宮本武藏劇情
第一回離鄉
慶長五年平田武藏（役所廣司飾）與其好友本位田又八（奧田锳二飾）懷著一舉成名的夢想，不顧家人反對，離家出走，打算參加西軍前往關原。原來平田家和本位田家都是新免家臣，武藏之父無二齋（丹波哲郎飾）更是武藝出眾，甚至名聞京都一帶，不過由於主君命令，無二齋不得不設計殺害本位田家當家主外記之助，以至兩家從此決裂。不過不管兩家的世仇，武藏和又八兩人倒是感情很好，共同協商在又八與阿通（古手川佑子飾）成親前夕，一起離家出走。
第二回關原之雨
雖然阿吟（新井春美飾）、阿通，還有又八的母親非常擔心，但慶長五年九月，平田武藏與其好友本位田又八仍然隨軍參加當時一戰定天下的關原之戰。由於小早川軍臨陣倒戈，導至宇喜多軍全軍潰敗，也使西軍十三萬大軍於半天之內，即全面敗退。而武藏和又八也因此而受傷，陷於戰場之中，無法回鄉。
第三回阿甲與朱實
關原之戰大敗之後，武藏和又八僥倖存活，並藉居於戰場附近人家家中。這家人家只有女主人阿甲和女兒朱實兩人而已。兩人在此養傷之時，家鄉阿吟、阿通和又八之母仍痴痴盼望兩人回來。武藏為保護阿甲和朱實，準備與山賊頭領決一死戰，這是武藏生涯中大小決戰的序幕。
第四回歧路
有一天惡霸過風典馬（八名信夫飾）前來阿甲（草笛光子飾）家搜索，是否有藏匿任何可疑人物。因為擔心對方可能會發動攻擊，所以武藏與又八處於備戰狀態。後來敵人果真發動攻擊，武藏與又八隻身對付八名大漢。擅用戰術的武藏很快的打敗了頭目過風，所有敵人殺得一點也不剩。不過他也同時發現自己能有今天，全是拜父親所賜，他到現在才知道父親對他如此嚴格，全是出自一番苦心。由於擔心過風的弟弟會來報復，所以阿甲唆使又八與自己一起逃走。當武藏回來時，已經人去樓空。
第五回戰後之風
對於又八的不爭氣，武藏十分的傷心但還是準備回家鄉告訴他的家人又八的消息。小次郎在母親的忌日成功的完成了燕返刀，但狂妄自傲的他已經目中無人了，當晚關原之戰的落敗武士假裝雲遊僧，被小次郎視破引發了一場爭執。接手新免家屬地的官差青木丹左衛門見道了阿通並驚為天人，而武藏在回鄉的路上遇到官兵展開一場激戰。
第六回故鄉無情
武藏好不容易回到了家鄉，卻因為一時激動殺死了差役，而成為通緝的對象。阿通發現武藏回來後，便馬上去通知阿吟，但是阿吟因為怕武藏被抓，所以盡量保持低調。阿杉（鈴木光枝飾）為想知道又八的下茖，所以硬逼阿吟交出武藏，但是什麼都不知道的阿吟也無計可施，此舉更令阿杉感到憤怒。為了抓到武藏，阿杉不惜報官，而且還建議將阿吟掀起來當人質，以逼武藏現身。
第七回阿通亂笛
武藏獨自回贊甘村，目的是通知本位田家的姥姥，又八還活著卻與一個寡婦遠走高飛的消息。阿杉姥姥卻為了讓又八脫罪，而吩咐權叔暗中通知官差來逮捕武藏。武藏雖然殺出重圍逃走，卻發現官府以姊姊阿吟的生命威脅他出來投案。在無計可施下，武藏氣得大開殺戒，令全村陷入恐懼中。而又八的未婚妻阿通在這時接到又八及一個女人寄來的信，這紙訣別信令阿通探受打擊。澤庵（津川雅彥飾）提出誘捕武藏的計劃。官差青木（江原真二郎飾）嗤之以鼻，以澤庵的斥責更是腦羞成怒地要拔刀殺人。澤庵卻透露自己是青木主君輝政候的知交，令青木當場不知所措。
第八回澤庵的陷阱
又八的背叛令阿通深受打擊，覺得前途一片黯淡。澤庵與青木說定若三天內捉到武藏，人就交由澤庵處置；否則就自縊於千年杉樹。接著又要求阿通同行參與說服武藏就捕的計劃，阿通只有答應。終於在入山後的第三天晚上，武藏出現了。被阿通的笛聲與澤庵強力的說服下，終於束手就擒。三人回到村落後，武藏遭到村人的唾棄與攻擊。為了讓武藏徹底悔改，並消村人的氣，澤庵提議將武藏吊在千年杉樹上四、五天，讓他在死前多受點活罪。此舉令阿通不忍，認為澤庵不守信用。澤庵則懷疑阿通對武藏有情。武藏被吊在樹上，仍不斷咒罵澤庵，氣憤不平。
