的門口，打開門進去的時候發現一個女子已經死在裡面。
第173集復活的死亡訊息（後篇）
死者是社長千金伊丹千尋，鍳識人員發現在噴滿血蹟的牆上有懷疑是【S】的標記，柯南最終解開了謎題……
第174集《20年的殺意，新佛尼號連續殺人事件》2小時特別篇
小蘭在看到去小笠原參加免費海豚旅行的廣告後，報名參加了。乘客中據說有當年蛟崎和小五郎一起追捕過的影子計劃師葉才三。然後服部收到了叫古川大的人寄來的信，也參加了這個旅行團。後來船上發生了爆炸，那個被燒死的男人是……？並且企圖解開謎題的平次也被人襲擊了。
第175集被殺了四次的男人
小五郎受靜岡縣橫溝警官的委託去了靜岡。案件是演員小宮山在樂屋被殺害，而承認殺人的得有三個人。
第176集與黑暗組織的再會（灰原篇）
柯南和小哀在放學的途中看到了和琴酒的車一樣的車……！柯南在車上放了竊聽器。車子的主人果然是琴酒。竊聽器被琴酒發現後毀掉了。僅僅留下了在杯戶城市酒店會有什麼事發生的線索。於是柯南和小哀去了杯戶城市酒店。
第177集與黑暗組織的再會（柯南篇）
柯南和小哀去了杯戶城市酒店。杯戶城市酒店內舉辦的酒卷昭的懷念會上發生了殺人事件。柯南找到了犯人的線索。但混雜在人群中的哀卻被什麼人帶走了！
第178集與黑暗組織的再會（解決篇）
柯南找到犯人的線索。但是混雜在人群中的小哀被什麼人帶走了！哀恢復了原來雪莉的身體，琴酒和伏特加來到了關她的房間，她從壁爐的煙囪裡想辦法逃了出來……。柯南分析出了皮斯可的真面目，為了救出小哀跑向關她的房間，那時皮斯可出現了。
第179集咖啡廳卡車撞入事件
阿笠博士邀請少年偵探團去咖啡廳喝茶，柯南注意到了後面進來的客人大原企畫社長大原一雄和原大原企畫的設計師相田徹的交談。
第180集紅色殺意的夜想曲（前篇）
娛樂集團的會長加那善則因為妻子收到了恐嚇信而委託小五郎來調查。接受委託的小五郎他們隱藏了偵探的身份出席了宴會。主角杰拉爾·天馬遲到了。之後，房子停電了，加那善則的妻子發出了慘叫聲。
第181集紅色的殺機夜想曲（後篇）
晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善則很可疑。柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目，同時也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。
第182集第九個門大搜查
少年偵探團在放學的途中發現勾在S形鉤子上的結婚戒指。光彥說這是某個人的SOS的求救信號，開始搜索現場正在建的公寓。
第183集危險的處方箋
少年偵探團在超市裡玩從收銀條上的物品名稱猜晚飯的菜名的遊戲。其中發現了可疑的收銀條，柯南她們開始尋找買這些東西的人，想要阻止他。
第184集《詛咒的假面在冷笑》1小時特別篇
小五郎他們去參加為了交通事故的孤兒們的慈善活動，被邀請到發起者的社長家裡。社長的蘇芳紅子在收集面具。連被稱作被詛咒的假面的面具也用來裝飾。為了不讓這些面具出來作怪，晚上0點就會把這件假面之屋鎖掉。當天晚上蘇芳紅子在自己的臥室被殺害，臥室上了兩道鎖，處於密室狀態。同時在蘇芳紅子的屍體周圍被詛咒的假面散落了一地。這真的是詛咒嗎？
第185集被狙擊的名偵探（前篇）
小五郎和蘭和柯南住進了建在山里的山莊。在那裡住宿的客人中有“城市獵人”節目的演員砂岡和工作人員。小五郎和大家一起去燒烤，不久聽到了槍聲，砂岡被殺害了。兇手竟是從對面的懸崖開的槍。
第186集被狙擊的名偵探（後篇）
砂岡被槍殺了，來福槍在山里被發現所以認為是外部的人幹的。但是有疑點，明白山莊里的人物也可以殺人後，柯南發現了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。
第187集在黑暗中傳出的神秘槍聲
小五郎接受電視節目製作公司社長古川悅子的委託去保護他的母親。然後在古川家等待悅子回來的時候知道了家屬和女傭之間發生了很多金錢上的糾紛。悅子回來後去母親的房間叫母親時從母親的房間傳來了槍聲。悅子的母親被擊中頭部死亡。
第188集危命的複活洞窟內的偵探團
和阿笠博士去露營的少年偵探團們。柯南他們去拾柴，發現了一個山洞，進去一看碰到了正在搬運屍體的可疑男子，柯南被犯人的槍射中了。少年偵探團受到了前所未有的威脅。
第189集危命的複活負傷之下的名偵探
把重傷的柯南背在背上的偵探團們根據洞裡的暗號開始尋找出口。好容易找了出口後，犯人追了出來被正好趕來的目暮警官們帶走了。柯南被迅速送到了醫院。小蘭確信了柯南就是新一，還輸血給他，使柯南脫離了生命危險。
第190集危命的複活第三個選擇
柯南正在為是否告訴小蘭自己的真相而煩惱。當天夜晚，灰原出現在了柯南的病房並把槍口對準了柯南！同時小蘭的學校正在準備文化節，柯南出院後也去看了小蘭主演的話劇。但是觀眾中的一個男子突然倒下死了。死因是——氰酸鉀！
第191集危命的複活黑衣騎士
在小蘭主演的話劇的表演中，發生了殺人事件。原來由新出醫生扮演的黑衣騎士卻換成了……目暮警官認為被殺害的蒲田的飲料中被他的同伴們下了毒，但是從現實情況來說準備斷定是自殺。此時意外的人物出現了！