第九回千年杉之戀
武藏被縛，吊在千年杉樹梢。澤庵發現阿通心中思慕著的人原是武藏，而阿通自己卻一點沒有這個自覺。桀驁不馴的武藏處處與澤庵對抗，使得澤庵決心非好好將之懲處不可。阿通再三哭求澤庵將武藏從樹上放下，澤庵卻堅決不允。阿通這才發現自己真正愛著的是武藏。阿杉前來探望阿通，並且要求阿通搬過去和她同住，阿通卻與之虛與委蛇。一日，澤庵前往姬路而不在，青木丹左衛門（江原真二郎飾）趁機逼迫阿通答允嫁給他，阿通以考慮一夜為中，擺脫其糾纏。斯夜，阿通決心出走，先至武藏被弔之樹下，切斷繩索放下武藏，而後相偕逃入山里。
第十回宿命之二人
怒不可遏的青木丹右衛門，為要緝拿武藏和阿通而使出全力。阿杉為要尋仇而在權叔的陪伴之下，踏上旅途。武藏前來哨所，意圖劫獄救出被關在裡面之胞姐阿今，未料卻中澤庵所設之陷阱而被逮。阿吟諄諄善誘武藏接受澤庵之教誨，獲得重生。澤庵護送武藏及阿通、阿吟之三人前往姬路城，途中遇阿杉、權叔時，對之誑言武已在中山嶺由懸崖地茖死亡而將之擺脫。此時，另一名奇人佐佐木小次郎（中康次飾），因無法逞野心而在鬱悶中度日，結果與前來訪問之吉川家劍術教頭諏訪源左衛門發生勃溪而在比武中殺之斬殺。被關進姬路城一座角落裡的武藏，開始接受澤庵所謂之“返回母親胎內”試煉。
第十一回淚灑花田橋
武藏被澤庵關進姬路城一座角樓裡，開始接受澤庵所謂之“返回母親胎內”試煉。澤庵勸阿通返回贊甘村，阿通卻表示不肯，決定在花田橋畔茶亭邊工作邊等待武藏出來。阿通夜夜至角樓外吹笛，使武聽得柔腸寸斷。因為與諏訪源左衛門一時起勃溪而於比武中將之殺了的佐佐木小次郎，遂成為吉川家藩士們尋仇的對象，藩士們前來尋仇時，經其伯母謝罪解圍，小次郎因而免去再度開殺戒，並且離開生地岩國。被關三年之武藏終於被釋出，並且在澤庵的陪同之下晉謁池田輝政候。輝政有意僱用武藏為家臣，武藏卻以流浪各地習武為理由，將之婉辭。行前，武至花田橋畔與阿通會面，阿通苦苦哀求要跟隨，武藏卻對之瞞騙，迳自離去。
第十二回京洛之春
阿通踏上尋覓武藏之旅已有一年。此時的又八（奧田锳二飾）正在京都為阿甲（草笛光子飾）所養，過著遊手好閒日子。某日，又八清晨遊罷歸來，看到阿甲準備出門，一時醋勁大發而與之發生口角。原來阿甲是準備帶女兒朱實（池上季實子）陪吉岡清十郎（藤堂新二飾）去看戲的。清十郎乃是京都首屈一指吉岡道場之第二代，因為時常至阿甲所開之酒樓喝酒，而對朱實一見鍾情。踏上修劍之旅的武藏，此時正來到京都，並且得知京都第一劍客為吉岡道場之吉岡父子。清十郎之跟班祇園藤次，有意染指阿甲，因而唆使阿甲將女兒朱實嫁給清十郎，藉此與阿甲聯手侵占吉岡家財產。又八因受阿甲奚落而頓時懷念起武藏和阿通。武藏與劍士草薙矢聰相遇而起向吉岡道場挑戰之決心。
第十三回陽光暗影
武藏從賣茶的善兵衛那裡證實父親曾在將軍面前打敗吉岡拳法之子清十郎為第一個挑戰對手是上天的安排。武藏研究過吉岡道館的地形、路線後，便上門挑戰。正好清十郎不在，門下弟子便接下挑戰，結果被武藏打得落花流水。眾門徒趕緊出去找清十郎回來，但藤次表示此人由自己設計誘到庭院收拾即可。於是率眾打算圍攻武藏。幸好在一旁偷窺而心生仰慕的男童青木城十郎及時來告，並帶他逃出道館。武藏逃到半路巧遇又八，匆匆敘過後繼續逃亡。接著又看到阿通正為人吹笛，不禁怔在當場。
第十四回人生何處不相逢
吉岡門徒追武藏追到柳生師傅所在的宅子，原欲入內搜查，卻在得知柳生身份後立刻道歉離去。而在當場吹笛助興的阿通，懷疑他們追的正是自己要找的武藏，心亂不已。城太郎（加瀨悅孝飾）要求拜武藏為帥，武藏應允，但心中另有打算。他叫城太郎替他送信給又八及吉岡清十郎，與吉岡約定明年比武。由於發現自己是城太郎父親的仇人，武藏決定不告而別，請善兵衛轉告城太郎自己的舊名。城太郎得知仍不顧一切追上武藏，拜師之心絲毫不減。另一方面又八不甘被阿甲看輕，便偷了錢離開，打算追上武藏闖一番事業。朱實為此感到欣慰，便不予阻止。城太郎在追師途中遇到阿通，使阿通意外證實宮本武藏即自己要找的武藏。
第十五回槍矢寶藏院
武藏來到奈良的寶藏院，發現有許多浪人到此地，與僧人對招練習次換取一餐飯。武藏看了浪人被僧人打得落花流水，正欲與之對招之際，代理師父出面阻止。而心中不服偷襲武藏的阿岩，卻反被武藏一招打死。日觀法師告訴武藏其武功劍術鋒芒太露，應收斂之。並指點他去找柳生新陰流的開山祖師，見識空手奪白刃的絕技。武藏於是上咯，途中卻碰到僧人與官兵聯手驅趕浪人的一幕。武藏忍不住出手救下浪人，因而失手殺人，心中感到懊悔不已。
第十六回芍藥使者
武藏療完傷後，出發前往柳生村。在柳生村的客棧，他遇到一群武夫，也是來向石舟齋（西村晃飾）領教的。後來意外發現這群人的頭頭正是京都吉岡道館的二少爺。這批人求見被拒後，仍不死心。於是石舟齋派阿通前去送信傳話，可惜吉岡少爺不受教，也未發現綁著信的芍藥的奧妙。武藏意外看到這朵芍藥的切口，發現是高手以絕妙劍法切斷的，依然栩栩如生。心中想領教的念頭就更熱切了。在前往柳生府途中，武藏師發現吉岡等人蒙面攔截石舟齋，結果被柳生眾屬下擊退，狼狽而逃。武藏對石舟齋表現自己的發現，石舟齋心喜之下邀他上府一歇。而武藏想挑戰的念頭更加熾烈了。
第十七回柳生空手奪白刃
醉心習武的宮本武藏，這天偕同僮僕誠太郎來到柳生宅邸，故意激怒柳生四天王，趁亂潛入內庭，經阿通以笛聲引導，終於會見一代宗師，柳生新蔭流開山鼻祖石舟齋，但是面對一個毫無防備，如沐春風祥和慈顏的老爺爺，他不敢相信自己的眼睛，他無法破解這種無心無我的境界，他被震懾了，眼睜睜的看著這位老爺爺悠然轉身離去，他如被詛咒般，杵在原地動彈不得。由於石舟齋的開導，阿通決定追隨武藏，便告別了石齋，來到武藏的住處等候他，武藏深恐兒女私情耽誤練劍之道，不願現身相見，強忍思慕之情悄然離去。武藏正為不能破解柳生'無刀之刀'刀法而懊惱時，巧遇日前襲擊柳生宅邸鎩羽而歸的吉岡傳七郎（氏家修飾）、日下部兵馬、高田軍兵三人，武藏放話吉岡傳七郎，要他帶話給其兄吉岡清十郎，明春定會依約前往比劍討教。此時又八的母親阿杉與權叔來到了又八的姘婦阿甲的家，但阿甲態度至為冷淡，而又八也不知去向，兩老只好悻然離開，原來又八正在大阪參與建城工程，無意中獲得意外之財，外加當今名劍客佐佐木小次郎的劍術授證，好大喜功又懶散的他，便把它據為己有，冒充起小次郎來。
第十八回愛恨季節
冒充佐佐木小次郎的又八，前往大阪欲投靠豐臣的武將－薄田隼人，但身上所有銀兩被赤壁八十馬騙光，在得知赤壁平常在京城四條河邊的賭場出沒，便前往討債，而與淪為賭場保鏢的誠太郎父親－青木丹左衛門交鋒，並遭賭場嘍囉圍毆，郤巧遇其母杉婆婆及權叔叔，恨鐵不成鋼的杉婆婆當街怒扙又八，嗣後再將又八接回客棧安頓療傷，母子情深感動了青木虎五郎善兵衛等人，又八以所拾獲武功授證誑稱習藝有成，杉婆婆不忍戳破其謊言又不屑其行為，至為矛盾痛苦，斯時得悉愛子誠太郎已拜宿敵宮本武藏為師，惱恨的青木丹左衛門獨自在客棧門口喝悶酒，杉婆婆便去找他借酒澆愁，兩人對酌起來。朱實與姊妹淘一行人到住吉海邊遊玩，未幾阿甲帶著吉岡清十郎等人加入，原來這趟旅遊是由吉岡出資的，為的是要討好朱實，眾人在狂歡一陣後，有三個武士亦即清十郎之弟傳七郎等人，前來告知武藏之傳言，清十郎為之大怒，在阿甲之設計下清十郎終於強污了朱實，朱羞憤之餘走向大海。武藏因腿疾發腫痛苦萬分在山中爬行，阿通與誠太郎為尋找武藏在伊勢路上前進。