第192集危命的複活新一回來了
新一的出現圓滿解決了案件。變回原來的身體的新一回到原來的生活的時候，在米花中心大廈的瞭望餐廳邀請蘭吃晚餐。晚餐時聽說在餐廳的電梯裡發生了殺人事件的新一對蘭說“馬上回來”，奔向了案發現場。
第193集危命的複活約定的場所
新一明白了在米花中心大廈的電梯裡殺害社長的犯人，但是身體開始發生變化，另一方面小蘭在瞭望餐廳一個人等著新一的回來。結果回來的卻是柯南，新一約小蘭來這個餐廳有什麼特殊的意義嗎？
第194集意味深長的八音盒（前編）
小五郎的事務所裡來了一個叫春菜的大學生，委託小五郎找他的尋呼機朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機和音樂盒，那以後，春菜的尋呼機上出現了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發現秋悟已經死了。走廊上出現了奇怪的人影……
第195集意味深長的八音盒（後編）
柯南明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。春菜收到的音樂盒裡究竟隱藏著什麼謎題？然後時價2億日元的郵票究竟藏在哪裡？ ？
第196集看不見的凶器．小蘭的初次推理
園子和小蘭差點被車撞了，由此認識了那個司機吉野千惠。聽說她最近老是頭昏，頭痛。小蘭總覺得很在意吉野夫婦的事情，該不會是為了得到保險賠償而故意殺人吧。小蘭的懷疑到底對不對？
第197集超級汽車陷阱（前篇）
抽獎時抽到了一等獎，小五郎他們可以去賓館入住。賓館的主人是愛車一族。他突然到了恐嚇信，委託小五郎保護他一直到名車展示場的開業儀式。
第198集超級汽車陷阱（後篇）
霧之峰賓館的主人晚上開車出去兜風，第二天在停車場發現坐在車子裡的社長已經死了。剛開始認為是事故，但是柯南認為是殺人事件，然後推理出了犯人的手法。
第199集嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
在輕井澤渡假的小五郎他們偶然遇上了英理和其他的律師們。大家一起喝酒的時候小五郎嚮往常一樣喝醉了。那天晚上律師碓冰律子在自己上了防盜鏈的房間裡被殺害，而小五郎正在她的房間裡。兇手是小五郎？
第200集嫌疑犯毛利小五郎（後編）
房間裡發現了女同事的屍體和在床上呼呼大睡的小五郎，碓冰的房間裡上了防盜鏈，因此小五郎有殺人的嫌疑。英理和柯南開始詳細的搜查房間的情況，最後終於幫助小五郎洗脫了罪名，找出真正的兇手。
第201集第10個乘客（前篇）
小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民助役喝了自己帶的茶後死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。
第202集第10個乘客（後篇）
在小五郎和柯南展開搜查的時候，“影秋村”的村長也被殺害了。柯南偶然間發現這次的殺人事件與七年前BONNET公交車發生的事故有關。
第203集黑天使的翅膀（前篇）
小五郎等人為了品嚐當地出產的優良啤酒，便來到了有森旅館。在那裡碰到了企業家，城完英彥跟他的妻子，演員千鶴。在同一飯店入住的女演員備前千鶴對飯店裡的料理百般挑剔，態度非常惡劣。次日夜間，眾人意外地發現千鶴已經死亡。
第204集黑天使的翅膀（後篇）
備前千鶴在飯店房間裡上吊，因而被眾人認為是自殺。但柯南發現了某個線索，判定為殺人事件，並推理出犯人殺害千鶴的手法。
第205集本廳刑事戀愛物語3（前篇）
都內發生連續放火事件，因為步美目擊到十分類似於犯人的可疑人物，高木警官他們一同到現場進行仔細的檢查。而第二天是佐藤警官父親的忌日，佐藤警官父親殉職的事情在警界被稱為“愁思郎事件”。恍然大悟了“愁思郎事件”中佐藤警官父親最後遺言含義的高木警官卻被什麼人襲擊了。
第206集本廳刑事戀愛物語3（後篇）
明白“愁思郎事件”真相的高木警官卻被什麼人襲擊了！灰原推測出了縱火犯下次放火的地點，緊接著縱火犯出現。 。 。 。 。 。步美、光彥、元太因此跟踪縱火犯。解開了“愁思郎事件”之謎的佐藤警官來到了18年前犯人的住所。被困在火焰中的高木警官終於安全脫險。
第207集過於完美的名推理
小蘭和柯南到酒店去接醉酒的小五郎，在回來的路上聽到公寓居民那里傳來了玻璃破碎和吵架的聲音。第二天早上經過那個公寓時，發現吵架的居民已經被殺害了。柯南他們順利地推理出了事件的真相。
第208集《通向迷宮的入口，巨大神像的憤怒》1小時特別篇
小五郎等人被邀請參加天部山纜車的揭幕儀式，然而當地居民中，反對纜車開通的呼聲不絕。第二天開幕式，在進入漆黑的通道的纜車中，堂本觀光的社長突然消失了。出了通道，纜車上的眾人發現社長的屍體出現在神像的手中。
第209集龍神山墜落事件