第十九回忘情貝
在行駛於阿波大阪間的便船上，佐佐木小次郎因與祇園藤次起勃溪而斬下其髮髻，兩人因而結了梁子。被吉岡清十郎蹂躝了的朱實，決心一死了之而入海，卻為清十郎所阻。阿甲母女因此而起爭吵，兩人甚至於大打出手。受了刺激的朱實，精神陷於恍惚狀態。登陸後的小次郎為吉岡門弟所包圍，適時路過的朱實要小次郎斬掉清十郎，卻幸未起打鬥。另一方面，至鈴鹿山中造訪帶鎖鏈鐮刀高手梅軒（黑澤年男飾），欲與之比武的武藏，因腳部創傷化膿而陷於危急狀態，經馬夫運至梅軒居處，並且由其妻給予治療。梅軒發現宮本武藏原來是殺死其胞兄過風典馬之仇人，而武藏也為此一奇遇覺到愕然。
第二十回必殺鎖鏈鎌刀
武藏在梅軒家受其妻阿七療傷後，翌日中午醒來後，與阿七聊起天來。談話間，阿七已窺破武藏之身分，武藏則設計使阿七擺出帶鎖鏈鐮刀術架式，因而有了應對之構思。梅軒找武藏單挑，結果不敵，承認被打敗。武藏不忍心將之斬殺，迳自離去。此時之阿通正在伊勢神宮公館，以教神宮巫女們吹笛術和插花術度日。一日，阿通從一名巫女口中聽到神路山後山住有一名腳部受傷之在修劍旅途上武士，就在城太郎的陪伴之下，入山尋覓，而最後找到小木屋時，武藏卻已擦肩下山離去，小屋柱上空留許武藏劇下的阿通名字。
第二十一回風雲五條大橋
武藏返回京都來，知道與吉岡之決鬥將於正月九日舉行。朱實與小次郎就武藏與清十郎之決鬥誰贏誰輸一事打賭。阿杉至吉田山下武士住宅街尋訪到武藏之姨媽阿牧，告以對武藏必須有所提防。武藏在五條橋下時，為阿杉跟踪而至，旋將之擊昏，捆綁於該處後迳自離去。不久後，剛抵達京都的阿通和城太郎來到現場，立刻為阿杉鬆綁，而阿杉卻拔出短刀要脅要殺阿通。
第二十二回悲慘清十郎
武藏與吉岡清十郎之決鬥時刻即將來到。決鬥前，清十郎允諾叔父壬生源左衛門絕不會有卑鄙行止。朱實為要觀看決鬥而由家裡衝出來至現場。阿通在阿杉拖拉之下也來到現場。澤庵和尚也適時來到。決鬥結果，清十郎右臂被砍，倒地不起。鬥弟們尋去欲為之報仇，卻為小次郎所阻。決鬥後，武藏立即離開現場，阿通又苦苦趕追。武藏在野原中無意間邂逅正在摘嫩草之本阿彌光悅（石阪浩二）母子，並且獲得極大啟示。武藏一時間沉緬在童時之回憶裡。
第二十三回雪舞三十三間堂
澤庵寄寓烏丸公館時，阿通和城太郎適時來到。被本阿彌光悅收容之武藏，經一席傾談，變得與光悅甚為意氣投合。是夜，光悅帶武藏至煙花柳巷冶遊。吉岡眾門弟趕至，提出傳七郎與武藏決鬥之要求。澤庵因松尾夫人阿牧之透露而得知武藏此刻正在本阿彌府邸棲居，因而立刻前赴尋訪。正在青樓飲酒之柳生宗矩（竹協無我），得知吉岡一派準備向武藏挑釁後，有意將之庇護，遂命令花魁吉野（高橋惠子）將武藏帶回住處，與之溫存一宵以避禍。而武藏卻毅然決然丟下吉野，前往下著雪之三十三間堂與吉岡傳七郎決鬥。結果，武藏將傳七郎擊倒，後武藏之叔父壬生源左衛門則提出以嗣子源次郎為名義二人，拲行決鬥之要求。
第二十四回生死一路
於蓮華王院三十三間後與吉岡傳七郎決鬥，武藏此夜寄宿於扇屋後棟別屋。翌日，武藏已在專心臨模畫雞。吉野太夫在聊天中，已愈發對之傾心。佐佐木小次郎適時來訪。晤談中，小次郎口出"等你打垮吉岡後，我將打倒你而獲得天下第一之名"之語。阿通此時來到吉野居處，瞥見吉野與武藏甚為親暱之模樣而負氣掉頭折返。臨別，吉野托武藏帶一張紙條交給阿通，上面之詞句告白的是，自己雖對武藏有好感，但兩人之間的關係卻絕對清白。祇園藤次見主家沒藩，遂與阿甲聯手偷清十郎一、兩藏款遠走高飛，臨走還殺死吉岡門弟民八。武藏尋至姨媽家，最後晤見阿通，並且轉交吉野之紙條。阿通承認自己的誤會，卻無法挽留武藏。
第二十五回一乘寺垂松