正當少年偵探團在西多摩郡龍神山遊玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。柯南推理出這個事件不是事故而是謀殺，光彥從寫著暗號的紙片入手，與步美、元太3人一起來到了暗號所指示的地點。
第210集五彩傳說的水御殿（前篇）
小五郎等人代替鈴木史郎（園子的父親）出席茶會，公館裡的池塘可以有五種顏色變化，池子正中建有由渡廊連接的茶室。在這個有五彩傳說的茶室中，青野木家的一家之長上吊身亡。
第211集五彩傳說的水御殿（後篇）
青野木亮藏是在形成密室的茶室中被殺的，橫溝警官開始一個個詢問時卻發現沒有人到過茶室。所有人都有不在場證明。但是柯南推出這是他殺，並發現了殺人的手法。
第212集蘑菇、熊和偵探團（前篇）
博士和少年偵探團的孩子們去採蘑菇。可是中途元太不見了，大家分頭去找。灰原和光彥在半路上發現了一個獵人的屍體，並被殺害這個獵人的兇手所狙擊。
第213集蘑菇、熊和偵探團（後篇）
逃命中的灰原和光彥為了把事情告知柯南等人用蘑菇做了暗號。明白了兇手的柯南會怎樣？之後大家背後出現了大熊十兵衛。
第214集懷古飯店的神秘事件
小五郎等人在去海豚樂園的路上，遇到了幾位正在進行大學同學聚會的女子。為了接另一位大學同學，他們一起前往海豚樂園飯店，發現她們等待已久的藤村直美被殺害了。
第215集海灣的複仇（前篇）
小五郎的車子出了故障，求助於偶爾路過的橘律師。因為車子一時之間修不好，便到了橘律師的別墅。橘律師因為貪污事件相當出名，而一個化名“TK”的人打算要他的命。橘憲介被殺了，嫌疑人是名字縮寫為TK的熊田達也的男人。
第216集海灣的複仇（後篇）
一個話名為“T?K”的人打算要橘律師的命。橘憲介律師被殺害了，嫌疑人就是名字縮寫為“T?K”的男人熊田達也。
第217集目暮塵封的秘密（前篇）
都內連續發生三起女子遭金屬棒的攻擊，她們都經常光顧同一家百貨公司，繼而在這家百貨公司的停車場裡，發生了年輕女性被殺的事件。目暮警部等人全力緝捕犯人。
第218集目暮塵封的秘密（後篇）
目暮警部等人全力緝捕犯人。在調查連續毆打女性事件時，發生了殺人事件，當佐藤警官提出自己作誘餌引出犯人的方案時，目暮警部堅決地駁回了，並且顯得與平時不一樣。園子去廁所時正好商場打烊，因為同樣穿著厚底靴而成為了犯人的目標！
第219集《被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德》2小時特別篇
打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關於鍾台的一個事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務所裡收到不明發信人的信函，而且裡面裝著支票。小五郎帶著小蘭、柯南一起到了“黃昏之館”。 “黃昏之館”是大富翁烏丸蓮耶的別墅，一同被招待的還有其他名偵探。而後開始了在館中尋找財寶的遊戲，但偵探們一個一個消失，最後留下來的偵探是誰？召集偵探們的犯人的真實身份是……
第220集充滿謊言的委託人（前篇）
突然有名女子訪問小五郎處，說要尋找中學同學柴田。小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。柯南卻對這位委託人不夠完美的說詞充滿了疑問。
第221集充滿謊言的委託人（後篇）
那名女子尋找的中學同學柴田手裡握著照片被殺，小五郎等開始向相關者訊問。柯南明白了柴田手握照片的含義。另外指出那位作為委託人的女子——池波說的很多個謊言。
第222集人魚失踪記（事件篇）
平次收到一封信，上面寫著“會被人魚殺死”的信，於是跟小五郎、柯南等一同來到了美國島。他們去尋找送信人門協紗織，但她已經不知去向。正好島上舉行儒艮之祭，祭奠開始後，紗織的朋友壽美的屍體被發現，是在瀑布上吊身亡的。
第223集人魚失踪記（推理篇）
然後又……平次與和葉找到了人魚墓。壽美小姐死亡時間不到一個小時，只要跟著長筒靴的鞋印，就會找到兇手藏身的地方，但腳印卻直接通向大海。
第224集人魚失踪記（解決篇）
平次和和葉找到了人魚墓，卻由於疏忽將兩個人都處於了懸崖邊緣的危險境地。另一方面，柯南讓沉睡的小五郎說出了美國島發生的殺人事件與人魚傳說的真相。
第225集生意興隆的秘密
少年偵探團在學校受到一個學生的委託，那個學生家裡是開酒店的，但是完全沒有生意。突然有個男人住到他家裡，並幫助他們把酒店的生意搞得紅紅火火。但是那個男人在休息的時間裡竟然在地下挖向銀行的地道。
第226集格鬥遊戲的陷阱（前篇）
柯南、小蘭和園子在遊戲中心遇上了帝丹高中的英語老師朱蒂。朱蒂老師是個遊戲迷，在人氣頗高的模擬遊戲對戰中，其中一個男人突然死亡了。
第227集格鬥遊戲的陷阱（後篇）
在遊戲中死亡的尾藤沒有外傷，經過調查發現他是被毒殺的，目暮警部等卻從監視攝像機中發現不到可疑人物。 。 。柯南推理出兇手的身份，並且點破了犯罪手法。
第228集潛藏殺機的陶藝教室（前篇）
園子在陶藝教室為京極做陶杯，小蘭也一同前去。柯南因為在意小蘭也偷偷地跟去了。因為陶藝家的女婿素夫突然不見了，大家一起去找，並且在櫃子裡發現了他的屍體。
第229集潛藏殺機的陶藝教室（後篇）
柯南注意到發現素夫屍體時某人的一個細節動作，從而知道了兇手是誰，並且終於找出了指證犯人需要的決定性證據。兇手殺人的動機是……
第230集謎一樣的乘客（前篇）
客戶回去後，爵士俱樂部裡琴酒和伏特加正在密談。那兒出現了偽裝成服務生的貝爾摩德，貝爾摩德一副已經有壞主意的樣子。
柯南他們因為去滑雪旅行，乘上了該線路的巴士，灰原也在其中。在途中靠站時，新出醫生和朱迪老師也上車了，此時，灰原強烈地感覺到組織的氣息。同一站上車的兩名男子，戴著護目鏡、穿著滑雪服、手裡拿著木盒。二人慢慢地取出手槍、劫持了巴士！ ！
第231集謎一樣的乘客（後篇）
柯南他們乘坐的巴士被強盜犯二人組劫持了。柯南推測出後排座上的三人中有強盜犯的同夥。強盜犯B通過手機聯絡，要求釋放主犯矢島，巴士進了首都高速。偶然看見窗外氣球的柯南，頭腦中閃現出了誰才是強盜犯的同伴！
第232集高級公寓墜落事件
毛利和柯南受醫科大學的講師上田先生委託、調查威脅其同事吉村的犯人。上田給吉村打了電話後，馬上就趕去了高級公寓，但是，在柯南一行人到達之前吉村就因事故死了。
警察在調查中，認為死者是從位於五樓的自己家中不慎墜下的，死者吉村誤以為來送花的花店人員是來威脅他的人，於是想從陽台逃到隔壁大樓而不小心墜了樓。但柯南卻從吉村的木拖鞋的位置上分析出這是起偽裝了的殺人案。
第233集無法消失的證據（前篇）
柯南他們應阿笠博士的朋友、喜歡養狗的加納邀請去他家玩，一到那兒就見到了愛犬阿瑟和在競賽上得了獎的道爾。
以白天12點的鐘聲為信號、習慣吃點心的道爾在12點的時候卻沒有出現。柯南從後院的燃燒爐裡發現了道爾頸圈的一部分，於是推理道爾的失踪是偽裝的。
第234集無法消失的證據（後篇）
柯南他們與少年偵探團與阿笠博士遇到了加納家的愛犬道爾失踪事件。柯南去他家調查燃燒爐。然後一邊重現當時的現場一邊開始解開謎團！
第235集密室的葡萄酒
毛利、蘭、柯南應邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會，那裡還邀請了眾多葡萄酒愛好者。去酒窖裡取珍藏已久的葡萄酒的日下始終沒有回來。那兒到底發生了什麼事？ ！
第236集南紀白濱的神秘之旅（前篇）
柯南、蘭、毛利他們因為中了彩票得以享受可以在南紀白濱住上一晚的旅行，並在那裡結識了寫生旅行的醫科大學學生們（新莊真紀、由良達彥、宮原加奈子、藤浩太、三井まどか），五人之間似乎有著複雜的關係。
第二天毛利他們偶然遇見了藤。正巧慌張的まどか給藤的手機打來了電話……到底出了什麼事！ ？
第237集南紀白濱的神秘之旅（後篇）
他們急忙趕去看，真紀被刺中胸部殺害。因為她的錢包不見了，被疑為是強盜殺人……乍看之下雖然想是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復雜的人際關係一點一點浮現出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。
第238集大阪3K事件（前篇）
柯南等人受平次邀請，參加卡迪斯、巴雷拉和諾沃德三位名運動員所開辦的“K3”餐廳的開幕式。在那裡有個報紙記者聲稱他們是“污穢的K”。之後，在以建築物窗燈打出“K”的文字以做餘興慶祝時，突然響起了槍聲。趕到屋子裡時，那個新聞記者已經被射殺。
第239集大阪3K事件（後篇）
“K3”的三個主人看起來無論是動機還是不在場證明都缺乏是兇手的可能性。新一主張三人是無辜的，使平次十分驚訝。面對固執己見的新一的背影，平次自言自語：“除去所有不可能的情況後剩下來的，再怎麼不可信也是真相……”柯南從毛利與蘭不經意的對話中破解了江戶的死亡遺言……！
第240集新幹線的押送事件（前篇）
柯南在從大阪回來的新幹線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉，高木警官帶犯人去廁所時小倉用刀刺自己的腹部。
第241集新幹線的押送事件（後篇）
發現小倉腹部被刺，高木急忙叫佐藤警官來看，回到那裡發現押送中的犯人小倉已經死了。看似自殺，但佐藤警官說是他殺。小五郎和柯南也在推理尋找犯人。破案關鍵就是三名嫌疑犯身邊帶著的報紙！
第242集元太的災難
柯南和少年偵探團幾天來一直覺得元太的舉止怪怪的，便追問元太，元太說他因為目擊了連續搶劫案的罪犯而正被追殺，這時從商場頂樓有鐵材向元太落下來！
第243集毛利小五郎的冒充者（前篇）
柯南他們接受了委託，決定去解開似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關聯的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見了山村刑警於是一起前往。小五郎等人到達旅館後，卻聽說已經有個自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館。
第244集毛利小五郎的冒充者（後篇）