阿通和城太郎為了要看決斗場面，一路走向一乘寺前來。吉岡清十郎力勸壬生源左衛門中止決鬥，源左衛門卻執意不允。在社祠裡等待的朱實，終於遇見武藏，遂央求將之帶到異鄉一起生活，而武藏卻告以自己心中已有阿通，並且絕袖而去。又八路遇佐佐木小次郎，自己冒牌貨之身分因而被揭穿，並且受到羞辱。又八因而奮起，決心豁出去為武藏助一臂之力。決鬥結果，壬生父子雙雙被殺，武藏雖然後悔無意中斬殺源次郎，也只有拼死一斗，打開血路逃走，趕到之阿通，看到源次郎屍體，而大喊殘酷。
第二十六回瀑布之戀
於在一乘寺之決鬥後，在比叡山中徬徨的武藏，為千日回峰行者玉照所搭救，並且被抬進千照院。武藏因玉照之感召，對悟道遂漸獲得啟示。阿通和城太郎尋至比叡山來，卻因為是女人禁地之故，不得越界而入。山門眾僧以規定為理由，不許武藏被收留在寺中，因而群情嘩然，幾乎發生圍毆事件。武藏唯恐連累玉照，遂決定下山離去，行前卻被眾僧沒收其刀劍，並且遭毒打。玉照稱此為法難。在下山的路上，武藏與小次郎相遇。小次郎見武藏未佩刀而未與之比武，並且告知又八之所在。武藏與又八邂敘舊。又八道出欲前往江戶謀求發展，武藏表示贊成，兩人遂分秧離去。
第二十七回漂泊流轉
宮本武藏與阿通、城太郎一同前往江戶，但武藏卻因先前衝動示愛遭拒，而與阿通十分尷尬。結果阿通落單走在後面卻巧遇又八，又八想與阿通重修舊好，但見阿通已心屬武藏，在忌妒之餘咬傷阿通，並綁走阿通。武藏擔心阿通到處尋找，又八為避開武藏追尋，與阿通不慎地落谷底。武藏遍尋不著，一心以為阿通負氣離去，便帶城太郎在藪原等候，卻見城太郎之父丹左衛門遭權之助（三浦浩一飾）欺負，武藏出面打敗權之助，而權之助則回去帶老母阿凜前來報仇。
第二十八回夢想流杖術
權之助帶著母親阿凜去找武藏等人報一箭之仇，但在得知武藏就是打敗京城吉岡一族的名劍客後，阿凜要求武藏與權之助比武，結果武藏雖險勝，卻自稱被阿凜識破破綻而輸，阿凜感佩之餘，要求武藏收權之助為徒弟。朱實被吉岡清十郎玷污，母親也與男人私奔後，心如槁灰，與到江戶為妓的女子同行，小次郎因不忍朱實如此自暴自棄，要朱實跟他走，但朱實沒有答應，不過朱實也從此自女子行列中消失。而遭又八糾纏地谷的阿通，被又八押往伊那，幸好途中巧遇柳生宗矩侄兒兵庫（宅麻伸飾）獲救。而這愛恨情仇糾葛的人均向山嶺的另一邊新天地江戶邁進。
第二十九回江戶新天地
幕府將軍德川家康奠都江戶（今東京）並大興土木築城，整個江戶地區充斥著由全國各地來此工作的工人，一時之間人口激增，呈現出一片活力耀動的新景象。杉婆婆與佐佐木小次郎，前來江戶並住宿在工頭半瓦彌次兵衛家，半瓦將杉婆婆奉為母親至為尊崇，而杉婆婆亦時常苦口婆心勸半瓦與小次郎要行善。某日佐佐木小次郎在路上瞥見阿光（小林麻美飾），驚為天人，尾隨至其家，阿光的父親小幡勘兵衛景憲，是甲州流軍學的創始者，現為德川家的家臣，正臥病在床，聞有劍客來訪，派門徒以禮相待，小次郎自恃武藝高強，口出狂言，門徒乃與之比武均皆不敵，門徒不忍師門受辱謀議報復，卻反被斬殺二人，適阿光之未婚夫北條新武藏與其弟餘五郎，回程路過乃與小次郎約期決鬥，然小次郎心中卻暗自將這一切歸咎於阿光的出現。阿通為了找尋武藏也來到了江戶，因長途跋而病倒住進柳生府邸養病，柳生兵庫介悉心照顧暗生情愫，但深知阿通對武藏情有獨鍾，心情極為複雜。武藏與權之助相偕來到法典田野墾荒拓蕪某夜突遇一少年來借鋤頭欲埋葬其父，由少年之笛套認出此少年乃阿通之弟伊織。
第三十回法典平原的反擊
宮本武藏與夢想權之助兩人來到法典平野從事農耕以後，已經一年多，由笛袋確認三澤伊織為阿通之弟弟後，徵得權之助之同意，收留伊織並傳習武藝。另方面佐佐木小次郎，因為求職不順遂正在鬱卒之時，接獲阿光未婚夫北條新武藏及弟弟餘五郎之挑戰書，阿光深知他們絕非小次郎之對手，心急之餘偕同婢女阿柳前來小次郎寓所，懇求小次郎勿赴約，恰巧杉婆婆半瓦及工人們均已外出，小次郎便趁機玷污她，俟回家後新武藏與餘五郎發覺阿光神情有異，詰門之下，已料知大概。一日，伊織得知村落又遭野武士襲擊奔告武藏與權之助，三人相馳往村落，幾經武藏苦口婆心，村民終於首肯共同退敵，在武藏策劃之下，村民用鹽巴、砂礫做成小包包，攻擊野武士之眼睛，此次戰役，武藏手刃淪為野武士的赤壁八十馬，並與野武士首領單挑而誅之，從此村落得於安居樂業。武藏目睹村民久被欺壓，一旦反撲報復時之凶殘令人悚然，此因此幡然徹悟天道之不可違，於是偕權之助、伊織悄然離去。
第三十一回武藏進江戶
長岡佐渡是豐前小倉城主細川忠興之首席宰相，每年都要到下總國葛飾法典平野的德願寺來渡假，這次從住持了然和尚聞知武藏鼓勵農民共同禦敵的故事，心中至為感佩，認為在此世事紛擾，各地諸侯正需武將人才之際，只要是稍有本事的人，那一個不圖高官厚祿，而武藏卻甘願替那些貧困的農民賣命，如此胸懷與膽識，叫人折服，為國舉才，他立刻趕往武藏住處，但武藏卻於早一步離去，因而未能會晤，但宮本武藏四字已深印心中。改頭換面的又八，在日本橋附近的一家藥草批發商工作，因為工作勤奮又嫻熟簿記，很受老闆器重，朱實自遭清十郎玷污後，自暴自棄，竟流浪至江戶淪為流鶯，無巧不巧地又與又八相遇，又八將其接回家中，朱實自嘆殘花敗柳無顏見武藏，日夜燒酒，又八見狀勾起前塵往事，不禁悲從中來，乃至相擁抱頭大哭，雖是名義上的父女，在激情中逾越倫常。武藏與伊織兩人離開法典平野來到江戶，由舊識木阿彌光悅得知阿通行踪，立刻趕往柳生府邸，但阿通卻於清晨離開前往江戶柳生故里探視生病的石舟齋，兩人再度失之交臂。
第三十二回小次郎腥風血雨
與阿通緣慳一的武藏與伊織兩人，暫時寄住於柳生家，名僧澤庵造訪細川時，受少主忠利公之託，卻網羅武藏為兵法指南，但武藏無意仕途，乃顧左右而言他。細川家首席家老長岡佐渡，聞悉武藏已來到江戶，便帶著從僕前往拜訪，並設計使武藏許下三日後殿前比武之言質。但武藏厭煩複雜的人際關係，又不願為謀職而與其他劍客兵刃相見，遂於翌日偕同熊五郎等人，前往秩父關賞有名的三峰神社之祭典。自從橫遭災禍損失了兩門門徒，小幡兵學所已一厥不振，阿光被玷污後，不敢面對北條近武藏，但新武藏不明就裡，誤以為阿光對他之疏遠，乃因怪罪自己無力挑大樑，振興小幡兵學所，公憤私仇於是決意報仇，會同餘五郎以及兵學所門徒等人，偷襲小次郎，但反被斬殺數人，正在緊急之際，武藏驚聞槍聲而至適時阻止小次郎下毒手，並陪同受傷的新武藏等人回到小幡兵學所，始知小幡兵學所與小次郎之過節始末。阿杉婆婆探知武藏住所後，慫恿半瓦率同弟，前往襲擊，但武藏已離開居所前赴秩父途中。改頭換面的又八決心向善，朱實自與又八有了肌膚之親後，一心從良，兩人相敬如賓恩愛異常，但又八雖在藥草批發商工作半年餘，卻從未見過主人的面，主人名叫奈良井屋大藏，表面上是藥草商，但對於宮本武藏這個人似乎很有興趣。
第三十三回危險賭注
俠客半瓦由手下口中聽悉小次郎強暴小幡女兒阿光之經過後，大為動怒，決定對小次郎小逐客令。小次郎訪問小幡勘兵衛對發生之不幸表示歉意，並且提出娶其千金阿光之請求，卻為勘兵衛不理睬。御前比武的結果，小次郎得頭籌，家老佐渡卻對其人物存有疑慮，經說明一切後始首肯錄用事。又八受良井號大藏之脅迫，最後在鉅金誘惑之下答應加入盜賊黨羽。又八抱著鉅額前金回家之清晨，看到小次郎走馬上任之情景，為了急欲發跡因而決心豁出去，什麼惡事都可以乾。進入秩父山的武藏和伊織，巧遇城太郎父親青木丹左衛門，並知道城太郎刻正為盜匪手下。
第三十四回秩父事件