他們到假小五郎房間去看，發現那個自稱“毛利小五郎”的男人已經在屋裡上吊死了。房間裡的提箱中有過去的報紙和長發！柯南根據旅館員工的話推出犯罪過程。
第245集向日葵館的槍聲
金澤氏由於被迷樣的狙擊者所威脅，委託小五郎調查。小五郎等人到了建築師金澤氏的別墅。大家在巴比Q時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經被殺。
第246集陷在網中的謎團（前篇）
阿笠博士帶柯南和少年偵探團去伊豆的海水浴場遊玩，無意中聽到了當地的漁夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上8點餐廳裡見。但荒卷卻遲遲沒有出現……
第247集陷在網中的謎團（後篇）
柯南等也到同一個餐廳吃飯，聽說與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發生了殺人事件。當地漁父、與被害者有爭執的三名嫌疑人因為有不在場證明，看起來不可能實施犯罪行為，但柯南的推理證明不在犯罪現場也可以實施。
第248集痊癒的森林的不在場證明
旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊癒的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現，氣氛緩和許多。但就在幾小時後，龍藏在自己家被人殺害了。
第249集偶像們的秘密（前篇）
柯南他們應洋子之邀去出席衝野洋子原本所屬的偶像團體“地球少女”的另一位成員――草野薰和演員劍崎的訂婚party。大家建議觀看完薰和劍崎共同出演的電視劇後再祝福，害羞的薰就獨自一人去洗澡了。但是去尋找一直沒從浴室回來的薰的柯南和劍崎卻發現了頸部流血、倒在了浴盆裡的薰。
第250集偶像們的秘密（後篇）
倒在浴室的薰被送到醫院。因為找不到殺害她時所使用的凶器而被認為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發現是內部人所為。而此次派對的真正意義是？
第251集OK牧場的悲劇
柯南和小蘭被小五郎帶到OKUSU牧場。小五郎因為要看馬術，到了馬場。馬場的裝蹄師杉山突然死亡！看來似乎是被馬踩死的……
第252集畫中的綁架犯
少年偵探團在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫君的犯人交贖金的之後，來到了燕宅。柯南等人從秋夫君繪的畫裡尋找他被關的地方……
第253集本廳刑事戀愛物語4（前篇）
佐藤警官磨磨蹭蹭地去相親……在相親地點出現的竟是白鳥警部！由美讓高木去找佐藤，但高木遇到了便利店強盜，並不知情。佐藤與白鳥警部約定，如果日沒之前高木還沒來就與白鳥結婚！
第254集本廳刑事戀愛物語4（後篇）
巧遇上新出老師的三人繼續關注事態發展。在隔壁房間偷看的柯南一邊看一邊以新一的聲音聯繫高木。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更替高木擔心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之後，日落的時間……
第255集松江玉造連句十四次勝負（前編）
柯南，小蘭與小五郎秋季去松江旅行時結識了大版來的和歌團的5名成員。 5人分別是文學家，牙醫，和果子店主，圖書管職員，投資家。這是一個連句愛好者的聚會。連句愛好者的各位因為抽籤決定了每人所要吟詠的地方而分頭行動。第二天，投資家被殺害的屍體在松江城發現，而剩下的成員全對投資家心懷恨意。
第256集松江玉造連句十四次勝負（後編）
柯南，小蘭與小五郎在松江結識的和歌連句會成員中的投資家的屍體被發現。犯人就在剩下的成員中。小五郎繼續參加預定開始的連句會。句會進行後，柯南揭穿犯人的不在場證明，最後追擊。
第257集世上也有奇妙的天罰
深夜大地震，帝丹神社的秦錢被落下的鐘壓下而死亡。次日早晨開始調查，好像事情並不那麼簡單。柯南他們開始在鎮子內搜索。發現死者房間中頭部留出的血沾染的竹桿。可能是地震之後回房時遭遇不測。高木刑事開始搜查，但還是找不到犯人的線索。
第258集來自芝加哥的男子（前篇）
柯南，阿笠博士與少年偵探團在看馬戲的歸途中，遇上被媒體認錯人的外國老人詹姆斯。柯南巧妙的解圍。作為報答，詹姆斯請柯南他們吃東西，然而他去停車場後就再也沒有回來……
第259集來自芝加哥的男子（後編）
為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團努力推理他留下的“P&A”的意思。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發起追擊……
第260集搖晃的餐廳
柯南，小蘭與小五郎去花亂亭餐廳用餐。鄰近餐廳的大廈正好在進行拆卸，所以感覺的到震動。然而，店主花岡與妻子禮子之間不對勁的氣氛…。柯南他們又看見花岡為炊事與和田在爭論。當晚，喜歡釣魚的花岡在製作釣魚工具的時候死亡。這是事故還是殺人呢……