青木丹左衛向武藏敘述與兒子失散之經迥，並且懷疑城太郎似乎為巨盜奈良井號大藏所利用，正在擔任其手下。梅軒突然出現阿甲和祇園藤次面前，脅迫兩人幫助劫取三峰神社財寶事。武藏等人為要誘出城太郎，決定演出打拳賣膏式鬧劇。結果城太郎雖然出現，卻不欲與將自己拋棄之師父和父親謀面，因而消失。梅軒指使阿甲和藤次潛入三峰神社盜出鉅款，正在埋藏錢財時，發生內訌而將藤次殺死。接著梅軒為適時出現之武藏所斬，而阿甲則為大藏所殺。但武藏因此而被關進牢裡。
第三十五回刺殺將軍
柳生新陰流的開山師石舟齋臨終之期已近，孫兒兵庫介及阿通趕來見他最後一面。石舟齋在臨終前教了孫子空手奪白刃的絕招。而身在江戶的宗矩也夢到父親，心中惴惴不安。武藏弟子伊織求見宗矩，拜託他幫忙洗清師父強盜的嫌疑。澤庵於途中巧遇城太郎，城太郎透出又八準備刺殺將軍的消息，令眾人心驚。就在又八假扮成工匠混入城中，準備以預藏的洋槍行刺時，武藏出面阻止，及時晚回局面，未讓野心人士圖謀成功。
第三十六回夢想幻滅
半瓦懷疑井戶屋等人為何一去不回，打聽之後發現姥姥兒子又八企圖暗殺將軍，以致拖累大家被官府居留。姥姥再度誤會是武藏害又八被捕，恨意更熾。武藏親訪朱實，為了讓朱實安心，撒謊說又八因公遲歸。另一方面，在奈良井屋企劃接下來的陰謀時，柳生部下已找上門。在激戰之後，奈良井屋終於當場喪命。武藏也找回了迷失的徒弟城太郎。朱實終於得知又八被捕的消息，堅持與武藏一起進城。將軍特別開恩，判決又八受庭杖百下，逐出江戶。又八之母趕赴受刑現場，親眼見兒子受苦，並得知又八即將有後之事，當場覺得自己之非，要又八原諒自己沒教好他。
第三十七回黃鶯報喜
被重打一百打皮並被逐出江戶的又八，只好前往鎌倉禪寺投靠，而懷有又八骨肉的朱實也尾隨而去。此時澤庵為青木丹左衛門及城太郎帶來好消息，丹左的前主公池田政輝嘉許丹左等人制止叛變，因此允許丹左復職，於是丹左與城太郎一同返回池田家。而小次郎也帶著妻子阿光前往細川家任職。武藏則自法典原開墾以後，開始對政治有興趣，因而辭退細川家的禮聘，最後在宗矩及澤庵等人的力勸之下，答應前往德川家仕宧，以推動非武力的新劍道。阿通在柳生家與兵庫介漸生情愫，兵庫介因阿通滿足於武藏說"心裡的妻子"一語十分氣憤，進而要求阿通做他的妻子，令阿通大為驚慌動搖。但阿通在接獲武藏在江戶宗矩家及尋獲弟弟伊織的消息後，已決定趕往江戶。
第三十八回顯達之門
得知武藏在江戶柳生家後，阿通傷心的告別照顧她多時的兵庫介趕赴江戶，但還是晚了一步。此時武藏已前往酒井備後守大人府邸面談，但武藏等了一整天，酒井卻告知他因阿杉向其他老中告狀，使得武藏仕宧一事告吹，武藏在幫酒井繪下一幅畫後，悄然離去。伊織傷心之餘願與阿通相認，後來受阿通溫情的感動，兩人終於冰釋。
第三十九回獨行道
武藏在將軍家的仕途無望，就從江戶及親近友人面前消失無踪。為了解惑，原本閉關山中的他，後來又出現在鄉里中，而心中的疑惑也越來越加重。有一天他不知不覺的來到了自己的故鄉，這裡的景物依稀，幾乎完全沒有變。回到睽違已久的家中，他竟然發現原以為已去投靠親戚的姐姐阿吟竟然還在家裡面，而且她明天就要出嫁。感到非常愧對自己姐姐的武藏，不敢見阿吟就離開了。後來他在路上碰到與愚堂和尚正在進行修行之旅的又八，他已經洗心革新，改變了很多。當武藏得知又八的師父是著名的愚堂和尚，便要求愚堂和尚為他解惑，結果愚堂和尚留下了一句話，還將他框在一個圈圈裡面，要武藏想通這一席話以後才可以離開圈圈。
第四十回甦醒之劍
為了要解決疑惑，武藏反覆思索愚堂和尚所說的話，最後他終於想通，他發現自己只有繼續戰鬥，才能夠繼續生存下去，身為一名劍士，他的人生就等於戰鬥。於是為了鍛練自己，他徹底消失了踪影一年半之久，一直在山中閉關修行。後來武藏出關下山，開始尋找佐佐木小次郎，以實現與其決鬥的約定。正當他出現在佐佐木家附近的時候，碰巧遇上以前曾經與他決鬥而落敗的京八流師父吉岡。自從敗在武藏手下以後，他便剃度為僧，現在到處雲遊四海。當他知道武藏想與小次郎決鬥一事，便出面開始阻止，但是武藏與小次郎卻執意要進行這場決鬥，於是兩人說好日期，只等決鬥之日來到。
第四十一回阿通受難
武藏與佐佐木小次郎，已經訂下決鬥的日期，兩人也為了這場決鬥，做著最後的準備。因為還有一個月的時間，長岡佐渡（田村高廣飾）說服武藏，這個機會去看看阿通。原本不答應的武藏，經過長岡的說服以後，終於答應去見阿通。沒想到武藏來到阿通養病的荼店，卻得知姐姐阿吟重病，所以派人來接阿通去見她最後一面的消息。這對武藏言可說是晴天霹靂。於是他便馬上啟程去找姐姐阿吟，不過卻發現阿吟安好無事，而且阿通也不在阿吟家。原來是本位田的阿杉婆婆所設下來的圈套，她為了要阿通跟自己住，才會想到這意。後來阿通得知阿杉婆婆的古心，所以答應與其同住。沒想到半路上權叔（今福將雄飾）說要放走阿通，阿杉婆婆非常生氣，權叔與阿通也不慎跌入山崖。
第四十二回世之潮路
武藏將掉入山谷的阿通救起以後，就一直待在姐姐阿吟的夫家照顧阿通。不過眼見與小次郎的決鬥的日子就要到來，雖然十分不捨得離開阿通，但是為了遵守決鬥的約定，所以武藏只有忍痛啟程。武藏為了搭船來到，然後在這裡與舊識澤庵師父、光悅、蓮庵相遇。
第四十三回舊時戰友
武藏與佐佐木小次郎決戰的日子已經快到了。為了確定武藏是否如約前來，細川家派了許多家丁在各地的港口看守，但是卻遲遲不見武藏的踪影。為了隱人耳目，其實武藏已經秘密來到小倉，但是小次郎卻完全沒有發現。武藏在海邊思考接下來要怎麼做的時候，突然發附近有人一直注視著他，對方似乎是細川家的家臣。後來經過一番詢問以後，發現這些武士竟是以前曾經在關關之戰中，與武藏並肩作戰的新免六人幫。原來他們在戰爭結束以後顛沛流離，最後才投靠細川大人。能夠見到舊時的戰友，武藏感到非常高興，而新免六人幫看到武藏如今出人頭地，更是感到十分榮耀。此時在另外一艘上，阿通正抱著重病趕來見武藏，她是否能在決戰之前及時趕到呢？
第四十四回愛之海峽--決戰前夜
明天就是武藏與佐佐木小次郎決戰的日子，武藏也已經來到小倉準備應戰。由於明天就要面對生死之戰，所以小次郎與武藏都非常緊張。要在決鬥之前見武藏一面，阿通抱著重要搭船趕來，只希望能見武藏一面，但是船的行駛速度似乎不快，不曉得阿通能否及時趕到。此時有一個武藏很熟悉的人出現在小倉，他就是武藏兒時玩伴又八，原本決定遁入佛門的他，由於承受不了修行的痛苦，因此再度展開流浪生涯。而曾經身懷又八小孩的朱實為了來找又八，也來到了小食。又八在此不但與朱實重逢，同時也見到了自己的親生女兒小桃，重舍失去的家庭幸福。原本十分焦躁的小次郎，也在決鬥的前一天晚上與妻子阿光間的誤會完全冰釋，無憂無慮的他，心情也變得非常平靜，準備迎接明天的決鬥。
第四十五回決鬥岩流島
終於到了武藏與佐佐木小次郎決鬥的日子。小次郎整理好儀容，準時來到船島等待武藏的來臨。但是武藏到了決戰時刻卻遲遲不出發，而且還非常悠閒的開始作畫。在決戰地點等得十分焦躁的小次郎，已經快要失去耐心，心想著這一定又是武藏的詭計，雖然明知如此，但是還是耐不住性子要發脾氣。原本以為武藏是想離陣脫逃，所以遲遲不出發，其實武藏心思十分細密，他是在等待潮水停止，這麼一來只要他一打贏小次郎，就可以乘著退潮潮水火速逃離現場，以避開追兵的追殺。也因為如此，原本就遲來的阿通才有機會在決戰之前見武藏一面。武藏依照計劃，終於出發前往船島，一看到武藏現身，期待已久的小次郎馬上向前挑戰。武藏與小次郎之間的世紀之戰，到底會由誰得勝呢？