第261集雪夜的恐怖傳說（前篇）
柯南，小蘭與小五郎向著溫泉的途中，在遭苛政君主殺害的戰國武將衝滑秀友的墓前祭祀時。正巧結識了住在這裡的一戶人家。還聽說了關於秀友鎧甲的詛咒的傳聞。接著那天夜裡。也正是秀友500年祭日的那晚，還知道了當天也是這家人家中的父親因工廠倒閉即而自殺，即這個鎧甲原來的主人的祭日。
第262集雪夜的恐怖傳說（後篇）
柯南，小蘭與小五郎遇上悲劇而死的戰國武將衝滑秀友傳說詛咒的密室殺人事件。大門工業的社長大門源一郎與長子一樹在各自的房間遇害。雪上還殘留著武將的足跡。一樹的遺體還穿著衝滑秀友的鎧甲。小五郎在對一樹與源一郎自殺推理的同時，柯南則在思考真正的兇手。
第263集《大阪雙重迷案-浪花剣士與太閣之城》（2小時特別篇）
在有平次出場的劍道比賽的中，有大學生被殺。最初屍體被發現的現場卻找不到屍體，反而在其他的地方發現了。平次在柯南等人到達比賽會場之前找出犯人。次日平次、柯南等到大阪城遊玩，結識了崇拜秀吉的同好會參加者。在大阪觀光之後回到大阪城的柯南等又遇上了事件。得知這次的事件與13年前發生的燒死屍體案件有關之後的平次和柯南開始推理。
第264集法庭的對決妃VS小五郎（前篇）
小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護。擔當公訴人的女士是把英理視為對手的九條玲子。宇佐美堅持殺人事件發生時什麼都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經營的酒店去調查。小五郎說事件發生時宇佐美也在店裡。
第265集法庭的對決妃VS小五郎（後篇）
宇佐美過去曾殺害過被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對事件記憶不清，這樣為案件辯護的英理看來沒有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對疑點懷有疑問的柯南讓小五郎作為辯護方證人再次出庭……
第266集情人節的真相（事件篇）
蘭與園子一起去深山中吹渡山莊。園子聽說這個山莊以製作幫助戀愛成功的巧克力而出名。小蘭與園子想要去那裡作巧克力。這座山每年這個時間都會發現旁邊放著巧克力的遇難屍體。傳聞是雪女或者怪物所為。之後，他們去找在飛雪之中一直沒有回來的二桓，而他已經被打死。
第267集情人節的真相（疑惑篇）
吹雪之中，失踪了的吹渡山莊的住宿客人二恆的被殺遺體在森林中被發現。臉上全是血，而且還戴這太陽眼鏡。接著在遺體旁邊發現他的戀人-亞子這天所做的巧克力。柯南一行人回到吹度山莊開始推測殺害二桓的犯人。聽說每年情人節期間都會有遇難者身邊放著巧克力。客人中有一個人目擊到帶著黑色線帽的可疑男子……
第268集情人節的真相（解決篇）
吹渡山莊的住宿客人二恆為何被殺？犯人又是誰？柯南看破了這個案件的手法，把小五郎弄睡後開始揭開謎底。解決二恆的遺體邊的巧克力之迷的是前主人的愛犬。柯南知道兩條狗經過山岳救助訓練後，向著案件的軸心邁進。而後室內響起槍聲，戴黑色線帽的男子出現……
第269集犯罪的紀念品（前篇）
一個名叫護田的男子來到毛利偵探事務所。說是要找亡妻的手錶，但聽到毛利小五郎的名字又打算逃掉。
柯南與少年偵探團的孩子們代替毛利去找手錶而來到護田的公寓。孩子們在公寓裡找了幾會也沒能找到手。這期間，一個叫出月的中年女子借護田像電影院的音像房間來看錄像帶。柯南在找到手錶的同時，在那個房間傳來有東西破碎的聲音。
第270集犯罪的紀念品（後篇）
手錶雖然找到了，但在護田家看電影的出月被殺害了。柯南確信護田就是兇手，推理出他不在現場卻能殺人的手法。柯南特別注意戴黑色線帽的男子。
第271集匆忙掩飾的省略（前篇）
小蘭在英語老師朱蒂的教學中知道了『×』標記，但卻不知其意。放學後，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內停電，咖啡店邊的電梯發現男性的屍體。是誰被殺了，而用血書寫的『○×△』的資料帶又有什麼意味？是被害者留下的暗示嗎？柯南向那個迷挑戰！
第272集匆忙掩飾的省略（後篇）
在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中發現文字是一部分缺省。像記號般的文字。目暮警官拿著嫌疑犯的名單尋找…。
第273集提問婆婆失踪事件
在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結識的柯南他們，次日按約定來幫忙。但是，靜沒有出現，好像從前天起就沒回過公寓的樣子。為此擔心的柯南他們由於靜打理家務的女僕人的阻擾而沒能進靜的家得到線索。就在一愁莫展之時，帶著老婆婆絲巾的貓出現在柯南他們面前。
第274集幽靈公寓的真相（前篇）
柯南他們從住在公寓的老人的話中對公寓內出沒幽靈的事十分感興趣，於是前往。那裡是在4年前發生至今未解決的女性燒死案件的公園前的公寓。邊上的大樓施工現場的施工住上吊自殺以來，工事也中斷了。而在幽靈騷擾之後，只有4人居住的公寓內，3人看見過幽靈……
第275集幽靈公寓的真相（後篇）
在出現幽靈的公寓，體驗老人所說的怪現象的柯南他們被不喜歡幽靈的小蘭馬上帶回了家。柯南利用科學解開2個迷團。但是，仍有兩個無法說明。柯南從小五郎的手腕上停著的蛾子發現了犯人引起幽靈騷動的意圖以及4年前女性燒死時間的關聯。
第276集警察手冊丟失事件
柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這裡調解吵架後，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調解的當事人之一是無名的歌手半崎，好像就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時半崎在公園裡出現。
第277集英語教師VS西部名偵探（前篇）
警察局的小五郎案件調查被盜。迷般的黑色組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員。與平次一起去可疑的外國女性、英語教師朱蒂家調查，這時從公寓上有名男性墜樓。
第278集英語教師VS西部名偵探（後篇）
懷疑小蘭的高中英語教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。
確信密室狀態的臥室從窗戶墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調查中的平次接到和葉從大版打來的電話而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據。兩人向目暮警官建議在臥室重現案發。
第279集迷宮的陰暗（前篇）
柯南與少年偵探團與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而那個赤野在支持者混雜的電車內被殺害了。
第280集迷宮的陰暗（後篇）
在柯南與少年偵探團的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內，支持者赤野被殺。犯人確定在3個人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉播中得到提示，看穿了犯人的謊言。
第281集小小的目擊者們
元太、光彥、步美目擊殺人事件。 3人看見犯人所乘的輕型卡車，便潛入卡車跟踪至山林。聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方倉田運輸，開始調查。
第282集水流石庭的玄機（前篇）
柯南、小蘭與小五郎因車子沒汽油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者彷彿都記恨馬島…
第283集水流石庭的玄機（後篇）
在木山家具社長馬鳥宅留宿的柯南他們，在他自傲的石庭中部發現橫躺著的被絞殺的馬島社長。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足跡將屍體運到庭院中部？柯南還在與事件的迷作爭鬥的時候，小五郎說他已經明白了。
第284集中華街雨中的似曾相識（前篇）
小蘭抽獎得到用餐券，柯南一行來到横浜的中華街。在目的地中華料理店內正巧遇上小蘭的電影偶像斯考特，電影的製作人、導演、原作者、助理導演等招待柯南他們一起用餐。突然製作人川端表情痛苦，當即死亡。
第285集中華街雨中的似曾相識（後篇）
柯南他們在横浜中華街的中國料理店內結識的電影人川端在用餐時被毒殺。為了使警察不懷疑小五郎，也為了讓身體突然不適的小蘭及早進醫院，要解開案件的迷的柯南開足馬力向著案件的真相突進。
第286集工藤新一NY事件（事件篇）
高燒倒下的小蘭在神誌不清中想起了與新一一起去紐約的事情。
新一與小蘭乘新一的母親--有希子的愛車前往劇場的途中高速行駛，結果超速被警察逮著。而將有希子解救的是化裝成紐約市拉地休警官的女演員莎洛比亞德。
第287集工藤新一NY事件（推理篇）
新一的母親有希子帶著15歲的小蘭與新一在莎洛比亞德的介紹下來到百老彙的幕後參觀。小蘭救下差點被從天花板落下的鎧甲擊中的女演員羅斯，羅斯似乎怕有人要她的命而膽怯萬分。
舞台劇開始後，以神話為題材的音樂劇達到高潮。舞台中央吊在空中扮演天使的男演員休斯胸部遭槍擊身亡。
第288集工藤新一NY事件（解決篇）
擺在新一的母親-有希子及15歲的小蘭與新一眼前的是百老匯音樂劇的主演在舞台被殺事件。嫌疑人應該是同舞台演出的4名女演員之一。
新一在舞台裝置中發現羽毛後向著事件的真相邁進。有希子聽過新一的推理後，在舞台開始解迷秀，將犯人推向絕境。
第289集迷茫森林中的光彥（前篇）
光彥暑假沒有來做廣播體操，柯南他們造訪光彥家，得知光彥一早就出去一個人去野營。實在沒有理由來解釋光彥的單獨行動。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個小站。而且似乎是進入了森林。柯南他們用追踪眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。
第290集迷茫森林中的光彥（後篇）
光彥姐姐朝美說，光彥聲稱廣播體操之後要和大家一起去露營，一大早就出了門。而且是特地在背包裡塞滿了青團，又藉用了朝美的防曬霜，帶著錢包出發的。柯南留意到在光彥屋裡找到的廣播體操出勤卡上休息的都是星期天，由此判斷光彥從很早開始就計劃去某個地方遠行。
追踪光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。
哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。
第291集孤島的公主與龍宮城（事件篇）
電視台策劃了小五郎與平次的東西推理對決企畫，柯南等人因此來到沖繩。 2人需要推理的是1年前，在名喚“鬼龜島”的無人島上發現背後留下奇妙文字並餓死荒島的男屍事件，突然發覺製作人員中的一人——伊江潛水後還沒有歸來。
第292集孤島的公主與龍宮城（追求篇）
為了去外景拍攝點而與製作組一起來到無人島的“鬼龜島”的柯南，小蘭，平次與和葉發現製作組中的一人——伊江被絞死，乘的船與船長也消失不見。他們與製作組一起被孤立在島上。在村長金城家的別墅等待救援船的期間，聽說了4、5年前發生的金城的小姐誘拐事件及家傳之寶金屏風被盜的強盜事件等金城家發生的種種不幸。也得知製作組的所有人與金城家有關聯。
第293集孤島的公主與龍宮城（解決篇）
柯南、小蘭、平次與和葉與電視台製作組來到沖繩的無人島“鬼龜島”。製作組的伊江與船長遇害，一行人在村長的別墅等待天亮。柯南與平次在別墅內的廚房搜尋，發現寫著“千代哥”與“烏娘”的椅子。抓住這個案件的全貌。兩人設定一計，要將犯人引誘到森林。
第294集愛與決心的粉碎（前篇）
參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。
第295集愛與決心的粉碎（後篇）
出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南從小蘭電話中所說的進行“殺人計劃”所思考小蘭被監禁的地方。柯南獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容後，知道內容來自倉庫。
第296集屋形船震驚的釣魚
小五郎、柯南和小蘭接受工務店社長河井的款待，來到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人----河井的金融公司朋友山崎後，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對岸的夜景與焰火，一邊品嚐美味佳餚；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷於釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢，赤腳握著釣魚竿。看來很喜歡河井為他準備的碳制釣竿，興高采烈的樣子。煙火大會第一部結束，夜空變黑的時候發現倒下的河井與山崎。河井尚有意識站起，而山崎則死亡。觸摸釣竿電線的裸露部分，似乎有電。
第297集法庭的對決2妃VS九條（前篇）
小蘭來到擔任辯護律師的母親英理的事務所，想邀請正與小五郎分居的母親一起去溫泉旅行。不巧的是，英理輪到擔任值班辯護律師，她的對手是被稱作“檢察官中的麥當娜”的九條鈴子檢察官。一心想促成英理和小五郎破鏡重圓的小蘭這次又是希望落空。事件內容是在不動產業事務所內發現了社長被他殺的屍體，警方根據室內遺留下來的指紋和遺留物品逮捕了行竊事務所的慣犯井上隆志。
受理此案的英理知道被告並沒有動機。但九條公開被告的母親與被害人是愛人關係，斷定井上有殺人動機，英理窮途末路。
第298集法庭的對決2妃VS九條（後篇）
井上供認自己在行竊無人事務所時被社長發現，爭鬥間用玻璃煙灰缸砸了社長頭部的犯罪事實。本該是起單純的傷害致死事件，但九條卻以強盜殺人罪的罪名起訴井上，對此柯南覺得疑惑不解。英理也認為九條不可能犯下這種低級錯誤，抱著疑惑，會見了被告。
發覺兇殺現場目擊證人證詞圈套的柯南使最初反對英理的小五郎也懂得了犯人的圈套。第2次公審開庭，小五郎自信滿滿的開始質問犯人。
第299集友情與殺意的關門海峽（前篇）
小五郎再次在抽福籤時中了一等獎，攜柯南、小蘭來到了山口縣下關市。立即出發去觀光的3人，在“海峽夢之塔”結識了自稱原來是當地高中的同班同學的四名男女。 4人為了第13次悼念高中時代自殺的榮子的戀人而來。柯南他們與4人在吃飯時一個叫針尾的男子出現，脅迫秋田谷讓出公司。針尾也是他們高中的同班同學，就是他逼得榮子以前的戀人本堂自殺的。第二天，柯南他們路過針尾的被害現場。
